genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30228544--30228649	36	3.0	35	85	8	135	38	1	2	56	1.25
30228618--30228663	21	2.2	20	85	7	65	34	2	0	63	1.07
30228934--30228984	23	2.3	23	83	9	72	58	0	0	41	0.98
30228937--30228985	22	2.3	22	89	6	75	59	0	0	40	0.98
30229072--30229114	22	1.9	22	85	4	59	74	2	0	23	0.93
30229070--30229116	18	2.3	19	79	20	51	72	2	0	25	0.96
30229136--30229182	21	2.3	21	78	7	53	76	0	8	14	1.01
30230068--30230097	15	2.0	15	93	0	51	70	3	26	0	1.03
30233057--30233099	17	2.5	17	85	14	54	32	4	0	62	1.15
30236674--30236721	21	2.4	19	89	6	69	31	0	0	68	0.90
30236682--30236736	23	2.3	25	81	9	69	36	1	0	61	1.06
30237100--30237130	15	2.1	15	93	0	53	38	3	0	58	1.15
30247642--30247986	71	4.8	70	84	12	406	33	17	17	30	1.94
30247642--30247986	141	2.4	145	84	10	453	33	17	17	30	1.94
30248131--30248422	93	3.0	96	83	9	321	41	16	17	23	1.89
30248292--30248336	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
30249334--30249363	14	2.1	15	93	6	53	0	10	0	90	0.47
30257939--30257987	11	4.4	12	80	12	52	30	0	6	63	1.19
30257954--30258020	21	3.2	22	75	10	61	25	0	5	68	1.12
30257983--30258032	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
30260876--30260930	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
30260992--30261116	25	4.9	25	73	13	85	58	4	6	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30260993--30261086	25	3.9	24	77	15	88	59	5	5	29	1.42
30260994--30261086	47	2.0	46	81	12	109	59	5	5	30	1.42
30260981--30261099	13	9.1	13	66	17	50	59	4	5	30	1.40
30260997--30261203	23	8.6	25	72	14	105	56	4	5	33	1.43
30261070--30261126	25	2.3	25	84	6	71	57	1	5	35	1.31
30261488--30261526	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
30261683--30261749	30	2.2	30	94	0	116	17	5	47	28	1.71
30262629--30262662	18	1.9	18	88	5	52	23	0	2	73	0.97
30267729--30267939	46	4.6	46	87	4	268	40	15	23	20	1.90
30267676--30267895	90	2.5	84	85	7	305	37	15	24	22	1.93
30267676--30267929	136	1.9	128	85	9	341	39	14	24	22	1.91
30268201--30268247	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
30268614--30268654	21	1.9	22	85	5	57	63	4	2	29	1.28
30268647--30268689	17	2.5	18	85	7	63	58	0	6	34	1.25
30268756--30268815	23	2.6	22	75	14	59	65	0	1	33	1.03
30268834--30268868	19	1.9	19	88	11	56	48	0	8	42	1.33
30273877--30273942	22	2.8	24	79	11	73	34	1	0	63	1.04
30275729--30275774	22	2.1	22	95	0	83	19	6	23	50	1.71
30282366--30282396	11	2.9	11	95	4	55	80	0	0	19	0.71
30300544--30300672	39	3.3	39	91	0	195	27	31	20	20	1.98
30304195--30304264	29	2.3	29	80	4	68	48	7	15	28	1.71
30315465--30315515	25	2.0	25	100	0	102	23	15	3	56	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30319043--30319118	29	2.6	29	78	4	80	27	13	11	47	1.77
30319178--30319315	58	2.4	58	81	4	145	44	13	13	28	1.81
30319210--30319351	58	2.4	58	83	0	176	45	14	13	27	1.82
30324198--30324389	64	3.0	64	93	0	321	31	17	13	37	1.89
30324774--30325220	176	2.5	176	87	0	662	29	16	25	28	1.97
30324814--30325083	88	3.1	88	65	14	221	30	16	24	28	1.97
30325379--30325429	13	3.8	13	73	19	50	80	9	0	9	0.91
30325385--30325429	14	3.1	14	78	15	56	82	6	0	11	0.84
30329341--30329517	46	3.8	46	77	5	196	22	20	28	28	1.99
30329339--30329510	92	1.9	93	90	1	274	22	20	29	27	1.99
30331560--30331620	19	3.1	19	77	15	54	67	0	4	27	1.11
30332060--30332094	17	2.1	17	89	5	54	71	0	20	8	1.11
30332050--30332136	36	2.4	36	79	12	90	65	0	24	10	1.23
30332082--30332142	30	2.0	30	81	12	72	60	0	29	9	1.29
30335334--30335382	9	5.1	9	80	7	53	32	2	2	63	1.17
30335334--30335404	11	6.9	10	75	13	56	32	2	4	60	1.30
30339215--30339258	19	2.3	19	100	0	88	31	9	15	43	1.79
30341757--30341788	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
30355481--30355531	9	5.9	9	72	9	52	60	3	0	35	1.15
30355488--30355531	17	2.6	17	100	0	88	61	4	0	34	1.16
30359270--30359874	244	2.5	244	91	1	957	52	4	6	36	1.48
30361697--30361730	6	5.7	6	96	0	50	23	0	23	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30370114--30370236	43	2.9	43	80	4	133	29	27	17	26	1.97
30371523--30371583	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
30372320--30372503	67	2.8	63	77	11	185	28	17	31	22	1.97
30378275--30378539	18	14.3	18	70	14	137	35	13	12	38	1.82
30378354--30378557	72	2.8	70	77	9	207	36	11	12	39	1.79
30378721--30378828	44	2.4	45	90	3	173	41	21	19	17	1.90
30378806--30378830	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
30384235--30384358	43	2.9	43	81	9	128	30	29	14	25	1.95
30389785--30389814	6	5.0	6	91	0	51	20	0	0	80	0.72
30391167--30391216	27	2.0	27	84	11	70	46	10	12	32	1.74
30400997--30401034	16	2.2	18	86	9	53	13	2	7	76	1.11
30402790--30402846	19	2.9	19	92	2	87	45	21	0	33	1.52
30403479--30403509	15	2.1	15	100	0	62	48	25	0	25	1.52
30405098--30405129	13	2.5	13	94	0	55	56	3	0	40	1.15
30407113--30407210	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
30407113--30407203	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
30407113--30407226	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
30407496--30407532	19	2.0	18	89	5	56	29	0	0	70	0.88
30408851--30408876	12	2.2	12	100	0	52	46	15	23	15	1.83
30411327--30411367	21	2.0	20	85	4	55	56	7	2	34	1.40
30411454--30411495	6	7.2	6	94	5	77	83	0	0	16	0.65
30411454--30411495	17	2.4	17	96	4	75	83	0	0	16	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30411487--30411534	23	2.1	23	88	7	71	54	6	4	35	1.45
30411487--30411533	21	2.1	22	88	7	69	55	6	4	34	1.45
30412533--30412565	16	2.1	16	94	0	57	39	0	9	51	1.34
30412613--30412674	21	3.0	20	78	4	61	61	3	3	32	1.28
30412740--30412784	14	3.0	15	77	9	56	28	8	15	46	1.76
30412741--30412787	15	3.1	15	73	8	51	31	8	14	44	1.76
30412923--30412977	21	2.8	20	81	8	67	36	1	10	50	1.48
30413045--30413077	15	2.1	16	88	5	50	39	6	0	54	1.25
30435214--30435250	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
30435525--30435602	32	2.6	29	78	13	86	39	3	10	46	1.56
30438571--30438609	13	3.0	13	82	14	53	35	2	0	61	1.10
30438932--30438977	16	2.8	17	78	15	53	67	6	0	26	1.15
30446216--30446265	25	2.0	25	100	0	100	48	12	16	24	1.79
30455792--30455833	19	2.2	20	91	4	68	35	4	28	30	1.78
30456082--30456111	8	3.8	8	90	0	51	56	13	0	30	1.37
30456082--30456113	16	2.0	16	100	0	64	56	12	0	31	1.37
30456779--30456821	19	2.2	20	91	4	70	34	0	27	37	1.57
30455428--30457370	965	2.0	970	87	3	2791	31	17	18	33	1.94
30457540--30457630	45	2.0	45	95	0	164	47	14	14	24	1.81
30458837--30458878	19	2.2	20	86	4	59	35	0	26	38	1.57
30463422--30463597	46	3.8	46	77	12	189	19	21	29	29	1.98
30463419--30463589	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30473758--30473818	30	2.0	30	87	0	86	26	8	11	54	1.64
30474913--30474955	18	2.5	17	82	10	52	23	2	2	72	1.08
30475296--30475384	42	2.1	42	93	0	151	35	12	14	37	1.84
30486600--30486641	16	2.7	15	82	10	50	26	4	0	69	1.08
30489105--30489142	20	1.9	20	94	0	67	63	13	5	18	1.48
30489771--30489817	21	2.2	21	85	7	60	19	2	6	72	1.17
30490826--30490918	39	2.4	39	89	3	143	39	19	19	21	1.92
30490904--30490930	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
30492067--30492129	33	1.9	32	84	15	85	55	6	0	38	1.25
30495246--30495291	22	2.1	23	84	8	60	65	6	0	28	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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