genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49006944--49007008	15	4.4	15	74	16	64	7	13	13	64	1.48
49006940--49007008	30	2.3	31	80	14	83	7	13	17	62	1.52
49009141--49009334	50	3.9	49	77	7	185	25	17	28	28	1.97
49014040--49014087	21	2.3	21	92	0	78	33	25	41	0	1.55
49014040--49014111	21	3.4	21	84	0	72	36	22	40	1	1.63
49014500--49014675	43	4.1	43	86	9	218	26	25	17	30	1.97
49014510--49014675	85	1.9	86	85	8	232	27	26	16	28	1.97
49018951--49019027	29	2.6	28	84	12	102	25	15	28	29	1.96
49018981--49019307	174	1.9	174	96	0	600	30	14	24	31	1.94
49027143--49027615	174	2.7	174	98	0	910	30	14	24	31	1.95
49042250--49042413	46	3.5	46	77	8	147	26	18	30	23	1.98
49042246--49042468	47	4.8	47	77	11	212	26	17	30	24	1.97
49044372--49044555	40	4.6	40	83	5	237	25	24	26	23	2.00
49044372--49044555	80	2.3	80	88	3	264	25	24	26	23	2.00
49048018--49048044	14	1.9	14	100	0	54	14	0	3	81	0.82
49053301--49053328	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
49056035--49056471	225	2.0	221	92	1	721	29	13	19	36	1.91
49062269--49062321	21	2.5	21	78	0	61	32	37	7	22	1.82
49062720--49062824	53	2.0	53	88	3	158	53	13	10	22	1.70
49072093--49072118	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
49072400--49072452	12	4.2	12	80	19	56	39	0	0	60	0.97
49074308--49074454	76	1.9	76	92	0	249	43	21	9	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49076380--49076417	19	2.0	20	89	5	60	47	7	10	34	1.67
49076661--49076685	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
49076713--49076757	19	2.4	19	82	10	58	71	0	28	0	0.87
49084504--49084576	17	4.1	17	70	16	67	27	10	10	50	1.71
49109998--49110222	40	5.7	40	86	5	280	24	22	27	26	2.00
49109998--49110255	120	2.2	119	80	9	278	25	21	26	26	2.00
49113293--49113815	138	3.8	138	87	1	708	43	6	7	41	1.60
49113292--49113814	276	1.9	277	88	0	787	43	6	8	41	1.60
49113819--49113964	74	2.0	75	87	4	215	32	11	9	46	1.73
49116372--49116513	50	2.8	51	81	2	187	26	19	25	28	1.98
49119504--49119559	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
49123292--49123480	50	3.8	49	82	1	207	24	17	26	30	1.97
49132897--49133011	18	6.3	18	71	4	88	32	8	18	40	1.81
49136297--49136974	339	2.0	339	98	0	1311	36	19	15	28	1.92
49143500--49143608	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
49143771--49143954	47	4.0	47	94	1	291	25	29	12	32	1.92
49143854--49143929	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
49147279--49147327	23	2.1	23	84	0	62	22	22	26	28	1.99
49147301--49147421	40	3.0	40	95	0	215	25	28	21	24	1.99
49148691--49148799	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
49148962--49149098	47	3.0	47	91	2	215	25	29	12	32	1.92
49154401--49154557	43	3.7	43	73	8	142	28	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49155445--49156124	340	2.0	340	98	0	1315	43	18	16	21	1.87
49157526--49157626	43	2.4	43	77	8	109	26	21	23	27	1.99
49168038--49168098	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
49168038--49168109	5	14.0	5	72	10	56	36	18	9	36	1.83
49168038--49168104	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
49171098--49171319	40	5.6	40	79	10	206	26	26	21	26	1.99
49171098--49171320	79	2.8	78	81	8	252	26	26	21	26	1.99
49171098--49171320	119	1.9	120	80	8	267	26	26	21	26	1.99
49179047--49179216	79	2.1	80	84	5	220	25	26	20	27	1.99
49179047--49179266	40	5.5	40	85	5	243	25	26	20	26	1.99
49182732--49182980	39	6.3	39	94	2	394	24	27	22	25	2.00
49182973--49183071	39	2.5	39	95	3	173	21	27	23	28	1.99
49182732--49183069	117	2.9	116	84	10	370	24	27	21	26	1.99
49190802--49190985	39	4.7	40	89	5	243	25	26	22	26	2.00
49193568--49193633	27	2.4	27	84	0	87	22	16	19	40	1.91
49193582--49193641	27	2.2	27	81	0	66	23	18	18	40	1.92
49196822--49196865	16	2.8	15	79	6	52	56	15	20	6	1.62
49197433--49197491	27	2.2	27	90	0	91	16	18	23	40	1.91
49203859--49204066	67	3.2	64	74	10	170	32	16	27	23	1.96
49211676--49211850	39	4.4	39	88	3	190	25	20	28	26	1.99
49211629--49211850	40	5.6	40	85	4	227	24	20	27	26	1.99
49211629--49211850	79	2.8	78	83	3	246	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49211704--49211885	79	2.3	79	81	2	215	25	20	28	25	1.99
49224703--49224873	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.99
49224698--49224870	46	3.7	46	76	10	181	29	27	21	21	1.99
49226059--49226089	11	2.7	12	95	5	55	61	0	0	38	0.96
49232250--49232422	46	3.7	46	76	10	172	29	27	21	21	1.99
49232255--49232425	93	1.8	93	88	0	261	28	28	21	21	1.99
49232845--49232904	30	2.0	30	86	0	84	33	25	3	38	1.72
49233621--49233651	11	2.7	12	95	5	55	58	3	0	38	1.15
49236761--49236811	20	2.5	20	87	6	68	47	23	21	7	1.77
49243264--49243302	11	3.5	11	83	16	53	0	20	0	79	0.73
49243264--49243302	17	2.3	17	91	8	62	0	20	0	79	0.73
49244389--49244439	25	2.0	25	88	0	75	31	21	19	27	1.97
49244479--49244518	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
49244564--49244633	25	2.8	25	93	0	113	27	25	21	25	1.99
49244563--49244660	25	4.0	24	79	13	85	28	24	21	25	1.99
49244564--49244658	50	1.9	50	80	8	113	28	24	22	25	1.99
49247323--49247464	27	5.3	27	82	3	160	40	21	7	30	1.80
49247317--49247690	54	6.9	53	73	7	191	37	21	6	33	1.81
49247323--49247718	27	14.7	27	77	3	154	38	21	7	33	1.81
49247323--49247718	81	4.9	81	74	4	244	38	21	7	33	1.81
49247648--49247925	27	10.3	27	80	2	245	36	18	16	28	1.93
49247648--49247925	81	3.4	81	79	7	271	36	18	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49248349--49248383	6	5.8	6	87	12	54	17	17	17	48	1.81
49250183--49250358	46	3.8	46	75	12	162	30	30	19	19	1.97
49255966--49255991	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
49256514--49256662	74	2.0	74	97	0	280	27	8	30	33	1.86
49256544--49256662	40	3.1	39	66	18	106	29	8	31	31	1.87
49257169--49257219	25	2.0	25	96	0	93	33	23	17	25	1.96
49257259--49257298	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
49258760--49258785	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
49263413--49263505	27	3.4	27	83	4	107	37	19	18	24	1.94
49264225--49264285	31	1.9	32	83	9	81	22	24	16	36	1.94
49271558--49271734	93	1.9	93	90	2	284	22	18	28	30	1.97
49271554--49271726	47	3.7	46	76	14	176	22	19	28	29	1.98
49273343--49273471	46	2.8	46	91	0	204	31	29	20	19	1.97
49274931--49275167	49	4.8	49	80	6	246	25	16	27	31	1.96
49275761--49275806	23	2.0	23	100	0	92	47	8	26	17	1.76
49279140--49279324	40	4.7	40	79	7	207	25	28	22	23	1.99
49284624--49284658	18	1.9	18	94	0	61	17	45	22	14	1.84
49296150--49296317	46	3.6	45	75	19	150	30	20	26	22	1.98
49329013--49329180	46	3.6	45	75	19	150	30	20	26	22	1.98
49336960--49337039	20	4.1	20	72	3	81	45	21	23	10	1.82
49336962--49337052	20	4.6	20	72	6	78	43	20	25	9	1.82
49349296--49349356	24	2.5	24	84	5	70	19	18	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49357848--49357916	27	2.6	27	78	0	75	39	11	21	27	1.88
49358289--49358487	27	7.4	27	76	9	165	31	11	18	39	1.85
49358301--49358483	54	3.4	54	80	1	215	31	9	19	39	1.84
49358303--49358483	81	2.2	81	83	3	213	30	9	19	39	1.84
49359825--49359888	24	2.6	25	74	13	62	29	32	3	34	1.73
49361718--49361792	38	2.0	37	89	2	114	34	17	18	29	1.94
49366545--49366954	47	8.7	47	93	0	595	28	30	8	32	1.87
49369820--49370094	40	6.9	40	90	0	397	25	28	21	24	1.99
49369837--49370254	40	10.5	40	84	4	309	26	27	21	24	1.99
49369820--49370216	80	5.0	79	83	3	372	26	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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