genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  229  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72702755--72702964	94	2.3	90	82	11	241	26	29	16	28	1.97
72702755--72702971	46	4.7	46	76	9	165	27	29	15	28	1.96
72709594--72709705	27	4.2	26	83	7	134	40	22	23	14	1.90
72709594--72709705	54	2.1	54	86	3	154	40	22	23	14	1.90
72717311--72717423	27	4.2	26	85	7	145	38	23	23	15	1.92
72717311--72717423	54	2.1	54	88	3	165	38	23	23	15	1.92
72721441--72721664	39	5.7	40	85	7	255	24	22	28	24	2.00
72721442--72721664	40	5.6	40	85	7	235	24	22	28	24	2.00
72721494--72721697	79	2.6	79	84	5	218	25	21	27	24	1.99
72726907--72727044	40	3.4	40	84	5	170	34	23	14	28	1.94
72728954--72729124	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
72728946--72729121	46	3.8	46	78	12	207	28	27	21	22	1.99
72731642--72731677	19	1.9	18	88	5	54	33	5	25	36	1.79
72734455--72734589	26	5.3	26	85	6	172	28	22	21	28	1.99
72734455--72734589	52	2.7	52	90	5	206	28	22	21	28	1.99
72734640--72734702	29	2.2	29	85	5	83	33	19	7	39	1.80
72734657--72734705	20	2.5	20	87	12	68	34	20	6	38	1.77
72734731--72734778	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
72737734--72737775	21	2.0	21	86	4	59	33	7	11	47	1.68
72741212--72741268	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
72743557--72743600	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
72750929--72750996	29	2.3	29	87	5	93	26	29	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72751103--72751170	29	2.3	29	87	5	93	26	29	14	29	1.95
72751277--72751344	29	2.3	29	84	0	91	27	27	14	29	1.95
72751451--72751518	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
72751627--72751698	29	2.5	30	84	13	105	29	29	13	27	1.95
72750644--72751667	174	5.9	174	98	0	1922	31	24	14	29	1.94
72759601--72759668	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
72759775--72759842	29	2.3	29	87	5	93	26	29	16	27	1.97
72759949--72760016	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
72760118--72760196	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
72759490--72760165	174	3.9	174	98	0	1289	30	24	14	29	1.95
72773708--72773746	19	2.1	19	85	0	51	61	0	5	33	1.18
72775291--72775999	353	2.0	353	89	1	1089	36	10	20	32	1.87
72777769--72777944	46	3.8	45	78	10	194	22	21	28	28	1.99
72777765--72777936	93	1.8	93	94	0	308	22	21	29	27	1.99
72780993--72781081	46	1.9	47	88	2	135	34	19	19	26	1.95
72780993--72781094	47	2.2	46	85	1	132	34	17	21	26	1.96
72782016--72782093	21	3.4	23	74	8	70	26	2	30	39	1.70
72782052--72782118	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
72784107--72784211	54	1.9	54	90	0	165	39	17	13	30	1.88
72787045--72787220	46	3.8	46	79	4	174	22	30	20	26	1.98
72792289--72792427	35	4.0	34	75	5	91	41	17	10	30	1.83
72795413--72795664	40	6.3	40	81	3	285	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72795417--72795644	80	2.8	80	87	1	314	22	22	29	25	1.99
72795413--72795664	120	2.1	120	89	2	391	22	21	28	27	1.99
72805337--72805380	14	3.2	14	93	3	72	34	6	9	50	1.61
72809317--72809495	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	25	1.86
72811496--72811841	47	7.3	47	90	3	482	32	10	30	26	1.89
72811692--72811813	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
72814516--72814627	49	2.3	48	83	4	127	41	16	18	23	1.89
72821544--72821585	20	2.1	20	100	0	84	42	4	19	33	1.72
72822589--72822675	43	2.1	41	82	8	104	24	17	26	32	1.97
72846437--72846559	28	4.4	28	87	4	115	26	11	28	34	1.91
72846465--72846559	28	3.4	28	92	1	156	26	11	28	33	1.91
72863963--72864087	39	3.2	39	93	0	205	24	21	27	26	1.99
72863963--72864126	39	4.2	39	85	4	199	24	22	27	25	2.00
72867084--72867137	27	2.0	27	89	3	83	37	20	20	22	1.95
72867138--72867310	27	6.4	27	81	2	159	26	19	18	35	1.95
72867138--72867310	54	3.2	54	78	0	193	26	19	18	35	1.95
72867140--72867310	81	2.1	81	81	0	189	26	19	17	35	1.94
72873445--72873498	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
72873499--72873696	27	7.4	27	81	1	218	25	19	18	36	1.94
72873499--72873697	54	3.7	54	84	2	249	25	19	18	37	1.94
72880046--72880129	42	2.0	42	97	0	159	23	19	8	48	1.75
72886388--72886469	42	2.0	42	100	0	164	36	15	6	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72886395--72886488	42	2.2	41	83	7	100	40	18	4	37	1.70
72891139--72891254	39	3.0	39	92	0	196	25	18	27	29	1.98
72891139--72891298	78	2.1	78	82	4	189	24	19	26	29	1.98
72895932--72896156	40	5.7	40	86	7	289	25	22	28	24	2.00
72895932--72896189	80	3.2	80	82	8	235	26	21	27	24	1.99
72895932--72896189	119	2.2	118	80	8	274	26	21	27	24	1.99
72903947--72904171	40	5.7	40	86	7	289	25	22	28	24	2.00
72903947--72904204	80	3.2	80	82	8	235	26	21	27	24	1.99
72903947--72904204	119	2.2	118	80	8	274	26	21	27	24	1.99
72910788--72910947	38	4.2	38	91	2	232	33	27	19	19	1.96
72918838--72918956	38	3.1	38	82	4	141	33	26	19	20	1.96
72920773--72921039	40	6.7	40	95	0	480	22	27	20	29	1.98
72929424--72929650	40	5.7	40	95	1	404	22	27	20	30	1.98
72933794--72934203	27	15.2	27	81	0	462	28	22	8	40	1.83
72933794--72934203	54	7.6	54	84	1	518	28	22	8	40	1.83
72934213--72934408	54	3.6	54	86	2	268	35	18	19	26	1.95
72934213--72934408	27	7.3	27	85	0	230	35	18	19	26	1.95
72934607--72934689	27	3.1	26	86	5	103	20	21	20	37	1.95
72934777--72934835	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
72935000--72935073	27	2.8	27	87	6	98	18	24	20	36	1.95
72935191--72935334	6	23.8	6	75	14	127	20	15	14	49	1.80
72935231--72935334	30	3.5	30	90	0	163	20	16	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72939045--72939215	43	4.0	42	75	15	181	30	29	17	22	1.97
72944416--72944559	46	3.1	46	70	14	125	30	29	18	21	1.97
72946147--72946604	39	11.7	39	91	0	727	19	21	29	29	1.97
72951815--72951889	35	2.1	35	95	0	132	36	17	8	38	1.79
72957558--72957596	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
72957557--72957596	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
72957643--72957737	25	3.8	25	87	6	122	27	24	21	27	1.99
72959993--72960413	27	15.6	27	77	6	345	38	21	8	32	1.83
72959993--72960376	54	7.1	53	80	5	391	38	20	9	31	1.84
72960406--72960490	27	3.1	27	96	0	152	35	17	21	25	1.95
72960639--72960709	27	2.6	27	86	0	88	32	16	23	26	1.96
72960914--72961008	25	3.8	25	94	0	154	26	25	22	26	2.00
72960925--72961033	50	2.2	50	83	6	132	25	26	22	24	2.00
72963576--72963740	43	3.9	42	77	12	140	23	16	26	33	1.96
72969390--72969449	20	3.0	20	87	0	75	33	23	20	23	1.97
72975024--72975062	10	3.9	10	87	12	62	28	20	30	20	1.98
72975020--72975062	20	2.2	20	95	0	77	27	20	30	20	1.98
72977358--72977401	22	2.0	22	81	0	52	29	4	15	50	1.64
72986247--72986337	45	2.0	45	89	0	137	24	13	24	38	1.91
72990311--72990376	32	2.1	32	94	0	114	51	10	13	24	1.72
72993300--72994780	47	31.3	47	95	1	2550	29	29	8	31	1.87
72993300--72994780	190	7.8	190	96	0	2634	29	29	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72997394--72997427	8	4.2	8	100	0	68	88	0	0	11	0.52
73000279--73000316	19	2.0	19	85	10	51	13	21	44	21	1.85
73000551--73000750	27	7.4	27	81	8	219	34	18	22	25	1.96
73000551--73000750	81	2.5	80	85	4	251	34	18	22	25	1.96
73000551--73000749	54	3.7	54	88	0	281	34	17	22	25	1.96
73000890--73000951	27	2.3	27	80	0	70	17	25	17	38	1.92
73001083--73001139	28	2.1	27	83	3	69	21	26	29	22	1.99
73003866--73003949	31	2.7	31	96	1	152	27	27	17	27	1.98
73003973--73004106	42	3.2	42	96	0	241	34	19	14	32	1.91
73004254--73004347	25	3.8	25	87	2	118	27	22	25	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318