genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98523029--98523104	22	3.3	22	68	22	66	31	9	31	27	1.88
98522994--98523196	47	4.3	47	87	3	286	33	8	30	27	1.87
98523266--98523350	40	2.2	40	84	2	109	18	20	30	30	1.96
98544049--98544105	30	1.9	30	85	7	80	42	10	12	35	1.77
98550303--98550346	22	1.9	23	86	9	63	18	4	0	77	0.94
98559080--98559148	30	2.3	30	76	0	75	30	10	37	21	1.87
98561386--98561831	131	3.4	128	84	5	547	34	18	16	29	1.93
98561386--98561831	129	3.4	128	84	5	549	34	18	16	29	1.93
98567766--98567795	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
98568233--98568320	45	2.0	45	84	4	115	30	21	6	40	1.79
98568951--98569082	66	2.0	66	85	5	178	12	22	18	46	1.83
98571065--98571141	41	1.9	40	84	7	102	23	23	19	33	1.97
98576253--98576340	19	4.8	19	90	8	146	37	12	14	35	1.84
98576258--98576347	35	2.5	37	87	10	134	37	12	15	34	1.85
98576627--98576661	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
98586585--98586818	78	3.0	78	91	0	396	32	18	23	24	1.97
98586848--98587017	89	1.9	89	87	4	254	31	15	27	25	1.95
98586758--98587018	45	5.8	45	76	7	260	31	16	26	25	1.97
98587373--98587452	36	2.2	35	87	10	117	38	12	12	36	1.81
98587381--98587451	19	3.8	19	92	7	128	38	11	14	36	1.81
98587743--98587777	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
98591132--98591162	15	2.1	15	100	0	62	38	12	0	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98594118--98594185	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
98594166--98594275	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
98594401--98594442	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
98594410--98594451	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
98594436--98594623	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
98594404--98594633	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
98594520--98594571	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
98594439--98594622	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
98597510--98597642	66	2.0	66	100	0	266	37	31	14	16	1.89
98599582--98599617	9	3.8	9	89	10	54	36	0	0	63	0.94
98601139--98601182	20	2.1	22	84	12	58	34	4	4	56	1.40
98615151--98615241	44	2.1	44	81	4	103	43	15	8	31	1.77
98624139--98624214	22	3.7	21	75	15	68	40	17	5	36	1.72
98624175--98624246	17	3.9	18	87	7	101	36	15	9	38	1.80
98624576--98624775	45	4.5	45	85	2	233	24	29	14	31	1.95
98624593--98624759	89	1.9	89	85	0	235	26	31	14	28	1.95
98624792--98625083	78	3.7	77	87	2	406	25	23	18	33	1.97
98625157--98625448	78	3.7	78	89	1	442	24	23	19	32	1.97
98624760--98625781	365	2.8	364	93	1	1724	25	22	18	33	1.97
98625520--98625781	78	3.4	78	91	0	434	24	22	19	33	1.97
98624884--98625735	287	3.0	277	81	6	912	25	23	18	32	1.97
98625802--98625963	89	1.8	89	85	5	231	27	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98625755--98625963	87	2.4	88	80	7	239	26	22	19	31	1.97
98634385--98634479	18	4.7	21	79	12	74	40	16	7	35	1.77
98634385--98634442	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
98634421--98634494	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
98634414--98634494	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
98634424--98634503	37	2.2	37	88	6	110	38	13	12	35	1.83
98635696--98635723	11	2.5	11	100	0	56	42	0	0	57	0.99
98635697--98635749	27	2.0	27	88	7	81	41	1	1	54	1.22
98635684--98635767	38	2.2	37	85	8	107	38	3	1	57	1.24
98636574--98636605	14	2.3	14	94	0	55	50	0	9	40	1.35
98637504--98637546	17	2.5	17	88	0	59	4	30	0	65	1.13
98639095--98639166	32	2.2	32	97	0	135	19	25	11	44	1.83
98640851--98640886	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
98641140--98641215	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
98641176--98641264	17	4.9	19	91	8	143	35	14	11	38	1.82
98641176--98641264	35	2.5	37	89	9	148	35	14	11	38	1.82
98641615--98641753	45	3.1	46	82	6	169	25	31	12	30	1.92
98641783--98642232	78	5.8	78	87	2	625	25	23	18	32	1.97
98641783--98642232	234	1.9	234	89	0	693	25	23	18	32	1.97
98642182--98642764	220	2.7	220	93	0	988	26	22	18	31	1.97
98648907--98648939	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
98648907--98648940	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98649194--98649251	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
98649230--98649320	35	2.5	37	89	8	141	36	16	10	36	1.84
98649230--98649320	19	4.9	19	89	8	152	36	16	10	36	1.84
98649934--98649987	21	2.5	21	90	3	81	25	33	16	24	1.96
98659524--98659568	13	3.5	13	78	6	56	62	2	0	35	1.08
98659997--98660048	20	2.6	20	87	6	70	26	3	0	69	1.06
98660043--98660080	19	2.1	19	85	5	51	36	2	0	60	1.11
98676381--98676471	33	2.8	33	94	0	155	18	9	41	29	1.83
98683976--98684029	10	5.8	9	82	8	56	72	0	0	27	0.85
98683976--98684029	9	5.9	9	78	10	56	72	0	0	27	0.85
98683976--98684029	27	2.0	26	89	3	81	72	0	0	27	0.85
98684989--98685074	43	2.0	43	100	0	172	25	13	23	37	1.92
98686680--98686741	31	2.0	31	84	6	81	1	32	1	64	1.13
98688656--98688694	14	2.9	14	88	3	53	48	0	0	51	1.00
98698380--98698416	16	2.3	16	95	0	65	35	8	0	56	1.29
98706816--98706890	21	3.6	21	94	0	132	22	12	45	20	1.83
98708129--98708164	6	6.0	6	100	0	72	16	16	33	33	1.92
98711368--98711392	9	2.8	9	100	0	50	56	0	44	0	0.99
98713516--98713556	21	2.0	21	95	0	73	19	39	14	26	1.90
98713515--98713563	21	2.3	21	85	0	71	16	44	14	24	1.84
98714904--98715082	3	59.7	3	77	6	166	30	7	1	61	1.30
98714886--98715019	51	2.5	53	70	20	118	31	7	0	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98715194--98715254	23	2.7	23	78	19	65	19	6	0	73	1.04
98721120--98721229	18	6.1	18	77	0	112	30	20	15	34	1.93
98721120--98721218	36	2.8	36	92	0	162	30	21	14	34	1.93
98721126--98721229	54	1.9	54	84	0	136	30	20	14	34	1.92
98739498--98739527	12	2.5	12	94	0	51	56	0	6	36	1.26
98739575--98739626	20	2.8	19	78	21	65	50	5	1	42	1.37
98741296--98741326	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
98748377--98748409	17	2.0	17	88	5	50	21	9	0	69	1.15
98755157--98755210	27	2.0	27	96	0	99	44	18	5	31	1.73
98758898--98758984	27	3.2	26	77	17	95	26	17	4	51	1.64
98758898--98758980	29	3.0	28	78	15	91	26	15	4	53	1.62
98758902--98758992	29	3.2	28	72	10	78	28	13	5	52	1.62
98761382--98761428	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
98761829--98761889	26	2.4	25	81	13	63	62	3	4	29	1.32
98762770--98762813	16	2.8	16	92	0	70	52	0	47	0	1.00
98764705--98764747	18	2.4	18	88	0	59	32	2	0	65	1.06
98769429--98769463	18	1.9	18	94	0	61	28	0	0	71	0.86
98776819--98776993	46	3.8	46	90	1	244	40	14	23	21	1.90
98790166--98790344	43	4.2	43	89	3	265	32	8	3	54	1.48
98790422--98790506	24	3.4	26	75	8	86	25	7	7	60	1.49
98790421--98790517	49	2.0	50	81	6	117	27	6	7	58	1.49
98793444--98793709	131	2.0	131	86	1	372	31	18	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98799862--98799899	17	2.2	18	95	4	69	5	26	7	60	1.46
98805804--98805834	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
98818964--98819047	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
98827846--98827899	28	1.9	28	85	7	74	48	1	0	50	1.11
98832442--98832476	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
98833348--98833394	20	2.3	20	88	0	67	10	34	36	19	1.86
98833768--98833811	23	1.9	23	90	0	70	65	0	34	0	0.93
98838929--98838971	17	2.6	16	78	10	50	48	2	13	34	1.56
98849964--98850030	33	2.0	33	97	0	125	25	20	17	35	1.95
98855663--98855695	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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