genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87420438--87420464	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
87421745--87421773	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
87425050--87425705	327	2.0	325	82	4	800	37	17	21	23	1.94
87433834--87433866	14	2.4	14	94	0	57	12	30	33	24	1.91
87442401--87442449	25	2.0	25	100	0	98	24	14	28	32	1.94
87448171--87448251	29	2.7	28	77	11	81	58	7	6	28	1.50
87448721--87448769	25	2.0	25	87	0	71	20	22	24	32	1.98
87474536--87474609	38	1.9	38	100	0	148	45	24	10	18	1.81
87477836--87477895	30	2.0	30	100	0	120	36	33	13	16	1.88
87478698--87478921	79	2.8	80	82	7	278	24	21	28	25	1.99
87478698--87478921	40	5.7	40	86	4	278	24	21	28	25	1.99
87485394--87485513	56	2.1	56	95	0	213	45	9	22	23	1.81
87486641--87486825	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
87486642--87486825	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
87486694--87486858	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
87494682--87494723	16	2.7	15	82	10	50	35	19	4	40	1.72
87495219--87495244	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
87495307--87495478	41	4.2	41	85	4	213	33	21	23	20	1.97
87495894--87495942	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
87496525--87496563	19	2.1	19	85	4	53	46	5	2	46	1.38
87501240--87501270	14	2.2	14	94	0	53	16	12	19	51	1.76
87502490--87502581	43	2.1	43	88	4	132	23	16	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87502528--87502633	53	2.0	54	90	1	169	21	15	29	33	1.94
87503130--87503191	29	2.2	29	97	2	117	17	12	38	30	1.88
87504142--87504204	26	2.4	26	94	0	108	30	14	14	41	1.85
87504142--87504228	26	3.3	26	83	3	79	29	13	13	42	1.83
87504385--87504518	38	3.2	42	71	14	150	28	20	6	44	1.77
87504379--87504545	83	2.0	83	100	0	334	29	20	7	42	1.79
87506091--87506132	21	2.0	21	100	0	84	33	14	14	38	1.86
87513246--87513353	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87519816--87520003	49	3.8	49	82	2	250	26	19	26	28	1.99
87519802--87519998	100	2.0	101	94	2	351	25	19	26	27	1.99
87522821--87522892	25	2.9	25	70	10	58	22	26	16	34	1.95
87525493--87525636	54	2.7	54	94	2	245	18	25	22	34	1.96
87525500--87525654	27	5.7	27	83	11	185	19	25	21	34	1.96
87525500--87525654	81	1.9	80	84	8	208	19	25	21	34	1.96
87531067--87531140	37	2.0	37	82	15	91	25	8	24	41	1.82
87539180--87539247	35	1.9	35	81	0	82	25	26	19	29	1.98
87540680--87540760	42	1.9	42	94	0	144	23	14	28	33	1.94
87564458--87564574	55	2.1	55	83	0	162	15	33	28	23	1.95
87569767--87569794	14	2.0	14	100	0	56	35	35	7	21	1.81
87574631--87574678	20	2.4	20	80	16	55	79	6	0	14	0.92
87582986--87583047	21	3.0	21	78	4	72	20	24	20	33	1.97
87583121--87583162	21	2.0	21	85	0	57	30	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87586005--87586110	52	2.0	52	96	0	194	19	33	24	22	1.97
87592633--87592794	43	3.8	42	80	8	175	24	16	27	32	1.96
87593514--87593556	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
87617836--87617883	15	3.6	14	81	18	59	62	0	33	4	1.14
87617841--87617889	24	2.0	26	84	8	66	61	0	34	4	1.15
87618265--87618374	49	2.2	51	78	15	124	22	0	12	63	1.34
87621630--87621654	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
87621637--87621760	14	9.2	13	70	20	71	61	4	3	31	1.30
87621690--87621775	25	3.4	26	82	7	106	62	1	2	33	1.15
87621801--87621865	25	2.6	24	72	18	60	44	1	4	49	1.32
87621800--87621874	26	2.9	26	75	13	75	46	1	4	48	1.29
87623370--87623451	42	1.9	42	82	9	103	25	24	17	32	1.96
87623415--87624202	205	3.8	205	95	0	1364	28	21	18	31	1.97
87629195--87629223	14	2.1	14	100	0	58	13	51	0	34	1.42
87647969--87648136	39	4.3	40	87	5	213	27	27	20	25	1.99
87647946--87648182	39	6.1	39	80	10	209	27	26	20	26	1.99
87659169--87659266	49	2.0	49	97	0	187	26	24	5	43	1.75
87659286--87659345	25	2.4	25	75	8	70	35	11	6	46	1.67
87666646--87666737	46	2.0	46	97	0	175	43	18	15	22	1.87
87669892--87669922	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
87672271--87672319	25	2.0	25	87	0	71	51	20	16	12	1.76
87677596--87677635	20	2.0	20	90	4	64	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87682500--87682603	55	1.9	54	92	2	172	37	25	19	18	1.94
87683221--87683269	24	2.0	24	96	0	89	51	2	4	42	1.32
87684445--87684492	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
87689667--87689707	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
87689889--87689937	26	2.0	23	88	11	71	28	8	6	57	1.52
87689917--87689975	28	2.1	28	84	6	75	28	6	5	59	1.45
87689967--87690076	48	2.4	48	82	7	122	30	20	23	26	1.98
87693087--87693146	27	2.2	27	80	14	70	45	0	1	53	1.10
87696812--87696884	33	2.1	35	87	7	105	28	2	8	60	1.40
87706337--87706718	196	1.9	196	96	0	710	33	23	13	29	1.93
87706704--87706825	42	2.9	42	85	0	163	30	27	14	27	1.95
87714496--87714710	46	4.6	45	79	8	191	29	19	28	22	1.98
87714498--87714757	140	1.9	140	81	4	319	29	18	28	23	1.98
87720726--87720985	47	5.6	48	80	8	245	29	19	28	22	1.98
87720726--87720985	140	1.9	141	86	5	375	29	19	28	22	1.98
87734424--87734467	20	2.2	20	91	0	70	25	27	31	15	1.96
87735530--87735566	19	1.9	19	88	0	56	43	29	10	16	1.82
87735969--87735993	13	1.9	13	100	0	50	8	28	0	64	1.22
87744148--87744334	49	3.8	49	78	5	214	28	25	18	26	1.98
87744152--87744339	100	1.9	100	94	0	331	28	25	19	26	1.99
87744643--87744681	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
87747259--87747291	17	1.9	17	100	0	66	18	12	6	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87751773--87752302	265	2.0	265	95	0	961	35	17	12	34	1.88
87754361--87754400	21	1.9	21	94	0	71	32	10	20	37	1.85
87767457--87767582	63	2.0	63	90	0	198	29	21	20	28	1.98
87768384--87768444	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
87781321--87781389	25	2.9	24	82	16	81	62	0	1	36	1.04
87781335--87781374	19	2.1	19	85	4	53	60	0	0	40	0.97
87781936--87781969	16	2.1	16	89	10	52	35	0	0	64	0.94
87781947--87782100	10	15.9	10	64	15	56	29	1	2	65	1.17
87781947--87782042	29	3.4	29	69	17	85	31	2	2	64	1.16
87781916--87781995	17	5.0	17	72	18	64	38	0	0	61	0.96
87781909--87782090	55	3.4	52	78	15	176	32	1	2	63	1.16
87783194--87783241	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
87783188--87783231	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
87783188--87783249	29	2.1	29	93	0	106	29	0	29	41	1.56
87784223--87784267	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
87787759--87787801	14	3.1	14	79	0	50	18	4	9	67	1.36
87787795--87787821	11	2.5	11	100	0	54	0	7	7	85	0.75
87788047--87788090	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
87788047--87788106	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
87789082--87789126	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
87794628--87794666	17	2.3	17	86	8	53	53	5	15	25	1.62
87803905--87803940	6	6.2	6	87	6	56	16	13	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87806730--87806776	11	4.1	11	78	10	58	29	6	12	51	1.65
87815300--87815355	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
87815471--87815634	30	5.5	30	89	2	233	35	9	1	52	1.45
87815727--87815829	28	3.6	28	71	15	93	10	53	3	32	1.54
87815734--87815823	21	4.4	21	62	27	50	10	54	4	31	1.53
87815815--87815852	6	6.2	6	93	6	67	15	47	0	36	1.46
87818159--87818209	26	2.1	25	82	10	61	43	0	1	54	1.11
87821447--87821501	16	3.4	16	92	0	92	40	7	25	27	1.82
87821483--87821576	44	2.1	46	86	7	131	34	5	26	34	1.79
87827368--87827419	24	2.1	25	92	3	88	42	0	11	46	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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