genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84101354--84101407	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
84101350--84101417	30	2.3	30	97	0	127	16	5	52	25	1.65
84106775--84107236	44	10.4	43	72	6	291	28	22	19	29	1.98
84106808--84107237	89	4.9	89	73	7	329	27	22	20	29	1.98
84106779--84107236	133	3.4	133	89	1	657	27	22	20	29	1.98
84115763--84115791	14	2.0	15	93	6	51	41	13	20	24	1.89
84124646--84124837	48	4.0	48	83	4	226	21	17	27	33	1.96
84124646--84124822	96	1.8	96	86	2	257	22	17	25	34	1.96
84127186--84127454	45	5.7	48	77	10	195	27	19	30	23	1.98
84127282--84127456	48	3.7	48	82	8	166	26	19	30	23	1.98
84130207--84130254	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
84132228--84132273	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
84136790--84136917	64	2.0	64	92	0	211	31	18	13	36	1.89
84136955--84137476	87	6.0	86	80	6	491	32	20	23	22	1.98
84137271--84137645	43	8.6	43	70	8	206	36	21	22	18	1.95
84136967--84137476	173	2.9	172	80	7	557	32	21	23	22	1.98
84137270--84137692	218	1.9	217	86	2	589	36	21	22	19	1.95
84137496--84137696	87	2.3	86	93	0	330	36	20	23	18	1.95
84139871--84139905	18	1.9	18	94	0	61	25	11	2	60	1.45
84140193--84140240	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
84142006--84142072	34	1.9	36	84	6	93	35	0	0	64	0.94
84145976--84146025	26	1.9	26	84	8	66	64	0	2	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84150426--84150488	6	10.5	6	98	0	117	50	14	0	34	1.43
84166744--84166897	46	3.3	45	75	12	168	30	29	18	20	1.97
84171001--84171298	102	2.9	102	91	0	479	32	17	30	19	1.94
84177692--84177739	21	2.3	20	85	3	60	10	31	31	27	1.90
84179904--84179944	19	2.2	19	95	0	73	21	19	17	41	1.90
84185519--84185553	17	2.1	17	100	0	70	60	17	11	11	1.59
84186512--84186590	40	2.0	40	94	0	140	27	18	8	44	1.80
84188505--84188558	28	1.9	28	88	0	81	35	33	11	20	1.88
84193959--84194046	40	2.2	40	87	4	124	39	1	5	53	1.32
84196131--84196161	16	1.9	16	93	0	53	80	0	0	19	0.71
84196145--84196240	19	5.2	18	75	17	90	64	3	1	31	1.16
84196133--84196240	9	12.2	9	71	17	68	66	2	0	29	1.12
84196155--84196240	36	2.4	37	80	11	106	63	3	1	31	1.18
84199243--84199313	29	2.4	29	88	0	97	23	19	26	29	1.98
84199305--84199356	24	2.2	24	85	0	68	23	15	13	48	1.80
84200427--84200464	20	2.0	20	94	5	69	52	7	7	31	1.59
84208783--84208833	21	2.4	21	96	0	93	13	23	43	19	1.87
84210285--84210337	27	2.0	27	84	0	70	32	18	9	39	1.83
84212644--84212822	39	4.6	39	89	0	268	38	22	24	14	1.92
84216597--84216639	14	3.1	14	86	0	59	79	0	11	9	0.95
84217965--84218056	44	2.1	45	85	6	125	29	15	27	28	1.96
84218144--84218228	44	1.9	44	90	4	136	28	14	31	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84217918--84218418	177	2.8	176	84	2	637	28	17	26	27	1.97
84218320--84218416	44	2.2	44	79	7	106	29	16	22	30	1.96
84219239--84219280	13	3.2	13	83	16	50	61	19	9	9	1.53
84220476--84220524	16	3.2	16	67	21	50	26	8	2	63	1.34
84220466--84220524	30	2.0	29	90	6	93	27	8	3	61	1.41
84222848--84222897	25	2.0	25	84	7	66	28	0	2	70	0.99
84222861--84222919	20	2.9	20	80	12	66	25	0	3	71	1.02
84222864--84222921	30	2.0	29	90	10	91	24	0	3	72	1.00
84222861--84222921	10	6.1	10	75	19	56	26	0	3	70	1.02
84224094--84224446	130	2.7	126	81	7	322	35	18	18	26	1.95
84224218--84224560	132	2.6	132	85	1	422	33	19	18	27	1.96
84226759--84226793	17	2.0	18	88	5	54	0	0	20	80	0.72
84227083--84227504	133	3.2	131	88	4	598	27	24	19	28	1.98
84228747--84228802	6	9.7	6	81	11	64	1	14	0	83	0.72
84228746--84228802	21	2.7	20	81	10	69	1	15	0	82	0.75
84231272--84231336	19	3.4	19	83	8	80	43	15	23	18	1.88
84241605--84241652	21	2.3	20	80	16	53	25	8	0	66	1.19
84241873--84241924	25	2.0	26	85	10	72	40	9	3	46	1.55
84254177--84254650	46	10.8	45	72	13	287	31	20	21	25	1.98
84254347--84254643	89	3.3	90	91	3	424	30	21	22	25	1.98
84254177--84254649	44	10.9	43	72	11	295	31	20	21	26	1.98
84254177--84254680	87	5.8	88	82	8	430	30	21	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84254485--84254713	87	2.6	87	86	2	255	28	23	23	24	1.99
84256806--84256834	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
84262472--84262500	5	5.8	5	100	0	58	17	62	0	20	1.33
84263616--84263684	35	2.0	35	85	0	93	50	4	4	40	1.42
84263757--84263806	22	2.2	22	82	7	55	52	0	4	44	1.20
84263764--84263814	22	2.3	23	82	3	59	52	3	1	41	1.31
84284106--84284204	18	5.3	18	68	17	76	18	11	6	64	1.45
84284110--84284176	23	3.3	23	65	30	69	22	10	5	61	1.50
84284090--84284205	38	3.1	38	100	0	232	20	11	5	62	1.47
84284090--84284186	20	5.1	20	67	18	80	22	10	4	62	1.43
84287184--84287281	49	2.0	48	96	2	178	27	15	8	48	1.73
84288024--84288055	17	1.9	17	93	6	57	78	0	12	9	0.97
84295612--84295656	12	3.8	12	88	8	58	75	0	24	0	0.80
84301022--84301126	37	2.8	37	75	5	113	31	27	17	23	1.97
84303401--84303513	54	2.1	55	94	1	201	24	12	23	39	1.89
84310946--84311015	30	2.4	29	76	11	79	34	4	1	60	1.25
84311038--84311085	19	2.5	19	79	0	51	35	0	4	60	1.16
84311093--84311141	13	3.7	13	76	12	55	42	2	0	55	1.11
84311534--84311747	112	1.8	112	82	6	266	30	5	12	51	1.61
84321252--84321362	40	2.8	40	89	4	163	25	28	22	23	1.99
84321339--84321387	25	2.0	25	100	0	98	24	24	22	28	1.99
84321297--84321427	65	2.0	65	95	0	235	25	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84328239--84328339	43	2.3	45	77	6	109	35	16	18	28	1.93
84328190--84328971	176	4.4	177	88	1	1034	32	17	22	27	1.96
84328327--84328603	88	3.1	87	64	13	206	29	19	22	28	1.98
84331486--84331516	8	3.9	8	100	0	62	38	22	0	38	1.54
84336994--84337074	28	2.9	27	83	9	92	19	14	19	45	1.85
84341221--84341351	40	3.3	39	86	4	181	28	26	20	24	1.99
84341219--84341404	80	2.3	80	82	9	220	27	26	20	24	1.99
84349147--84349314	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
84349182--84349367	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
84349184--84349367	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
84350978--84351035	29	2.0	29	82	3	71	43	15	15	25	1.86
84355966--84356125	26	6.2	26	91	0	257	33	7	23	35	1.83
84355966--84356125	52	3.1	52	96	0	284	33	7	23	35	1.83
84362626--84362668	19	2.4	17	84	7	59	25	0	2	72	0.97
84371956--84372054	50	2.0	49	94	2	171	46	11	20	22	1.81
84372336--84372392	24	2.4	23	75	11	62	35	5	1	57	1.31
84372578--84372608	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
84372627--84372675	20	2.5	19	83	9	62	61	8	0	30	1.25
84373363--84373403	11	3.9	11	75	12	50	17	0	2	80	0.82
84374381--84374578	10	20.2	9	66	20	62	60	4	5	30	1.38
84374475--84374578	19	5.2	19	71	14	75	60	1	6	30	1.33
84379165--84379220	28	2.0	28	100	0	112	32	17	10	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84379787--84379836	24	2.0	25	96	3	93	36	12	8	44	1.71
84383238--84383283	19	2.4	19	81	3	56	52	6	8	32	1.58
84385262--84385320	29	2.0	30	83	3	75	37	13	22	27	1.91
84389892--84389946	10	5.9	10	75	14	55	63	1	1	32	1.15
84389907--84389949	18	2.5	18	88	7	63	65	2	2	30	1.18
84389892--84389969	19	4.2	17	78	15	66	65	1	1	32	1.09
84389927--84390007	20	3.6	22	75	20	62	59	0	1	39	1.05
84389892--84389969	37	2.1	38	80	7	88	65	1	1	32	1.09
84389898--84389977	20	4.2	19	81	10	67	62	1	1	35	1.11
84389938--84390022	24	3.6	25	73	17	74	60	0	1	38	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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