genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12286413--12286480	34	2.0	34	100	0	136	41	14	14	29	1.86
12306210--12306285	37	2.1	37	94	0	134	34	10	13	42	1.78
12316120--12316173	12	4.4	12	73	13	56	68	3	1	25	1.16
12316850--12316908	2	29.5	2	100	0	118	0	50	0	49	1.00
12320769--12320803	17	2.1	16	89	5	52	31	0	0	68	0.90
12320773--12320824	21	2.4	21	83	3	59	28	0	5	65	1.16
12325407--12325466	25	2.4	24	78	8	66	55	3	3	38	1.33
12327932--12327993	26	2.3	27	97	2	117	54	0	27	17	1.43
12327932--12328000	26	2.6	27	90	4	113	56	0	27	15	1.40
12328873--12328911	3	13.7	3	89	5	55	30	2	0	66	1.05
12345599--12345709	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
12346453--12346490	4	9.8	4	85	5	51	2	23	0	73	0.95
12346468--12346564	42	2.3	43	87	7	146	7	26	7	58	1.51
12347376--12347449	31	2.5	30	82	4	78	32	4	13	50	1.60
12347826--12347887	31	2.0	30	87	3	88	30	16	12	40	1.86
12360065--12360098	14	2.3	15	90	5	52	47	0	0	52	1.00
12362911--12363180	46	5.9	46	85	2	310	19	23	14	42	1.88
12362916--12363182	91	2.9	92	83	1	338	19	23	14	42	1.88
12362926--12363173	137	1.8	137	84	1	345	18	23	14	43	1.87
12365166--12365213	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
12366090--12366131	18	2.3	18	88	8	59	59	0	0	40	0.97
12366089--12366137	19	2.6	19	80	6	55	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12367439--12367493	27	2.1	27	89	3	85	50	5	7	36	1.53
12368948--12369162	78	2.8	78	88	3	317	32	22	13	31	1.93
12369127--12369261	40	3.4	39	84	3	171	35	22	13	28	1.92
12374123--12374295	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
12374120--12374290	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
12376799--12376891	48	1.9	48	100	0	186	43	15	2	39	1.58
12381434--12381459	6	4.3	6	100	0	52	30	30	19	19	1.96
12382921--12382959	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
12387084--12387152	31	2.2	31	84	5	86	65	2	0	31	1.08
12389389--12389422	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
12391238--12391271	12	2.9	12	86	4	52	67	0	0	32	0.91
12393150--12393194	19	2.2	20	88	7	65	64	0	33	2	1.06
12393580--12393664	19	5.0	15	78	21	80	42	2	15	40	1.60
12393582--12393671	20	5.0	19	77	20	88	42	3	14	40	1.62
12393582--12393664	35	2.4	35	97	0	157	43	2	14	39	1.58
12394006--12394101	18	5.4	18	79	2	77	40	15	13	30	1.86
12394006--12394083	36	2.2	36	81	4	86	41	15	12	30	1.85
12401287--12401352	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87
12401752--12401785	16	2.1	16	89	10	52	61	17	17	2	1.46
12403295--12403402	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
12403287--12403412	30	4.2	30	92	2	200	43	6	23	26	1.77
12407987--12408037	15	3.4	15	71	10	50	50	7	17	23	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12407983--12408064	30	2.7	30	92	0	128	47	7	20	24	1.75
12408721--12408771	22	2.3	22	83	10	59	29	9	1	58	1.41
12409333--12409580	131	1.9	132	87	3	367	28	19	19	32	1.97
12409333--12409614	131	2.1	132	83	3	354	30	19	17	32	1.95
12412339--12412372	18	1.9	17	88	5	50	64	0	2	32	1.08
12419930--12419963	17	2.0	17	88	0	50	38	23	0	38	1.55
12420478--12420504	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
12421622--12421675	9	6.2	9	75	14	51	61	0	0	38	0.96
12421626--12421682	26	2.1	28	90	6	91	56	0	0	43	0.99
12421634--12421671	19	2.1	18	95	5	67	57	0	0	42	0.98
12421629--12421681	19	2.9	19	84	13	60	60	0	0	39	0.97
12422869--12422943	30	2.5	31	80	8	82	38	8	1	52	1.40
12422920--12422944	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12424163--12424229	32	2.1	32	100	0	134	46	2	26	23	1.67
12431243--12431309	13	5.1	13	70	10	55	35	5	20	37	1.78
12431526--12431606	33	2.7	30	76	16	78	50	1	1	46	1.17
12441920--12441980	27	2.3	27	97	2	115	47	9	13	29	1.74
12453068--12453104	7	5.6	7	87	6	51	29	0	0	70	0.88
12453166--12453223	27	2.1	27	81	12	66	44	0	1	53	1.10
12455904--12455942	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
12455947--12456095	76	2.0	75	97	1	280	36	8	20	34	1.82
12456244--12456341	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12456246--12456334	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
12463719--12463765	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
12464026--12464292	46	6.0	47	86	8	335	22	24	15	38	1.92
12464026--12464291	93	3.0	91	86	6	348	22	24	15	38	1.92
12464206--12464281	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
12466291--12466529	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
12480436--12480462	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
12482535--12482560	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
12488855--12489073	80	2.6	84	73	15	218	42	15	5	36	1.70
12489150--12489183	15	2.2	16	94	5	61	38	17	11	32	1.86
12489292--12489363	20	3.8	19	80	10	69	66	4	1	27	1.18
12489283--12489343	27	2.3	27	88	2	97	70	3	3	22	1.17
12489283--12489342	9	6.9	8	75	20	50	70	3	3	23	1.18
12489293--12489363	9	7.4	9	75	15	63	67	4	1	26	1.17
12489293--12489352	18	3.2	20	83	7	72	70	3	1	25	1.12
12489543--12489582	20	2.0	20	90	0	62	32	7	0	60	1.25
12489699--12489769	29	2.5	28	86	4	90	38	0	0	61	0.96
12490621--12490645	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12492990--12493016	14	1.9	14	100	0	54	33	14	37	14	1.88
12505442--12505480	19	2.1	19	85	4	53	38	2	5	53	1.37
12508442--12508511	30	2.3	31	87	7	99	41	5	10	42	1.62
12510991--12511104	57	2.0	57	100	0	228	33	15	12	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12514522--12514561	21	1.9	21	94	0	71	27	17	25	30	1.97
12514989--12515049	13	4.7	13	87	0	86	27	8	21	42	1.81
12514968--12515055	39	2.3	39	83	0	113	30	7	23	37	1.84
12514966--12515049	26	3.2	26	87	0	114	27	8	23	40	1.83
12515187--12515213	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
12538760--12538867	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
12545247--12545330	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
12545251--12545344	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
12545535--12545621	21	4.0	22	73	18	74	14	22	25	36	1.93
12548155--12548218	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
12548433--12548546	40	2.8	41	93	2	194	27	22	20	29	1.98
12555608--12555634	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
12555857--12555898	11	3.7	11	82	17	59	47	16	0	35	1.47
12555853--12555897	23	2.0	23	100	0	90	44	20	0	35	1.51
12555826--12555897	10	6.8	11	71	26	50	43	16	0	40	1.48
12557787--12557827	19	2.2	19	100	0	82	21	29	14	34	1.93
12559704--12559754	23	2.2	23	82	6	68	50	3	0	45	1.20
12560343--12560381	18	2.2	18	90	0	60	64	5	0	30	1.15
12565209--12565250	12	3.7	11	76	17	50	38	0	0	61	0.96
12572040--12572099	32	1.9	31	86	3	84	41	1	16	40	1.58
12577861--12577931	31	2.3	30	83	11	83	46	5	9	38	1.61
12599781--12599824	17	2.5	18	81	3	54	31	0	4	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12604239--12604271	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
12605977--12607648	132	12.7	132	98	0	3170	30	25	16	28	1.96
12623634--12623664	14	2.1	15	94	5	55	54	0	3	41	1.16
12624367--12624396	13	2.3	13	94	0	51	46	0	10	43	1.37
12637347--12637373	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
12650585--12650720	71	1.9	70	93	1	236	32	18	18	30	1.95
12654193--12654252	31	1.9	32	87	12	90	45	13	8	33	1.73
12668190--12668245	28	2.0	28	96	0	103	28	12	17	41	1.86
12672813--12672841	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
12672864--12672915	5	10.4	5	100	0	104	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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