genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62737806--62738064	120	2.2	119	82	7	294	25	21	27	25	2.00
62750901--62751133	47	5.0	48	82	8	295	27	32	16	23	1.96
62750901--62751126	95	2.5	93	86	6	293	27	32	16	23	1.96
62752654--62752745	40	2.4	39	87	7	125	26	28	21	23	1.99
62754431--62754649	40	5.7	40	84	9	251	25	21	26	26	2.00
62754519--62754682	80	2.1	78	83	7	199	26	20	27	25	1.99
62762292--62762516	40	5.7	40	86	5	296	24	22	27	26	2.00
62762292--62762549	119	2.2	119	82	6	301	25	21	27	25	2.00
62765927--62765973	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
62766480--62766663	101	1.8	101	95	0	332	26	18	24	30	1.98
62766322--62766655	50	6.6	50	76	4	348	26	17	25	30	1.98
62766321--62766655	151	2.2	151	89	0	517	26	17	25	30	1.98
62772293--62772338	19	2.4	20	82	10	60	34	0	13	52	1.40
62772688--62773586	101	8.9	101	75	8	573	25	18	25	30	1.98
62772689--62773370	151	4.5	151	79	6	504	25	18	25	30	1.98
62772687--62773481	252	3.2	252	93	0	1322	25	19	25	29	1.98
62773193--62773583	151	2.6	151	91	0	629	25	19	25	29	1.99
62784677--62784989	166	1.9	166	87	0	455	30	28	15	24	1.96
62786523--62786578	24	2.4	23	82	8	69	14	7	3	75	1.16
62790225--62790309	43	2.0	43	82	13	104	27	17	27	28	1.98
62792898--62792961	31	2.1	31	100	0	128	37	9	18	34	1.83
62811979--62812046	30	2.4	26	85	11	82	29	0	14	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62811975--62812038	30	2.1	30	100	0	128	28	0	14	57	1.37
62814091--62814139	12	4.1	12	74	10	55	24	10	14	51	1.73
62818328--62818363	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
62830379--62830418	13	3.2	13	85	3	55	75	0	0	25	0.81
62831654--62831742	19	4.9	18	68	14	58	39	1	1	58	1.13
62831601--62831698	28	3.4	29	77	5	92	35	5	2	57	1.33
62831703--62831762	27	2.1	29	81	6	70	45	0	1	53	1.10
62831832--62832010	87	2.1	86	88	3	270	33	7	22	36	1.83
62832453--62832500	26	2.0	24	88	12	71	64	6	0	29	1.18
62832453--62832519	19	3.0	23	79	18	70	67	7	0	25	1.17
62832718--62832747	16	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
62842912--62843108	92	2.1	93	92	0	324	21	14	18	45	1.84
62845341--62845381	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
62845876--62845914	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
62847168--62847226	30	2.0	30	93	0	100	57	11	5	25	1.54
62865262--62865359	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
62865290--62865372	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
62865262--62865373	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
62871904--62872025	46	2.7	46	81	12	144	31	18	25	25	1.97
62875941--62876043	28	3.7	28	86	0	143	28	33	13	25	1.94
62876259--62876292	16	2.1	16	88	0	50	11	23	23	41	1.87
62884462--62884512	24	2.1	23	80	16	59	39	3	1	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62886152--62886329	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62886173--62886328	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62894263--62894440	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62894284--62894439	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62894584--62894615	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
62901936--62902049	42	2.7	43	86	1	140	18	20	30	30	1.96
62901936--62902057	43	2.9	43	86	1	147	19	18	31	30	1.96
62905483--62905709	40	5.7	40	96	0	418	30	20	27	21	1.98
62907267--62907291	13	1.9	13	100	0	50	24	16	32	28	1.96
62927120--62927303	79	2.3	81	79	7	198	24	22	27	26	2.00
62927119--62927303	40	4.7	40	80	6	198	24	22	27	26	2.00
62934979--62935163	79	2.3	81	82	7	218	24	21	27	25	1.99
62934981--62935163	40	4.6	40	81	6	212	25	21	27	25	1.99
62935032--62935196	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
62943247--62943385	37	3.8	37	95	0	224	25	29	18	25	1.98
62943571--62944192	49	13.0	42	92	4	389	29	28	8	33	1.87
62943504--62944204	47	14.6	49	91	3	1092	29	28	8	33	1.87
62943504--62944204	96	7.3	96	92	3	1103	29	28	8	33	1.87
62958690--62958984	154	1.9	155	93	0	511	22	28	14	34	1.93
62962551--62962594	21	2.1	21	100	0	88	47	9	0	43	1.35
62981271--62981300	14	2.2	14	94	5	53	83	0	16	0	0.65
62981704--62981733	12	2.5	12	94	0	51	10	10	40	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62986838--62986880	21	2.0	21	91	8	70	32	13	13	39	1.85
62995586--62995672	5	17.4	5	100	0	174	40	0	0	59	0.97
62996943--62996999	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
62997385--62997443	21	2.7	23	77	15	72	15	23	25	35	1.94
62997373--62997452	21	3.7	21	76	3	61	16	20	25	38	1.92
63001536--63001713	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63001537--63001692	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63001533--63001713	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63005695--63005737	23	1.9	23	90	4	70	41	16	16	25	1.88
63008560--63008586	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
63016160--63016192	16	2.0	17	88	5	50	48	3	3	45	1.33
63016301--63016437	50	2.8	48	84	6	186	33	8	5	52	1.54
63016431--63016475	23	2.0	23	82	8	56	35	2	6	55	1.38
63017402--63017434	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
63018021--63018058	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
63021532--63022040	126	4.0	126	89	1	761	28	18	16	35	1.93
63022576--63022645	19	3.8	19	87	11	110	42	22	0	34	1.54
63024341--63024375	15	2.4	15	90	4	54	65	2	0	31	1.07
63025327--63025369	19	2.3	19	84	8	52	32	9	0	58	1.30
63028224--63028281	30	1.9	30	93	6	100	44	0	22	32	1.53
63030792--63030835	19	2.3	19	92	0	70	27	9	6	56	1.55
63030801--63030837	19	1.9	19	100	0	74	27	5	5	62	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63043059--63043134	37	2.1	37	87	0	107	26	31	21	21	1.98
63043256--63043431	47	3.7	47	93	0	289	28	32	7	31	1.85
63048875--63048905	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
63048872--63048911	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
63049102--63049355	53	4.8	54	78	8	229	21	24	17	36	1.95
63049149--63049345	108	1.8	109	86	5	292	23	25	16	34	1.95
63051424--63051534	23	4.9	22	75	14	93	36	19	22	21	1.96
63051458--63051545	45	1.9	46	86	9	126	37	19	23	19	1.94
63058709--63058798	27	3.2	27	76	7	83	33	23	23	20	1.97
63058920--63058995	28	2.7	28	97	0	143	30	7	26	35	1.85
63070214--63070256	5	8.4	5	79	5	50	39	0	18	41	1.51
63073633--63073662	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
63080292--63080338	22	2.1	22	100	0	94	21	21	23	34	1.97
63081261--63081468	67	3.2	64	78	10	206	31	17	28	22	1.96
63084792--63084976	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
63084793--63084976	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
63084845--63085009	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
63088050--63088200	43	3.5	42	82	5	171	28	15	23	32	1.95
63095828--63095877	20	2.5	20	96	0	91	10	26	40	24	1.86
63097205--63097251	23	2.0	23	100	0	94	36	12	12	38	1.82
63097372--63097498	43	3.0	42	78	6	148	27	22	15	33	1.95
63105650--63105759	27	4.1	27	83	4	114	34	20	21	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63106412--63106463	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
63109497--63109603	54	2.0	54	84	1	142	20	15	29	33	1.94
63112083--63112164	42	1.9	43	82	7	105	26	20	24	28	1.99
63115039--63115379	40	8.6	40	88	2	472	27	25	21	24	1.99
63119630--63119916	40	7.2	40	89	1	371	29	27	19	23	1.98
63143494--63143671	27	6.6	26	81	6	169	26	15	28	29	1.96
63143495--63143650	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
63149543--63149601	21	2.8	21	84	5	75	16	35	22	25	1.95
63161089--63161159	33	2.2	33	100	0	142	39	8	12	39	1.74
63164094--63164240	43	3.4	43	84	3	188	33	29	22	14	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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