genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73744786--73744852	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
73744786--73744841	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
73749008--73749157	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73749032--73749215	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73752314--73752379	29	2.3	29	82	7	73	39	3	25	31	1.71
73752791--73752902	40	2.8	40	76	11	111	25	16	25	32	1.97
73759954--73759990	19	2.0	18	89	5	56	51	0	0	48	1.00
73766399--73766470	22	3.2	22	66	21	58	26	15	31	26	1.95
73766398--73766703	46	6.5	47	76	7	219	28	18	27	25	1.98
73766398--73766703	94	3.3	93	85	4	366	28	18	27	25	1.98
73766398--73766616	48	4.7	47	80	6	203	29	20	26	24	1.99
73768342--73768467	49	2.6	49	85	1	153	26	20	27	24	1.99
73776411--73776494	42	2.0	42	83	2	105	23	17	25	33	1.97
73777915--73778195	49	5.9	46	73	12	196	27	18	29	24	1.98
73780535--73780639	42	2.5	43	81	9	119	31	15	22	30	1.95
73783584--73783610	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
73791707--73791742	19	1.9	19	88	5	56	25	19	38	16	1.92
73791810--73791954	28	5.1	27	76	9	114	29	13	31	25	1.94
73803575--73803633	29	2.0	29	96	0	109	42	25	1	30	1.65
73803653--73803684	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
73811681--73811724	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
73815621--73815674	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73819624--73819658	18	1.9	18	100	0	70	11	34	31	22	1.90
73823309--73823404	6	15.7	6	70	20	56	50	15	14	19	1.79
73823320--73823404	37	2.3	37	89	4	127	50	15	14	20	1.77
73823357--73823434	31	2.5	31	89	6	113	52	14	12	20	1.73
73823574--73823635	31	2.0	32	87	3	90	35	20	24	19	1.96
73823881--73824151	27	10.0	27	84	1	319	25	20	19	34	1.96
73823940--73824175	81	2.9	81	81	3	190	26	20	18	34	1.96
73824233--73824522	27	10.7	27	88	0	409	40	6	23	30	1.80
73833478--73833646	46	3.7	45	78	12	182	28	26	20	23	1.99
73833483--73833653	93	1.8	93	92	0	288	28	26	21	23	1.99
73834075--73834135	30	2.0	30	87	0	86	31	26	8	34	1.86
73837192--73837280	41	2.2	40	83	2	106	41	21	16	20	1.90
73848758--73848795	14	2.7	14	91	0	58	60	0	5	34	1.19
73856192--73856431	120	2.0	120	96	0	444	42	2	4	51	1.33
73856346--73856404	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
73856359--73856414	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
73856631--73856683	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
73857043--73857259	49	4.4	49	71	9	170	29	25	18	26	1.98
73860420--73860447	12	2.3	12	100	0	56	28	0	17	53	1.44
73872185--73872297	27	4.2	27	84	3	129	19	21	21	38	1.94
73879860--73879917	26	2.1	27	81	9	73	36	24	12	27	1.91
73880025--73880110	27	3.2	27	85	4	120	18	22	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73885477--73885529	24	2.2	24	83	12	65	41	18	3	35	1.69
73887230--73887319	23	3.8	24	75	7	78	22	24	20	33	1.97
73890096--73890125	15	2.0	15	93	0	51	33	10	20	36	1.86
73890562--73890608	24	1.9	25	82	4	60	34	23	2	40	1.67
73896597--73896781	40	4.6	39	81	5	194	24	22	27	25	2.00
73896650--73896814	79	2.1	79	84	6	210	26	20	27	26	1.99
73897780--73897812	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
73904804--73904988	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
73904857--73905021	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
73913393--73913424	16	2.0	16	93	0	55	34	12	21	31	1.91
73918850--73918876	14	1.9	14	100	0	54	14	7	11	66	1.43
73926823--73926856	10	3.3	10	88	8	50	2	20	17	58	1.51
73931725--73931781	23	2.4	24	85	8	73	31	24	8	35	1.86
73931950--73932014	19	3.4	19	80	4	76	30	4	23	41	1.74
73936925--73936984	28	2.1	29	81	3	68	33	23	3	40	1.71
73939077--73939291	40	5.4	40	93	2	355	25	26	22	25	2.00
73943363--73943513	27	5.6	27	81	4	151	29	28	15	27	1.96
73951424--73951601	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
73951445--73951600	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
73951424--73951600	54	3.3	54	81	6	196	29	28	15	26	1.96
73951424--73951613	82	2.3	83	77	12	212	30	27	15	27	1.96
73963878--73963936	13	4.3	14	72	18	52	71	0	27	1	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73964767--73964791	12	2.1	12	100	0	50	24	0	32	44	1.54
73965097--73965141	1	45.0	1	100	0	90	0	0	0	100	0.00
73968688--73968813	56	2.2	56	84	5	166	26	25	15	31	1.96
73974000--73974303	47	6.5	47	94	0	518	32	8	29	28	1.87
73974422--73974522	36	2.8	37	92	3	168	24	18	29	26	1.98
73975799--73976021	40	5.6	40	90	0	356	24	21	28	26	1.99
73979818--73980073	47	5.5	47	93	0	424	32	8	30	28	1.87
73979818--73980073	93	2.7	94	93	1	424	32	8	30	28	1.87
73979818--73980073	140	1.8	140	92	0	431	32	8	30	28	1.87
73980191--73980326	71	1.9	73	93	3	240	25	18	30	26	1.98
73980191--73980326	35	3.8	36	91	3	220	25	18	30	26	1.98
73987029--73987165	60	2.3	60	82	11	165	27	20	25	26	1.99
73990124--73990232	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
73997993--73998093	11	9.4	11	71	8	82	4	1	30	62	1.27
73997993--73998092	21	4.7	21	86	3	119	5	2	31	62	1.28
73998079--73998125	21	2.2	22	88	3	69	6	2	19	72	1.17
73999081--73999115	14	2.5	14	95	0	61	34	20	5	40	1.76
74001999--74002210	50	4.2	50	88	0	307	25	12	18	42	1.85
74009958--74010269	50	6.2	50	91	0	498	25	12	20	41	1.87
74013812--74013997	40	4.7	40	81	8	202	24	22	27	26	2.00
74013868--74014030	79	2.1	79	82	6	197	26	20	27	25	1.99
74018083--74018138	26	2.1	27	84	12	73	51	12	12	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74020056--74020235	95	1.9	96	87	1	263	38	14	10	36	1.81
74029114--74029322	46	4.5	46	77	10	185	28	18	29	23	1.98
74029975--74030036	31	2.0	31	96	0	115	25	8	20	45	1.79
74038468--74038596	43	3.0	44	79	6	156	24	16	28	30	1.96
74040974--74041017	21	2.1	21	91	0	70	52	6	9	31	1.59
74041545--74041597	27	2.0	25	82	13	63	50	9	18	20	1.74
74045911--74046066	45	3.4	45	78	5	161	21	19	12	46	1.83
74045947--74046067	45	2.7	46	85	5	165	20	20	13	45	1.84
74050949--74051004	24	2.4	23	76	8	60	37	1	0	60	1.07
74052322--74052360	17	2.2	18	90	4	62	43	0	0	56	0.99
74052321--74052367	18	2.6	18	83	10	60	44	0	0	55	0.99
74052321--74052371	19	2.8	18	79	11	59	43	0	0	56	0.99
74054432--74054487	23	2.4	23	93	0	94	35	19	19	25	1.95
74058126--74058310	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
74058127--74058310	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
74058179--74058343	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
74066222--74066406	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
74066222--74066406	40	4.7	40	84	6	225	24	22	27	25	2.00
74066275--74066439	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
74072749--74072793	20	2.2	20	80	0	54	42	6	0	51	1.28
74073340--74073383	22	2.0	22	82	8	54	45	6	0	47	1.29
74073430--74073504	39	1.9	39	86	5	107	62	4	1	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74073670--74073705	17	2.1	17	89	5	54	36	0	5	58	1.22
74073664--74073708	18	2.4	18	82	10	56	37	0	4	57	1.19
74074807--74074863	9	6.3	9	78	8	62	49	0	1	49	1.11
74074800--74074855	9	6.1	9	80	15	62	44	0	0	55	0.99
74074800--74074855	28	2.0	28	89	6	87	44	0	0	55	0.99
74076972--74077002	4	7.5	4	92	7	53	51	0	0	48	1.00
74078681--74078745	13	5.1	13	76	9	71	27	9	24	38	1.86
74078673--74078745	26	2.9	26	72	11	71	27	9	24	38	1.86
74082819--74082927	56	1.9	56	83	3	139	25	16	27	30	1.97
74097485--74097517	17	1.9	17	93	0	57	36	3	0	60	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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