Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  25  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9447779--9447828
20
2.5
20
80
3
66
56
8
4
32
1.47
9450273--9450426
47
3.3
47
80
8
161
26
16
26
30
1.96
9457431--9457456
8
3.2
8
100
0
52
0
11
0
88
0.52
9461015--9461049
18
2.1
17
89
10
54
45
2
14
37
1.59
9462156--9462247
31
3.0
31
90
0
139
28
19
26
26
1.99
9462350--9462488
42
3.0
47
82
12
164
29
13
25
30
1.94
9462405--9462501
42
2.3
43
87
3
135
30
14
24
29
1.95
9463928--9464099
93
1.8
93
93
0
299
27
29
21
21
1.99
9463920--9464095
46
3.8
46
79
12
207
28
28
21
21
1.98
9466221--9466300
29
2.6
30
84
5
90
45
11
10
33
1.73
9466237--9466302
31
2.3
27
80
14
78
46
12
7
33
1.69
9468311--9468336
12
2.2
12
100
0
52
7
0
15
76
0.99
9470397--9470422
2
13.0
2
100
0
52
0
50
0
50
1.00
9487088--9487167
41
2.0
41
94
0
142
30
21
7
41
1.80
9489307--9489361
27
2.0
27
89
0
83
29
38
23
9
1.85
9490335--9490416
6
13.7
6
78
5
76
7
46
1
45
1.39
9510615--9510682
22
3.0
22
81
10
84
41
19
23
16
1.90
9514124--9514187
7
8.4
7
73
26
51
54
1
1
42
1.19
9515139--9515267
15
8.9
14
73
17
70
25
6
1
65
1.26
9515139--9515246
29
3.8
28
69
18
78
25
7
1
64
1.30
9515179--9515293
21
5.2
24
72
20
83
28
8
0
62
1.25
9515334--9515358
4
6.2
4
100
0
50
24
0
0
76
0.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9516572--9516637
32
2.1
32
83
13
84
43
13
9
33
1.76
9516735--9516791
22
2.8
20
73
21
55
22
0
3
73
0.98
9533675--9533723
2
24.5
2
100
0
98
51
0
48
0
1.00
9543238--9543277
11
3.6
11
82
0
53
22
10
7
60
1.54
9543314--9543375
30
2.1
31
90
6
101
24
3
11
61
1.44
9553977--9554040
21
3.0
21
68
11
58
43
1
6
48
1.37
9554734--9554772
18
2.1
19
85
4
53
69
5
10
15
1.34
9560031--9560059
13
2.1
14
93
6
51
31
20
6
41
1.79
9562135--9562244
54
2.0
54
98
0
211
33
20
7
39
1.80
9568879--9568928
24
2.1
24
100
0
100
40
28
12
20
1.87
9570829--9571219
195
2.0
196
92
1
660
39
6
14
40
1.71
9572389--9572438
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
9577028--9577077
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
9590100--9590139
14
2.9
14
80
0
53
65
2
0
32
1.06
9592612--9592638
2
13.5
2
100
0
54
51
0
48
0
1.00
9593079--9593149
30
2.4
31
83
4
92
71
8
8
11
1.30
9593841--9593961
37
3.4
35
67
18
97
28
4
10
56
1.52
9593817--9593961
70
2.1
70
94
1
256
31
6
8
53
1.57
9597819--9597870
19
2.6
21
75
9
54
53
7
7
30
1.57
9612931--9612981
15
3.4
15
74
15
52
29
1
0
68
1.00
9614656--9614706
25
2.0
25
100
0
102
39
15
13
31
1.87
9621151--9621183
10
3.3
10
100
0
66
90
0
9
0
0.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9638448--9638472
8
3.1
8
100
0
50
88
0
12
0
0.53
9649561--9649590
15
2.0
15
100
0
60
46
0
20
33
1.51
9653757--9653812
29
1.9
29
81
0
67
32
19
5
42
1.74
9657685--9657709
4
6.2
4
100
0
50
76
0
0
24
0.80
9659385--9659425
21
1.9
22
85
14
59
60
9
2
26
1.40
9660728--9660757
13
2.2
14
94
5
53
50
6
0
43
1.28
9664639--9664667
10
2.7
11
94
5
51
62
20
17
0
1.33
9670694--9670719
12
2.2
12
100
0
52
42
0
0
57
0.98
9674551--9674580
10
3.0
10
100
0
60
0
90
0
10
0.47
9675081--9675117
14
2.5
15
83
16
51
27
0
5
67
1.12
9675102--9675176
29
2.6
29
87
6
98
42
0
1
56
1.08
9675112--9675189
29
3.3
22
70
23
59
43
0
0
56
0.99
9677132--9677187
20
2.7
21
81
10
71
41
1
0
57
1.09
9677132--9677188
10
5.6
10
74
17
55
40
1
0
57
1.09
9686953--9687008
28
2.0
28
92
0
94
37
23
1
37
1.65
9692650--9692691
22
1.9
22
90
0
66
61
4
9
23
1.45
9693563--9693612
25
2.0
25
100
0
100
64
4
4
28
1.30
9696628--9696695
28
2.7
23
76
20
73
17
4
32
45
1.68
9696601--9696684
28
3.0
28
89
1
123
19
2
30
47
1.62
9696889--9696975
21
4.0
23
75
13
94
16
22
25
35
1.94
9698771--9698833
28
2.2
28
86
5
83
34
9
25
30
1.88
9698906--9699117
39
5.5
39
90
3
329
18
20
29
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9698906--9699127
77
2.8
78
88
5
322
19
21
28
30
1.97
9715516--9715551
18
2.0
18
100
0
72
50
22
5
22
1.70
9715656--9715703
24
2.0
24
100
0
96
54
0
12
33
1.38
9715656--9715696
13
3.3
13
73
13
50
51
0
14
34
1.43
9718500--9718540
16
2.6
16
82
17
50
58
2
2
36
1.24
9727710--9727794
42
2.0
42
97
0
161
47
4
12
35
1.63
9728206--9728251
19
2.3
20
78
14
51
30
4
2
63
1.26
9728940--9728991
23
2.2
24
89
3
79
11
17
17
53
1.72
9729297--9729333
13
2.8
13
95
0
65
35
8
16
40
1.78
9730506--9731200
90
7.7
90
93
0
1039
29
17
29
22
1.97
9732481--9732574
48
2.0
48
97
2
181
38
25
6
29
1.81
9746794--9747034
42
5.7
42
87
1
349
22
32
10
33
1.89
9747935--9747980
24
1.9
24
86
0
65
43
0
0
56
0.99
9750534--9750605
24
3.2
24
66
18
73
26
0
22
51
1.48
9750514--9750606
43
2.1
43
96
2
168
29
0
21
49
1.50
9751781--9751812
15
2.3
15
89
10
50
40
18
0
40
1.51
9753526--9753612
7
11.9
7
75
14
61
56
2
0
41
1.12
9753540--9753581
3
13.3
3
81
18
50
61
2
0
35
1.09
9753998--9754034
14
2.6
14
86
0
56
43
0
0
56
0.99
9760544--9760606
15
3.6
18
67
18
51
63
0
1
34
1.04
9760717--9760768
24
2.1
26
82
7
63
67
5
0
26
1.13
9762876--9762911
18
1.9
19
88
5
56
30
5
0
63
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9764508--9764595
46
1.9
46
84
9
117
36
0
4
59
1.18
9764555--9764634
29
2.7
30
78
3
81
42
1
1
55
1.16
9772495--9772623
53
2.4
53
84
2
161
27
25
17
28
1.98
9803575--9803604
5
6.0
5
100
0
60
40
0
0
60
0.97
9806044--9806083
5
8.0
5
100
0
80
60
0
0
40
0.97
9808048--9808217
46
3.7
46
80
16
215
31
29
18
20
1.96
9808056--9808226
93
1.8
93
92
0
288
30
29
19
20
1.97
9812410--9812471
18
3.7
16
77
12
54
41
9
0
48
1.36
9812434--9812474
18
2.3
18
95
0
73
36
7
0
56
1.27
9812410--9812472
17
3.7
16
77
12
63
41
9
0
49
1.35
9815221--9815265
20
2.3
20
85
7
58
48
0
2
48
1.13
9815229--9815272
20
2.4
19
81
11
56
52
0
0
47
1.00
9821696--9821734
17
2.4
17
83
8
55
56
5
0
38
1.22
9833159--9833198
20
2.0
20
85
0
53
52
5
0
42
1.23
9833182--9833216
18
1.9
18
88
11
54
60
8
2
28
1.41
9837208--9837258
13
3.9
13
79
7
59
35
21
9
33
1.86
9838420--9838444
7
3.6
7
100
0
50
56
0
0
44
0.99
9838819--9838888
30
2.3
29
75
15
70
42
0
10
47
1.37
9852755--9852830
38
2.0
38
97
0
143
46
13
22
18
1.83
9856302--9856342
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
9862955--9863009
20
2.7
21
86
8
78
34
0
7
58
1.26
9862956--9863010
10
5.4
10
76
20
60
32
0
7
60
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9862983--9863029
23
2.0
24
83
4
60
34
2
6
57
1.36
9863062--9863100
18
2.2
18
95
0
69
35
5
7
51
1.53
9865828--9865852
2
12.5
2
100
0
50
52
48
0
0
1.00
9865862--9865921
23
2.7
23
71
16
56
63
1
0
35
1.05
9865856--9865932
31
2.5
31
82
6
93
61
3
0
35
1.15
9868658--9868687
14
2.2
13
94
5
51
33
6
20
40
1.78
9868671--9868714
19
2.2
20
92
4
72
25
9
13
52
1.70
9870669--9870830
24
6.8
24
68
10
98
33
28
12
25
1.93
9873066--9873143
32
2.4
32
85
4
95
53
21
2
21
1.57
9878143--9878190
25
1.9
25
83
8
62
60
2
33
4
1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318