genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14288459--14288569	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
14289332--14289360	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
14297557--14297597	22	1.9	22	90	5	66	46	4	9	39	1.58
14298263--14298355	18	5.2	18	88	0	141	29	24	15	31	1.95
14315623--14315673	25	2.0	25	84	3	66	64	3	0	31	1.11
14315646--14315682	9	3.9	10	86	6	51	62	0	0	37	0.96
14329611--14329653	21	2.0	21	86	8	61	55	0	0	44	0.99
14329710--14329768	27	2.1	28	84	9	77	49	0	1	49	1.11
14330037--14330305	20	13.4	20	73	11	178	43	13	5	37	1.69
14330037--14330306	60	4.5	60	77	7	219	42	13	5	37	1.69
14330037--14330308	40	6.8	40	78	7	207	42	13	5	37	1.69
14329998--14330349	20	17.6	20	72	10	123	40	13	6	39	1.70
14330408--14330471	20	3.2	20	79	0	74	45	14	3	37	1.60
14330569--14330644	40	1.9	40	94	0	134	36	10	6	46	1.65
14330569--14330654	40	2.2	40	89	0	127	36	11	6	45	1.68
14332103--14332164	25	2.7	23	77	7	63	29	1	4	64	1.23
14334121--14334156	11	3.2	11	88	7	54	41	19	0	38	1.52
14334251--14334294	20	2.2	20	83	0	52	34	13	4	47	1.63
14334291--14334332	20	2.1	20	86	8	59	45	11	2	40	1.54
14334235--14334440	107	1.9	107	80	7	240	41	11	4	43	1.60
14334417--14334456	21	1.9	21	89	0	62	45	12	0	42	1.42
14342400--14342425	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14343258--14343293	15	2.4	15	95	0	63	55	0	11	33	1.35
14349836--14349863	13	2.2	13	100	0	56	21	14	7	57	1.61
14375394--14375458	32	2.1	30	86	11	87	58	10	4	26	1.51
14377910--14378031	62	2.0	62	85	3	167	54	10	6	27	1.59
14379987--14380012	5	5.2	5	100	0	52	61	0	19	19	1.35
14387159--14387203	23	2.0	24	91	8	76	60	8	0	31	1.28
14395126--14395191	29	2.2	30	83	2	80	36	0	3	60	1.12
14395967--14396028	29	2.1	29	82	14	74	41	1	3	53	1.27
14397159--14397189	4	7.5	4	92	7	53	22	0	0	77	0.77
14397159--14397195	13	2.8	13	92	8	58	24	0	0	75	0.80
14397213--14397263	25	2.1	24	85	10	68	41	1	3	52	1.31
14397244--14397298	22	2.6	21	82	8	58	38	1	1	58	1.20
14397671--14397727	22	2.8	20	78	19	55	35	0	1	63	1.05
14397680--14397728	22	2.2	23	85	10	66	32	0	2	65	1.04
14397812--14397860	21	2.4	21	81	15	59	36	0	0	63	0.95
14397810--14397853	9	4.4	9	81	18	52	31	0	0	68	0.90
14397817--14397860	20	2.1	21	84	12	56	36	0	0	63	0.95
14397842--14397874	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
14398084--14398139	22	2.6	23	80	11	64	60	1	3	33	1.24
14398193--14398225	10	3.7	9	88	11	50	75	0	3	21	0.93
14399649--14399678	7	4.3	7	100	0	60	30	43	0	26	1.55
14402177--14402224	24	2.0	25	84	12	64	22	2	4	70	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14405174--14405214	22	1.9	21	85	5	55	24	0	36	39	1.56
14405173--14405219	21	2.2	21	77	7	51	27	0	31	40	1.57
14405460--14405821	126	2.9	125	87	1	521	36	15	16	30	1.91
14406635--14406659	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
14407791--14407956	35	4.6	38	81	12	181	30	10	24	34	1.89
14407791--14407960	75	2.4	75	83	8	203	31	10	24	34	1.89
14423284--14423326	11	3.9	11	81	9	52	41	0	30	27	1.56
14424106--14424131	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
14424115--14424161	24	1.9	25	86	4	69	31	0	6	61	1.21
14426873--14426917	22	2.1	21	84	8	56	31	0	0	68	0.89
14426873--14426939	25	2.8	25	77	4	66	37	0	0	62	0.95
14426972--14427035	27	2.4	27	94	0	119	15	34	35	14	1.88
14428480--14428507	11	2.5	11	100	0	56	57	7	0	35	1.26
14429563--14429625	3	20.7	3	77	9	56	1	33	0	65	1.03
14429861--14429900	17	2.3	17	86	4	53	65	0	0	35	0.93
14430278--14430338	22	2.7	22	77	10	52	47	6	1	44	1.39
14447104--14447139	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
14447091--14447131	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
14447246--14447388	39	3.7	38	74	9	103	28	27	19	24	1.99
14447628--14447666	18	2.1	19	85	4	53	51	10	0	38	1.36
14448981--14449023	12	3.5	12	90	6	68	55	0	0	44	0.99
14448982--14449025	17	2.6	18	89	7	65	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14453494--14453556	26	2.5	25	80	14	60	25	23	3	47	1.66
14454313--14454348	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
14454300--14454340	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
14454455--14454597	39	3.7	38	75	9	103	28	25	19	25	1.99
14454837--14454875	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
14456193--14456235	12	3.5	12	90	6	68	55	0	0	44	0.99
14456194--14456237	17	2.6	18	89	7	65	56	0	0	43	0.99
14466705--14466730	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
14466781--14466814	15	2.3	15	100	0	68	52	0	38	8	1.33
14473562--14473628	23	3.0	23	74	14	68	62	0	0	37	0.95
14475199--14475249	18	2.8	18	79	5	50	56	1	0	41	1.10
14475310--14475398	44	2.1	44	83	10	114	31	4	3	60	1.33
14475389--14475451	22	3.0	21	78	15	69	33	0	1	65	1.03
14475395--14475455	19	3.2	17	78	21	59	34	0	1	63	1.04
14479118--14479160	14	3.0	14	80	6	50	69	0	2	27	1.00
14480343--14480465	66	1.9	64	86	3	174	26	17	10	45	1.80
14495506--14495559	23	2.3	24	78	6	58	37	14	1	46	1.56
14497234--14497266	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
14497419--14497684	46	6.0	46	85	7	343	22	24	15	37	1.93
14497598--14497673	38	2.0	38	97	0	143	25	26	18	30	1.98
14511359--14511489	39	3.3	39	85	1	181	22	25	19	32	1.98
14513246--14513396	53	2.8	53	88	4	205	25	16	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14530467--14530512	22	2.0	22	83	8	56	52	2	0	45	1.13
14530897--14530966	31	2.3	30	80	11	79	40	5	1	52	1.34
14531642--14531675	12	2.9	12	95	4	61	44	0	0	55	0.99
14531645--14531698	27	2.1	25	83	13	65	50	0	0	50	1.00
14541525--14541643	51	2.3	51	91	0	184	38	12	21	26	1.90
14543942--14544332	132	3.0	132	82	4	416	27	19	17	34	1.95
14549847--14549881	10	3.6	10	96	3	63	20	5	0	74	1.02
14549847--14549894	20	2.4	19	86	6	60	27	4	0	68	1.07
14557355--14557408	22	2.4	22	87	9	74	53	1	1	42	1.22
14563970--14564009	19	2.1	18	90	9	62	67	2	0	30	1.04
14567337--14567495	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
14567355--14567495	54	2.6	54	93	2	239	35	24	23	17	1.95
14567601--14567674	28	2.8	26	85	4	85	31	9	22	36	1.86
14569123--14569223	26	3.9	26	94	0	166	36	23	5	33	1.79
14570597--14570651	22	2.5	22	74	14	58	47	5	7	40	1.54
14571359--14571457	50	2.0	50	90	4	155	58	4	4	33	1.35
14574303--14574339	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25
14574757--14574803	14	3.4	14	80	11	53	51	6	0	42	1.27
14575093--14575126	18	1.9	18	88	5	52	61	2	0	35	1.11
14579629--14579796	92	1.8	92	93	0	291	34	14	20	30	1.92
14583103--14583153	24	2.1	24	100	0	102	31	25	19	23	1.98
14588762--14588787	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14591700--14591833	49	2.9	46	84	8	150	29	26	14	30	1.95
14591741--14591911	47	3.6	48	82	6	179	29	26	14	29	1.95
14591933--14592143	31	6.8	31	90	0	314	26	27	18	27	1.98
14592153--14592233	37	2.2	37	93	2	135	29	20	17	32	1.96
14606150--14606191	18	2.3	19	80	19	54	33	7	14	45	1.72
14611262--14611533	133	2.1	133	99	0	537	29	9	17	43	1.80
14611266--14611465	66	3.0	65	59	12	145	28	9	17	45	1.80
14615537--14615570	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
14616237--14616304	21	3.2	21	81	4	75	35	47	8	8	1.66
14616862--14616896	18	1.9	18	88	0	52	17	45	11	25	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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