genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97744061--97744144	39	2.1	40	88	2	125	34	20	22	22	1.97
97744506--97744540	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
97745390--97745441	27	1.9	27	84	7	70	57	1	3	36	1.28
97745771--97745879	52	2.1	52	94	0	191	25	15	40	18	1.90
97747346--97747372	12	2.2	12	100	0	54	25	7	37	29	1.83
97749993--97750053	21	2.8	21	76	14	61	60	1	1	36	1.16
97755325--97755354	11	2.9	10	90	9	51	70	0	6	23	1.11
97755830--97755901	3	24.7	3	70	16	53	27	1	5	65	1.23
97755840--97755891	14	3.6	14	75	14	52	30	1	7	59	1.36
97755940--97756037	5	18.4	5	69	22	51	19	2	5	73	1.12
97755965--97756006	22	2.0	21	85	4	57	16	0	4	78	0.91
97755969--97756039	28	2.6	27	77	2	70	15	2	4	77	1.04
97758284--97758544	129	2.0	128	91	2	416	29	22	16	31	1.96
97759396--97759444	23	2.1	24	92	3	82	65	2	0	32	1.04
97760112--97760163	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
97779048--97779095	23	2.1	23	88	0	69	37	4	10	47	1.57
97779764--97779813	22	2.3	22	92	0	82	36	0	2	62	1.07
97779775--97779817	11	3.9	11	79	11	52	32	0	2	65	1.06
97780662--97780921	128	2.0	127	91	2	414	31	16	22	29	1.96
97783142--97783212	21	3.1	23	77	16	60	76	4	2	16	1.07
97783172--97783212	21	2.0	21	90	0	64	78	4	0	17	0.93
97783146--97783208	27	2.3	28	80	2	65	76	4	3	15	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97783276--97783347	3	24.7	3	70	16	53	65	5	1	27	1.23
97783286--97783338	14	3.7	15	76	16	58	60	7	1	30	1.35
97783822--97783851	11	2.9	10	90	9	51	23	6	0	70	1.11
97789107--97789162	22	2.6	20	76	15	58	35	1	1	60	1.17
97791781--97791807	12	2.2	12	100	0	54	29	37	7	25	1.83
97793274--97793382	52	2.1	52	94	0	191	18	40	15	25	1.90
97793711--97793761	27	1.9	27	84	4	68	37	3	1	56	1.29
97794444--97794473	13	2.3	13	94	0	51	36	50	0	13	1.42
97794597--97794639	17	2.4	18	88	11	70	51	2	0	46	1.13
97794762--97794907	39	3.7	38	76	12	125	29	21	22	26	1.99
97795001--97795084	39	2.1	40	88	2	125	22	22	20	34	1.97
97802245--97802328	43	2.0	43	92	0	141	48	19	7	25	1.73
97805121--97805249	39	3.3	39	95	0	231	14	27	22	35	1.93
97806577--97806757	31	5.6	30	73	15	128	33	17	24	24	1.97
97810113--97810241	39	3.3	39	95	0	231	14	27	22	35	1.93
97812672--97812722	19	2.5	20	78	9	59	54	5	9	29	1.56
97817422--97817814	129	3.0	128	86	6	537	29	22	17	31	1.96
97818366--97818411	21	2.2	20	88	3	65	71	0	0	28	0.86
97818366--97818407	20	2.1	20	86	8	59	73	0	0	26	0.83
97820337--97820423	41	2.2	40	83	6	113	26	21	27	24	1.99
97821805--97822157	158	2.2	155	82	6	433	34	12	23	30	1.91
97823897--97823946	8	6.4	8	77	13	50	38	2	28	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97824479--97824524	24	2.0	24	86	4	67	32	19	2	45	1.62
97824605--97824845	99	2.4	99	96	1	439	47	7	4	40	1.52
97824773--97824806	16	2.2	16	89	5	52	41	8	0	50	1.34
97824605--97824884	99	2.9	97	91	4	415	45	7	4	42	1.53
97824908--97824932	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
97824850--97825304	91	4.9	95	88	5	639	33	6	3	56	1.44
97825098--97825245	43	3.3	42	69	12	125	31	8	4	56	1.49
97825280--97825309	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
97825482--97825597	9	12.7	9	73	10	92	43	13	1	40	1.54
97825482--97825597	27	4.2	27	72	12	110	43	13	1	40	1.54
97830732--97830779	24	2.0	24	95	0	87	25	6	4	64	1.35
97831526--97831637	58	1.9	58	94	0	197	33	15	25	26	1.95
97831667--97831718	26	2.0	26	88	0	77	17	28	23	30	1.97
97831626--97831761	69	2.0	69	86	2	193	24	30	17	27	1.97
97833092--97833131	19	2.1	19	86	9	55	50	7	0	42	1.30
97842282--97842324	17	2.5	17	81	11	52	58	0	11	30	1.34
97847783--97847823	17	2.4	18	76	12	50	43	0	12	43	1.41
97849109--97849157	25	2.0	25	100	0	98	44	14	28	12	1.81
97859620--97860049	213	2.0	213	93	1	729	35	21	17	26	1.95
97864581--97864685	38	2.8	38	88	2	149	20	21	27	29	1.98
97864678--97864781	43	2.4	43	98	0	199	9	26	32	30	1.89
97864746--97864808	27	2.3	27	97	0	117	6	23	34	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97864703--97864851	70	2.1	70	96	0	271	9	24	33	32	1.87
97864773--97864901	43	3.0	43	93	0	222	11	24	32	31	1.91
97864678--97864894	113	1.9	113	95	0	389	10	25	32	31	1.90
97865241--97865358	45	2.7	44	82	7	118	27	21	26	24	1.99
97871955--97871980	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
97876901--97876939	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
97877165--97877262	23	4.3	23	90	2	153	20	20	26	32	1.97
97877167--97877255	45	2.0	45	93	0	151	19	21	26	32	1.97
97880146--97880187	21	2.0	21	95	0	75	40	16	0	42	1.48
97882197--97882355	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
97882215--97882355	54	2.6	54	92	2	239	35	24	23	17	1.95
97882461--97882534	28	2.8	26	85	4	85	31	9	22	36	1.86
97883975--97884083	26	4.2	26	91	0	182	34	24	7	33	1.83
97889825--97889940	55	2.1	55	82	3	135	19	30	25	25	1.98
97899366--97899510	73	2.0	73	93	1	247	60	11	6	22	1.54
97899997--97900145	24	6.1	24	89	2	226	28	19	21	30	1.97
97899997--97900145	73	2.0	73	90	2	237	28	19	21	30	1.97
97900195--97900261	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
97903735--97903911	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
97911287--97911459	24	7.2	24	88	1	247	28	19	20	31	1.97
97911509--97911575	20	3.3	20	87	0	98	31	19	13	35	1.90
97911612--97911661	25	2.0	25	92	0	82	26	14	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97915853--97915917	24	2.8	24	77	9	71	9	23	1	66	1.29
97924255--97924328	38	1.9	39	88	2	114	48	17	6	27	1.72
97926932--97926986	13	4.2	13	85	0	74	38	18	9	34	1.82
97928064--97928190	42	3.0	42	100	0	254	40	7	36	16	1.76
97929255--97929308	14	3.8	14	79	16	58	62	1	1	33	1.16
97929679--97929766	46	1.9	46	90	0	140	31	21	17	29	1.96
97931131--97931163	15	2.3	15	89	5	50	66	3	0	30	1.06
97943135--97943250	53	2.1	55	85	7	166	27	14	26	31	1.95
97949947--97950062	53	2.1	55	85	7	166	27	14	26	31	1.95
97951929--97952041	22	4.8	24	75	12	108	37	18	23	20	1.94
97951923--97952041	47	2.5	47	94	2	204	36	19	24	20	1.95
97960325--97960383	27	2.2	26	79	8	66	23	30	13	32	1.93
97960402--97960829	67	6.4	67	78	5	427	25	23	16	34	1.95
97960402--97960772	201	1.8	201	84	5	500	25	23	16	34	1.95
97965601--97965808	104	2.0	104	96	1	382	32	14	19	33	1.92
97973265--97973309	15	2.8	16	86	10	56	40	31	0	28	1.57
97973495--97973705	117	1.8	117	88	0	323	23	8	25	43	1.81
97977508--97977658	51	3.0	51	90	0	239	35	27	8	28	1.86
97977784--97977853	33	2.1	33	81	5	79	24	40	2	32	1.70
97978868--97978913	16	2.8	16	90	6	65	28	0	30	41	1.56
97986464--97986539	38	2.0	38	100	0	152	31	7	28	31	1.86
97993042--97993091	19	2.7	19	78	9	59	56	12	4	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97995696--97995730	17	2.0	17	88	5	52	5	31	0	62	1.18
97995706--97995758	28	1.9	27	88	3	79	3	28	1	66	1.20
97996699--97996925	121	1.8	126	85	5	329	59	5	3	31	1.36
97997128--97997207	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
97997126--97997208	12	6.6	12	76	16	71	65	1	3	30	1.17
97997128--97997189	18	3.3	18	81	14	72	62	1	3	32	1.20
97997126--97997215	27	3.4	27	72	15	73	66	1	3	28	1.14
97997601--97997667	13	5.5	12	73	20	59	13	0	46	40	1.43
97997648--97997725	31	2.5	31	83	4	104	19	0	42	38	1.51
98000954--98001051	49	2.0	49	97	0	187	43	18	20	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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