genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57999787--58000069	27	10.4	27	77	6	169	32	20	8	38	1.82
57999868--58000254	27	14.3	27	75	4	197	36	19	9	33	1.84
58001056--58001122	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
58001172--58001283	52	2.2	50	91	3	188	27	21	24	26	1.99
58001172--58001283	26	4.4	26	85	3	156	27	21	24	26	1.99
58001512--58001594	31	2.7	30	89	7	123	30	15	24	30	1.96
58005698--58005742	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
58007452--58007516	29	2.2	29	100	0	130	24	29	29	16	1.97
58008171--58008220	25	2.0	25	100	0	100	12	12	16	60	1.60
58011359--58011419	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58015077--58015154	33	2.3	33	93	2	129	38	7	8	44	1.65
58018718--58018744	5	5.4	5	100	0	54	0	0	18	81	0.69
58034502--58034746	49	4.9	49	86	2	310	28	26	18	26	1.98
58034502--58034746	99	2.5	98	85	2	319	28	26	18	26	1.98
58038759--58038885	42	3.0	42	84	6	152	29	24	13	32	1.93
58038842--58038967	47	2.7	48	82	9	161	29	25	15	29	1.96
58038991--58039171	31	5.8	31	85	6	231	27	25	19	27	1.99
58039147--58039275	50	2.5	51	88	5	190	25	21	16	36	1.94
58046302--58046342	22	1.9	21	85	14	57	78	9	0	12	0.98
58047791--58047837	24	2.0	24	100	0	94	27	0	8	63	1.23
58048252--58048295	18	2.4	18	76	0	52	27	6	9	56	1.55
58052904--58052943	19	2.2	18	86	4	53	82	2	5	10	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58053490--58053580	9	9.9	9	70	13	60	79	4	5	10	1.05
58053490--58053580	27	3.3	26	79	11	76	79	4	5	10	1.05
58053514--58053561	14	3.1	15	77	22	55	79	8	4	8	1.06
58054610--58054737	64	2.0	64	92	3	213	32	17	12	36	1.88
58054943--58055248	44	6.8	44	69	14	133	29	15	24	30	1.96
58054801--58055354	182	3.1	182	90	0	878	31	16	22	29	1.96
58054980--58055341	93	3.9	93	73	9	308	31	15	22	29	1.95
58055321--58055387	33	2.0	33	100	0	134	23	8	35	31	1.86
58055503--58056270	352	2.2	351	87	2	1119	30	17	25	26	1.97
58055503--58056261	177	4.3	176	82	3	918	30	17	25	26	1.97
58057860--58057892	16	2.0	17	88	5	50	36	6	0	57	1.23
58067541--58067722	27	6.8	27	78	1	177	21	16	20	40	1.91
58067558--58067724	53	3.1	52	78	7	165	21	17	19	41	1.90
58070564--58070874	39	8.0	39	91	0	496	23	25	27	23	2.00
58075838--58076020	79	2.3	80	83	7	221	24	27	23	24	2.00
58075817--58076020	40	5.1	40	81	8	220	24	27	23	25	2.00
58078156--58078180	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
58079864--58080227	49	7.6	49	89	3	537	32	8	29	28	1.87
58079864--58080227	47	7.6	48	89	3	520	32	8	29	28	1.87
58079864--58080227	96	3.8	96	91	2	570	32	8	29	28	1.87
58080346--58080424	37	2.1	37	100	0	158	21	18	34	25	1.96
58084425--58084696	39	7.0	39	91	0	427	22	25	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58091556--58091642	32	2.7	32	78	0	102	33	19	21	25	1.97
58092138--58092201	27	2.4	27	89	0	101	29	9	21	39	1.85
58093396--58093484	27	3.3	27	82	3	99	26	12	20	40	1.88
58102449--58102510	30	2.1	30	100	0	124	35	3	24	37	1.72
58103646--58103693	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
58110394--58110634	48	5.0	48	95	1	430	31	27	5	35	1.81
58120339--58121237	444	2.0	443	98	0	1753	33	18	17	30	1.94
58121668--58121723	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
58121818--58121851	12	2.8	12	90	0	50	20	20	8	50	1.75
58122896--58122943	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
58127211--58127246	17	2.1	17	100	0	72	52	5	11	30	1.59
58129570--58129648	27	2.9	27	79	3	79	37	13	25	22	1.91
58130702--58130777	26	3.0	25	77	7	82	30	13	14	42	1.84
58132675--58132839	49	3.4	48	73	9	138	27	20	27	24	1.99
58139980--58140141	46	3.5	46	77	11	152	26	16	31	25	1.97
58141275--58141329	29	1.9	28	89	10	85	14	14	45	25	1.83
58141813--58141978	43	3.9	43	76	8	160	33	24	14	28	1.94
58144402--58144449	24	2.0	24	100	0	96	20	12	29	37	1.90
58145712--58145746	16	2.1	17	89	5	54	28	0	40	31	1.57
58147454--58147710	68	3.9	65	73	14	183	24	27	15	31	1.96
58148370--58148430	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
58150506--58150577	25	3.0	24	80	12	67	29	23	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58150533--58150602	25	2.8	25	82	4	88	30	22	21	25	1.99
58156945--58157029	30	2.8	31	83	3	120	22	28	18	30	1.97
58172516--58172725	40	5.3	40	91	0	305	23	21	29	25	1.99
58180449--58180657	40	5.3	40	91	1	305	23	21	29	25	1.99
58180449--58180657	79	2.6	79	89	3	321	23	21	29	25	1.99
58188560--58188721	40	4.1	40	92	4	265	23	24	27	25	2.00
58202572--58202820	40	6.3	40	93	1	385	23	20	28	26	1.99
58202519--58202820	79	3.8	80	88	3	387	24	20	28	26	1.99
58202519--58202820	119	2.5	119	86	3	392	24	20	28	26	1.99
58202594--58202855	119	2.2	119	87	2	375	24	20	28	25	1.99
58210543--58210789	39	6.3	40	92	2	367	23	21	28	26	1.99
58210543--58210789	118	2.1	118	89	3	372	23	21	28	26	1.99
58210543--58210824	78	3.6	79	86	3	347	24	20	28	25	1.99
58210565--58210824	118	2.2	118	86	3	364	24	20	28	26	1.99
58220093--58220143	21	2.4	21	83	0	66	33	15	9	41	1.80
58220106--58220146	21	2.0	21	95	0	73	29	19	9	41	1.83
58262748--58263021	48	5.7	47	75	9	198	27	17	30	24	1.98
58262748--58263021	96	2.9	96	79	6	245	27	17	30	24	1.98
58270224--58270257	14	2.4	14	90	0	50	29	20	35	14	1.93
58273278--58273310	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
58276200--58276259	28	2.1	29	84	9	79	75	0	8	16	1.04
58281616--58281661	13	3.6	13	94	2	76	47	13	0	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58281962--58282694	367	2.0	367	96	0	1360	37	19	14	28	1.91
58283070--58283094	11	2.3	11	100	0	50	8	16	8	68	1.38
58284369--58284395	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
58290696--58290773	26	3.0	26	84	0	111	30	34	30	3	1.76
58294978--58295245	40	6.7	40	94	0	464	30	20	26	22	1.98
58317693--58317898	39	5.3	40	91	4	278	27	26	20	25	1.99
58317693--58317898	79	2.6	80	87	4	278	27	26	20	25	1.99
58324902--58325071	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	24	1.99
58324900--58325124	80	2.8	79	81	4	211	26	27	20	24	1.99
58326652--58326787	56	2.4	56	87	0	200	33	22	13	29	1.93
58329126--58329170	18	2.5	18	88	0	63	64	2	11	22	1.36
58330093--58330156	6	10.5	6	76	3	65	71	0	21	6	1.07
58330093--58330206	18	6.3	18	71	11	81	66	0	24	8	1.20
58330147--58330192	17	2.7	16	80	12	56	60	0	30	8	1.26
58333836--58333871	17	2.1	17	94	0	63	33	5	2	58	1.36
58337809--58337993	79	2.3	81	82	7	209	25	27	22	24	2.00
58337790--58337993	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
58345824--58346008	40	4.7	40	81	6	207	25	27	22	25	2.00
58345824--58346008	79	2.3	82	81	7	211	25	27	22	25	2.00
58352666--58352746	29	2.8	29	86	1	110	24	17	32	25	1.97
58366498--58366580	29	2.9	29	78	1	78	26	16	28	27	1.97
58367693--58367728	18	2.1	18	89	5	56	44	11	16	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58367853--58367913	30	2.0	30	96	0	113	34	27	16	21	1.95
58368851--58368942	32	2.9	32	86	0	139	32	27	15	25	1.95
58375420--58375518	28	3.5	28	88	0	144	24	15	34	26	1.94
58376769--58376805	18	2.1	19	85	10	51	43	13	16	27	1.85
58379064--58379185	27	4.6	27	80	11	162	18	26	10	44	1.82
58379212--58379270	29	2.0	29	100	0	118	23	23	13	38	1.91
58383378--58383513	56	2.4	56	86	4	193	33	23	15	27	1.95
58384863--58384888	10	2.6	10	100	0	52	38	23	11	26	1.89
58387551--58387582	16	2.1	16	94	5	57	43	0	18	37	1.51
58391209--58391259	15	2.9	17	80	19	61	66	0	25	7	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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