genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84974429--84974482	14	4.2	13	71	23	51	33	0	3	62	1.12
84974432--84974500	15	4.6	16	73	16	51	34	1	4	59	1.26
84974560--84974652	7	13.1	7	66	18	50	38	3	0	58	1.15
84974467--84974610	20	7.2	20	66	20	59	34	6	1	58	1.32
84974950--84975005	17	3.2	18	78	14	64	35	1	0	62	1.06
84974939--84975011	17	4.6	16	75	9	60	38	1	0	60	1.06
84974948--84975011	31	2.1	31	83	13	80	39	1	0	59	1.07
84979174--84979210	17	2.2	17	90	4	58	62	10	2	24	1.41
84979677--84979766	13	6.9	13	79	0	108	26	7	31	34	1.85
84979684--84979758	26	2.9	26	97	0	141	26	8	34	30	1.85
84982023--84982116	44	2.2	44	90	1	145	52	11	10	25	1.70
84984608--84984641	15	2.3	15	94	0	59	23	5	29	41	1.78
84987741--84988058	37	8.4	41	79	11	147	37	15	22	25	1.93
84987667--84988170	35	13.7	36	80	10	440	35	15	22	25	1.94
84987667--84988162	72	6.8	72	77	11	474	36	15	22	25	1.94
84994974--84995054	40	2.0	40	97	0	153	37	29	8	24	1.85
84996486--84996769	145	2.0	146	91	2	464	33	15	12	37	1.86
84997803--84997836	9	3.7	9	88	7	50	52	0	0	47	1.00
85001115--85001147	16	2.1	16	94	0	57	39	15	6	39	1.72
85005987--85006059	37	2.0	37	97	0	137	43	10	12	32	1.77
85017027--85017058	12	2.7	12	100	0	64	46	6	18	28	1.73
85017959--85018095	5	27.8	5	97	2	260	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85029054--85029091	20	2.0	20	89	5	60	34	7	2	55	1.43
85029119--85029169	23	2.1	24	82	7	59	3	23	0	72	1.01
85030721--85030752	16	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
85032260--85032315	29	2.0	28	85	3	76	51	3	5	39	1.42
85032331--85032392	30	2.1	28	85	5	79	67	4	1	25	1.19
85036118--85036549	216	2.0	216	96	0	801	32	18	18	29	1.95
85039810--85040034	40	5.7	40	83	4	213	24	21	28	25	1.99
85039810--85040034	80	2.8	79	81	3	236	24	21	28	25	1.99
85039885--85040067	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
85046329--85046378	20	2.7	18	80	20	59	44	2	4	50	1.32
85046349--85046450	42	2.4	42	86	3	132	45	4	2	47	1.39
85052255--85052357	42	2.4	42	80	7	109	21	11	34	32	1.89
85052453--85052510	5	12.0	5	74	20	52	81	0	3	15	0.83
85052454--85052511	6	9.7	6	77	22	52	82	0	3	13	0.79
85052467--85052491	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
85052454--85052504	18	2.7	18	82	14	59	82	0	3	13	0.81
85052466--85052509	14	3.2	14	81	12	56	81	0	4	13	0.83
85052464--85052515	27	2.0	25	85	14	70	82	0	5	11	0.82
85058872--85058902	15	2.1	15	100	0	62	41	6	19	32	1.77
85060021--85060068	24	2.0	24	83	0	60	25	33	2	39	1.67
85061569--85061868	149	2.0	149	96	0	555	32	15	14	38	1.87
85062440--85062500	3	20.3	3	96	0	113	0	31	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85063839--85063874	18	1.9	18	88	5	54	16	2	8	72	1.21
85065530--85065663	67	2.0	67	95	0	241	31	18	11	38	1.87
85073526--85073584	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
85076459--85076587	65	2.0	65	89	4	197	48	3	3	44	1.33
85076451--85076548	20	4.6	20	71	17	72	48	4	2	44	1.33
85077837--85077885	23	2.1	23	100	0	98	42	18	12	26	1.85
85078791--85078835	22	2.0	22	82	0	54	22	33	26	17	1.96
85079958--85080001	7	6.3	7	100	0	88	29	13	13	43	1.83
85080505--85080545	17	2.4	18	80	12	50	53	0	9	36	1.34
85088296--85088334	19	2.0	21	90	10	64	25	5	2	66	1.25
85093289--85093337	22	2.2	22	77	0	53	46	2	0	51	1.12
85095943--85095972	4	7.8	4	92	7	53	20	0	0	80	0.72
85096715--85096821	45	2.4	45	90	0	169	41	18	18	21	1.91
85096799--85096823	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
85097878--85097919	5	8.8	5	89	10	70	59	0	0	40	0.97
85098518--85098586	26	2.6	25	82	11	68	68	1	24	5	1.20
85099376--85099658	18	15.3	18	72	10	167	36	14	12	36	1.83
85099376--85099658	36	7.6	36	71	9	192	36	14	12	36	1.83
85099456--85099658	54	3.8	54	75	6	187	37	13	11	37	1.81
85099822--85099846	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
85099827--85099936	45	2.4	45	93	0	193	42	19	18	20	1.89
85099916--85099942	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85099822--85099951	45	2.7	49	82	11	178	42	20	19	18	1.90
85101754--85101929	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
85101752--85101929	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
85101753--85101908	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
85101749--85101929	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
85104835--85104866	17	1.9	17	93	6	57	6	25	0	68	1.12
85111448--85111501	26	2.1	26	96	0	99	50	9	14	25	1.73
85129324--85129390	9	7.4	9	86	0	80	40	26	8	23	1.84
85129333--85129390	27	2.1	27	90	0	89	39	27	8	24	1.84
85129396--85129459	17	3.6	17	68	12	56	51	14	3	31	1.57
85129389--85129464	37	2.1	37	94	0	134	46	13	5	35	1.65
85131375--85131463	46	1.9	46	97	0	169	46	17	12	23	1.82
85135135--85135170	18	2.0	18	94	0	63	2	11	8	77	1.08
85135308--85135336	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
85139548--85139813	47	5.7	46	79	9	263	27	18	30	22	1.98
85139545--85139810	94	2.8	92	85	9	319	27	18	30	23	1.98
85139548--85139813	140	1.9	141	86	5	387	27	18	30	22	1.98
85141320--85141432	36	3.2	36	72	7	104	30	23	22	24	1.99
85141307--85141495	70	2.7	70	85	0	252	33	21	21	23	1.97
85141345--85141495	35	4.3	35	71	6	99	33	21	21	24	1.97
85148562--85148635	32	2.3	32	85	0	103	32	5	24	37	1.78
85153552--85154062	117	4.3	117	92	3	817	43	0	3	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85153552--85154076	120	4.4	120	92	2	848	43	0	4	51	1.25
85153552--85154062	236	2.2	236	93	0	869	43	0	3	51	1.25
85153874--85153906	15	2.2	15	89	10	50	48	0	6	45	1.27
85153738--85153919	38	4.7	38	68	12	120	43	0	4	50	1.27
85153901--85153934	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
85153850--85154039	61	3.2	60	68	13	156	44	1	5	48	1.32
85154020--85154054	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
85154219--85154309	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
85154288--85154357	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
85155218--85155256	20	2.0	20	85	10	53	64	2	33	0	1.08
85156574--85156709	72	1.9	72	84	3	184	36	16	25	22	1.94
85156718--85156757	18	2.2	18	86	0	53	2	45	30	22	1.66
85158426--85158467	18	2.5	17	78	21	52	38	0	7	54	1.28
85158901--85158961	14	4.2	14	70	15	52	24	1	3	70	1.11
85159189--85159250	15	4.1	16	72	12	51	22	4	4	67	1.29
85158599--85159863	150	8.5	149	89	2	1889	29	7	6	56	1.51
85159374--85159409	13	2.8	13	95	4	65	25	0	2	72	0.98
85159521--85159558	13	2.9	14	84	11	53	28	5	0	65	1.14
85160442--85160498	3	20.0	3	75	10	57	0	35	0	64	0.93
85161031--85161113	39	2.2	39	83	12	102	69	1	3	25	1.11
85161480--85161585	40	2.5	40	76	10	97	46	3	4	45	1.42
85161563--85161605	21	2.0	21	81	4	50	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85161569--85161613	20	2.1	21	88	8	65	51	0	0	48	1.00
85161633--85161694	31	2.0	31	81	6	72	35	1	4	58	1.29
85165263--85165662	169	2.4	164	86	6	531	26	33	0	39	1.59
85166039--85166098	18	3.3	18	73	17	52	36	5	0	58	1.20
85170301--85170416	57	2.0	57	85	11	157	26	14	6	51	1.67
85171007--85171033	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
85179186--85179223	19	2.0	19	89	0	58	31	21	10	36	1.87
85179230--85179314	37	2.3	37	88	6	120	27	27	18	27	1.98
85179228--85179314	36	2.4	36	86	5	122	26	27	18	27	1.98
85180930--85181083	38	4.1	38	83	1	202	37	28	18	15	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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