Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  8  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2799979--2800179
40
5.2
40
83
7
202
26
20
27
25
1.99
2801591--2801630
4
10.2
4
94
5
73
75
0
25
0
0.81
2802306--2802349
18
2.5
17
82
7
52
63
4
4
27
1.33
2807538--2807713
46
3.8
46
79
12
207
21
21
28
28
1.98
2807535--2807706
93
1.8
93
94
0
308
21
21
29
27
1.99
2810298--2810947
135
4.8
135
92
0
998
27
21
20
30
1.98
2810466--2810668
45
4.5
44
69
13
144
27
22
19
30
1.98
2818697--2818741
21
2.1
21
87
0
63
15
22
22
40
1.91
2839283--2839413
38
3.4
37
73
9
102
29
28
19
22
1.98
2840857--2840927
3
25.0
3
70
16
53
57
1
0
40
1.07
2846037--2846062
7
3.7
7
100
0
52
88
0
11
0
0.52
2848188--2848237
20
2.5
20
83
6
66
54
0
0
46
1.00
2849102--2849175
29
2.6
29
81
12
91
37
2
1
58
1.21
2850600--2850988
193
2.0
193
90
2
611
44
8
7
38
1.65
2855885--2855930
22
2.1
22
84
11
60
26
0
13
60
1.32
2857837--2857874
17
2.2
18
86
13
53
60
2
0
36
1.11
2864327--2864408
29
2.7
30
76
9
71
40
8
9
41
1.69
2867194--2867286
39
2.5
37
80
7
98
27
29
22
20
1.98
2867641--2867681
3
14.0
3
84
5
57
63
2
0
34
1.08
2868381--2868414
17
2.1
16
88
5
50
2
14
5
76
1.09
2868403--2868453
14
3.6
14
76
7
50
17
13
0
68
1.21
2868603--2868639
14
2.4
17
86
13
53
51
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2871465--2871517
25
2.1
25
100
0
106
39
20
3
35
1.71
2872322--2872372
14
3.6
14
76
7
50
17
13
0
68
1.21
2872522--2872558
14
2.4
17
86
13
53
51
0
0
48
1.00
2873971--2874013
11
3.8
11
82
17
61
62
2
2
32
1.20
2873967--2874010
23
1.9
23
95
0
79
59
4
2
34
1.30
2881545--2881604
26
2.2
26
83
16
70
43
1
1
53
1.20
2889380--2889414
17
2.0
18
94
5
63
34
14
0
51
1.42
2893080--2893107
5
5.6
5
100
0
56
57
42
0
0
0.99
2898515--2898555
15
2.6
16
78
17
50
58
0
7
34
1.26
2901397--2901450
15
3.5
15
78
12
56
74
3
16
5
1.16
2903241--2903536
54
5.4
54
73
12
224
35
11
15
37
1.83
2903241--2903536
18
16.1
18
72
9
195
35
11
15
37
1.83
2905362--2905408
21
2.2
21
85
7
60
57
0
0
42
0.98
2905398--2905431
17
1.9
17
88
5
50
79
2
8
8
1.03
2905421--2905474
21
2.6
19
72
16
54
68
3
24
3
1.22
2905449--2905478
15
2.0
15
93
0
51
70
0
26
3
1.03
2906571--2906685
61
1.9
61
90
3
187
40
16
1
41
1.59
2906824--2906951
18
7.1
18
76
7
98
35
15
13
35
1.87
2907066--2907171
45
2.3
47
88
4
153
38
21
22
16
1.93
2907923--2907962
20
2.0
20
95
0
71
50
0
2
47
1.14
2908173--2908217
19
2.4
18
86
13
65
66
0
33
0
0.92
2910650--2910688
19
2.1
19
85
0
51
35
7
7
48
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2910712--2910774
31
2.0
32
84
9
85
46
4
0
49
1.23
2910754--2910807
18
2.9
19
78
10
67
44
5
0
50
1.25
2911656--2911713
30
1.9
30
89
0
89
41
3
24
31
1.71
2911925--2911956
13
2.5
13
94
0
55
31
0
12
56
1.37
2912051--2912292
50
4.7
50
86
4
297
26
24
29
19
1.99
2912051--2912300
100
2.4
103
88
6
364
26
24
29
20
1.99
2914424--2914473
6
8.2
6
79
2
55
20
18
18
44
1.88
2916673--2916717
18
2.6
17
86
6
56
17
37
40
4
1.70
2917166--2917195
3
10.0
3
100
0
60
33
0
0
66
0.92
2921646--2921685
20
2.0
20
100
0
80
35
10
15
40
1.80
2924114--2924142
15
1.9
15
100
0
58
6
51
0
41
1.28
2930649--2930689
16
2.5
17
80
11
59
31
0
0
68
0.90
2930620--2930689
21
3.1
23
71
10
72
37
0
1
61
1.05
2930678--2930741
30
2.2
28
83
5
74
46
1
1
50
1.20
2932243--2932282
16
2.5
16
88
8
55
65
0
35
0
0.93
2933905--2934030
45
2.8
45
89
1
182
17
19
22
41
1.90
2934194--2934332
36
3.9
36
71
9
113
36
11
15
35
1.84
2936108--2936336
114
2.0
114
99
0
449
35
23
9
31
1.87
2939508--2939532
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
2946675--2946719
21
2.2
20
88
4
63
26
26
20
26
1.99
2948561--2948597
3
12.3
3
100
0
74
67
0
32
0
0.91
2954711--2954831
39
3.1
39
89
0
197
24
30
23
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2957387--2957539
55
2.8
54
83
7
204
20
26
18
34
1.96
2957387--2957673
55
5.7
53
73
14
195
20
25
19
34
1.96
2957387--2957674
45
5.9
47
72
12
179
20
25
19
34
1.96
2957498--2957675
95
1.9
93
85
5
243
21
23
20
35
1.96
2957677--2957762
44
2.0
44
86
4
120
24
24
13
37
1.92
2958186--2958218
7
4.6
7
96
3
57
12
15
12
60
1.59
2961918--2961951
3
11.3
3
93
0
50
58
0
35
5
1.22
2965381--2965573
96
2.0
98
97
2
372
50
7
6
36
1.55
2965477--2965521
15
2.8
16
83
12
65
57
0
0
42
0.98
2970605--2970646
18
2.2
20
91
8
70
28
2
0
69
1.01
2970613--2970654
19
2.2
19
83
8
50
40
0
0
59
0.97
2975900--2975934
18
1.9
18
88
0
52
37
2
11
48
1.54
2978695--2978719
13
1.9
13
100
0
50
36
48
0
16
1.46
2981987--2982011
7
3.6
7
100
0
50
68
0
0
32
0.90
2990755--2990783
14
2.0
15
93
6
51
0
6
3
89
0.57
2993638--2993672
18
1.9
18
88
0
52
34
5
2
57
1.37
2993978--2994027
22
2.2
23
86
10
68
66
2
4
28
1.21
2997898--2997965
30
2.3
30
82
5
75
27
20
4
47
1.69
2998514--2998573
3
21.0
3
75
16
56
31
0
5
63
1.16
2998524--2998573
22
2.2
22
85
3
64
32
0
6
62
1.20
2998647--2998705
25
2.5
23
86
13
84
45
3
11
38
1.58
3001675--3001703
15
2.0
15
93
6
51
68
0
0
31
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3003304--3003347
21
2.0
21
82
4
52
38
6
0
54
1.27
3007834--3007890
16
3.6
16
90
0
78
31
0
35
33
1.58
3008140--3008174
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
3008023--3008338
154
2.0
155
92
5
530
44
3
5
47
1.41
3008283--3008314
15
2.1
15
94
0
55
50
0
0
50
1.00
3008391--3008442
15
3.6
15
80
12
56
53
1
0
44
1.11
3008368--3008458
44
2.1
43
81
6
103
53
3
2
40
1.29
3008272--3008566
120
2.5
120
89
7
449
50
5
2
41
1.39
3008527--3008565
17
2.5
15
80
15
51
51
0
5
43
1.24
3008532--3008565
17
2.0
17
94
0
59
50
0
5
44
1.26
3008598--3008792
93
2.1
92
87
4
277
47
4
4
44
1.43
3020761--3020819
12
4.9
12
76
0
55
13
42
8
35
1.75
3020803--3020852
15
3.3
15
75
10
57
22
36
2
40
1.65
3020803--3020868
30
2.2
29
81
10
71
24
36
3
36
1.71
3028388--3028448
30
2.0
30
90
0
95
40
6
29
22
1.79
3036722--3036758
2
18.5
2
94
0
65
2
0
45
51
1.15
3038843--3038994
78
1.9
78
91
0
250
32
20
13
32
1.92
3038959--3039096
40
3.5
40
84
0
186
36
21
11
29
1.89
3058739--3058781
20
2.3
19
88
8
61
46
0
2
51
1.13
3060008--3060058
22
2.3
22
79
0
66
62
11
7
17
1.51
3060008--3060064
22
2.6
21
72
5
51
64
10
7
17
1.46
3067288--3067325
13
2.9
13
81
11
51
39
2
2
55
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3067328--3067379
20
2.5
21
81
9
63
59
0
3
36
1.16
3068950--3069032
29
2.9
28
79
12
80
48
1
1
49
1.16
3069021--3069079
12
4.5
13
73
10
50
54
0
1
44
1.10
3081268--3081328
30
2.0
30
93
0
104
44
18
14
22
1.86
3084338--3084368
15
2.0
16
93
6
55
19
9
19
51
1.74
3090645--3090734
43
2.1
43
100
0
180
43
7
17
31
1.78
3094590--3094634
18
2.4
18
85
7
54
37
0
0
62
0.96
3099508--3099542
16
2.1
18
89
10
56
37
17
0
45
1.48
3101526--3101576
23
2.2
23
85
0
66
29
13
33
23
1.93
3104227--3104293
15
4.3
15
74
14
55
31
4
2
61
1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318