genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17103208--17103233	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
17114201--17114225	4	6.2	4	100	0	50	28	24	24	24	2.00
17115362--17115407	22	2.1	22	100	0	92	19	45	17	17	1.85
17116025--17116060	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
17118272--17118316	12	3.8	12	79	2	56	26	2	26	44	1.66
17118272--17118316	24	1.9	23	86	4	63	26	2	26	44	1.66
17120086--17120555	235	2.0	235	97	0	895	29	15	13	41	1.84
17120573--17120635	31	2.0	31	84	0	81	50	12	1	34	1.50
17129307--17129343	19	1.9	19	88	0	56	59	2	0	37	1.12
17129721--17129782	29	2.2	28	82	8	72	20	3	9	66	1.35
17133234--17133298	33	2.0	33	100	0	130	43	6	26	24	1.77
17138358--17138550	35	5.5	35	83	4	230	31	11	23	33	1.91
17140164--17140222	24	2.5	24	91	5	93	15	13	37	33	1.86
17143255--17143303	24	2.0	24	100	0	98	32	0	28	38	1.57
17143345--17143389	23	2.0	23	82	8	56	37	6	15	40	1.74
17146823--17146874	28	1.9	27	84	7	70	69	1	1	26	1.10
17146823--17146878	27	2.0	28	82	3	69	69	1	1	26	1.08
17146840--17146896	17	3.4	17	76	9	55	70	1	1	26	1.07
17155620--17155670	21	2.3	22	83	12	61	54	7	1	35	1.40
17156505--17156534	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
17157281--17157373	18	5.2	18	85	0	123	27	24	16	31	1.96
17157281--17157373	36	2.6	36	92	0	150	27	24	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17161164--17161274	37	3.0	37	97	0	204	25	20	15	38	1.92
17161238--17161408	52	3.2	52	92	1	279	26	22	14	36	1.92
17178422--17178456	19	1.9	17	88	11	52	65	11	2	20	1.37
17178740--17178790	25	2.1	23	82	10	57	47	5	11	35	1.65
17181501--17181563	13	4.9	13	81	11	85	38	25	6	30	1.81
17181504--17181571	13	5.4	13	77	11	61	39	25	7	27	1.82
17186928--17186987	29	2.1	29	100	0	120	38	13	15	33	1.86
17197724--17197757	5	6.8	5	100	0	68	41	0	17	41	1.50
17197770--17197823	27	2.0	27	100	0	108	14	14	14	55	1.70
17200002--17200035	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
17205437--17205478	19	2.3	19	88	8	61	33	4	2	59	1.31
17205364--17205498	57	2.4	57	81	9	143	28	5	2	62	1.30
17205607--17205808	92	2.2	91	84	4	246	31	6	17	44	1.74
17206001--17206071	35	2.0	35	100	0	142	28	16	11	43	1.83
17210752--17210795	22	2.0	23	95	4	81	70	0	0	29	0.88
17214035--17214072	18	2.1	18	95	0	67	31	10	7	50	1.66
17214039--17214078	18	2.2	18	86	0	53	32	12	10	45	1.75
17216491--17216976	239	2.0	243	91	2	782	30	20	19	29	1.97
17217318--17217350	9	3.7	9	91	0	57	0	30	9	60	1.27
17228809--17228845	14	2.5	15	83	16	51	67	0	10	21	1.21
17234108--17234133	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
17242063--17242087	11	2.3	11	100	0	50	36	28	28	8	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17243334--17243365	2	17.0	2	87	12	50	0	46	0	53	1.00
17256599--17256644	23	2.0	23	100	0	92	43	8	13	34	1.74
17263112--17263161	18	2.9	17	77	17	59	58	0	2	40	1.10
17271058--17271199	72	2.0	71	95	2	259	28	18	4	47	1.69
17271355--17271426	31	2.3	31	85	0	90	41	11	13	33	1.80
17277375--17277411	18	2.1	18	94	0	65	64	21	2	10	1.37
17277375--17277405	15	2.1	15	93	0	53	67	22	0	9	1.19
17292411--17292436	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17342202--17342238	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
17342281--17342340	29	2.0	30	90	3	95	20	35	0	45	1.51
17342290--17342347	29	2.0	29	89	3	89	20	37	0	41	1.53
17343458--17343505	24	2.0	24	100	0	96	54	16	8	20	1.68
17348981--17349023	21	1.9	22	86	13	61	46	0	2	51	1.13
17370441--17370496	6	9.2	6	90	2	85	0	60	0	39	0.97
17370441--17370492	18	2.8	18	97	2	95	0	61	0	38	0.96
17371698--17371734	17	2.1	18	90	5	58	29	10	35	24	1.89
17373957--17373995	19	2.1	19	95	0	69	48	12	7	30	1.69
17373960--17374002	19	2.3	19	88	4	61	53	11	4	30	1.57
17378843--17378880	3	12.7	3	94	0	67	65	2	31	0	1.06
17381829--17382073	125	1.9	126	94	1	429	31	18	20	29	1.96
17385483--17385559	29	2.7	29	82	15	81	25	6	12	54	1.62
17387358--17387390	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17387437--17387526	22	4.1	22	72	18	64	23	0	6	70	1.11
17387451--17387526	22	3.4	21	72	20	66	23	0	5	71	1.07
17387466--17387515	26	2.0	26	88	7	77	30	0	6	64	1.18
17388402--17388488	13	6.5	13	70	16	52	63	0	0	36	0.95
17388406--17388494	12	7.8	12	71	23	50	64	0	0	35	0.94
17388398--17388494	18	5.2	18	74	12	88	63	0	0	36	0.94
17388393--17388518	56	2.3	55	92	1	207	64	0	0	34	1.00
17388406--17388476	12	5.8	12	77	11	54	64	0	0	35	0.94
17392928--17392956	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
17396055--17396088	17	2.0	17	88	0	50	23	0	5	70	1.09
17399101--17399134	18	1.9	18	88	5	52	41	11	0	47	1.40
17404739--17404772	17	1.9	18	94	5	61	61	0	0	38	0.96
17404738--17404772	8	4.2	8	85	7	52	62	0	0	37	0.95
17404741--17404791	17	3.0	17	80	8	59	60	3	1	33	1.26
17408166--17408243	34	2.3	34	95	2	140	37	17	15	29	1.91
17408383--17408438	24	2.3	24	87	6	78	39	1	8	50	1.44
17409642--17409681	19	2.1	19	100	0	80	7	57	15	20	1.61
17430549--17430752	52	4.0	52	73	9	170	29	30	15	24	1.96
17433370--17433410	19	2.2	18	87	12	57	63	0	0	36	0.95
17433496--17433542	14	3.3	14	80	11	51	74	0	0	25	0.82
17433491--17433534	15	3.0	15	83	3	54	77	0	0	22	0.77
17441665--17441689	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17441580--17441785	105	2.0	105	92	0	340	44	4	4	46	1.44
17442834--17442941	38	2.8	38	100	0	216	44	15	11	28	1.81
17443670--17443706	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
17454513--17454576	25	2.6	25	95	5	112	32	12	34	20	1.90
17455730--17455865	7	19.1	7	72	11	80	36	41	0	21	1.53
17455892--17455985	46	2.0	46	93	0	161	44	25	2	27	1.65
17455903--17456000	7	13.4	7	72	12	63	48	24	1	25	1.57
17456156--17456374	41	5.4	41	88	2	300	17	24	23	34	1.96
17456156--17456356	81	2.5	82	89	0	314	18	24	24	32	1.97
17456150--17456410	122	2.1	122	82	4	321	19	22	23	34	1.96
17456468--17456493	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
17457095--17457129	17	2.1	17	88	0	52	65	5	25	2	1.28
17458845--17458894	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
17460937--17460968	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
17460949--17460983	18	2.0	17	88	5	52	77	0	8	14	0.99
17461025--17461058	4	8.2	4	87	6	50	70	0	29	0	0.87
17462204--17462251	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
17462740--17462797	23	2.5	23	97	0	107	5	3	44	46	1.42
17462898--17462922	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
17486482--17486544	24	2.7	23	78	7	65	44	3	4	47	1.40
17506139--17506202	25	2.6	25	95	5	112	32	12	34	20	1.90
17507349--17507484	7	19.1	7	72	11	80	36	41	0	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17507511--17507604	46	2.0	46	93	0	161	44	25	2	27	1.65
17507522--17507619	7	13.4	7	72	12	63	48	24	1	25	1.57
17507775--17507993	41	5.4	41	88	2	300	18	24	23	33	1.96
17507775--17507975	81	2.5	82	89	0	314	18	24	24	31	1.98
17507775--17508029	122	2.1	122	84	2	325	19	22	23	34	1.97
17508088--17508112	12	2.1	12	100	0	50	44	32	16	8	1.76
17508701--17508743	17	2.5	17	84	0	59	67	4	25	2	1.22
17510456--17510505	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
17512547--17512578	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
17512559--17512592	17	2.0	17	88	11	52	76	0	8	14	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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