genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81281007--81281232	40	5.7	40	86	4	262	26	21	26	25	2.00
81281100--81281265	80	2.1	79	83	7	203	26	21	27	25	1.99
81284972--81285143	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	20	1.98
81284964--81285139	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.98
81303497--81303824	164	2.0	163	90	0	521	39	16	12	31	1.86
81308435--81308480	23	2.0	23	83	8	58	43	19	10	26	1.84
81309228--81309482	57	4.4	57	77	4	253	32	17	18	31	1.94
81309231--81309482	115	2.2	115	91	0	414	32	17	17	32	1.94
81320085--81320166	36	2.3	35	75	8	85	34	20	15	29	1.94
81320475--81320544	14	5.0	14	72	6	61	30	18	15	35	1.92
81320475--81320565	28	3.2	28	76	6	94	30	18	15	35	1.92
81320488--81320576	28	3.2	28	74	15	85	31	19	13	35	1.90
81320475--81320610	56	2.4	56	81	2	148	30	18	14	36	1.91
81320587--81320641	26	2.1	26	86	0	74	25	18	14	41	1.88
81329007--81329188	28	6.5	28	92	1	285	27	12	26	33	1.92
81347502--81347735	28	8.5	28	92	4	370	27	11	26	34	1.90
81351231--81351272	12	3.5	12	83	0	57	2	35	26	35	1.70
81361290--81361339	26	1.9	26	91	0	82	30	4	16	50	1.63
81361457--81361495	18	2.3	16	86	8	51	69	2	7	20	1.26
81364630--81364661	14	2.3	14	94	0	55	15	21	25	37	1.93
81367275--81367327	27	2.0	27	96	0	97	26	37	22	13	1.91
81380647--81380737	35	2.4	38	78	10	107	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81380660--81380710	19	3.0	17	81	13	52	56	0	1	41	1.10
81382182--81382209	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
81385303--81385347	22	2.1	22	83	4	56	22	26	0	51	1.49
81390527--81390562	16	2.2	16	90	0	54	33	11	25	30	1.90
81392822--81393085	40	6.7	40	85	8	319	25	27	21	26	1.99
81394163--81394189	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
81394826--81395010	68	2.7	68	79	4	167	38	20	18	22	1.94
81394827--81395192	69	5.3	69	76	1	241	38	20	18	22	1.93
81394928--81395203	138	2.0	138	80	2	304	36	21	17	24	1.95
81400426--81400468	5	8.2	5	85	10	59	2	16	2	79	0.95
81405667--81405715	24	2.0	24	84	11	64	59	0	30	10	1.31
81412307--81412355	25	2.0	25	88	8	73	44	8	10	36	1.68
81412594--81412669	37	2.1	37	100	0	152	36	15	7	39	1.77
81416155--81416212	18	3.2	17	73	21	55	60	5	5	29	1.40
81417008--81417158	75	2.0	75	100	0	302	47	13	11	27	1.78
81417124--81417248	60	2.1	60	96	0	232	37	17	4	40	1.69
81417414--81417505	9	9.7	9	74	14	78	57	1	1	40	1.13
81417413--81417512	20	5.2	19	75	16	98	58	1	1	40	1.12
81417458--81417514	29	2.0	28	82	3	69	56	0	0	43	0.99
81417643--81417693	20	2.5	21	90	9	88	35	0	1	62	1.06
81417962--81418199	10	23.8	10	66	16	77	32	2	6	58	1.36
81417962--81418020	29	2.1	28	83	3	73	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81418074--81418131	21	2.8	21	84	7	66	25	3	8	62	1.40
81418138--81418221	10	8.8	9	76	16	64	35	0	4	59	1.19
81418138--81418184	19	2.4	20	92	3	78	38	0	2	59	1.09
81418139--81418239	29	3.4	29	80	15	118	35	0	4	59	1.19
81420808--81420843	18	2.0	18	88	0	54	50	11	2	36	1.53
81422285--81422347	30	2.1	30	87	0	90	31	19	17	31	1.95
81426166--81426224	31	1.9	31	100	0	118	49	10	8	32	1.67
81426162--81426234	31	2.3	32	85	7	112	52	9	12	26	1.69
81434586--81434669	43	2.0	43	84	13	111	23	17	29	28	1.97
81440502--81440556	28	1.9	29	85	3	76	23	40	21	14	1.90
81444767--81444947	41	4.4	41	80	0	209	24	30	10	33	1.89
81444758--81444947	82	2.3	82	84	0	236	25	30	11	33	1.91
81445693--81445741	15	3.3	15	76	21	57	22	26	28	22	1.99
81445698--81445741	17	2.8	17	80	19	60	25	29	25	20	1.99
81455499--81455597	46	2.1	47	84	1	128	37	9	25	28	1.86
81460321--81460447	49	2.6	49	76	8	136	25	17	30	25	1.97
81462623--81464017	717	2.0	711	93	2	2384	36	14	19	28	1.92
81466001--81466040	20	2.0	20	100	0	80	30	5	25	40	1.77
81467670--81467700	9	3.6	9	95	4	55	9	0	16	74	1.07
81468449--81468601	42	3.6	42	77	0	162	28	16	28	26	1.97
81476772--81476797	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
81479673--81479909	130	1.8	130	86	3	343	27	19	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81491627--81492652	44	22.8	44	80	8	964	29	15	29	26	1.96
81492091--81492132	22	2.0	21	95	4	75	45	14	30	9	1.77
81492047--81492172	66	1.9	66	86	3	182	36	14	27	21	1.92
81492003--81492216	110	1.9	110	88	0	320	33	14	28	23	1.95
81491959--81492260	154	2.0	154	90	0	478	31	15	29	24	1.95
81495600--81495902	130	2.3	131	85	5	391	27	19	18	34	1.95
81495569--81496033	130	3.5	131	79	7	338	29	18	18	33	1.95
81495604--81496093	132	3.7	133	77	9	434	27	20	18	34	1.95
81498715--81498757	22	2.0	22	86	9	61	23	20	30	25	1.99
81512635--81513071	217	2.0	217	97	0	829	35	14	20	29	1.92
81518889--81518921	15	2.1	16	94	5	59	69	0	0	30	0.88
81525679--81525732	27	2.0	27	100	0	108	22	11	11	55	1.66
81526951--81527017	18	3.9	18	78	11	77	37	11	10	40	1.77
81527441--81527752	72	4.3	71	81	5	358	25	7	14	52	1.67
81528337--81528369	16	2.2	15	89	10	50	27	0	0	72	0.85
81529767--81529925	27	5.9	27	78	14	141	35	20	24	19	1.96
81529767--81529928	54	3.0	54	89	2	229	35	20	24	19	1.96
81530029--81530103	26	2.8	27	85	4	98	32	12	21	34	1.90
81531546--81531653	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
81532696--81532752	24	2.6	21	75	21	55	52	1	1	43	1.21
81532932--81532984	13	4.1	13	77	0	61	35	32	7	24	1.84
81532932--81532984	26	2.0	26	88	0	79	35	32	7	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81549791--81549859	27	2.6	27	85	0	102	13	5	33	47	1.66
81551162--81551294	50	2.7	50	80	10	157	27	19	28	24	1.99
81557413--81557561	28	5.3	28	90	1	201	34	27	10	27	1.90
81560635--81560678	22	2.0	22	81	0	52	15	31	13	38	1.87
81567582--81567766	79	2.3	81	81	9	220	24	22	28	24	1.99
81567582--81567766	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	24	1.99
81567635--81567789	79	2.0	78	82	10	190	26	20	27	25	1.99
81567990--81568347	47	7.6	47	92	1	581	32	8	29	29	1.87
81568466--81568544	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
81570115--81570184	35	2.0	35	97	0	131	18	31	30	20	1.96
81577321--81577443	46	2.6	48	88	2	178	28	19	30	21	1.98
81577461--81577592	49	2.7	48	84	2	183	29	20	27	22	1.99
81583530--81583579	25	2.0	25	88	0	73	26	20	18	36	1.95
81595451--81595616	35	4.7	35	81	3	147	44	15	14	25	1.84
81595451--81595616	70	2.4	70	77	2	163	44	15	14	25	1.84
81596038--81596069	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
81609757--81609800	23	1.9	23	90	0	70	29	25	15	29	1.96
81612481--81612591	27	4.1	26	86	5	114	35	20	23	20	1.96
81612501--81612590	28	3.3	28	89	4	130	34	22	23	20	1.97
81612691--81612756	26	2.5	26	82	9	89	28	10	24	36	1.89
81613675--81613707	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
81619729--81619768	20	2.0	20	100	0	80	25	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81620396--81620510	27	4.3	26	87	5	104	35	20	22	20	1.96
81620435--81620509	28	2.7	28	91	2	116	34	20	22	22	1.96
81620396--81620510	54	2.1	53	82	3	131	35	20	22	20	1.96
81621596--81621628	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
81624024--81624066	21	2.0	21	86	0	59	27	39	4	27	1.76
81624032--81624077	18	2.6	18	83	13	67	23	34	6	34	1.81
81643817--81644012	48	4.1	48	73	12	152	28	26	18	27	1.98
81647311--81647380	29	2.4	29	85	4	88	28	14	31	25	1.95
81655304--81655377	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
81665150--81665273	66	1.9	66	89	0	194	28	20	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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