genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  314  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99159948--99159977	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
99159947--99159985	15	2.5	15	83	8	51	64	0	0	35	0.94
99159939--99159997	17	3.4	17	72	4	55	64	0	0	35	0.94
99161003--99161178	45	4.0	45	90	1	257	26	27	22	23	2.00
99166000--99166037	6	6.3	6	93	0	67	50	0	18	31	1.47
99166167--99166206	21	1.9	21	84	0	53	55	0	2	42	1.13
99166538--99166696	80	2.0	80	98	0	309	49	10	28	12	1.73
99166911--99166984	30	2.5	30	81	0	85	47	1	5	45	1.34
99169374--99169403	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
99169860--99169899	21	1.9	21	100	0	80	42	10	10	37	1.72
99170201--99170279	30	2.6	30	78	11	90	45	2	10	41	1.51
99171875--99171971	17	5.5	17	72	9	70	57	1	1	40	1.12
99171875--99171959	8	9.9	8	69	14	53	58	1	1	38	1.13
99171877--99171915	19	2.1	19	90	4	62	56	2	0	41	1.13
99171876--99171942	26	2.5	27	76	9	75	59	1	0	38	1.06
99171879--99171930	27	1.9	27	84	7	70	55	1	0	42	1.10
99171917--99171964	16	2.8	17	78	12	62	62	0	2	35	1.07
99171950--99171974	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
99172664--99172703	20	2.0	21	85	5	55	37	0	5	57	1.21
99181206--99181469	101	2.6	101	96	0	474	31	15	23	29	1.95
99181206--99181463	51	5.1	51	88	1	394	31	15	23	29	1.95
99186007--99186085	39	2.0	39	100	0	158	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99189420--99189849	217	2.0	217	88	1	648	31	20	12	35	1.89
99194256--99194302	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
99195551--99195609	28	2.1	28	100	0	118	44	23	10	22	1.83
99196794--99196840	20	2.2	21	88	7	69	51	6	0	42	1.27
99199247--99199272	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
99205912--99205969	29	2.0	29	100	0	116	48	20	3	27	1.66
99209902--99209948	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
99216010--99216047	6	6.3	6	96	0	67	2	36	15	44	1.61
99219650--99219710	31	2.0	31	90	0	95	40	6	14	37	1.72
99223763--99223837	38	2.0	38	91	0	123	33	18	6	41	1.77
99225628--99225654	5	5.4	5	100	0	54	37	0	44	18	1.50
99226654--99226679	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
99232224--99232251	14	2.0	14	100	0	56	28	14	35	21	1.92
99235224--99235250	5	5.4	5	100	0	54	40	22	0	37	1.54
99237180--99237236	29	2.0	29	100	0	114	57	10	7	24	1.56
99237861--99238067	66	3.1	66	95	2	371	24	27	22	25	2.00
99240080--99240131	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
99242050--99242101	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
99244131--99244183	25	2.1	25	96	0	97	49	9	11	30	1.70
99257021--99257226	46	4.6	43	77	9	146	25	30	19	25	1.98
99275160--99275246	33	2.8	32	77	8	99	57	8	10	24	1.59
99283574--99283649	31	2.5	31	100	0	152	48	18	7	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99284104--99284143	5	8.0	5	94	0	71	40	2	20	37	1.66
99285642--99285702	29	2.1	29	84	0	77	36	9	1	52	1.45
99285734--99285767	18	1.9	17	94	5	59	47	2	0	50	1.16
99289882--99289957	22	3.7	21	75	15	59	40	17	5	36	1.72
99289918--99289986	17	3.8	19	88	11	117	36	14	11	37	1.83
99290351--99290618	45	5.9	45	79	8	285	25	26	16	31	1.96
99290359--99290528	89	1.9	89	91	0	277	25	28	15	30	1.96
99290558--99290852	78	3.8	78	89	1	439	25	23	18	32	1.97
99291033--99291466	44	9.9	44	73	10	280	28	26	15	29	1.96
99290807--99291466	219	3.0	221	81	2	713	27	24	16	30	1.97
99291240--99291483	131	1.9	129	88	3	373	28	25	15	30	1.96
99298221--99298311	19	4.9	19	88	8	143	36	14	9	39	1.79
99303758--99303791	6	5.7	6	92	0	59	14	32	50	2	1.58
99304223--99304479	126	2.0	124	81	5	293	45	9	6	38	1.62
99304930--99304996	9	7.0	9	72	12	53	34	2	2	59	1.28
99315686--99315945	35	7.4	35	84	0	304	41	16	16	26	1.88
99315715--99315945	105	2.2	105	88	0	336	40	15	16	27	1.88
99317995--99318031	14	2.4	16	91	8	60	24	13	5	56	1.58
99317994--99318031	15	2.4	16	86	4	60	23	13	5	57	1.56
99318363--99318409	23	2.0	23	91	0	76	38	29	17	14	1.89
99319734--99319767	14	2.4	14	85	0	50	41	5	8	44	1.60
99319944--99319977	6	5.7	6	100	0	68	0	67	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99328111--99328140	7	4.3	7	91	0	51	20	0	40	40	1.52
99332359--99332421	32	2.0	32	83	0	81	41	12	20	25	1.88
99346529--99347210	340	2.0	340	100	0	1364	27	16	15	40	1.88
99353821--99353846	13	2.0	13	100	0	52	53	23	7	15	1.67
99371807--99371831	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
99373080--99373106	13	2.1	13	100	0	54	77	7	14	0	0.97
99374504--99374599	21	4.5	21	86	2	120	14	22	26	36	1.93
99374491--99374599	42	2.5	42	83	2	128	16	22	24	35	1.95
99374761--99374801	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
99380619--99380660	16	2.7	15	85	7	50	40	4	2	52	1.35
99382263--99382296	17	2.0	17	88	0	50	14	8	0	76	1.01
99383283--99383328	21	2.1	22	96	4	85	32	10	21	34	1.88
99389251--99389291	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
99400020--99400069	23	2.2	23	85	0	64	16	22	20	42	1.89
99400263--99400323	28	2.2	28	82	5	70	39	0	0	60	0.97
99400981--99401030	13	3.8	13	73	19	50	44	2	14	40	1.56
99402620--99402698	39	2.0	39	92	4	133	39	16	3	40	1.67
99405183--99406546	680	2.0	680	100	0	2728	37	17	16	29	1.91
99406560--99406654	45	2.1	44	88	5	138	34	2	26	36	1.68
99406816--99406850	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
99406774--99406846	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
99406963--99406997	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99406735--99407009	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
99406978--99407165	61	3.1	60	68	19	174	49	5	3	41	1.43
99406941--99407238	120	2.5	120	91	3	483	50	4	3	41	1.39
99407062--99407107	15	3.0	16	78	9	60	58	0	0	41	0.98
99407056--99407249	54	3.4	54	68	22	144	53	3	3	40	1.32
99407955--99407990	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
99411300--99411397	27	3.5	28	77	10	94	63	8	0	28	1.23
99411363--99411396	9	3.7	9	88	7	50	67	5	0	26	1.13
99411364--99411435	33	2.1	34	85	12	96	69	4	0	26	1.06
99433341--99433571	46	5.0	46	90	2	320	19	23	14	41	1.89
99436117--99436174	23	2.5	23	80	0	71	48	22	1	27	1.60
99440576--99440658	6	13.8	6	100	0	166	16	16	32	33	1.92
99442865--99442931	21	3.2	21	78	4	73	74	2	7	14	1.16
99443509--99443620	58	1.9	58	85	0	152	30	18	13	37	1.89
99448263--99448305	21	2.0	21	100	0	86	27	18	4	48	1.68
99453299--99453341	22	2.0	21	86	13	61	46	2	2	48	1.27
99454059--99454084	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
99454157--99454182	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
99458410--99458489	28	2.8	28	78	14	74	37	1	1	60	1.13
99463305--99463360	19	2.9	19	69	10	51	33	35	12	17	1.88
99478842--99478878	11	3.5	11	82	14	51	10	18	16	54	1.71
99479617--99479689	32	2.2	33	85	7	96	57	10	1	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99483170--99483199	14	2.1	15	93	6	53	16	6	0	76	0.99
99484094--99484131	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
99484207--99484232	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
99485971--99486302	42	7.9	42	84	4	355	31	20	21	27	1.98
99485982--99486218	126	1.9	126	92	1	404	32	20	22	25	1.98
99486370--99486403	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
99486627--99486697	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
99488482--99488646	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
99488482--99488646	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
99488496--99488792	19	15.6	19	67	22	78	31	0	20	47	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318