genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  47  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17512635--17512668	4	8.2	4	87	6	50	70	0	29	0	0.87
17513819--17513866	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
17514361--17514418	23	2.5	23	97	0	107	5	3	44	46	1.42
17514524--17514563	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
17520878--17521050	46	3.7	46	75	13	174	30	28	20	20	1.98
17522360--17522413	24	2.2	24	83	6	65	33	24	22	20	1.97
17523708--17523885	51	3.5	51	84	3	234	28	13	29	28	1.94
17531802--17531829	6	4.7	6	100	0	56	35	17	28	17	1.93
17544734--17544862	47	2.7	49	78	16	155	31	29	17	21	1.97
17549498--17549585	21	4.1	21	85	5	113	36	25	21	17	1.94
17549498--17549585	44	2.0	42	84	4	113	36	25	21	17	1.94
17551066--17551101	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
17554607--17554726	48	2.5	48	97	0	231	38	18	0	43	1.50
17556328--17556355	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
17558145--17558275	47	2.8	48	78	14	157	31	29	18	21	1.97
17558697--17558756	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
17562731--17562761	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
17562841--17562871	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
17565505--17565593	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
17565498--17565631	46	3.0	45	81	4	135	35	13	23	27	1.93
17571089--17571261	47	3.7	46	80	12	194	30	28	18	21	1.97
17571097--17571268	94	1.8	93	87	3	256	30	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17571687--17571746	30	2.0	30	83	6	77	33	25	5	36	1.78
17574893--17574947	26	2.1	26	86	6	76	67	0	1	30	1.01
17576906--17576947	3	14.3	3	80	5	50	61	0	38	0	0.96
17577522--17577653	66	2.0	66	100	0	264	28	13	19	37	1.90
17582633--17582673	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
17603251--17603284	15	2.3	15	90	10	52	47	14	0	38	1.45
17608387--17608435	24	2.0	24	84	7	64	28	8	18	44	1.78
17608427--17608465	18	2.1	19	85	4	53	33	2	2	61	1.23
17631795--17631966	93	1.8	93	86	0	245	22	16	28	31	1.96
17636393--17636479	21	4.0	23	77	10	83	37	24	21	16	1.93
17636850--17636907	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
17638177--17638213	5	7.2	5	96	3	65	56	0	0	43	0.99
17641887--17641929	22	1.9	22	85	4	59	41	9	2	46	1.48
17649696--17649940	67	3.7	66	77	4	222	37	14	20	26	1.91
17651050--17651125	6	12.2	6	70	13	55	73	2	22	1	1.03
17651050--17651125	26	3.0	25	75	16	77	73	2	22	1	1.03
17651785--17651824	19	2.1	18	86	9	53	40	0	20	40	1.52
17652049--17652150	41	2.5	39	82	4	123	30	14	21	33	1.93
17652344--17652393	16	3.1	16	77	11	57	34	4	26	36	1.75
17653972--17654021	25	2.0	25	92	0	82	36	20	24	20	1.95
17653975--17654028	25	2.2	25	86	0	72	38	20	25	14	1.91
17657643--17657708	23	3.0	23	80	6	91	16	18	22	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17664480--17664566	21	4.0	23	79	10	83	16	21	24	37	1.93
17664492--17664552	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
17665942--17665993	27	1.9	27	84	7	70	75	1	5	17	1.10
17667786--17667826	20	2.0	20	95	0	73	19	39	29	12	1.88
17673214--17673244	16	1.9	16	93	0	53	51	6	9	32	1.60
17674880--17674928	23	2.2	23	85	3	64	53	8	2	36	1.43
17687857--17687906	13	3.9	12	79	10	55	46	0	2	52	1.12
17687856--17687905	25	2.0	26	92	4	84	48	0	2	50	1.12
17688773--17688807	6	5.7	6	96	3	61	0	2	28	68	1.04
17700629--17700664	18	2.0	18	100	0	72	66	5	11	16	1.40
17704124--17704158	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
17708331--17708699	125	2.9	126	93	0	659	37	15	17	28	1.91
17708909--17708959	21	2.4	21	83	0	57	54	5	11	27	1.59
17709158--17709188	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
17709160--17709196	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
17709587--17709658	18	4.0	18	74	13	76	16	1	56	25	1.48
17709601--17709674	36	2.0	37	94	2	132	16	1	55	27	1.49
17709641--17709703	29	2.2	29	88	5	92	15	1	50	31	1.54
17712155--17712280	44	2.9	43	68	15	123	22	18	23	36	1.95
17712159--17712339	87	2.1	86	87	2	263	22	18	23	35	1.96
17712264--17712695	133	3.3	130	80	8	473	25	22	22	30	1.99
17712526--17712967	179	2.5	178	89	2	697	24	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17714213--17714261	24	2.0	24	84	0	62	2	22	4	71	1.13
17714235--17714279	17	2.9	15	81	15	56	0	20	2	77	0.87
17714248--17714289	12	3.4	12	78	15	50	0	21	0	78	0.75
17714220--17714293	24	3.1	24	86	7	89	1	17	2	78	0.94
17715938--17716140	37	5.5	37	96	0	370	24	19	17	38	1.93
17716104--17716372	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
17716147--17716366	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
17716104--17716372	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
17723429--17723797	125	2.9	126	94	0	632	38	14	17	29	1.89
17724251--17724281	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
17724253--17724289	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
17724678--17724713	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
17724696--17724795	29	3.2	29	77	21	103	17	2	51	30	1.56
17724692--17724766	37	2.0	37	97	0	141	16	1	54	28	1.50
17725033--17725411	85	4.4	85	86	4	489	20	25	24	30	1.99
17728752--17728937	87	2.1	87	86	0	264	22	18	23	34	1.96
17728935--17729297	133	2.7	133	85	4	511	25	23	22	28	1.99
17729109--17729563	179	2.6	179	90	2	729	24	23	22	29	1.99
17731023--17731097	37	2.0	37	97	0	141	17	0	53	29	1.44
17731064--17731126	29	2.2	29	88	5	92	15	1	50	31	1.54
17736792--17736829	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
17738677--17738950	46	6.0	46	93	0	433	37	14	24	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17739552--17739633	33	2.5	32	76	5	83	36	15	18	29	1.92
17739661--17739738	33	2.4	33	78	8	86	28	15	25	30	1.96
17739557--17739750	105	1.8	105	79	4	221	30	16	24	27	1.96
17745041--17745081	22	1.9	21	85	5	55	68	9	19	2	1.29
17745040--17745087	22	2.2	20	79	13	51	68	8	20	2	1.26
17745091--17745125	4	8.5	4	93	6	61	74	0	25	0	0.82
17754994--17755027	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
17758652--17758699	4	12.0	4	95	0	87	50	22	0	27	1.50
17760170--17760214	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
17761064--17761111	19	2.5	20	74	16	55	58	0	8	33	1.28
17761236--17761260	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
17761482--17761549	18	3.7	18	80	2	73	30	7	14	47	1.72
17766188--17766217	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
17767893--17767945	27	2.0	27	96	0	97	62	0	7	30	1.23
17767902--17767943	22	1.9	22	85	9	59	64	0	4	30	1.14
17779815--17780093	35	8.0	35	82	6	314	31	24	15	29	1.96
17779821--17780096	105	2.6	105	91	0	444	31	23	15	28	1.95
17782976--17783030	13	4.6	12	76	21	53	49	1	0	49	1.11
17783266--17783327	29	2.1	31	84	6	83	30	11	19	38	1.87
17783459--17783488	13	2.3	13	94	0	51	43	3	0	53	1.17
17783507--17783581	31	2.5	29	78	8	80	52	6	1	40	1.36
17786554--17786619	35	1.9	33	96	0	105	19	50	10	19	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17786937--17786988	22	2.4	22	87	6	70	25	7	30	36	1.84
17787915--17787968	23	2.3	23	90	0	81	31	9	3	55	1.49
17787879--17787999	3	40.7	3	72	11	52	28	8	2	61	1.38
17788078--17788117	3	13.3	3	83	0	53	32	5	2	60	1.32
17792687--17792745	25	2.4	24	76	13	57	32	0	6	61	1.22
17803363--17803403	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
17822894--17822944	18	2.7	20	76	17	54	33	0	1	64	1.05
17824435--17824470	18	2.0	18	88	0	54	22	25	11	41	1.86
17826575--17826733	43	3.7	44	78	12	177	23	18	26	31	1.97
17840066--17840350	36	7.7	36	71	12	173	37	14	11	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318