genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89208270--89208328	30	2.0	30	96	0	109	57	8	3	30	1.45
89209589--89209633	24	1.9	23	86	4	63	28	4	2	64	1.25
89209815--89209886	28	2.7	26	82	8	81	43	13	15	27	1.85
89209850--89209964	58	2.0	59	86	8	164	46	13	15	25	1.82
89212310--89212388	17	4.5	17	71	18	56	68	0	1	30	0.98
89217644--89217720	39	2.0	40	81	2	93	23	23	18	35	1.96
89217507--89217825	163	2.0	159	83	4	408	25	23	15	35	1.94
89218577--89218650	22	3.4	22	71	3	69	24	0	31	44	1.54
89218912--89219076	40	4.1	40	73	12	140	23	20	20	35	1.96
89218931--89219085	40	3.9	41	79	4	181	24	19	20	35	1.96
89220732--89220786	12	4.9	11	75	18	51	52	1	3	41	1.29
89241544--89241574	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
89245410--89245472	31	2.0	31	90	0	99	26	19	14	39	1.90
89246825--89246865	21	2.0	21	95	0	73	36	0	7	56	1.27
89247767--89247818	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
89247799--89247908	45	2.6	43	77	9	120	33	5	28	32	1.80
89247961--89247998	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
89247977--89248067	45	2.0	44	85	2	119	31	5	27	35	1.80
89247783--89248122	178	1.9	178	98	0	662	34	7	26	30	1.85
89248232--89248266	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
89248210--89248737	120	4.4	120	93	2	884	51	3	0	43	1.26
89248587--89248621	17	2.1	16	94	5	61	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89266025--89266132	26	4.2	26	90	0	171	37	23	7	32	1.82
89266465--89266505	16	2.7	16	77	7	50	36	2	0	60	1.10
89266540--89266574	14	2.6	13	86	8	52	34	0	0	65	0.93
89266914--89266957	19	2.4	19	85	7	56	52	0	2	45	1.13
89267712--89267783	31	2.3	31	88	4	101	65	6	2	25	1.31
89267710--89267758	22	2.2	23	85	3	64	69	4	2	24	1.17
89267720--89267772	22	2.4	22	78	9	54	67	3	3	24	1.23
89275891--89275945	22	2.7	20	75	8	56	36	7	0	56	1.27
89276393--89276419	11	2.5	11	100	0	54	48	0	0	51	1.00
89291413--89291473	15	3.9	15	73	23	54	63	1	4	29	1.24
89291543--89291627	38	2.2	37	81	8	91	55	8	7	29	1.56
89291754--89291787	18	1.9	18	88	5	52	20	2	0	76	0.92
89292088--89292260	9	18.2	9	69	15	55	34	0	1	63	1.09
89292094--89292320	19	11.7	19	68	20	75	33	0	1	63	1.10
89292065--89292236	29	6.0	28	74	16	95	34	1	1	62	1.10
89292122--89292180	20	2.9	20	74	18	59	35	1	0	62	1.05
89292064--89292280	38	5.9	35	72	21	135	34	0	2	62	1.14
89292103--89292320	18	11.8	18	68	20	51	33	0	1	63	1.11
89292289--89292329	20	2.1	19	86	4	55	24	2	0	73	0.96
89302735--89302759	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
89303442--89303466	6	4.2	6	100	0	50	32	52	0	16	1.44
89303522--89303639	51	2.3	51	91	2	184	22	42	15	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89303522--89303665	51	2.8	51	86	4	148	23	44	13	18	1.85
89307260--89307293	10	3.3	10	92	8	59	8	17	8	64	1.47
89307260--89307293	11	3.2	11	95	4	61	8	17	8	64	1.47
89309185--89309275	38	2.4	38	82	7	105	60	3	2	34	1.25
89309335--89309404	29	2.4	29	85	7	97	32	50	1	15	1.53
89309380--89309415	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
89309804--89309840	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
89309689--89309831	63	2.3	63	81	12	168	25	4	5	64	1.34
89309812--89309842	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
89310303--89310541	125	1.9	126	94	0	426	29	15	15	39	1.88
89313439--89313805	46	7.6	49	84	12	449	34	13	22	29	1.92
89313439--89313794	98	3.6	98	95	0	613	34	13	21	30	1.92
89313769--89313914	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
89324920--89325128	90	2.3	90	89	0	310	30	19	22	28	1.98
89325100--89325554	45	10.2	44	67	13	198	29	20	23	27	1.99
89325010--89325778	135	5.7	135	88	0	1071	29	19	22	27	1.98
89325781--89326070	85	3.4	86	91	4	473	30	23	25	20	1.99
89326354--89326389	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
89326667--89326806	63	2.3	63	81	8	164	25	4	5	64	1.34
89326781--89326817	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
89326789--89326819	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
89327128--89327188	3	19.7	3	83	12	79	32	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89327290--89327526	126	1.9	126	93	0	411	29	15	16	38	1.89
89328406--89328465	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
89337240--89337324	7	12.9	7	71	9	54	44	35	2	17	1.62
89337240--89337325	13	6.5	13	71	10	59	44	34	2	18	1.63
89337344--89337388	21	2.1	21	83	0	54	26	6	28	37	1.82
89338812--89338864	18	3.1	17	83	10	72	67	1	0	30	1.01
89339018--89339055	20	1.9	20	88	0	58	36	0	2	60	1.11
89343333--89343449	60	2.0	59	87	1	171	35	8	12	43	1.74
89343990--89344054	23	2.9	23	68	19	55	52	4	3	40	1.38
89351449--89351513	30	2.2	30	88	2	96	24	13	6	55	1.61
89362134--89362158	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
89365811--89365845	7	4.9	7	96	3	61	68	2	0	28	1.04
89372392--89372440	24	2.0	24	84	7	64	32	8	6	53	1.55
89373034--89373168	47	2.9	47	84	3	155	40	28	13	17	1.87
89373305--89373768	243	1.9	243	100	0	928	38	18	7	34	1.80
89373842--89373870	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
89379327--89379579	132	1.9	131	95	0	452	30	23	17	27	1.97
89379224--89379857	219	2.9	219	93	0	1018	29	24	17	28	1.97
89379536--89380057	263	2.0	263	94	1	913	30	26	16	27	1.96
89379224--89380038	219	3.7	219	88	2	971	29	24	16	28	1.97
89379536--89380057	132	4.0	132	94	1	906	30	26	16	27	1.96
89402690--89403470	87	9.3	84	75	13	314	30	24	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89402685--89403480	44	19.0	44	73	13	623	31	24	15	28	1.96
89402907--89403006	36	2.8	34	74	19	89	34	21	17	28	1.95
89402685--89403225	198	2.6	207	85	11	761	31	23	15	28	1.96
89402977--89403480	130	3.9	131	93	4	850	31	25	15	27	1.96
89419038--89419210	88	2.0	88	98	0	337	20	10	19	49	1.77
89420790--89420827	17	2.2	17	100	0	76	21	10	23	44	1.83
89421219--89421284	33	2.0	33	96	0	123	59	10	12	18	1.61
89422259--89422288	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
89426643--89426704	22	3.1	22	61	29	57	37	19	9	33	1.84
89426630--89426704	37	2.0	37	100	0	150	37	18	10	33	1.86
89430402--89430769	135	2.8	131	79	7	348	29	19	17	33	1.95
89430644--89430895	131	1.9	131	79	3	283	25	19	19	35	1.95
89448266--89448302	8	4.8	8	90	3	58	32	0	2	64	1.07
89448284--89448321	13	3.0	13	84	3	51	44	0	0	55	0.99
89448265--89448307	21	2.0	20	86	8	59	32	0	2	65	1.06
89463548--89463581	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
89463548--89463581	16	2.1	16	100	0	68	82	0	0	17	0.67
89466373--89466561	54	3.5	53	80	8	195	34	19	23	22	1.96
89466378--89466623	107	2.3	109	80	8	285	35	17	23	22	1.95
89466813--89466843	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
89473944--89474139	55	3.6	52	80	8	205	34	17	24	22	1.96
89473942--89474139	108	1.8	110	87	4	303	34	17	24	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89474383--89474413	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
89480231--89480297	22	3.0	22	80	6	64	32	17	28	20	1.96
89483676--89483759	42	2.0	42	100	0	168	23	21	16	38	1.93
89486507--89486679	47	3.7	48	77	14	166	23	20	26	28	1.99
89486906--89486943	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
89494045--89494217	46	3.7	46	74	10	181	23	20	26	30	1.99
89494042--89494212	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	29	1.99
89508955--89508991	17	2.1	19	90	10	60	16	0	10	72	1.10
89514260--89514367	26	4.2	26	92	0	180	32	8	23	36	1.84
89517968--89518133	21	8.0	21	71	4	113	16	19	18	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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