genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27347756--27347800	12	3.8	12	82	2	56	68	0	2	28	1.01
27347761--27347809	12	3.6	14	76	15	50	73	0	2	24	0.94
27348119--27348209	13	7.6	13	78	19	101	13	0	49	37	1.42
27348134--27348263	48	2.6	48	83	8	145	15	0	46	37	1.51
27348119--27348262	35	4.2	35	81	10	156	14	0	47	36	1.49
27348194--27348244	22	2.3	22	96	0	93	17	1	43	37	1.61
27348204--27348263	31	1.9	31	93	0	102	18	1	45	35	1.60
27348180--27348262	22	3.8	21	82	4	67	16	1	44	37	1.56
27350828--27350872	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
27350895--27350972	38	2.0	39	82	2	95	25	1	8	64	1.31
27351276--27351324	23	2.1	23	100	0	98	32	26	12	28	1.92
27358842--27358920	41	2.0	39	85	9	108	55	13	16	13	1.69
27365885--27365935	25	2.0	25	100	0	102	45	15	7	31	1.75
27366011--27366116	52	2.0	52	98	0	203	20	14	16	48	1.81
27380793--27380828	17	2.1	17	89	0	54	50	0	11	38	1.38
27384675--27384699	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
27386414--27386457	22	2.0	21	83	12	54	43	0	15	40	1.47
27388724--27388753	14	2.1	14	100	0	60	43	6	30	20	1.77
27388993--27389099	56	2.0	53	85	12	148	43	15	11	28	1.81
27409356--27409555	46	4.3	46	89	1	301	39	13	24	23	1.90
27409356--27409555	93	2.2	92	88	0	301	39	13	24	23	1.90
27409480--27409624	74	1.9	75	88	1	220	40	14	22	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27409527--27409583	28	2.0	28	93	0	96	42	14	19	24	1.88
27409555--27409787	46	5.0	46	88	1	315	42	15	23	19	1.88
27409679--27409753	24	3.2	24	62	24	59	38	16	26	18	1.91
27409356--27409754	213	1.9	213	94	0	708	40	14	24	21	1.90
27409555--27409787	93	2.5	92	88	2	333	42	15	23	19	1.88
27411754--27411783	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
27412052--27412138	44	2.0	44	97	0	165	45	11	19	22	1.82
27413087--27413141	5	10.8	5	90	3	74	12	0	5	81	0.84
27420663--27420875	52	4.3	50	72	11	170	30	30	15	23	1.96
27423878--27423913	18	2.1	18	89	5	56	36	2	8	52	1.46
27428542--27428582	21	2.0	21	100	0	82	48	14	7	29	1.71
27435673--27435710	16	2.4	16	86	8	51	15	2	2	78	0.97
27436904--27438179	76	16.8	72	76	12	435	34	19	16	29	1.94
27437085--27437663	78	7.1	85	78	12	349	36	18	16	27	1.93
27437300--27437960	76	8.7	76	87	4	787	36	19	16	27	1.93
27437300--27437940	153	4.2	151	87	7	808	35	20	16	28	1.94
27437300--27438180	153	5.9	146	83	7	788	35	19	16	28	1.93
27437273--27438161	76	11.8	74	82	9	628	34	20	16	29	1.94
27437273--27438179	146	6.1	145	81	8	597	35	19	16	28	1.94
27438318--27438557	73	3.3	72	90	4	369	32	18	16	32	1.93
27438088--27438432	124	2.7	123	84	6	444	36	20	15	27	1.93
27443024--27443080	22	2.5	22	80	2	69	70	1	5	22	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27445340--27445371	16	2.0	16	100	0	64	43	0	18	37	1.51
27445500--27445536	12	2.9	13	84	8	58	67	0	2	29	1.04
27446234--27446274	20	2.0	20	100	0	82	39	29	0	31	1.57
27448664--27448812	53	2.8	53	89	5	214	26	16	28	28	1.97
27450125--27450373	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
27450124--27450373	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
27450468--27450499	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
27450711--27450768	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
27457716--27457964	50	4.8	50	86	4	293	20	28	24	26	1.99
27457715--27457964	100	2.4	104	88	6	366	20	28	24	26	1.99
27458059--27458090	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
27458303--27458360	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
27461178--27461224	16	2.9	16	75	15	51	31	0	4	63	1.13
27462828--27462894	24	2.6	25	74	21	68	37	2	0	59	1.13
27468468--27468515	25	1.9	25	83	8	62	39	16	0	43	1.48
27473696--27473903	54	3.9	52	76	9	197	25	24	15	33	1.95
27476848--27476900	5	10.4	5	97	2	97	41	0	0	58	0.98
27478174--27478230	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
27478613--27478673	21	2.8	21	85	5	68	14	22	26	36	1.93
27478603--27478685	21	3.9	21	71	9	60	15	20	25	38	1.92
27480129--27480236	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
27487194--27487301	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27490300--27490339	20	2.0	20	100	0	80	40	5	5	50	1.46
27496350--27496478	35	3.7	34	82	4	141	33	24	11	30	1.91
27499663--27499705	20	2.1	21	83	12	54	44	0	6	48	1.29
27500143--27500214	28	2.5	29	86	4	101	48	5	11	34	1.62
27500489--27500543	21	2.7	19	76	13	56	65	3	0	30	1.10
27500498--27500546	21	2.3	21	89	0	71	67	2	0	30	1.02
27500974--27501038	29	2.2	29	83	0	85	50	3	3	43	1.33
27508717--27508870	75	2.1	75	100	0	308	37	21	14	26	1.92
27510765--27510807	11	4.1	11	79	11	54	60	0	0	39	0.97
27510757--27510811	9	6.1	9	76	16	51	60	0	0	40	0.97
27510768--27510808	17	2.2	17	87	12	55	58	0	0	41	0.98
27510763--27510801	20	2.0	20	95	5	71	58	0	0	41	0.98
27520465--27520499	3	11.7	3	87	0	52	65	2	2	28	1.21
27530716--27530770	18	3.2	17	75	10	58	23	0	7	69	1.14
27531637--27531734	48	2.0	48	100	0	196	28	8	11	52	1.66
27534637--27534691	15	3.3	15	73	22	56	29	49	0	21	1.50
27534637--27534707	35	2.0	36	91	2	117	28	46	0	25	1.53
27537903--27538073	61	2.8	60	79	9	184	40	28	0	30	1.57
27541134--27541166	17	2.0	17	88	5	50	24	0	27	48	1.51
27543674--27543733	15	4.0	15	74	20	54	31	0	0	68	0.90
27543683--27543733	14	3.5	14	75	17	50	31	0	0	68	0.90
27543777--27543824	16	3.1	16	75	6	53	45	0	2	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27544209--27544237	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27545430--27545456	14	1.9	14	100	0	54	7	22	14	55	1.64
27545750--27545802	27	2.0	27	92	0	88	30	18	13	37	1.89
27546403--27546445	9	4.8	9	94	0	77	23	9	30	37	1.86
27546606--27546630	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
27577816--27578185	181	2.1	176	80	5	395	42	16	16	24	1.88
27580063--27580116	23	2.3	23	81	12	65	33	5	5	55	1.46
27585577--27585727	53	2.8	53	88	4	205	30	27	16	25	1.97
27590002--27590039	17	2.2	17	95	0	67	57	7	2	31	1.41
27595790--27595852	24	2.7	24	83	11	69	61	7	9	20	1.51
27596041--27596082	21	2.0	21	100	0	84	4	14	42	38	1.66
27597185--27597209	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27600530--27600572	21	2.0	21	95	0	77	51	4	20	23	1.66
27601591--27601639	14	3.4	14	77	5	53	51	0	2	46	1.12
27603000--27603033	14	2.4	14	90	5	50	38	0	2	58	1.13
27616897--27617004	44	2.4	44	85	3	135	29	22	14	33	1.94
27624227--27624334	44	2.4	44	85	3	135	29	22	14	33	1.94
27630559--27630637	38	2.1	38	97	0	149	37	12	13	35	1.83
27637753--27637843	45	2.0	45	82	2	110	35	15	16	32	1.90
27642493--27642534	21	2.0	21	85	0	57	47	0	2	50	1.14
27647327--27647364	20	1.9	20	100	0	76	13	31	34	21	1.91
27655193--27655980	392	2.0	390	96	1	1470	40	19	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27669252--27669276	12	2.1	12	100	0	50	8	16	8	68	1.38
27671567--27671592	13	2.0	13	100	0	52	0	23	53	23	1.46
27683224--27683252	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
27692035--27692063	13	2.2	13	100	0	58	68	0	0	31	0.89
27692577--27692633	25	2.3	26	79	8	66	22	0	5	71	1.05
27694983--27695048	24	2.8	24	88	6	91	21	15	16	46	1.83
27698562--27698647	43	2.0	43	97	0	163	22	9	13	54	1.67
27701931--27701962	14	2.3	14	94	0	55	53	0	15	31	1.43
27704460--27704502	21	2.0	21	86	0	59	37	0	0	62	0.95
27708062--27708101	21	1.9	21	84	0	53	30	25	32	12	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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