genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62445281--62445306	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
62445792--62445969	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62445767--62445969	54	3.7	55	81	6	216	26	14	28	30	1.95
62445767--62445969	82	2.5	81	80	4	237	26	14	28	30	1.95
62448352--62448437	43	2.0	43	93	0	145	33	11	24	30	1.91
62448822--62448893	38	1.9	37	86	8	101	48	0	5	45	1.25
62449106--62449145	16	2.5	16	84	8	55	32	25	5	37	1.77
62455582--62455621	18	2.3	19	79	16	50	32	0	2	65	1.06
62457637--62457697	20	3.3	20	70	29	71	62	0	6	31	1.21
62457633--62457703	35	2.0	35	100	0	142	63	0	5	30	1.17
62459595--62459783	99	1.9	99	95	0	342	26	7	23	41	1.82
62474202--62474340	35	4.0	35	77	8	122	41	17	9	31	1.82
62479141--62479209	23	3.0	23	95	0	120	30	21	23	24	1.99
62479267--62479329	20	3.2	20	93	0	108	31	20	12	34	1.90
62485644--62485713	23	3.0	23	89	2	95	31	18	22	27	1.97
62485767--62485826	20	3.0	20	90	2	95	33	20	13	33	1.91
62485868--62485915	25	1.9	25	95	0	87	25	12	25	37	1.91
62503629--62503675	23	2.0	23	84	8	60	34	2	0	63	1.06
62505453--62505518	30	2.2	30	97	0	123	19	30	25	24	1.98
62506252--62506355	33	3.2	33	90	2	156	26	23	22	27	1.99
62506798--62506884	27	3.2	27	83	3	86	31	13	14	40	1.86
62506807--62506887	27	3.0	28	83	3	94	33	11	16	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62509421--62509507	28	2.8	33	72	16	94	31	26	17	25	1.97
62509951--62510036	27	3.2	26	83	8	102	30	13	17	38	1.89
62509964--62510046	27	3.1	27	81	5	89	30	12	21	36	1.90
62515041--62515090	26	1.9	26	84	15	68	28	2	6	64	1.28
62517223--62517297	37	2.0	37	97	0	141	40	13	20	26	1.89
62517376--62517431	23	2.5	22	81	16	78	33	17	21	26	1.96
62517394--62517484	45	2.0	46	80	8	105	36	17	20	25	1.94
62517391--62517514	23	5.3	23	72	15	76	34	16	22	25	1.95
62517414--62517487	24	3.2	23	70	11	62	35	17	22	24	1.95
62518037--62518066	15	2.0	15	100	0	60	46	20	0	33	1.51
62523851--62524015	64	2.6	64	81	3	197	27	7	29	35	1.85
62524270--62524556	43	6.7	43	93	0	466	23	19	31	25	1.98
62524270--62524556	130	2.2	129	91	0	475	23	19	31	25	1.98
62524631--62524697	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
62524951--62525001	21	2.4	21	71	12	50	1	45	19	33	1.62
62530273--62530457	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
62530273--62530457	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
62533738--62534008	9	29.6	9	76	8	188	38	1	13	47	1.50
62533738--62534008	18	15.3	18	77	8	207	38	1	13	47	1.50
62533791--62534008	27	7.9	27	81	8	222	38	1	13	46	1.52
62533714--62533935	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
62534113--62534142	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62538660--62538710	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
62538699--62538730	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
62539742--62539960	41	5.4	41	91	2	334	17	23	25	33	1.96
62549886--62549923	16	2.4	16	82	4	51	55	0	10	34	1.34
62579995--62580234	27	8.9	27	81	1	142	36	21	6	35	1.79
62579995--62580377	81	4.7	81	76	3	234	37	21	7	33	1.81
62580162--62580370	80	2.6	81	86	2	287	42	21	7	29	1.80
62580162--62580480	27	11.8	27	78	4	239	40	20	9	30	1.83
62580162--62580395	80	2.9	78	83	6	272	42	20	7	29	1.80
62580501--62580602	27	3.8	26	81	11	107	36	22	21	19	1.95
62581403--62581564	26	6.3	26	87	2	215	28	20	22	29	1.98
62581697--62581790	42	2.2	42	94	0	161	27	13	22	36	1.92
62581812--62581890	31	2.5	31	89	0	131	30	16	25	27	1.97
62595467--62595552	44	2.0	44	88	0	127	20	17	27	33	1.95
62605508--62605554	18	2.6	18	89	3	67	46	4	4	44	1.42
62609211--62609553	184	1.9	182	94	1	605	37	11	20	30	1.88
62611238--62611267	11	2.7	11	89	0	51	66	6	0	26	1.16
62613833--62613877	21	2.1	21	87	0	63	28	24	28	17	1.97
62614178--62614202	13	1.9	13	100	0	50	28	0	24	48	1.52
62616384--62616651	49	5.7	48	72	14	159	23	17	30	27	1.97
62616384--62616652	145	1.9	140	81	5	324	24	17	30	27	1.97
62621171--62621230	31	1.9	31	86	0	84	23	16	6	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62623610--62623653	23	1.9	23	85	0	61	40	13	9	36	1.76
62625521--62625569	3	17.0	3	79	12	50	67	0	2	30	1.02
62625545--62625595	15	3.2	16	82	15	54	62	7	0	29	1.23
62628531--62628614	43	2.0	43	90	0	132	35	22	15	26	1.94
62630534--62630595	28	2.2	28	88	0	97	38	11	22	27	1.88
62637958--62638006	20	2.3	20	86	6	62	4	12	6	77	1.09
62638505--62638578	27	2.7	27	91	2	112	52	4	2	40	1.34
62640792--62640860	27	2.6	27	88	0	102	23	17	18	40	1.91
62650063--62650241	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
62651506--62652104	47	12.6	47	91	2	810	33	8	29	29	1.86
62651506--62652104	96	6.3	94	90	3	812	33	8	29	29	1.86
62654532--62654606	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
62654660--62655060	40	10.1	40	93	0	651	24	21	28	25	1.99
62656316--62656494	85	2.1	85	96	2	333	37	8	27	26	1.85
62657762--62658456	47	14.6	47	92	3	968	32	8	29	29	1.88
62658307--62658428	22	5.3	22	62	21	61	34	11	28	25	1.91
62662747--62662848	42	2.4	41	78	12	109	33	14	20	31	1.93
62678454--62678848	47	8.4	47	93	0	619	32	8	30	28	1.87
62678967--62679045	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
62687663--62687770	54	2.0	54	98	0	207	39	9	17	33	1.82
62691011--62691178	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
62691046--62691231	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62691048--62691231	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
62698328--62698495	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
62698363--62698548	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
62698365--62698548	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
62701842--62702108	47	5.6	47	95	0	426	30	9	31	28	1.89
62701842--62702392	94	5.6	94	79	12	611	30	9	30	28	1.89
62702074--62702131	25	2.4	24	86	8	66	27	15	31	25	1.96
62701989--62702227	119	2.0	119	100	0	478	29	10	31	28	1.91
62702083--62702133	25	2.0	25	96	0	93	27	17	29	25	1.98
62701942--62702274	166	2.0	166	96	0	612	29	10	31	28	1.90
62702036--62702180	72	2.0	72	98	0	281	28	11	31	28	1.92
62701895--62702321	213	2.0	213	94	0	746	29	10	31	28	1.90
62701846--62702368	260	2.0	261	94	0	913	30	9	30	28	1.89
62702108--62702392	47	6.1	47	96	0	489	30	10	30	28	1.90
62702112--62702436	141	2.3	141	89	0	434	31	9	31	27	1.89
62702555--62702633	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
62709583--62709626	20	2.2	20	96	4	81	29	13	15	40	1.86
62711304--62711335	16	2.0	16	100	0	64	25	25	25	25	2.00
62711471--62711642	94	1.8	94	86	2	247	22	26	18	31	1.97
62711472--62711683	48	4.5	46	77	5	160	23	25	18	32	1.97
62714445--62714480	18	2.0	18	88	0	54	25	25	13	36	1.93
62719048--62719468	49	8.9	47	73	10	254	25	28	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62719098--62719459	46	7.7	46	75	8	232	24	28	19	27	1.99
62719098--62719459	94	3.8	92	77	9	270	24	28	19	27	1.99
62723626--62723658	13	2.7	13	90	9	52	63	3	0	33	1.10
62723626--62723676	11	4.2	12	78	14	52	64	1	0	33	1.05
62725919--62726159	48	5.0	48	87	2	358	26	31	17	24	1.97
62727971--62728158	79	2.3	80	83	8	231	25	27	22	24	2.00
62727950--62728153	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
62729887--62730111	40	5.7	40	87	5	305	24	22	27	25	2.00
62729887--62730144	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
62737806--62738031	40	5.7	40	85	6	289	24	22	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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