genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83642071--83642109	14	2.7	14	84	4	51	64	2	0	33	1.08
83647795--83647834	21	1.9	21	84	0	53	20	15	2	62	1.43
83648273--83648336	33	1.9	33	96	0	119	34	18	7	39	1.80
83656563--83656729	48	3.4	47	84	6	192	27	28	17	26	1.98
83667212--83667239	14	2.0	14	100	0	56	28	21	0	50	1.49
83669130--83669155	3	8.7	3	100	0	52	30	69	0	0	0.89
83676251--83676292	22	1.9	22	85	0	57	50	9	4	35	1.56
83682036--83682077	22	1.9	22	90	0	66	50	11	4	33	1.60
83683930--83684162	49	4.7	50	75	2	209	25	18	27	28	1.98
83683930--83684212	150	1.9	150	83	4	365	26	17	27	28	1.98
83688101--83688135	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
83689179--83689352	49	3.5	49	78	4	206	24	16	29	29	1.97
83689168--83689352	99	1.9	99	93	0	316	24	16	30	28	1.97
83693778--83693852	22	3.4	22	84	1	87	26	21	18	33	1.96
83696141--83696472	27	12.1	27	82	9	332	28	25	12	33	1.92
83696141--83696472	54	6.1	54	84	6	382	28	25	12	33	1.92
83696144--83696471	81	4.0	81	82	9	385	29	25	12	32	1.93
83709385--83709554	46	3.7	46	75	10	166	24	17	27	30	1.97
83709379--83709549	93	1.8	93	91	0	279	23	18	28	29	1.98
83716179--83716368	27	7.1	27	78	9	176	41	21	7	30	1.81
83716186--83716368	54	3.4	54	82	7	212	41	19	7	31	1.80
83716188--83716368	80	2.2	81	80	6	208	41	19	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83716322--83716401	26	3.0	26	87	3	97	40	15	12	32	1.84
83720688--83720796	43	2.6	42	76	4	112	26	20	24	28	1.99
83726730--83726832	37	2.8	37	90	0	170	25	31	19	24	1.98
83726973--83727635	48	13.8	48	93	0	1101	31	26	6	35	1.81
83737941--83738011	34	2.1	35	81	7	83	25	21	23	29	1.99
83749520--83749580	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83752169--83752197	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
83753081--83753147	14	4.7	14	87	3	98	38	16	5	38	1.73
83757467--83757526	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
83760272--83760304	16	2.1	16	88	11	50	48	6	42	3	1.43
83778095--83778125	16	2.0	15	93	6	53	51	19	19	9	1.74
83778342--83778402	29	2.1	28	90	3	95	31	14	24	29	1.95
83778349--83778465	29	4.0	29	80	0	117	33	13	24	28	1.93
83790754--83790784	7	4.4	7	91	0	53	29	0	51	19	1.47
83792780--83792911	40	3.3	40	91	0	210	31	16	21	31	1.95
83792800--83792976	40	4.4	41	83	5	146	30	15	23	30	1.95
83792841--83792977	41	3.4	42	80	5	131	30	15	24	29	1.95
83797305--83797347	18	2.4	18	88	3	61	76	0	6	16	0.99
83797305--83797357	17	3.1	17	83	5	61	75	0	5	18	0.99
83804806--83804888	42	2.0	42	85	7	114	34	25	16	22	1.95
83804783--83804937	43	3.6	43	79	7	138	32	24	18	24	1.97
83807686--83807714	14	2.0	15	93	6	51	3	13	0	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83808855--83808966	27	4.2	26	82	7	98	17	24	21	36	1.95
83809923--83809962	20	2.0	20	85	5	53	60	12	5	22	1.52
83815935--83816045	27	4.1	26	76	12	107	18	23	20	37	1.94
83819447--83819686	49	4.8	49	79	5	250	28	26	19	25	1.98
83819504--83819684	100	1.8	101	85	3	258	28	26	19	25	1.99
83835642--83835924	49	5.6	48	76	9	253	28	27	19	24	1.98
83835642--83835771	50	2.6	49	89	3	181	29	29	16	24	1.97
83841128--83841440	40	7.7	41	90	4	422	24	21	29	24	1.99
83841128--83841440	164	1.9	162	88	1	473	24	21	29	24	1.99
83854973--83855150	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83854994--83855149	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83855634--83855660	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
83874476--83874516	16	2.6	16	96	0	73	29	2	48	19	1.61
83879996--83880042	21	2.2	21	96	0	85	14	23	23	38	1.92
83880003--83880048	21	2.2	21	96	0	83	17	26	21	34	1.95
83881328--83881357	13	2.3	13	100	0	60	60	6	6	26	1.47
83886108--83886161	25	2.2	25	83	6	65	16	24	44	14	1.85
83889445--83889586	48	3.0	48	88	4	223	28	20	25	26	1.99
83889445--83889668	48	4.8	47	74	10	183	25	21	25	27	1.99
83889445--83889668	96	2.4	91	83	6	254	25	21	25	27	1.99
83893814--83894179	47	7.7	47	97	0	678	30	29	8	31	1.87
83894014--83894094	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83905799--83905823	13	1.9	13	100	0	50	64	12	8	16	1.49
83925657--83925730	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
83928241--83928287	20	2.4	20	85	3	60	6	29	23	40	1.79
83930442--83930573	49	2.7	49	82	3	169	25	23	28	21	1.99
83930307--83930615	141	2.2	145	80	9	336	26	21	28	23	1.99
83930444--83930611	48	3.5	46	77	10	167	25	22	28	23	1.99
83934871--83934896	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
83952216--83952241	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
83955519--83955565	24	2.0	24	95	0	85	31	14	0	53	1.42
83958109--83958261	40	3.9	40	83	3	186	20	28	14	37	1.91
83960964--83960994	16	1.9	16	93	0	53	51	12	0	35	1.40
83962343--83962415	36	2.0	36	100	0	146	19	36	5	38	1.75
83963561--83963606	24	1.9	24	86	8	67	30	2	17	50	1.58
83963555--83963616	24	2.5	24	75	17	65	29	1	20	48	1.59
83971705--83971752	14	3.3	14	72	11	51	20	29	0	50	1.49
83971766--83971808	22	2.0	21	82	13	52	25	62	0	11	1.29
83976865--83976967	48	2.2	48	84	6	131	34	15	25	24	1.94
83980260--83980295	15	2.5	14	86	8	54	47	0	0	52	1.00
83980402--83980807	204	2.0	204	98	0	776	32	18	14	35	1.90
83980807--83981151	4	84.0	4	79	11	218	33	0	64	1	1.06
83981080--83981123	5	8.8	5	81	18	56	20	0	77	2	0.88
83981080--83981123	11	4.4	10	88	11	56	20	0	77	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83982224--83982248	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
83991955--83991986	12	2.7	12	90	0	55	34	34	21	9	1.86
84003187--84003357	45	3.7	45	88	3	227	24	16	30	27	1.97
84009121--84009179	30	2.0	30	82	0	73	33	8	25	32	1.86
84021248--84021294	17	2.7	17	86	3	58	23	4	10	61	1.46
84021256--84021294	17	2.3	17	90	0	60	20	5	12	61	1.50
84028653--84028707	27	2.0	27	89	0	83	38	21	9	30	1.85
84028663--84028885	27	8.3	27	83	1	232	37	19	17	25	1.94
84028663--84028881	81	2.7	81	86	2	271	37	18	18	25	1.93
84030371--84030554	67	2.8	64	75	10	178	29	17	29	23	1.97
84033420--84033546	45	2.9	44	88	4	184	26	29	22	22	1.99
84043907--84044129	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
84043982--84044164	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
84047050--84047227	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
84047071--84047226	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
84054922--84055098	27	6.6	27	83	4	196	29	28	15	27	1.96
84054922--84055098	55	3.3	54	82	4	205	29	28	15	27	1.96
84054943--84055097	82	1.9	80	86	5	222	29	28	15	27	1.96
84055644--84055668	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
84062761--84062938	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
84062782--84062937	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
84081882--84082059	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84081883--84082038	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84081879--84082059	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84095820--84095979	39	4.1	39	90	0	257	22	23	28	25	1.99
84100545--84100590	23	2.0	22	87	4	65	41	2	15	41	1.59
84100544--84100598	25	2.3	23	78	12	58	43	1	16	38	1.58
84100687--84100728	22	1.9	22	90	0	66	61	9	2	26	1.39
84100690--84100781	28	3.3	26	72	10	76	56	7	5	30	1.50
84100742--84100873	23	5.6	24	76	12	96	55	3	5	35	1.41
84100828--84100873	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
84101153--84101191	16	2.4	16	86	0	51	46	25	5	23	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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