genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85732021--85732332	101	3.1	101	87	2	416	25	25	16	32	1.96
85732080--85732384	101	3.0	100	85	5	314	27	25	15	31	1.96
85732672--85732699	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
85737137--85737194	27	2.1	27	100	0	116	37	15	6	39	1.74
85738185--85738246	27	2.3	27	88	0	88	14	22	25	37	1.92
85738376--85738512	45	3.1	45	82	7	163	25	17	10	46	1.79
85741611--85741645	14	2.5	14	95	0	61	25	34	22	17	1.96
85753892--85753963	35	2.1	35	83	0	90	27	4	25	43	1.73
85753980--85754063	34	2.4	35	82	13	93	36	1	14	47	1.52
85754091--85754245	85	1.8	83	90	5	249	38	1	19	40	1.60
85754174--85754285	35	3.4	31	75	21	97	34	0	19	44	1.57
85754192--85754267	30	2.5	30	83	8	84	40	1	17	40	1.57
85754336--85754841	126	4.0	126	85	2	624	39	16	16	27	1.90
85758561--85758707	42	3.3	42	86	8	188	28	26	14	30	1.95
85758614--85758750	49	2.9	48	89	4	188	29	27	13	29	1.94
85758629--85758796	47	3.6	46	86	3	174	29	26	15	28	1.96
85758819--85758937	31	3.8	31	90	5	177	26	29	17	26	1.98
85758913--85759041	50	2.5	51	88	5	190	27	23	14	34	1.94
85761391--85761432	21	2.0	22	90	4	68	4	9	45	40	1.58
85761650--85761692	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
85763251--85763337	27	3.2	27	67	14	79	59	4	1	34	1.25
85763229--85763338	54	2.1	53	93	6	188	60	4	0	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85766344--85766388	19	2.5	19	82	13	51	28	0	4	66	1.11
85775299--85775355	24	2.4	24	79	2	71	52	3	7	36	1.46
85778244--85778352	54	2.0	54	94	0	191	43	18	2	35	1.65
85779034--85779094	6	10.2	6	83	0	50	39	47	13	0	1.42
85779034--85779094	10	6.1	10	82	0	50	39	47	13	0	1.42
85791749--85791789	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
85792854--85792913	30	2.0	30	100	0	120	33	13	20	33	1.91
85806839--85806875	18	2.1	18	100	0	74	37	27	10	24	1.88
85810313--85810354	21	2.0	21	100	0	84	33	14	33	19	1.91
85819550--85819742	91	2.1	91	79	7	214	33	9	13	43	1.77
85819695--85819824	62	2.1	62	81	5	145	33	14	13	38	1.86
85827164--85827217	13	4.2	12	77	11	54	40	7	1	50	1.41
85827177--85827226	26	1.9	26	87	0	73	42	14	0	44	1.44
85828021--85828066	25	1.9	24	82	8	58	47	2	4	45	1.34
85833773--85833805	10	3.1	11	86	8	50	66	0	0	33	0.92
85834260--85834298	20	2.0	20	94	0	69	53	2	7	35	1.43
85834247--85834303	9	6.4	8	75	20	51	59	3	5	31	1.36
85846430--85846487	27	2.1	27	100	0	116	22	6	13	56	1.61
85847228--85847253	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
85847736--85848377	40	16.1	40	86	0	847	13	16	26	43	1.85
85848658--85848707	20	2.5	20	93	0	82	42	4	14	40	1.64
85851275--85851338	21	3.1	20	75	6	74	35	23	21	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85852496--85852534	21	1.9	20	84	5	51	2	30	2	64	1.21
85852561--85852593	14	2.3	15	89	5	50	3	24	0	72	0.98
85852706--85852768	31	2.0	32	84	9	85	42	4	3	49	1.39
85852755--85852790	18	1.9	19	88	5	56	38	8	0	52	1.32
85855345--85855377	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
85863706--85863748	21	2.0	21	82	8	52	27	9	4	58	1.49
85867865--85867917	24	2.3	24	83	6	65	66	3	5	24	1.31
85867882--85868008	24	5.1	23	71	19	87	59	3	6	30	1.37
85867880--85867939	22	2.6	22	86	5	75	61	1	5	31	1.27
85868096--85868150	29	1.9	28	85	3	74	61	0	7	30	1.23
85868299--85868337	19	2.0	18	85	14	51	58	0	5	35	1.20
85874753--85874793	3	13.7	3	94	0	73	0	29	0	70	0.87
85876222--85876273	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
85886751--85887385	47	13.5	47	94	0	1081	33	8	29	29	1.87
85890115--85890160	16	2.9	16	87	9	60	39	4	2	54	1.32
85891021--85891115	20	4.7	20	76	7	93	24	15	26	33	1.95
85896895--85896971	38	2.0	38	97	0	145	23	19	10	46	1.80
85897781--85898037	72	3.6	72	79	3	284	27	23	22	26	2.00
85897781--85898072	72	4.1	72	78	2	264	28	23	21	26	1.99
85898569--85898619	16	3.0	16	77	11	57	54	0	9	35	1.33
85901087--85901111	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
85904810--85904854	21	2.1	21	92	8	74	13	8	42	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85910191--85910274	44	1.9	44	87	0	123	38	25	5	30	1.80
85910276--85910654	199	1.9	199	83	3	485	41	13	9	34	1.78
85910643--85910708	35	1.9	35	90	3	107	46	27	6	19	1.73
85910774--85910822	25	2.0	25	100	0	98	51	36	0	12	1.40
85911060--85911148	31	2.9	30	75	12	90	17	26	1	53	1.51
85911075--85911152	31	2.5	32	87	4	113	12	29	1	56	1.45
85911726--85911781	27	2.1	27	96	0	103	42	10	0	46	1.38
85917082--85917114	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
85917290--85917338	22	2.2	22	81	0	62	63	8	8	20	1.48
85917631--85917691	31	1.9	33	83	12	83	55	8	0	36	1.30
85920352--85920399	25	1.9	25	82	0	60	56	4	18	20	1.58
85922177--85922245	21	3.1	21	67	18	59	28	11	27	31	1.92
85922166--85922329	45	3.6	45	82	1	195	34	11	23	31	1.90
85922394--85922538	34	4.3	34	80	6	145	42	16	13	27	1.86
85922396--85922538	68	2.1	67	83	3	171	42	16	13	27	1.85
85925013--85925052	20	2.0	20	85	4	55	55	0	2	42	1.13
85936375--85936424	25	1.9	27	92	8	86	60	12	2	26	1.43
85937296--85937337	22	1.9	22	85	9	59	38	2	2	57	1.25
85939401--85939463	31	2.0	32	81	3	74	22	15	28	33	1.95
85939834--85939968	58	2.4	56	80	10	150	36	12	7	43	1.71
85939853--85939968	59	2.0	58	83	8	148	36	12	6	44	1.68
85947389--85947440	22	2.3	23	78	18	56	50	1	17	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85948386--85948446	30	2.0	30	100	0	122	29	9	22	37	1.87
85948616--85948685	35	2.0	35	97	0	131	38	20	15	25	1.92
85952935--85954072	145	7.9	145	85	6	1485	27	5	7	59	1.47
85952935--85954101	144	8.1	144	86	6	1562	27	5	7	59	1.48
85953692--85953728	13	2.8	13	87	0	56	21	0	2	75	0.92
85954589--85954622	12	2.8	12	95	0	59	0	20	0	79	0.73
85954583--85954620	18	2.1	18	90	0	58	0	26	0	73	0.83
85954821--85954873	27	2.0	27	100	0	106	7	37	33	20	1.81
85955146--85955219	39	1.9	37	86	5	103	54	1	0	44	1.08
85956074--85956157	44	1.9	44	85	0	114	32	26	7	34	1.83
85958326--85958409	25	3.4	25	74	12	82	27	15	21	35	1.94
85958305--85958400	50	1.9	50	83	8	124	26	18	20	34	1.96
85958371--85958418	25	1.9	25	87	8	71	31	16	20	31	1.95
85961931--85961974	22	1.9	22	86	9	61	72	13	13	0	1.12
85966267--85966332	28	2.4	28	95	5	118	43	6	6	43	1.53
85966912--85966945	16	2.1	16	88	0	50	23	41	0	35	1.55
85968849--85968914	6	10.5	6	75	6	51	16	1	7	74	1.12
85968844--85968913	24	3.2	21	77	16	70	17	1	7	74	1.11
85970575--85970631	27	2.1	28	86	3	80	45	7	7	40	1.58
85971130--85971164	18	1.9	18	88	0	52	65	2	14	17	1.38
85972061--85972100	10	3.9	10	86	3	53	32	0	22	45	1.53
85972060--85972101	20	2.0	21	90	4	68	30	0	21	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85976307--85976339	16	2.0	17	94	5	59	45	0	0	54	0.99
85977551--85977638	20	4.6	19	77	12	65	62	4	1	31	1.23
85977574--85977634	10	6.3	10	76	12	56	67	6	0	26	1.15
85977546--85977640	9	10.0	10	67	20	53	63	4	1	31	1.21
85977546--85977640	19	5.0	19	72	16	72	63	4	1	31	1.21
85978283--85978375	10	10.1	9	73	15	57	37	1	2	59	1.17
85978283--85978391	18	5.8	18	71	19	80	36	0	1	60	1.14
85978268--85978363	26	3.6	26	81	14	99	32	2	2	63	1.18
85978283--85978391	10	11.5	10	68	25	51	36	0	1	60	1.14
85978638--85978740	9	11.6	9	71	17	65	32	0	4	63	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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