genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21381097--21381154	15	3.6	15	72	17	53	50	1	0	48	1.11
21381045--21381151	48	2.3	47	77	19	109	49	3	1	44	1.31
21388574--21388606	11	2.8	12	86	13	50	15	0	3	81	0.80
21398355--21398432	29	2.7	30	80	5	81	48	3	11	35	1.58
21399167--21399210	21	2.0	22	86	4	63	65	6	0	27	1.17
21400631--21400675	24	2.0	22	82	8	54	44	8	4	42	1.56
21419455--21419534	39	2.1	39	100	0	160	52	10	2	35	1.48
21419916--21419974	20	3.0	20	74	18	61	45	0	0	54	0.99
21419984--21420039	14	4.3	14	70	22	50	50	1	0	48	1.11
21438821--21438925	30	3.4	30	71	16	90	48	11	7	32	1.67
21439608--21439654	6	7.8	6	95	0	85	36	14	48	0	1.44
21452326--21452431	43	2.5	43	83	6	133	24	20	19	34	1.96
21452218--21452393	86	2.0	86	81	4	203	27	17	14	40	1.88
21453253--21453398	37	4.0	37	91	1	233	23	21	17	36	1.94
21453362--21453630	46	5.6	46	83	10	322	28	22	14	34	1.93
21453405--21453624	52	4.3	52	83	8	272	28	22	14	35	1.93
21453379--21453630	98	2.6	98	92	0	423	29	21	15	33	1.94
21455915--21455958	5	9.0	5	85	14	65	38	0	0	61	0.96
21455917--21455953	8	4.8	8	81	18	51	37	0	0	62	0.96
21455915--21455960	13	3.4	13	83	16	58	39	0	0	60	0.97
21455915--21455953	18	2.2	17	90	9	60	38	0	0	61	0.96
21457162--21457192	6	5.2	6	92	0	53	48	16	19	16	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21458315--21458411	5	19.6	5	84	10	128	59	0	4	36	1.16
21459293--21459373	40	2.0	40	85	0	108	35	9	16	38	1.81
21459578--21459671	45	2.1	45	86	4	127	22	18	17	42	1.89
21466424--21466673	41	6.1	41	86	2	306	37	22	20	20	1.94
21466455--21466673	81	2.7	82	86	1	314	36	23	20	19	1.95
21466453--21466673	122	1.8	123	89	1	354	37	23	19	19	1.94
21466453--21466701	122	2.0	122	78	1	257	38	24	18	18	1.92
21466836--21466896	31	1.9	32	86	3	88	24	0	29	45	1.53
21466961--21467085	7	17.6	7	70	14	60	20	0	41	38	1.52
21467902--21467934	6	5.3	6	96	3	57	18	15	0	66	1.25
21474081--21474147	33	2.1	32	83	8	82	31	4	4	59	1.37
21474707--21474810	9	11.9	9	69	20	78	59	0	1	37	1.15
21474713--21474813	17	5.9	17	68	21	68	59	0	1	37	1.15
21474707--21474813	8	12.4	8	76	16	83	58	0	1	38	1.15
21474754--21474833	25	3.2	24	80	10	81	58	2	0	38	1.11
21474827--21474876	21	2.4	22	83	12	70	50	10	4	36	1.55
21475355--21475605	9	27.8	9	64	23	75	31	2	3	61	1.27
21475353--21475473	19	6.4	19	68	10	61	34	3	3	58	1.31
21475476--21475523	25	1.9	25	82	0	60	22	0	6	70	1.09
21475556--21475593	16	2.3	16	86	13	51	23	2	2	71	1.12
21475542--21475593	26	2.0	27	84	3	70	28	1	1	67	1.12
21479984--21480079	38	2.6	38	79	14	101	47	1	14	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21484859--21484939	27	2.9	28	80	10	87	40	30	3	24	1.73
21484877--21484939	27	2.3	27	88	0	90	39	33	4	22	1.75
21485440--21485472	17	1.9	17	93	0	57	33	21	0	45	1.52
21485889--21485921	17	1.9	17	88	11	50	0	18	9	72	1.10
21485920--21485962	22	2.0	23	86	9	63	13	9	2	74	1.16
21486064--21486096	14	2.4	14	94	0	57	39	3	0	57	1.14
21495445--21495494	7	6.9	7	80	8	55	62	0	0	38	0.96
21495445--21495493	15	3.4	14	83	8	62	63	0	0	36	0.95
21513229--21513280	26	2.0	26	96	0	95	11	26	5	55	1.58
21518735--21518924	38	5.0	38	96	0	335	18	22	28	30	1.97
21535678--21535730	27	2.0	27	85	3	72	67	15	3	13	1.35
21537739--21537799	26	2.4	26	81	8	72	40	0	4	54	1.22
21537746--21537801	16	3.4	16	75	15	60	41	0	3	55	1.17
21552469--21552502	12	2.8	12	100	0	68	23	26	26	23	2.00
21552629--21552667	17	2.2	19	90	9	64	10	10	5	74	1.21
21557466--21557628	78	2.1	78	88	2	238	34	10	13	41	1.79
21557490--21557649	78	2.0	78	82	2	194	38	9	14	37	1.78
21567247--21567314	19	3.8	19	71	26	58	41	1	1	55	1.18
21571910--21571934	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21571937--21571978	19	2.4	17	88	11	59	40	2	0	57	1.12
21571936--21571973	9	4.1	9	81	18	51	44	2	0	52	1.14
21572767--21572791	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21572900--21572924	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21576670--21576698	15	1.9	15	100	0	58	48	17	13	20	1.81
21587716--21587776	30	2.0	30	96	0	113	24	22	9	42	1.84
21605959--21606007	21	2.5	19	78	18	55	28	2	12	57	1.46
21606953--21607000	19	2.6	19	86	3	71	22	64	0	12	1.27
21610397--21610426	15	2.1	15	93	6	53	36	23	6	33	1.81
21614212--21614384	46	3.8	45	74	10	161	21	18	30	29	1.97
21614205--21614377	93	1.9	93	91	0	283	21	19	30	28	1.98
21627428--21627478	25	2.0	25	88	0	75	39	5	19	35	1.76
21632096--21632146	25	2.0	25	88	0	75	39	5	19	35	1.76
21638165--21638191	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
21638688--21638712	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
21639980--21640019	19	2.2	18	86	4	53	40	27	12	20	1.88
21652415--21652540	66	1.9	66	91	0	207	30	12	28	28	1.93
21656318--21656852	264	2.0	265	89	2	817	39	11	12	36	1.79
21657312--21657341	15	2.0	15	93	0	51	23	0	3	73	0.98
21663277--21663306	15	2.0	15	93	0	51	73	3	13	10	1.21
21664057--21664097	18	2.3	18	91	0	64	31	26	7	34	1.84
21687145--21687174	16	1.9	15	93	6	51	73	0	0	26	0.84
21688773--21688828	29	1.9	29	96	0	103	28	8	12	50	1.70
21692842--21692889	24	2.0	24	100	0	96	33	8	33	25	1.86
21697509--21697566	26	2.3	25	80	16	66	72	3	5	18	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21703708--21703753	15	2.9	16	75	21	51	56	2	2	39	1.24
21703855--21703895	8	5.1	8	80	19	50	60	0	0	39	0.96
21703849--21703895	24	1.9	24	86	4	67	61	0	2	36	1.08
21703819--21703892	9	8.6	9	73	14	59	62	1	1	35	1.12
21718290--21718354	31	2.1	31	91	0	103	33	10	10	44	1.74
21725857--21725911	24	2.2	25	77	9	58	27	0	5	67	1.12
21730920--21730963	22	2.0	22	82	8	54	27	2	4	65	1.23
21730988--21731014	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21731290--21731359	12	6.1	12	73	25	62	35	1	2	60	1.21
21731278--21731343	34	1.9	35	87	9	100	37	0	1	60	1.06
21731298--21731402	23	4.8	22	80	10	108	35	3	2	58	1.31
21731299--21731404	46	2.3	46	82	9	137	34	3	2	58	1.31
21733645--21733716	17	4.2	16	70	13	63	30	2	2	63	1.22
21733645--21733725	28	3.0	28	68	8	71	33	2	2	61	1.22
21736957--21736997	16	2.6	16	84	0	55	24	4	0	70	1.06
21740902--21740935	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21743735--21743775	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21745681--21745714	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21748803--21748835	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21749032--21749062	13	2.4	13	94	0	53	80	0	3	16	0.83
21772007--21772200	41	4.8	41	94	1	345	26	28	20	24	1.99
21772007--21772200	81	2.4	82	94	0	345	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21772833--21772858	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
21773753--21773791	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
21779801--21779994	41	4.8	41	97	1	363	26	28	21	24	1.99
21779801--21779994	81	2.4	82	97	0	363	26	28	21	24	1.99
21780627--21780652	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
21781544--21781582	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
21782535--21782644	42	2.6	42	85	7	145	31	24	13	30	1.94
21782744--21782892	31	4.8	31	85	3	201	24	26	20	28	1.99
21782868--21782996	50	2.5	51	90	5	199	27	22	14	35	1.93
21785829--21785869	17	2.3	18	87	4	57	73	2	0	24	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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