genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  62  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22047764--22048104	71	4.8	71	82	7	352	34	22	15	27	1.95
22047764--22048104	143	2.4	140	83	6	425	34	22	15	27	1.95
22048096--22048237	72	2.0	73	90	1	223	39	23	14	22	1.91
22048385--22048793	75	5.5	74	86	8	507	31	20	15	32	1.94
22048385--22048793	144	2.8	146	83	9	519	31	20	15	32	1.94
22060529--22060560	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
22060587--22060627	13	3.2	13	89	6	57	43	2	0	53	1.13
22060619--22060675	22	2.6	21	83	10	62	36	10	1	50	1.47
22060635--22060694	19	3.0	20	81	15	63	31	11	3	53	1.53
22060872--22060940	21	3.4	21	69	15	63	55	8	1	34	1.40
22061365--22061420	21	2.7	21	83	5	69	41	37	12	8	1.74
22061422--22061494	21	3.5	21	79	7	94	27	41	10	20	1.86
22061413--22061510	42	2.3	42	94	0	169	29	38	11	20	1.87
22061413--22061510	21	4.7	21	67	17	69	29	38	11	20	1.87
22062518--22062589	3	24.3	3	90	2	92	2	34	0	62	1.10
22062961--22063001	20	2.1	19	86	4	55	41	0	0	58	0.98
22066427--22066508	42	1.9	43	92	2	139	46	17	9	26	1.79
22069409--22069591	99	1.8	99	87	2	269	32	8	10	47	1.69
22069496--22069663	72	2.3	72	82	2	212	33	8	13	44	1.74
22076560--22076587	6	4.7	6	100	0	56	0	46	0	53	1.00
22083937--22083975	20	2.0	20	90	10	62	51	15	10	23	1.73
22084712--22084757	22	2.1	22	88	4	67	39	4	6	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22102641--22102677	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
22103771--22103804	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
22104118--22104268	72	2.1	72	82	8	182	43	1	18	37	1.59
22104293--22104332	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
22104686--22104767	21	3.9	21	82	4	85	18	23	21	36	1.95
22105052--22105084	13	2.5	13	90	0	57	66	6	12	15	1.42
22117394--22117425	6	5.3	6	96	0	55	34	0	46	18	1.49
22126366--22126439	20	3.8	20	75	12	73	66	8	1	24	1.27
22126590--22126630	19	2.1	19	86	4	55	68	4	0	26	1.10
22127079--22127135	19	3.0	20	76	7	64	24	0	8	66	1.20
22130509--22130586	31	2.5	31	83	4	95	25	19	12	42	1.87
22139046--22139076	6	5.2	6	96	0	53	83	3	0	12	0.75
22145016--22145044	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
22148436--22148613	58	3.1	57	80	4	198	28	16	15	39	1.89
22154782--22154811	11	2.9	10	90	9	51	86	0	0	13	0.57
22156124--22156180	26	2.2	26	96	0	105	7	8	15	68	1.37
22162146--22162253	56	1.9	56	98	0	207	21	13	14	50	1.78
22175464--22175512	25	2.0	25	83	0	62	67	4	8	20	1.34
22176501--22176535	17	2.0	18	94	5	63	34	11	8	45	1.71
22178757--22178810	19	2.6	20	77	11	56	40	1	5	51	1.36
22180550--22180580	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
22184260--22184327	34	2.0	34	100	0	136	35	8	11	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22190785--22190857	35	2.1	35	94	0	128	50	5	5	38	1.49
22204338--22204379	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22204213--22204510	120	2.5	120	92	3	501	42	3	4	50	1.38
22204467--22204508	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22204458--22204499	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22204442--22204758	157	2.0	157	94	1	555	48	5	3	43	1.41
22204810--22204900	45	2.0	44	85	2	119	35	28	5	30	1.80
22204881--22204948	16	4.2	16	92	0	109	35	35	0	29	1.58
22207364--22207400	19	1.9	19	94	0	65	51	8	0	40	1.32
22209280--22209305	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
22212646--22212680	5	6.8	5	90	3	52	80	2	17	0	0.84
22212639--22212683	16	2.8	16	83	13	56	77	4	17	0	0.92
22220666--22220717	11	4.4	11	78	21	52	5	9	5	78	1.07
22220666--22220718	12	4.3	12	80	17	56	5	9	5	79	1.06
22223658--22223682	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
22225161--22225204	20	2.2	20	87	0	61	34	2	9	54	1.44
22235810--22235843	16	2.1	16	94	0	59	64	0	2	32	1.08
22240518--22240714	102	2.0	101	89	3	308	22	24	18	34	1.96
22242494--22242532	16	2.4	16	100	0	78	33	20	17	28	1.96
22250925--22250991	31	2.2	30	79	10	73	31	14	4	49	1.64
22260605--22260669	33	2.0	33	100	0	130	30	33	15	20	1.93
22264648--22264697	25	2.0	25	100	0	100	36	8	16	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22268279--22268317	19	2.1	19	95	0	69	17	28	10	43	1.82
22275714--22276036	46	7.0	46	86	1	380	40	13	24	21	1.89
22277958--22277995	17	2.2	18	90	4	60	57	0	10	31	1.32
22283282--22283365	25	3.4	24	73	14	89	35	19	1	44	1.58
22283712--22283845	35	3.6	39	75	12	124	32	21	13	32	1.92
22287287--22287362	38	2.0	40	86	5	111	35	9	14	40	1.78
22304507--22304540	17	2.1	17	88	5	52	44	5	5	44	1.52
22323092--22323158	22	3.0	22	74	10	57	43	1	10	44	1.47
22324932--22324989	29	2.0	29	100	0	116	44	20	0	34	1.52
22327764--22327828	19	2.9	23	84	13	75	67	6	0	26	1.13
22327906--22327944	10	3.5	11	89	6	53	64	5	2	28	1.28
22329260--22329411	65	2.3	65	89	0	223	21	20	23	34	1.96
22329458--22329517	26	2.3	26	82	0	75	21	18	20	40	1.92
22331724--22331775	26	2.0	26	96	0	95	42	17	7	32	1.77
22332815--22332839	6	4.2	6	100	0	50	48	36	0	16	1.46
22337701--22337749	19	2.6	18	80	9	53	71	6	2	20	1.18
22339455--22339508	27	2.0	27	96	0	99	16	0	27	55	1.42
22349387--22349412	9	2.9	9	100	0	52	34	7	0	57	1.27
22356441--22356538	36	2.9	36	78	13	109	65	4	5	25	1.31
22360271--22360327	26	2.2	26	96	0	105	40	24	8	26	1.84
22360436--22360783	87	4.0	87	88	1	491	13	26	14	45	1.83
22371017--22371060	11	3.7	11	80	14	52	77	6	9	6	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22374868--22374927	31	2.0	31	83	9	79	40	8	5	46	1.56
22375529--22375607	3	26.3	3	97	0	149	0	31	0	68	0.90
22380233--22380263	16	1.9	16	93	0	53	54	0	12	32	1.38
22391105--22391323	109	2.0	109	100	0	438	41	11	14	32	1.82
22397106--22397152	13	3.4	14	77	11	53	34	0	0	65	0.93
22409750--22409788	20	2.0	20	90	10	62	23	10	15	51	1.73
22417148--22417175	6	4.7	6	100	0	56	53	0	46	0	1.00
22423987--22424285	72	4.1	72	78	3	224	45	14	6	33	1.70
22427301--22427383	43	1.9	43	95	0	148	27	9	16	45	1.79
22431462--22431533	3	24.3	3	90	2	92	62	0	34	2	1.10
22432595--22432667	21	3.5	21	76	14	87	20	10	41	27	1.86
22432579--22432676	42	2.3	42	94	0	169	20	11	38	29	1.87
22432669--22432724	21	2.7	21	83	5	69	8	12	37	41	1.74
22433151--22433219	21	3.4	21	69	15	63	34	1	8	55	1.40
22433357--22433382	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22433615--22433645	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
22437950--22437999	15	3.3	15	82	0	64	38	34	10	18	1.84
22438214--22438379	89	1.9	89	87	3	246	43	14	12	30	1.82
22438338--22438460	48	2.6	48	89	0	183	47	16	11	25	1.80
22438514--22438661	6	23.7	6	73	10	73	56	13	9	20	1.65
22438508--22438613	42	2.5	41	85	8	135	56	12	7	23	1.61
22439187--22439255	31	2.3	31	82	7	79	24	14	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22461707--22461771	32	2.1	30	88	5	94	26	3	13	56	1.52
22465009--22465064	28	2.0	28	96	0	103	35	16	21	26	1.94
22467691--22467768	34	2.3	34	82	4	95	30	10	15	43	1.80
22469861--22469952	26	3.2	30	79	20	99	58	0	4	36	1.18
22469871--22469952	26	3.1	26	92	3	146	60	0	3	35	1.14
22469930--22469964	18	1.9	18	100	0	70	71	0	5	22	1.07
22469879--22469963	26	3.2	26	83	8	109	64	0	4	30	1.14
22469879--22469953	27	2.8	27	91	2	107	64	0	4	32	1.12
22487835--22487889	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
22488000--22488044	22	2.1	22	87	4	65	62	0	11	26	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318