genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19750635--19750699	20	3.1	19	73	25	58	47	0	1	50	1.10
19750633--19750675	11	4.2	10	82	11	52	48	0	2	48	1.14
19750650--19750701	26	2.1	24	85	7	68	48	0	0	51	1.00
19750635--19750703	24	3.1	21	79	16	77	46	0	1	52	1.09
19750633--19750704	22	3.2	22	80	16	85	45	0	1	52	1.09
19750642--19750753	58	2.0	56	81	13	131	42	0	1	54	1.17
19750700--19750754	22	2.6	21	82	8	58	38	1	1	58	1.20
19750820--19750858	14	2.8	14	100	0	78	35	0	5	58	1.20
19751687--19751758	20	3.6	20	71	14	67	37	6	2	52	1.43
19751685--19751769	40	2.1	41	91	2	136	37	5	4	51	1.47
19751694--19751780	40	2.2	40	85	4	113	37	5	4	51	1.46
19751833--19751977	71	2.0	72	87	1	211	48	3	4	42	1.41
19754140--19754221	30	2.7	30	86	0	110	25	26	21	25	2.00
19758093--19758135	22	1.9	22	90	4	68	55	0	0	44	0.99
19758078--19758163	30	2.9	30	80	11	88	59	0	0	40	0.97
19758131--19758156	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
19758191--19758270	24	3.3	24	84	5	90	57	3	0	38	1.17
19758220--19758260	13	3.3	13	76	13	50	63	4	0	31	1.15
19758326--19758379	17	3.1	18	76	10	58	42	1	1	53	1.22
19758373--19758477	33	3.2	33	80	10	99	54	1	2	40	1.26
19758529--19758579	5	10.0	5	76	19	52	80	0	3	15	0.86
19758620--19758680	21	3.0	21	83	7	72	55	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19758698--19758731	2	17.5	2	87	6	52	50	2	0	47	1.16
19759389--19759430	20	2.0	22	90	9	70	54	2	0	42	1.13
19759411--19759481	26	2.9	26	76	14	80	56	1	0	42	1.08
19759389--19759481	26	4.0	24	74	18	74	55	2	0	41	1.11
19759396--19759492	46	2.1	46	81	11	110	58	1	0	40	1.05
19762616--19762803	38	4.9	38	84	2	207	34	26	19	19	1.96
19762616--19762790	76	2.3	78	86	2	237	35	26	18	19	1.95
19776276--19776451	46	3.8	45	78	14	198	20	18	29	31	1.97
19776273--19776444	93	1.8	93	93	2	301	20	19	29	30	1.97
19778216--19778246	4	7.5	4	96	3	53	77	0	0	22	0.77
19781683--19781813	21	6.3	21	79	5	133	48	17	20	13	1.81
19781683--19781813	63	2.1	61	84	2	163	48	17	20	13	1.81
19782115--19782268	76	2.0	76	94	0	272	34	13	7	44	1.73
19799286--19799346	26	2.3	27	83	8	72	26	8	1	63	1.31
19799590--19799657	25	2.4	27	79	18	77	30	4	2	61	1.30
19799470--19799609	3	46.3	3	76	13	110	30	8	0	60	1.31
19799518--19799657	65	2.2	65	81	5	158	30	7	2	60	1.35
19799954--19800013	9	7.2	8	79	20	54	35	6	0	58	1.24
19799957--19800013	6	9.5	6	82	5	62	35	7	0	57	1.26
19799957--19800013	15	3.8	15	83	4	62	35	7	0	57	1.26
19800084--19800126	19	2.3	17	84	15	50	18	11	2	67	1.32
19800094--19800157	18	3.5	18	75	10	58	20	12	1	65	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19809993--19810025	16	2.1	16	100	0	66	12	39	12	36	1.80
19813934--19814000	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
19813961--19814047	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
19813959--19814087	15	8.9	14	72	18	70	65	1	6	25	1.26
19813980--19814087	29	3.8	28	73	22	73	64	1	7	25	1.30
19818716--19818888	46	3.7	46	77	13	192	31	28	18	21	1.97
19818723--19818894	93	1.8	93	91	0	281	30	29	19	20	1.97
19820544--19820593	9	5.6	9	79	9	57	26	8	24	42	1.82
19825493--19825537	19	2.4	18	82	13	56	20	15	2	62	1.43
19827036--19827176	43	3.3	43	89	0	219	21	31	21	24	1.98
19828218--19828469	138	1.8	138	94	1	452	49	13	9	27	1.73
19830755--19830797	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
19830760--19830846	22	4.0	22	67	7	52	45	31	0	22	1.53
19830821--19830846	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
19830943--19830984	15	2.9	15	82	3	50	40	30	0	28	1.57
19831251--19831337	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
19831561--19831779	41	5.4	41	89	1	307	20	22	22	34	1.97
19831561--19831808	82	3.0	81	84	2	293	20	22	22	34	1.97
19832710--19832745	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
19832697--19832737	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
19832884--19832995	38	2.8	40	72	5	102	30	26	19	23	1.98
19833234--19833272	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19834589--19834634	5	8.6	5	81	13	56	58	2	0	39	1.10
19834588--19834646	14	4.5	12	78	19	64	55	1	0	42	1.09
19836490--19836570	26	3.2	26	94	3	146	30	6	27	35	1.81
19841186--19841227	20	2.2	20	91	4	68	52	14	2	30	1.54
19841963--19842004	22	1.9	22	85	9	59	66	11	7	14	1.43
19842971--19842996	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
19846771--19846949	67	2.8	65	76	9	186	29	17	29	23	1.97
19850509--19850906	132	3.0	132	86	0	546	27	17	19	36	1.94
19852005--19852070	20	3.1	20	69	23	62	39	1	4	54	1.30
19852702--19852735	17	1.9	17	88	5	50	52	5	2	38	1.41
19870462--19870500	18	2.0	18	85	14	51	61	0	2	35	1.10
19874727--19874810	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
19874731--19874824	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
19875014--19875100	21	4.1	21	81	7	104	17	20	24	37	1.93
19875014--19875100	44	2.0	41	84	6	111	17	20	24	37	1.93
19876181--19876330	46	3.1	46	72	14	140	25	15	28	30	1.96
19889008--19889118	43	2.6	43	82	7	136	36	25	14	23	1.93
19890442--19890615	46	3.8	46	76	17	171	21	18	28	31	1.97
19893585--19893611	11	2.5	11	100	0	54	81	0	0	18	0.69
19908045--19908084	21	1.9	21	94	0	71	62	0	0	37	0.95
19909419--19909458	17	2.3	18	86	4	55	40	0	5	55	1.22
19909434--19909472	21	1.9	20	85	15	53	35	2	2	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19912495--19912535	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19917138--19917448	3	103.0	3	74	9	231	30	6	2	60	1.36
19917455--19917506	25	2.1	25	86	13	72	25	9	1	63	1.35
19917486--19917520	17	2.1	17	88	0	52	25	2	8	62	1.38
19917499--19917556	26	2.3	27	82	17	79	32	5	6	55	1.49
19919443--19919613	87	2.0	88	91	1	281	34	29	7	28	1.85
19919665--19919716	27	1.9	27	100	0	104	36	7	28	26	1.84
19923143--19923183	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19925084--19925124	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19937459--19937492	12	2.8	12	100	0	68	8	50	32	8	1.64
19947978--19948002	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
19953218--19953285	20	3.3	19	76	15	64	50	4	0	45	1.22
19953497--19953534	20	1.9	20	84	10	51	44	2	0	52	1.14
19953872--19953905	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
19955090--19955122	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19959403--19959445	22	2.0	22	100	0	86	37	9	32	20	1.85
19974637--19974749	38	2.9	38	85	2	136	23	23	25	26	2.00
19974653--19974760	38	2.8	38	87	0	144	21	23	26	28	1.99
19974753--19974907	43	3.6	43	93	0	265	12	25	31	30	1.92
19976441--19976544	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
19980147--19980259	38	2.9	38	85	2	136	23	24	25	25	2.00
19980175--19980270	38	2.5	38	86	0	120	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19980263--19980417	43	3.6	43	96	0	283	10	24	34	30	1.89
19988840--19988881	13	3.4	12	81	12	50	21	0	2	76	0.90
19989417--19989441	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
19989600--19989660	9	6.8	9	96	0	95	39	27	9	22	1.86
19989876--19989901	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
19990670--19990703	6	5.7	6	92	0	59	64	2	0	32	1.08
19998583--19998613	15	2.1	15	93	0	53	51	9	25	12	1.70
20005005--20005094	43	2.1	43	95	0	162	40	8	10	41	1.70
20006228--20006263	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
20008708--20008902	95	2.1	95	100	0	390	40	16	9	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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