genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19582497--19582665	22	8.1	21	67	22	79	43	1	2	52	1.24
19582507--19582541	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
19582308--19582614	120	2.6	120	93	2	519	41	1	4	52	1.33
19582453--19582643	60	3.2	58	70	19	142	42	1	3	52	1.26
19582864--19582933	16	4.4	16	87	0	104	31	34	1	32	1.67
19585511--19585560	18	2.5	19	84	12	57	48	0	6	46	1.27
19585526--19585572	19	2.5	20	86	10	71	42	0	6	51	1.27
19585798--19585826	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
19587077--19587111	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
19588986--19589016	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
19593057--19593113	18	3.2	18	92	0	96	35	10	21	33	1.87
19593649--19593690	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
19593649--19593690	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
19596521--19596551	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
19596721--19596751	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
19599262--19599349	43	2.0	43	100	0	176	22	30	15	30	1.95
19601262--19601326	23	2.8	23	86	4	87	10	6	35	47	1.63
19609152--19609272	54	2.2	54	97	0	224	26	19	10	42	1.84
19609152--19609279	27	4.7	27	88	0	193	28	19	10	42	1.84
19609260--19609534	27	10.2	27	77	10	152	40	21	8	29	1.83
19609152--19609309	54	2.9	54	87	1	156	30	20	9	39	1.84
19609274--19609505	81	2.9	81	88	1	306	42	20	8	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19609541--19609595	26	2.1	26	83	6	67	38	12	10	38	1.79
19609640--19609735	27	3.6	27	85	5	115	34	22	22	19	1.97
19610541--19610663	26	4.8	26	93	1	196	26	22	22	28	1.99
19610808--19610899	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
19610923--19611001	31	2.5	31	95	0	140	29	17	25	27	1.98
19611808--19611852	6	7.5	6	100	0	90	51	15	0	33	1.44
19611808--19611887	24	3.2	24	81	10	90	52	12	1	33	1.47
19611812--19611930	57	2.1	55	83	11	145	52	10	3	32	1.53
19612300--19612351	27	1.9	27	84	0	68	48	1	13	36	1.54
19612455--19612503	17	3.0	17	77	17	59	57	10	0	32	1.32
19612460--19612503	15	2.7	17	82	10	65	56	11	0	31	1.35
19612524--19612558	18	1.9	18	88	0	52	60	2	2	34	1.26
19614569--19614602	13	2.5	14	90	4	52	67	2	8	20	1.31
19614445--19614861	89	4.6	89	79	13	400	35	17	16	30	1.92
19614718--19615183	252	1.9	247	79	8	537	34	18	15	31	1.92
19628028--19628074	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
19637386--19637438	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
19639771--19639797	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
19640772--19640823	25	2.1	24	82	3	59	38	3	3	53	1.37
19640835--19640881	14	3.5	13	77	11	58	21	0	29	48	1.50
19640839--19640897	28	2.1	28	84	6	75	23	0	23	52	1.47
19641038--19641067	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19641094--19641137	8	5.8	8	78	10	56	25	2	36	36	1.69
19641096--19641137	14	2.8	15	82	10	59	23	2	35	38	1.68
19641092--19641134	22	2.0	22	90	0	68	25	2	34	37	1.69
19641096--19641144	15	3.3	15	81	16	57	24	2	34	38	1.67
19641094--19641139	22	2.0	22	83	4	56	28	2	34	34	1.70
19641242--19641300	7	8.4	7	75	0	55	15	3	40	40	1.64
19641512--19641619	7	15.6	7	69	9	51	12	1	39	45	1.53
19641565--19641611	21	2.2	21	92	0	76	8	0	46	44	1.33
19641565--19641618	21	2.6	21	87	0	63	9	0	44	46	1.35
19641774--19641884	41	2.8	40	81	9	118	40	18	17	24	1.91
19642528--19642573	24	1.9	24	95	0	83	17	17	8	56	1.65
19643293--19643362	24	2.9	24	72	18	72	40	4	10	45	1.57
19646522--19646638	9	12.3	9	77	10	117	45	22	0	31	1.58
19646528--19646605	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
19646524--19646636	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
19646523--19646634	39	2.9	36	80	18	129	46	22	0	30	1.58
19652194--19652238	21	2.1	21	95	0	81	22	20	57	0	1.40
19652527--19652650	40	2.9	42	79	8	126	33	16	21	29	1.95
19652532--19652724	43	4.5	43	83	4	221	29	17	21	31	1.96
19655076--19655147	29	2.5	28	82	12	85	30	4	2	62	1.28
19656927--19656984	22	2.6	22	77	0	53	18	8	8	63	1.48
19657013--19657075	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19657158--19657198	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
19662085--19662115	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
19664229--19664426	111	1.8	108	81	11	251	32	14	19	34	1.91
19664602--19664659	20	3.1	19	80	14	66	58	0	15	25	1.37
19664695--19664736	21	2.0	21	86	4	59	71	0	7	21	1.09
19664840--19664900	19	3.2	19	77	11	63	63	1	9	24	1.34
19664858--19664905	25	2.0	24	83	4	60	64	0	10	25	1.25
19665273--19665340	16	4.2	16	92	0	118	27	0	33	38	1.57
19665576--19665610	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19665696--19665730	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19665559--19666301	120	6.2	120	99	0	1432	47	5	2	44	1.39
19669332--19669441	33	3.3	33	83	3	159	31	7	14	46	1.72
19669418--19669459	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
19670809--19670921	28	3.6	28	66	26	75	32	7	4	54	1.49
19670811--19670910	32	3.0	32	72	18	105	32	8	4	56	1.47
19670908--19670936	15	1.9	15	100	0	58	20	10	6	62	1.50
19676082--19676120	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
19683728--19683929	39	5.2	38	91	4	314	14	25	21	38	1.92
19683728--19683929	78	2.6	78	94	0	359	14	25	21	38	1.92
19683728--19683945	117	1.9	117	90	3	350	14	25	21	38	1.91
19686961--19687000	12	3.5	11	83	10	53	70	0	30	0	0.88
19686966--19687006	19	2.2	18	91	8	64	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19688397--19688421	7	3.6	7	100	0	50	56	0	28	16	1.41
19688604--19688724	53	2.3	53	94	0	206	16	18	23	42	1.89
19688852--19688886	18	1.9	18	94	0	61	37	14	17	31	1.89
19688932--19688972	18	2.3	18	86	0	55	36	12	17	34	1.87
19690981--19691022	21	2.0	21	81	9	50	19	26	0	54	1.44
19692776--19692814	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
19695542--19695605	21	3.0	21	78	17	60	73	4	12	9	1.23
19695572--19695640	4	17.0	4	75	19	63	72	2	23	1	1.06
19695570--19695639	33	2.1	34	89	2	106	74	2	21	1	1.03
19695559--19695640	29	2.9	28	77	15	87	73	2	20	3	1.11
19695572--19695651	20	4.0	20	79	12	74	70	2	26	1	1.08
19696791--19696837	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
19697098--19697400	46	6.9	47	81	13	301	22	24	15	38	1.92
19697231--19697390	38	4.0	38	86	12	239	23	25	17	33	1.96
19697188--19697401	84	2.5	84	98	0	410	23	24	16	35	1.95
19697142--19697390	130	2.0	122	88	6	372	22	24	16	36	1.94
19710211--19710257	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
19710518--19710766	46	5.8	47	82	12	218	20	24	15	38	1.92
19710650--19710763	38	3.0	38	97	0	219	23	25	18	32	1.97
19712495--19712542	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
19716049--19716344	39	7.5	39	94	1	486	29	29	22	18	1.98
19717895--19718074	86	2.1	85	97	2	344	40	18	12	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19718361--19718405	6	7.5	6	92	0	72	15	4	0	80	0.87
19718359--19718420	17	3.6	16	83	10	61	14	6	1	77	1.04
19728786--19728951	53	3.1	53	87	6	203	26	14	28	30	1.95
19735070--19735134	32	2.0	32	100	0	130	27	9	15	47	1.76
19741266--19741324	30	2.0	30	93	6	102	20	37	0	42	1.52
19745137--19745168	13	2.5	13	94	0	55	18	43	28	9	1.81
19747146--19747200	23	2.4	23	79	14	60	38	27	0	34	1.57
19747672--19747785	21	5.5	21	77	6	108	43	14	24	16	1.86
19747696--19747777	42	1.9	43	87	2	121	43	13	24	18	1.85
19750168--19750209	17	2.5	17	96	0	75	23	19	21	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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