genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33759278--33759327	21	2.4	21	86	0	64	36	12	20	32	1.89
33759374--33759445	25	2.9	24	81	8	81	29	26	19	25	1.99
33763898--33763998	44	2.3	44	85	0	139	35	18	19	25	1.95
33763898--33764028	44	3.0	44	82	3	138	34	19	19	25	1.96
33764395--33764422	13	2.2	13	100	0	56	50	28	0	21	1.49
33765855--33765906	22	2.4	22	90	0	77	19	3	5	71	1.22
33766882--33766954	23	3.2	23	80	1	94	43	41	2	12	1.56
33769510--33769664	77	2.0	77	100	0	310	26	12	12	47	1.78
33776434--33776459	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
33778494--33778532	15	2.5	16	87	4	53	43	0	2	53	1.14
33781866--33781941	30	2.5	30	79	8	91	34	21	10	34	1.87
33789621--33789669	22	2.2	23	92	3	82	59	12	2	26	1.44
33793914--33794034	3	40.7	3	73	14	81	58	3	5	32	1.38
33794082--33794138	24	2.4	24	80	14	64	61	3	10	24	1.44
33794109--33794147	11	3.6	11	79	6	53	61	2	7	28	1.37
33795705--33795762	9	6.6	9	74	16	50	36	0	5	58	1.20
33795814--33795880	25	2.7	24	72	21	57	26	2	8	61	1.41
33817937--33817982	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
33817944--33817988	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
33830013--33830050	17	2.2	18	85	4	51	65	13	0	21	1.26
33833650--33833747	27	3.6	27	90	0	133	20	27	28	23	1.99
33833684--33833762	27	2.9	27	88	0	68	24	26	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33833650--33833762	54	2.1	54	79	0	118	22	25	29	23	1.99
33838905--33839111	3	69.3	3	80	8	201	31	6	0	62	1.20
33838904--33839088	25	7.3	26	77	11	138	31	6	0	61	1.21
33840797--33840871	38	2.0	38	91	0	123	32	18	18	30	1.95
33843229--33843261	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53
33844498--33844527	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
33844899--33845854	205	4.7	205	91	0	1473	29	22	17	29	1.97
33850277--33850443	24	7.0	24	89	4	241	27	20	22	29	1.99
33850298--33850442	47	3.1	47	91	5	229	28	20	22	29	1.98
33850493--33850559	20	3.3	20	89	0	98	31	19	13	35	1.90
33850493--33850545	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
33850596--33850643	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
33858396--33858562	24	7.0	24	86	6	223	26	20	22	30	1.98
33858414--33858555	70	2.0	71	90	2	223	28	18	22	30	1.97
33858612--33858678	20	3.3	20	87	0	98	31	22	11	34	1.90
33858715--33858762	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
33865278--33865310	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53
33870208--33870324	45	2.7	43	77	7	119	30	11	27	29	1.92
33870244--33870414	89	1.9	89	80	9	197	30	18	23	28	1.97
33870432--33870789	44	7.6	44	67	13	158	30	20	20	28	1.98
33870287--33870981	143	4.9	143	88	0	942	31	18	21	28	1.97
33871387--33871415	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33872518--33872574	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
33873794--33873830	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
33874281--33874401	44	2.7	43	78	6	125	28	23	19	28	1.98
33874281--33874975	143	4.9	143	87	1	917	28	21	19	31	1.97
33874849--33875020	45	3.8	45	71	6	118	27	22	19	30	1.98
33880395--33880427	16	2.1	16	88	11	50	21	6	12	60	1.53
33882344--33882384	21	2.0	21	95	0	73	14	24	29	31	1.95
33883786--33883845	27	2.2	27	96	0	111	50	43	0	6	1.28
33883810--33883845	17	2.2	17	90	5	56	50	44	0	5	1.25
33884386--33884411	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
33894000--33894038	10	3.9	10	83	12	53	69	2	10	17	1.28
33896403--33896451	23	2.1	23	84	3	62	57	0	16	26	1.40
33896515--33896570	22	2.5	21	82	8	67	53	1	14	30	1.51
33896504--33896573	33	2.1	33	84	5	88	52	1	17	28	1.53
33896501--33896570	17	4.2	17	73	14	65	52	1	15	30	1.51
33896763--33896821	28	2.1	28	84	9	75	57	0	15	27	1.38
33896812--33896981	21	7.9	21	68	24	88	61	0	12	25	1.31
33896874--33896943	29	2.5	28	81	9	72	58	0	12	28	1.35
33896814--33896981	94	1.8	91	83	11	225	61	0	13	25	1.32
33896805--33897063	18	13.6	18	69	22	113	59	0	13	26	1.37
33896900--33897040	5	26.2	5	70	21	63	58	0	12	27	1.39
33896966--33897027	12	5.6	11	74	12	56	56	0	14	29	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33896933--33897062	23	6.0	23	83	12	127	59	0	13	26	1.40
33897286--33897350	20	3.1	21	81	18	66	64	0	10	24	1.25
33897300--33897359	18	3.4	17	80	8	59	63	0	10	26	1.26
33897314--33897687	41	9.3	42	65	24	141	60	1	12	25	1.41
33897385--33897425	17	2.4	17	87	0	55	46	2	19	31	1.63
33897393--33897469	28	2.7	29	80	8	86	55	0	14	29	1.39
33897424--33897467	23	1.9	23	86	9	63	59	0	13	27	1.35
33897529--33897567	17	2.2	18	86	13	55	64	0	12	23	1.28
33897395--33897944	155	3.5	155	72	19	413	59	2	13	24	1.45
33897528--33897691	84	1.9	84	82	10	201	61	1	12	23	1.41
33897458--33897693	125	2.0	116	86	7	328	61	2	12	23	1.42
33897658--33897717	25	2.2	26	85	11	77	58	1	16	23	1.47
33897681--33898058	5	68.2	5	65	22	75	57	1	15	24	1.48
33897675--33897784	11	9.4	12	65	23	56	53	0	19	26	1.51
33897658--33897722	27	2.4	29	75	19	68	58	1	16	23	1.47
33897681--33898058	17	22.7	15	67	20	75	57	1	15	24	1.48
33897775--33897896	38	3.2	36	76	16	120	63	3	11	21	1.41
33897798--33897889	21	4.6	20	75	17	84	65	3	11	19	1.39
33897516--33897889	23	17.6	20	67	21	135	60	2	13	22	1.44
33897906--33897967	23	2.7	23	87	2	81	53	3	19	24	1.60
33897959--33898042	28	2.9	28	83	3	105	58	0	15	26	1.38
33897866--33898058	28	6.9	25	73	16	100	57	1	15	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33900422--33900689	40	6.7	40	96	0	482	30	20	27	21	1.98
33907691--33907958	40	6.7	40	96	0	482	30	20	27	21	1.98
33911987--33912030	18	2.5	17	85	10	54	18	2	2	77	0.98
33911988--33912030	10	4.0	10	87	9	50	18	2	2	76	1.00
33913659--33913727	27	2.6	27	97	0	129	27	23	17	31	1.97
33920715--33920780	29	2.2	30	81	7	82	48	6	10	34	1.62
33925631--33925736	48	2.2	49	96	3	196	29	21	6	42	1.78
33927487--33927511	12	2.1	12	100	0	50	60	0	40	0	0.97
33941276--33941524	124	2.0	124	81	2	295	38	13	12	35	1.83
33941432--33941456	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
33944366--33944412	3	15.3	3	78	12	51	63	0	6	29	1.19
33944361--33944412	18	2.7	19	82	14	63	65	0	5	28	1.16
33944470--33944516	12	4.1	11	83	8	58	70	0	2	27	0.99
33945854--33946336	44	10.6	44	69	10	150	26	21	19	31	1.97
33946131--33946333	44	4.6	43	75	7	183	28	20	20	30	1.98
33946073--33946277	89	2.3	89	81	0	221	27	23	18	31	1.97
33947196--33947227	4	8.2	4	93	6	57	0	21	0	78	0.76
33956960--33957010	24	2.1	24	85	0	66	41	3	39	15	1.66
33958264--33958306	18	2.4	18	80	7	52	11	23	39	25	1.88
33959916--33959965	18	2.8	18	87	0	73	30	16	10	44	1.80
33960189--33960219	16	1.9	16	100	0	62	25	48	6	19	1.72
33960880--33961229	46	8.0	46	84	10	446	22	24	15	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33960880--33961229	84	4.0	88	90	4	455	22	24	15	38	1.93
33961059--33961218	38	4.0	38	85	12	230	23	25	17	34	1.96
33966332--33966597	46	6.0	46	84	7	334	22	24	15	38	1.92
33966514--33966586	38	1.9	38	97	0	137	24	24	16	34	1.95
33970255--33970295	22	1.9	21	85	5	55	2	19	7	70	1.22
33975317--33975367	18	2.8	18	78	0	66	29	13	9	47	1.75
33975850--33975922	39	1.9	37	81	13	87	39	16	1	42	1.57
33976683--33976734	22	2.3	22	83	9	61	32	7	5	53	1.53
33980225--33980276	3	16.7	3	77	15	52	63	0	5	30	1.18
33984280--33984328	10	5.1	9	80	9	53	57	0	2	40	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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