genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84389945--84390023	25	3.2	25	82	8	92	59	0	1	39	1.06
84391615--84391652	20	1.9	20	89	10	60	39	0	2	57	1.12
84391611--84391673	25	2.5	25	86	0	90	39	0	1	58	1.07
84391667--84391720	9	5.7	10	79	16	53	35	1	0	62	1.06
84391635--84391721	25	3.2	27	78	12	88	39	1	0	59	1.05
84392628--84392693	34	1.9	34	96	0	123	43	7	21	27	1.79
84407304--84407387	43	2.0	43	85	0	114	21	21	29	27	1.98
84409331--84409383	26	2.0	26	100	0	106	26	32	7	33	1.84
84415635--84415716	41	2.0	41	100	0	164	29	36	12	21	1.90
84416490--84417117	201	3.2	199	83	7	678	31	15	10	42	1.80
84421245--84421417	46	3.8	46	74	14	187	21	19	28	29	1.98
84431792--84431825	8	4.2	8	100	0	68	47	11	11	29	1.76
84433123--84433157	18	1.9	18	94	0	61	48	0	0	51	1.00
84433219--84433342	26	4.9	24	76	18	110	45	0	1	51	1.16
84447188--84447242	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
84447304--84447450	25	5.9	24	69	19	79	57	4	6	30	1.45
84447352--84447423	27	2.6	28	73	8	67	61	4	6	27	1.41
84447268--84447459	78	2.4	79	80	5	199	57	4	6	31	1.44
84447386--84447517	23	5.6	24	74	8	101	56	3	5	35	1.38
84447466--84447517	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
84447800--84447838	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
84452850--84453044	101	1.9	101	85	2	266	29	22	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84454542--84454615	19	3.8	19	72	13	62	52	0	6	40	1.28
84457568--84457603	15	2.5	15	90	4	56	36	0	8	55	1.30
84457735--84457766	13	2.5	13	94	0	55	50	0	3	46	1.17
84457793--84457829	18	2.1	18	90	5	58	40	0	21	37	1.54
84474664--84474693	15	2.1	15	93	6	53	76	6	0	16	0.99
84474734--84474778	23	2.0	23	100	0	90	17	13	26	42	1.86
84475360--84475410	24	2.1	24	82	7	59	33	0	3	62	1.13
84487336--84487367	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
84487545--84487576	3	10.7	3	93	0	55	3	0	28	68	1.04
84487542--84487573	15	2.1	15	100	0	64	6	0	25	68	1.12
84487585--84487626	12	3.5	12	90	6	59	33	7	0	59	1.25
84498976--84499223	44	5.7	44	72	10	145	31	16	20	30	1.95
84499499--84499630	44	3.0	44	78	5	140	33	17	18	30	1.94
84500950--84500981	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
84501239--84501907	35	18.3	36	71	12	371	36	15	20	27	1.92
84501315--84501851	73	7.3	73	81	2	547	36	14	21	27	1.92
84502205--84502291	45	1.9	45	88	0	129	40	18	10	31	1.84
84505553--84505595	18	2.3	18	88	4	59	58	13	20	6	1.59
84514755--84514860	35	2.8	37	84	11	135	37	11	16	34	1.84
84514748--84514860	19	5.9	19	83	12	151	38	10	15	35	1.83
84514817--84514883	22	3.0	22	91	2	98	40	5	17	35	1.75
84520034--84520070	18	2.0	18	94	5	65	86	0	8	5	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84521160--84521596	44	9.9	45	71	15	297	28	15	27	29	1.96
84521013--84521375	132	2.8	130	86	3	487	29	14	26	29	1.95
84521161--84521902	176	4.2	176	85	4	998	28	15	26	30	1.96
84521204--84521857	87	7.5	87	79	8	709	27	15	26	30	1.96
84521889--84522050	89	1.8	87	82	5	209	30	19	23	27	1.98
84522083--84522377	78	3.8	78	91	1	466	32	19	23	24	1.98
84522317--84522590	45	6.1	45	75	6	223	32	15	25	25	1.95
84522408--84522576	89	1.9	89	86	0	239	31	13	27	27	1.94
84522941--84523013	19	3.9	19	85	7	114	36	12	15	35	1.84
84522941--84523039	19	5.0	22	78	13	60	36	10	15	38	1.81
84525885--84525932	21	2.3	21	78	7	53	41	45	0	12	1.42
84526050--84526875	141	5.9	141	86	2	980	33	23	16	27	1.95
84527046--84527099	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
84530684--84530741	29	2.0	29	83	6	73	36	6	13	43	1.71
84534463--84534593	47	2.8	48	78	3	140	25	19	15	38	1.91
84535722--84535802	29	2.8	29	83	1	101	33	14	12	39	1.84
84546491--84546608	30	4.1	30	71	21	83	38	0	7	53	1.30
84564564--84564629	34	2.1	31	83	13	82	37	4	13	43	1.65
84564726--84564769	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
84564980--84565020	21	2.0	21	95	0	73	41	21	7	29	1.80
84567831--84567952	46	2.7	46	96	0	226	29	17	31	22	1.96
84575441--84575703	46	5.6	47	74	10	171	30	19	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84581242--84581319	33	2.4	32	80	6	84	33	16	24	25	1.96
84585246--84585286	19	2.1	19	86	4	55	51	7	0	41	1.30
84585323--84585367	19	2.3	19	92	3	72	31	2	0	66	1.04
84586443--84586476	17	2.1	15	89	10	50	47	0	0	52	1.00
84586617--84586660	22	2.0	22	95	0	79	9	20	27	43	1.82
84586728--84586870	43	3.4	42	86	6	198	21	30	18	28	1.97
84586728--84586932	85	2.4	86	81	6	229	25	30	17	26	1.97
84586962--84587005	22	1.9	22	86	9	61	38	0	4	56	1.20
84590744--84590837	49	1.9	49	93	0	161	43	34	2	20	1.64
84590945--84590989	21	2.1	21	88	8	65	35	42	0	22	1.54
84591627--84591710	21	4.0	21	71	11	57	36	36	2	23	1.68
84591709--84591740	15	2.1	15	94	0	55	40	34	0	25	1.56
84592311--84592506	41	4.8	41	92	0	311	32	26	21	19	1.97
84592558--84592683	40	3.2	40	78	8	132	21	17	20	40	1.91
84593585--84593626	20	2.1	20	86	8	59	57	2	11	28	1.47
84594541--84594602	26	2.3	27	89	10	92	64	0	0	35	0.94
84594549--84594586	15	2.4	16	82	13	51	68	0	0	31	0.90
84597483--84597578	27	3.6	27	78	0	93	44	11	19	23	1.83
84599035--84599069	15	2.3	15	95	0	61	31	31	11	25	1.91
84600961--84601190	64	3.6	64	78	5	205	24	23	18	33	1.97
84603385--84603423	6	6.5	6	96	0	69	17	0	46	35	1.49
84606181--84606239	28	2.1	28	100	0	118	38	6	27	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84608574--84608642	11	6.3	11	70	18	54	69	2	24	2	1.16
84609507--84609638	40	3.4	38	76	7	131	25	18	25	31	1.98
84612679--84612784	38	2.8	38	85	0	149	32	19	17	30	1.96
84614176--84614213	20	1.9	19	89	5	58	57	0	21	21	1.40
84624990--84625020	8	3.9	8	100	0	62	51	12	9	25	1.70
84627091--84627129	19	2.0	20	85	5	53	33	10	0	56	1.33
84628097--84628136	20	2.0	20	90	9	64	65	0	0	35	0.93
84628231--84628276	24	2.0	24	87	8	69	28	10	0	60	1.30
84629323--84629404	6	13.0	6	70	10	56	3	58	1	36	1.24
84629349--84629404	20	2.8	20	84	10	78	3	60	0	35	1.14
84629353--84629411	10	5.9	10	75	15	59	3	57	0	38	1.15
84629351--84629414	20	3.2	20	82	8	76	3	56	0	40	1.15
84633277--84633381	31	3.4	31	75	7	124	53	8	1	36	1.43
84633271--84633388	61	2.0	60	93	1	200	51	9	1	37	1.44
84634805--84634871	21	3.0	22	75	16	66	17	10	19	52	1.73
84638117--84638290	31	5.7	31	89	2	198	28	15	29	27	1.96
84638114--84638319	62	3.4	60	83	5	215	30	15	28	26	1.96
84638114--84638321	29	6.9	30	86	4	196	29	15	27	26	1.96
84638114--84638319	58	3.4	60	81	7	217	30	15	28	26	1.96
84638210--84638334	29	4.3	29	91	0	178	32	12	28	26	1.92
84638324--84638555	33	7.0	33	90	0	347	34	8	20	36	1.83
84638324--84638555	99	2.3	99	93	0	383	34	8	20	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84664316--84664417	21	4.9	21	79	0	105	33	18	12	35	1.89
84664571--84664608	17	2.2	17	95	0	67	26	18	15	39	1.91
84665773--84665838	27	2.4	27	80	5	71	25	9	36	28	1.87
84666515--84666570	3	18.7	3	78	7	51	26	1	39	32	1.67
84669828--84669890	31	2.0	31	81	6	74	30	9	15	44	1.79
84671088--84671258	18	9.6	18	88	5	249	36	13	11	38	1.81
84671088--84671258	35	4.8	35	94	2	288	36	13	11	38	1.81
84671935--84672275	166	2.1	166	94	1	603	27	23	19	30	1.98
84671729--84672482	373	2.0	372	93	0	1276	28	23	18	30	1.98
84672101--84672540	207	2.1	207	92	0	729	28	23	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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