genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87828894--87828961	24	2.8	23	77	22	68	42	0	7	50	1.30
87834400--87834440	20	2.0	20	85	0	55	63	0	26	9	1.25
87836978--87837010	16	2.0	17	88	5	50	72	3	3	21	1.11
87837442--87837487	22	2.0	23	91	4	76	47	4	6	41	1.49
87845859--87845902	24	2.0	22	86	13	63	27	27	29	15	1.96
87848892--87848968	11	6.9	11	70	24	54	40	1	2	55	1.22
87849201--87849249	23	2.0	25	84	11	66	40	6	14	38	1.71
87851307--87851338	16	2.0	17	88	11	50	34	6	6	53	1.51
87859983--87860257	46	6.0	46	87	3	338	20	23	15	40	1.91
87865799--87865839	21	2.0	20	85	4	55	4	24	12	58	1.53
87867655--87867874	46	4.8	45	79	9	205	25	28	17	28	1.98
87867599--87867865	94	2.9	91	81	8	315	25	28	17	28	1.97
87867613--87867876	46	5.7	46	74	12	191	25	28	17	28	1.97
87869679--87869709	12	2.6	12	94	0	53	70	9	0	19	1.14
87871438--87871489	21	2.5	21	81	12	63	42	19	7	30	1.79
87873431--87873458	14	2.0	14	100	0	56	50	0	35	14	1.43
87878125--87878302	27	6.6	27	80	6	164	29	28	16	25	1.97
87878146--87878301	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	25	1.97
87880653--87880741	43	2.1	43	100	0	178	33	20	11	34	1.88
87906462--87906571	22	4.6	25	78	15	101	39	17	21	21	1.93
87907188--87907222	18	1.9	18	88	0	52	8	17	0	74	1.06
87933966--87934030	25	2.6	25	97	0	121	43	12	20	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87939488--87939660	49	3.6	49	80	9	178	24	31	19	24	1.98
87939488--87939616	47	2.7	47	86	4	170	24	31	20	23	1.98
87944022--87944062	20	2.0	20	100	0	82	39	29	0	31	1.57
87949911--87950084	46	3.8	46	74	11	158	21	20	29	28	1.98
87951803--87951849	20	2.3	20	81	3	58	36	6	0	57	1.24
87951831--87951877	24	1.9	25	91	4	78	29	0	4	65	1.11
87952153--87952217	3	23.0	3	73	17	59	38	0	1	60	1.07
87952258--87952298	21	2.0	21	85	4	57	51	4	7	36	1.51
87953204--87953379	70	2.4	76	80	11	179	42	1	18	37	1.58
87953249--87953399	79	1.9	78	83	5	194	41	1	20	36	1.61
87953557--87953632	17	4.8	17	68	22	67	40	1	23	34	1.63
87953588--87953626	18	2.2	17	90	4	60	41	2	25	30	1.69
87953588--87953639	17	2.9	18	80	8	63	40	1	25	32	1.67
87954560--87954690	64	2.0	64	98	0	253	31	11	16	41	1.83
87958642--87958840	39	5.1	39	88	2	292	21	21	29	27	1.98
87966543--87966611	25	2.8	25	78	8	72	36	20	21	21	1.95
87968194--87968254	24	2.5	26	76	10	67	13	14	26	45	1.81
87981380--87981438	19	3.1	19	73	22	59	13	23	22	40	1.89
87981378--87981517	39	3.6	39	88	0	190	14	24	22	39	1.91
87988301--87988404	20	5.2	20	69	13	81	13	25	21	40	1.89
87988283--87988422	39	3.6	39	88	0	199	14	25	22	37	1.92
87990112--87990190	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87990311--87990832	47	11.0	47	92	1	783	27	31	9	30	1.88
87994275--87994589	40	7.9	40	92	0	515	25	27	22	25	2.00
87994262--87994587	159	2.0	161	91	1	530	25	28	22	24	1.99
87994894--87994972	29	2.7	29	82	5	88	29	31	13	25	1.94
87996867--87996945	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
87997066--87997587	47	11.0	47	93	1	801	27	32	9	30	1.89
88001189--88001237	25	2.0	25	87	0	71	32	20	14	32	1.92
88001984--88002023	20	2.1	19	85	4	53	37	15	0	47	1.45
88003360--88003505	23	6.4	23	76	10	138	33	20	23	21	1.97
88003361--88003505	46	3.2	45	91	1	218	33	20	24	22	1.97
88003374--88003505	69	1.9	68	83	4	167	33	21	24	21	1.97
88005684--88005722	18	2.2	18	86	9	53	15	48	23	12	1.79
88018798--88018846	25	2.0	24	84	4	62	36	6	20	36	1.78
88023758--88023825	34	2.0	34	85	5	93	29	23	26	20	1.99
88025565--88025604	13	3.1	13	77	0	53	35	27	5	32	1.79
88028300--88028341	17	2.4	18	84	11	52	45	16	0	38	1.48
88031526--88031568	3	14.0	3	81	13	52	0	32	2	65	1.06
88032374--88032403	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
88032363--88032440	32	2.4	33	76	6	79	33	1	3	61	1.22
88033081--88033124	18	2.4	18	80	0	52	59	18	4	18	1.55
88033641--88033704	25	2.3	29	75	24	68	45	7	6	40	1.58
88037577--88037619	21	2.0	21	100	0	86	48	13	18	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88040517--88040559	21	2.0	22	82	13	54	16	20	25	37	1.93
88042841--88042947	42	2.5	42	77	3	108	28	14	27	29	1.95
88044726--88044812	43	2.0	43	86	0	120	45	2	16	35	1.60
88047492--88047531	21	1.9	21	89	0	62	42	0	2	55	1.13
88049307--88049604	46	6.5	46	89	2	418	39	14	24	21	1.91
88060682--88060749	10	6.7	10	71	20	52	61	0	4	33	1.16
88060902--88060954	12	4.2	13	81	11	58	62	0	1	35	1.06
88060924--88060983	27	2.2	27	82	5	68	61	0	6	31	1.22
88063396--88063573	27	6.6	27	80	5	171	29	28	15	26	1.96
88063417--88063572	82	1.9	81	84	3	206	29	28	16	26	1.96
88065742--88065925	44	4.3	44	78	6	171	27	27	14	30	1.95
88065742--88065906	84	2.0	84	83	4	208	28	27	14	29	1.95
88065804--88066329	220	2.4	221	86	4	689	30	23	14	30	1.95
88065899--88066329	220	2.0	218	91	1	702	30	23	15	31	1.95
88070098--88070165	10	6.7	10	73	20	52	61	1	4	32	1.24
88070337--88070399	24	2.7	23	80	9	65	61	0	4	33	1.17
88070303--88070394	45	2.0	46	83	10	116	59	1	4	34	1.24
88072708--88072747	21	1.9	21	89	0	62	42	0	2	55	1.13
88072704--88072757	21	2.3	23	75	18	58	44	0	1	53	1.11
88074729--88074995	46	5.8	46	85	6	344	40	14	24	20	1.90
88074729--88074995	92	2.9	92	90	0	390	40	14	24	20	1.90
88088237--88088278	21	2.0	21	95	0	75	14	16	47	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88089097--88089209	45	2.5	45	85	2	147	17	18	21	42	1.89
88098170--88099552	694	2.0	694	94	0	2403	32	20	12	34	1.90
88101235--88101263	13	2.2	13	100	0	58	31	20	0	48	1.50
88102166--88102203	18	2.1	18	85	9	51	44	0	0	55	0.99
88113217--88113371	72	2.2	72	93	0	265	34	10	25	28	1.90
88118959--88118988	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
88120677--88120782	46	2.2	44	82	11	113	40	2	2	53	1.30
88122234--88122296	32	2.0	32	96	0	117	46	14	23	15	1.83
88124175--88124244	31	2.3	30	82	4	79	30	4	10	55	1.52
88125109--88125170	19	3.2	19	88	4	88	37	8	17	37	1.80
88128177--88128229	14	3.7	14	79	20	65	22	22	11	43	1.85
88130849--88130887	17	2.2	17	90	4	60	79	0	10	10	0.94
88131778--88132317	44	12.3	44	72	9	413	32	17	23	26	1.97
88131871--88132303	132	3.3	132	94	0	740	32	17	23	26	1.97
88131782--88132265	220	2.2	218	82	6	557	32	18	23	26	1.97
88131782--88132302	88	5.9	89	79	6	462	32	18	23	26	1.97
88132890--88132951	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
88137845--88137880	16	2.2	16	95	0	63	27	0	36	36	1.57
88137861--88137970	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
88138081--88138122	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
88138090--88138131	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
88138121--88138353	54	4.1	54	74	16	236	47	7	1	42	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88138200--88138251	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
88138084--88138299	120	1.8	120	100	0	432	49	6	1	42	1.38
88149469--88149529	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
88162445--88162481	8	4.6	8	93	0	65	40	0	0	59	0.97
88162571--88162603	6	5.3	6	96	3	57	81	0	18	0	0.68
88164064--88164212	45	3.3	45	93	0	246	18	19	20	41	1.90
88164414--88164462	19	2.7	19	78	6	57	38	10	8	42	1.68
88164489--88164559	36	2.0	36	82	0	88	33	11	15	39	1.83
88164501--88164569	36	1.9	36	81	0	84	36	8	14	40	1.77
88165849--88165908	22	2.7	22	81	0	75	28	16	26	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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