genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9878756--9879662	479	1.9	479	96	0	1672	33	21	12	32	1.91
9880887--9880957	34	2.1	34	100	0	142	23	16	21	38	1.93
9881008--9881256	124	2.0	124	97	0	471	31	17	22	28	1.96
9883342--9883384	3	14.3	3	95	0	68	0	37	0	62	0.95
9888864--9888907	17	2.4	19	85	11	56	22	4	0	72	1.02
9889026--9889077	20	2.6	19	85	11	61	59	0	3	36	1.16
9889031--9889103	30	2.4	29	82	13	85	60	1	5	32	1.28
9889041--9889125	31	2.8	31	79	12	86	62	2	4	30	1.28
9889113--9889182	34	2.2	31	87	7	95	60	1	5	32	1.29
9889113--9889182	33	2.2	32	84	7	88	60	1	5	32	1.29
9889159--9889206	10	4.8	10	80	10	53	64	0	0	35	0.94
9889156--9889206	20	2.5	20	83	0	75	66	0	0	33	0.92
9889405--9889461	20	2.8	21	84	5	82	33	8	1	56	1.41
9889467--9889541	21	3.6	20	75	12	62	38	5	2	53	1.38
9889411--9889586	20	8.9	20	68	15	80	34	6	2	56	1.39
9904140--9904513	42	8.9	42	85	3	412	31	20	20	27	1.98
9904838--9904908	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
9906847--9907305	7	53.0	9	62	33	81	32	0	20	46	1.53
9906892--9907315	26	17.1	26	88	9	568	32	0	20	47	1.53
9906892--9907315	197	2.1	198	96	1	780	32	0	20	47	1.53
9907352--9907575	73	3.1	73	98	1	439	41	6	1	50	1.37
9907437--9907558	41	3.2	41	64	21	118	41	5	1	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9907414--9907540	40	3.3	41	67	22	123	41	5	0	51	1.30
9907352--9907572	74	3.0	74	99	0	435	40	6	1	51	1.37
9907722--9907792	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
9907721--9907792	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
9907764--9907987	40	5.5	40	91	5	351	46	2	9	41	1.51
9907764--9907987	84	2.8	81	91	6	364	46	2	9	41	1.51
9907764--9907992	124	1.8	124	92	1	388	46	2	10	41	1.51
9907881--9908070	57	3.6	57	74	22	234	43	1	11	44	1.49
9907962--9908061	17	5.5	17	79	18	103	39	1	13	47	1.49
9907738--9908070	124	2.8	121	78	12	357	45	2	9	42	1.50
9911306--9911506	84	2.4	83	92	2	321	29	17	19	32	1.95
9911891--9911916	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
9912529--9913231	112	6.3	112	95	0	1210	26	29	19	25	1.98
9913179--9913295	40	2.9	40	93	0	189	20	30	15	33	1.94
9913428--9913558	52	2.5	52	87	4	176	28	15	26	29	1.96
9917026--9917058	18	1.9	17	88	11	50	51	3	6	39	1.42
9927557--9927597	21	2.0	21	90	0	64	26	21	29	21	1.99
9929112--9929155	4	11.0	4	100	0	88	25	0	25	50	1.50
9930241--9930356	21	5.8	18	70	18	70	34	1	2	61	1.20
9930682--9930713	15	2.1	16	94	5	57	75	0	0	25	0.81
9938537--9938694	25	6.5	24	81	7	176	21	25	18	34	1.96
9938610--9938736	22	5.5	22	73	11	87	19	24	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9938611--9938736	47	2.7	47	87	3	186	19	24	19	37	1.94
9939736--9939893	79	2.0	79	100	0	316	44	8	15	31	1.77
9942136--9942170	17	2.1	17	88	0	52	0	28	0	71	0.86
9942146--9942171	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
9942139--9942208	31	2.2	31	82	5	77	1	31	5	61	1.28
9969452--9969525	38	1.9	38	88	0	112	32	22	8	36	1.84
9973271--9973301	15	2.1	15	100	0	62	38	12	16	32	1.86
9979680--9979720	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
9991814--9991847	18	1.9	17	100	0	59	58	0	0	41	0.98
9994554--9994596	18	2.4	18	80	7	52	53	2	4	39	1.34
10001840--10001865	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
10011108--10011152	23	2.0	23	83	8	58	24	8	8	57	1.57
10017584--10017615	12	2.7	12	90	0	55	40	9	0	50	1.35
10028033--10028154	60	2.0	60	88	0	181	31	29	12	26	1.92
10028158--10028609	240	1.9	243	89	1	703	38	11	11	38	1.78
10035777--10035807	13	2.4	13	94	0	53	38	9	3	48	1.52
10039159--10039357	52	3.9	52	82	5	239	25	16	28	29	1.97
10042586--10042665	15	5.4	15	77	7	83	10	16	13	60	1.59
10042577--10042656	30	2.7	30	78	7	90	11	16	15	57	1.65
10042581--10042665	45	1.9	44	87	2	125	9	15	16	58	1.61
10045163--10045322	46	3.2	48	77	11	155	26	15	28	30	1.95
10047859--10047951	18	5.2	18	85	0	123	29	21	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10049741--10049834	21	4.5	21	89	0	134	35	26	23	14	1.94
10051282--10051317	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
10056838--10057420	246	2.4	247	86	7	769	44	11	7	37	1.68
10061157--10061196	21	2.0	20	85	14	55	50	32	0	17	1.47
10084676--10084900	107	2.1	106	94	0	387	54	4	5	35	1.45
10106869--10106987	41	3.0	39	74	9	116	26	15	23	34	1.94
10106872--10106987	37	2.9	40	74	10	112	26	15	23	34	1.95
10106922--10107011	40	2.3	38	79	5	92	26	16	24	32	1.96
10114271--10114380	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
10117525--10117609	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
10117677--10117763	44	2.0	44	100	0	174	25	25	9	40	1.85
10117691--10117885	47	4.3	46	83	5	175	27	28	7	35	1.85
10117680--10117885	94	2.2	89	79	8	218	27	28	8	35	1.86
10120606--10120685	39	2.1	39	100	0	160	30	5	22	42	1.75
10130865--10130890	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
10132262--10132551	149	1.9	149	92	1	492	25	19	24	31	1.98
10133861--10133891	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
10145787--10145817	15	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.46
10145790--10145818	8	3.8	8	95	4	51	0	6	0	93	0.36
10153413--10153442	12	2.5	12	94	0	51	16	30	20	33	1.94
10156092--10156145	27	2.0	26	85	3	72	70	7	11	11	1.34
10158711--10158768	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10158712--10158769	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
10158714--10158769	17	3.4	17	85	9	71	42	0	1	55	1.10
10160084--10160122	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
10160362--10160496	39	3.4	39	72	6	103	22	20	28	28	1.98
10160619--10160659	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
10164280--10164359	38	2.1	39	83	6	101	50	12	6	31	1.65
10164886--10165311	114	3.7	114	78	4	466	30	19	23	26	1.98
10165102--10165504	188	2.1	188	93	0	689	32	18	22	27	1.97
10165284--10165634	113	3.1	112	79	8	406	30	19	23	26	1.98
10165656--10165705	17	3.0	17	94	2	84	34	0	16	50	1.45
10165745--10165821	7	11.0	7	73	5	57	18	1	35	45	1.58
10167746--10167785	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
10169128--10169426	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
10169145--10169308	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
10169119--10169268	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
10169148--10169459	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
10169245--10169369	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
10169140--10169442	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
10169294--10169409	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
10169338--10169459	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
10169431--10169501	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
10169431--10169502	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10169648--10169797	73	2.1	73	100	0	300	50	1	6	41	1.37
10169649--10169765	38	3.2	38	67	16	118	53	1	7	36	1.40
10169838--10170064	19	12.5	19	68	23	100	46	19	0	32	1.56
10169853--10169974	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
10169834--10170239	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
10170011--10170141	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
10169958--10170239	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
10170231--10170284	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
10170205--10170270	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
10170120--10170284	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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