genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45047720--45047761	22	2.0	21	90	4	66	26	0	23	50	1.50
45053042--45053200	43	3.7	43	80	9	164	24	17	25	32	1.97
45059901--45059941	19	2.3	19	88	12	61	43	0	17	39	1.49
45060567--45060675	49	2.2	49	78	15	118	30	20	27	22	1.98
45063700--45063864	43	3.9	42	80	8	181	24	18	24	32	1.97
45063701--45063851	44	3.5	42	83	4	151	25	19	24	30	1.98
45064041--45064073	17	1.9	17	100	0	66	48	18	0	33	1.48
45065596--45065763	46	3.6	46	82	9	198	30	19	27	22	1.98
45073238--45073331	42	2.2	42	79	9	102	31	24	12	30	1.93
45074878--45074925	8	6.0	8	78	7	53	66	0	0	33	0.92
45074895--45074925	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
45076597--45076635	19	2.1	19	90	9	62	48	0	7	43	1.31
45078880--45078943	13	4.9	13	77	11	60	29	4	26	39	1.76
45091505--45091547	19	2.3	18	84	4	50	41	32	13	11	1.81
45091591--45091641	17	3.0	17	82	5	59	33	21	19	25	1.97
45092962--45093038	39	2.0	38	84	2	100	27	35	18	19	1.95
45096020--45096113	49	1.9	49	84	0	125	28	5	29	36	1.79
45102344--45102430	43	2.0	43	93	0	147	36	24	13	25	1.92
45112638--45112723	25	3.4	26	82	9	99	25	30	16	27	1.97
45115079--45115138	17	3.5	17	75	6	50	38	31	13	16	1.87
45116658--45116700	22	2.0	22	95	0	77	53	6	9	30	1.59
45116888--45116917	15	2.1	15	93	6	53	70	10	6	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45117122--45117199	27	3.2	24	71	22	63	58	5	5	30	1.41
45117492--45117606	25	5.0	23	77	16	105	60	1	3	34	1.24
45117521--45117581	14	4.2	14	78	15	70	63	3	0	32	1.10
45117525--45117606	11	7.4	11	70	22	55	60	2	1	35	1.17
45117668--45117713	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
45120789--45120881	49	1.9	48	84	2	123	43	19	30	7	1.78
45122167--45122579	87	4.7	87	87	3	501	35	22	23	18	1.95
45122334--45122884	131	4.2	130	77	4	439	35	22	23	17	1.95
45122331--45122796	218	2.1	217	93	0	797	35	22	24	18	1.96
45122549--45122972	173	2.4	172	87	1	598	35	21	24	18	1.96
45122549--45122973	87	4.9	86	89	2	584	35	21	24	18	1.96
45123382--45123437	28	1.9	30	85	7	80	14	46	16	23	1.83
45126103--45126181	25	3.3	25	64	10	74	32	3	29	34	1.75
45126094--45126421	47	6.9	47	92	1	521	32	8	30	29	1.86
45126094--45126421	143	2.3	141	93	1	539	32	8	30	29	1.86
45126540--45126618	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
45128280--45128317	14	2.7	15	88	11	55	26	0	2	71	1.00
45128276--45128317	13	3.1	14	83	16	54	26	0	2	71	0.98
45128717--45128754	18	2.1	19	85	14	53	23	0	5	71	1.07
45128819--45128897	26	3.0	25	71	20	63	34	10	2	53	1.48
45130904--45131222	110	2.9	110	82	0	381	26	15	25	33	1.95
45132531--45132737	39	5.3	39	89	0	297	21	26	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45141648--45141690	19	2.3	19	83	0	50	67	2	4	25	1.22
45141629--45141707	29	2.8	28	82	5	79	63	2	2	31	1.21
45142009--45142136	29	4.5	29	72	12	104	35	1	2	60	1.19
45142010--45142147	9	14.7	9	65	13	55	34	2	2	60	1.21
45142017--45142138	56	2.2	57	80	7	142	35	1	2	60	1.20
45142009--45142148	28	4.9	28	74	10	115	35	2	2	60	1.20
45142279--45142487	91	2.4	85	81	10	224	37	12	15	34	1.86
45142335--45142525	91	2.1	91	82	5	226	34	12	17	36	1.87
45144447--45144507	26	2.3	26	82	2	77	29	19	8	42	1.80
45146389--45146437	25	2.0	25	88	4	73	26	10	8	55	1.61
45146969--45147055	29	2.8	30	77	11	95	62	8	3	26	1.39
45152264--45152312	20	2.5	19	83	6	62	48	0	0	51	1.00
45157281--45157395	51	2.3	51	92	0	185	28	20	16	33	1.95
45160791--45160901	50	2.2	52	90	3	181	32	13	13	40	1.84
45163952--45163983	16	2.1	15	94	5	55	0	21	0	78	0.76
45164085--45164128	21	2.1	21	95	0	79	40	4	11	43	1.61
45174169--45174297	40	3.2	39	83	12	172	24	21	27	26	1.99
45181624--45181769	40	3.7	40	86	7	215	23	25	26	24	2.00
45181617--45181770	80	1.9	80	94	0	272	24	24	27	24	2.00
45194841--45194891	20	2.7	18	82	14	59	43	0	19	37	1.51
45195538--45195758	94	2.4	91	80	5	235	30	19	24	24	1.98
45195538--45195758	46	4.7	48	77	7	175	30	19	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45195773--45195902	49	2.7	49	82	2	145	26	21	30	21	1.98
45201763--45201936	27	6.4	27	81	2	188	40	15	9	34	1.80
45201758--45201936	81	2.2	81	83	4	211	39	17	9	33	1.82
45201758--45201952	27	7.3	27	74	10	168	38	18	10	32	1.84
45201930--45202046	27	4.3	27	88	0	162	35	17	21	25	1.95
45201903--45202046	54	2.7	54	83	2	137	35	18	19	27	1.95
45202963--45203028	24	2.6	25	76	19	66	34	7	0	57	1.27
45208055--45208138	27	3.2	27	81	8	84	22	21	20	35	1.96
45208329--45208425	33	3.0	33	84	3	115	26	20	25	26	1.99
45218938--45219051	57	2.0	58	81	3	133	27	20	9	42	1.83
45223445--45223509	30	2.2	30	94	0	112	21	38	21	18	1.93
45227064--45227107	22	2.0	22	100	0	88	50	4	9	36	1.55
45236177--45236448	39	7.0	39	93	0	445	21	25	29	23	1.99
45241739--45242003	50	5.5	50	75	9	214	24	27	18	28	1.98
45241733--45242013	94	2.9	93	78	10	257	25	28	18	27	1.98
45242449--45242484	18	2.0	18	94	0	63	33	2	13	50	1.57
45242686--45242724	20	2.0	20	94	0	69	35	30	0	33	1.58
45251396--45251561	40	4.2	40	94	0	271	28	27	20	22	1.99
45253452--45253539	40	2.2	40	88	6	126	25	27	22	25	2.00
45253517--45253562	23	2.0	23	100	0	92	34	30	17	17	1.93
45266280--45266369	25	3.6	25	83	4	94	25	21	17	35	1.95
45269941--45270021	39	2.1	39	100	0	162	27	22	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45273865--45273929	29	2.3	29	83	2	78	29	24	3	43	1.69
45278084--45278110	14	1.9	14	100	0	54	44	7	11	37	1.68
45287143--45287214	33	2.1	34	85	7	94	23	25	26	25	2.00
45290690--45290721	2	16.0	2	93	0	55	50	46	3	0	1.17
45296672--45296707	17	2.1	17	100	0	72	27	33	5	33	1.80
45306805--45307037	40	5.8	41	87	6	305	24	22	29	24	1.99
45306805--45307037	82	2.9	81	88	2	326	24	22	29	24	1.99
45306805--45307037	122	1.9	122	88	1	351	24	22	29	24	1.99
45308731--45308770	17	2.4	17	95	0	71	15	22	32	30	1.94
45315454--45315867	207	2.0	207	93	0	711	30	29	13	26	1.94
45320161--45320238	25	3.2	25	64	10	72	33	5	28	33	1.79
45320148--45320419	47	5.7	47	95	1	445	31	8	29	29	1.87
45320537--45320615	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
45322520--45322593	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
45322983--45323259	40	6.9	40	88	0	356	24	22	27	25	2.00
45322904--45323259	80	4.4	80	84	2	378	25	22	27	25	2.00
45322904--45323254	120	2.9	120	82	3	413	25	22	27	25	2.00
45326805--45326885	22	3.5	23	66	11	67	30	9	28	30	1.89
45326767--45327085	47	6.7	47	97	1	548	31	8	29	30	1.87
45327203--45327281	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
45343599--45343640	22	2.0	21	86	9	59	59	0	9	30	1.29
45349330--45349381	21	2.5	21	79	14	63	36	0	19	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45349583--45349615	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
45358069--45358099	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
45359685--45359760	37	2.1	36	83	11	93	42	0	2	55	1.14
45360989--45361081	47	2.0	47	95	4	170	30	10	18	40	1.84
45362247--45362353	51	2.1	51	100	0	214	39	11	28	20	1.87
45375986--45376028	22	2.0	22	85	0	59	13	20	23	41	1.88
45376169--45376233	27	2.4	28	87	5	89	18	23	23	35	1.96
45377065--45377103	18	2.2	18	100	0	78	25	28	10	35	1.89
45385522--45385662	27	5.2	26	83	6	174	17	24	23	35	1.95
45385522--45385662	54	2.6	53	90	2	219	17	24	23	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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