genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80250802--80250853	23	2.2	23	86	3	68	13	30	25	30	1.94
80251312--80251582	46	5.9	46	91	0	364	41	14	22	21	1.89
80252496--80252525	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
80259113--80259142	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
80272796--80272926	49	2.7	49	78	5	142	29	27	16	26	1.97
80272901--80273155	46	5.5	46	74	20	185	24	29	17	29	1.97
80278540--80278604	32	2.0	32	96	0	121	38	16	9	35	1.81
80283713--80283823	43	2.6	42	78	12	109	30	26	19	23	1.98
80283713--80283800	43	2.1	44	83	10	112	32	25	20	21	1.97
80291255--80291365	27	4.1	26	85	5	123	34	24	24	17	1.96
80291255--80291365	54	2.1	54	84	3	143	34	24	24	17	1.96
80292983--80293092	26	4.2	26	91	6	170	37	24	3	34	1.73
80294493--80294601	42	2.6	42	80	4	130	31	22	18	27	1.97
80304161--80304221	30	2.0	30	83	0	77	39	4	24	31	1.77
80306884--80306928	21	2.1	21	100	0	90	37	4	13	44	1.64
80307528--80307599	31	2.4	30	92	2	117	37	1	4	56	1.27
80307553--80307599	15	3.1	15	78	0	58	36	0	2	61	1.08
80307509--80307602	31	2.8	34	79	14	113	39	1	5	54	1.30
80316558--80316590	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
80317299--80317348	26	1.9	26	83	0	64	46	24	2	28	1.64
80317463--80317516	22	2.3	24	81	12	60	62	1	0	35	1.06
80325305--80325349	22	2.0	22	100	0	90	28	13	13	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80325501--80325751	54	4.6	54	79	4	220	27	18	13	39	1.89
80325552--80325811	108	2.4	108	83	1	306	28	17	13	40	1.88
80325555--80325789	54	4.4	54	81	1	256	27	18	14	39	1.89
80325502--80325814	54	5.8	54	78	4	175	29	18	12	39	1.88
80325664--80325868	54	3.8	54	76	4	164	29	19	13	38	1.89
80325569--80325867	108	2.8	108	81	2	262	28	18	13	39	1.89
80326206--80326429	24	9.4	23	74	4	142	26	18	12	42	1.85
80326156--80326321	48	3.4	48	83	0	188	26	16	14	42	1.86
80326205--80326454	119	2.1	120	83	3	324	26	16	13	44	1.84
80326253--80326426	71	2.4	72	82	1	215	26	18	13	41	1.87
80326325--80326479	48	3.2	48	81	1	177	27	18	12	42	1.85
80327172--80327205	12	2.8	12	91	8	52	58	0	14	26	1.36
80328080--80328111	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
80328099--80328142	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
80328137--80328166	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
80329610--80329705	39	2.5	38	82	1	120	38	5	8	47	1.56
80330943--80331024	38	2.1	39	86	2	112	31	13	6	48	1.67
80333051--80333228	41	4.4	42	87	2	217	38	22	21	17	1.94
80333022--80333228	82	2.6	81	85	6	260	38	21	20	19	1.94
80333386--80333430	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
80333397--80333481	21	3.7	21	71	19	71	28	2	27	42	1.68
80333401--80333496	49	2.0	46	90	6	147	30	3	25	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80333519--80333547	14	2.0	15	93	6	51	27	0	27	44	1.54
80334396--80334439	16	2.8	16	89	0	61	63	0	0	36	0.95
80338667--80338709	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
80338729--80338845	43	2.7	43	87	0	162	23	13	25	36	1.92
80344419--80344472	25	2.1	27	83	13	69	44	0	0	55	0.99
80344379--80344470	38	2.4	40	80	10	113	44	1	1	53	1.15
80344479--80344515	16	2.2	17	90	4	58	62	0	0	37	0.96
80345049--80345145	50	1.9	51	89	2	151	49	15	7	27	1.71
80357942--80357980	17	2.3	17	100	0	78	25	35	12	25	1.92
80361369--80361532	9	17.2	9	69	18	75	64	2	3	29	1.24
80361410--80361459	17	2.8	18	81	3	57	70	4	4	22	1.21
80361702--80361783	30	2.8	29	81	5	101	37	1	0	60	1.04
80361703--80361809	9	11.4	10	67	13	50	33	0	0	64	1.06
80374249--80374342	47	2.0	47	93	4	163	31	28	19	20	1.97
80374394--80374446	24	2.1	26	86	6	74	41	24	22	11	1.86
80383173--80383701	266	2.0	266	98	0	1013	32	18	25	22	1.97
80383827--80384010	62	3.0	62	94	0	314	41	19	4	34	1.73
80385262--80385319	12	5.0	11	79	8	53	79	12	5	3	1.02
80386104--80386299	108	1.8	108	92	0	329	25	17	10	46	1.80
80386775--80388925	132	16.3	132	89	3	2381	27	17	25	29	1.97
80386834--80388951	44	48.1	43	68	9	244	27	17	24	30	1.97
80387581--80387778	46	4.4	46	67	13	149	24	19	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80387469--80387854	135	2.9	134	93	1	648	26	20	22	29	1.98
80399635--80401785	132	16.3	132	89	3	2381	27	17	25	29	1.97
80399694--80401811	44	48.1	43	68	9	244	27	17	24	30	1.97
80400441--80400638	46	4.4	46	67	13	149	24	19	24	31	1.98
80400329--80400714	135	2.9	134	93	1	648	26	20	22	29	1.98
80410341--80410481	40	3.6	39	75	10	119	31	23	17	27	1.97
80412534--80412575	19	2.0	22	86	13	63	52	16	2	28	1.56
80416128--80416163	17	2.1	17	94	0	63	50	5	0	44	1.25
80416461--80416503	21	2.0	22	86	4	61	41	0	6	51	1.29
80427057--80427110	10	5.2	10	77	14	56	64	1	0	33	1.04
80427209--80427256	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
80427967--80428055	44	2.0	44	100	0	178	46	13	13	26	1.80
80432489--80432530	13	3.0	14	89	6	59	23	2	0	73	0.94
80432524--80432571	19	2.5	20	90	6	73	22	2	4	70	1.15
80433007--80433158	41	3.7	41	84	4	209	21	25	21	31	1.98
80434752--80435098	58	6.0	58	79	4	313	40	13	12	33	1.82
80435107--80435890	70	11.2	70	77	4	637	30	16	21	31	1.95
80448933--80448964	15	2.1	15	94	0	55	40	9	12	37	1.75
80451129--80451171	9	4.8	9	80	11	52	23	34	0	41	1.55
80452964--80453192	50	4.6	50	81	5	232	30	20	27	21	1.98
80452958--80453143	100	1.9	100	89	2	293	31	20	26	21	1.98
80453554--80453641	44	2.0	44	91	4	142	50	10	22	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80457224--80457310	44	2.0	44	93	4	149	55	8	20	16	1.66
80460729--80460780	24	2.2	24	82	0	59	44	7	34	13	1.72
80462857--80463627	405	1.9	405	82	3	960	29	18	17	34	1.94
80468581--80468639	29	2.0	29	96	0	109	42	13	11	32	1.81
80477224--80477446	40	5.6	40	83	6	159	25	21	26	26	1.99
80477224--80477448	80	2.8	79	81	3	236	25	20	27	26	1.99
80485111--80485333	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
80485186--80485368	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
80488701--80488871	46	3.7	45	76	13	168	29	19	28	21	1.98
80488700--80488914	46	4.6	47	75	13	144	29	20	27	22	1.98
80490401--80490459	29	2.0	30	83	3	75	44	5	22	28	1.74
80499121--80499158	19	2.0	19	90	10	60	26	0	10	63	1.27
80504013--80504055	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
80515579--80515801	40	5.6	40	85	3	218	24	21	28	26	1.99
80515658--80515836	79	2.3	80	82	1	209	25	20	28	25	1.99
80523451--80523672	40	5.6	40	84	4	227	24	21	27	26	1.99
80523451--80523674	79	2.8	79	81	4	236	24	20	28	26	1.99
80523528--80523707	79	2.3	80	82	1	211	26	20	28	25	1.99
80525081--80525120	1	40.0	1	100	0	80	0	0	0	100	0.00
80526831--80527001	46	3.7	45	76	13	168	29	19	28	21	1.98
80526830--80527044	46	4.6	47	75	13	144	29	20	27	22	1.98
80528531--80528589	29	2.0	30	83	3	75	44	5	22	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80539091--80539145	4	13.8	4	100	0	110	50	0	23	25	1.49
80542516--80542558	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
80544078--80544202	64	2.0	65	84	6	166	32	1	12	53	1.48
80544371--80544469	50	2.0	50	97	0	189	24	22	12	41	1.87
80547433--80547473	21	2.0	22	90	9	68	53	0	2	43	1.13
80555718--80555833	39	3.0	39	78	1	117	43	25	5	26	1.75
80561200--80561244	20	2.2	20	84	7	56	24	2	0	73	0.95
80568472--80568515	22	2.0	22	95	0	79	43	15	13	27	1.85
80569848--80569873	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
80577256--80577707	47	9.4	47	89	5	600	32	9	29	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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