genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33987793--33988155	45	7.6	49	84	12	422	35	13	22	29	1.92
33987793--33988144	97	3.6	98	92	2	568	35	13	21	29	1.92
33988119--33988258	34	4.0	35	86	8	196	36	15	22	25	1.94
33988119--33988258	68	2.0	72	88	5	216	36	15	22	25	1.94
33991566--33991666	42	2.4	42	86	1	132	29	28	15	25	1.96
34006208--34006258	18	2.8	18	78	0	66	29	13	9	47	1.75
34007574--34007625	22	2.3	22	83	9	61	32	7	5	53	1.53
34011120--34011171	3	16.7	3	77	15	52	63	0	5	30	1.18
34011115--34011171	18	3.1	18	78	14	62	64	0	5	29	1.15
34015222--34015271	10	5.0	10	79	16	59	58	0	2	40	1.10
34015222--34015271	20	2.5	20	83	6	66	58	0	2	40	1.10
34018833--34019199	46	7.6	49	85	10	449	34	13	22	29	1.92
34018833--34019188	98	3.6	98	94	0	595	34	13	21	29	1.92
34019163--34019308	37	4.0	37	90	1	224	36	15	22	24	1.93
34023214--34023315	42	2.4	43	86	3	136	29	28	15	26	1.96
34023630--34023663	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
34024951--34024991	20	2.0	20	100	0	82	51	14	9	24	1.72
34027520--34027568	22	2.3	21	82	10	55	32	42	2	22	1.65
34027624--34027704	21	3.6	22	76	14	94	43	25	1	29	1.63
34027608--34027698	46	2.0	46	93	4	157	41	25	2	30	1.67
34027721--34027770	25	2.0	25	100	0	100	44	8	4	44	1.52
34028018--34028116	50	2.0	50	95	0	180	51	7	10	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34030009--34030037	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
34033392--34033486	43	2.2	45	84	3	122	32	22	11	33	1.90
34033138--34034068	176	5.3	177	82	3	1058	27	23	17	30	1.97
34033140--34034068	354	2.6	349	84	4	1120	27	24	17	30	1.97
34034084--34034192	44	2.5	44	82	5	123	31	23	20	24	1.98
34034123--34034215	44	2.1	44	82	4	107	26	25	22	24	2.00
34034349--34034669	129	2.5	129	94	0	545	39	14	16	29	1.88
34034349--34034670	64	5.0	64	88	1	473	39	14	16	29	1.89
34035759--34035816	30	2.0	29	86	10	82	10	10	0	79	0.94
34035781--34035820	21	2.0	20	85	14	55	10	10	0	80	0.92
34035802--34035850	14	3.5	13	76	17	53	6	14	2	77	1.05
34036373--34036427	26	2.0	28	86	13	80	5	10	5	78	1.08
34040956--34041004	24	2.0	25	88	8	73	63	12	10	14	1.53
34042069--34042166	9	11.0	9	77	2	90	38	27	11	22	1.88
34042214--34042311	17	5.4	17	64	13	52	50	13	5	31	1.63
34042167--34042294	20	6.9	19	63	12	52	46	14	6	32	1.69
34042167--34042316	37	4.1	37	91	0	246	47	14	5	33	1.66
34043440--34043497	28	2.2	26	87	6	80	27	0	25	46	1.53
34043657--34043690	13	2.6	13	90	0	50	17	0	47	35	1.48
34060778--34060817	16	2.5	17	84	11	50	5	5	35	55	1.44
34061187--34061528	44	7.8	45	71	12	187	28	23	16	30	1.96
34061241--34061575	175	1.9	175	82	4	426	28	22	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34076113--34076164	26	2.0	26	81	7	61	61	7	7	23	1.49
34076690--34076729	15	2.7	15	85	11	55	40	5	0	55	1.22
34076690--34076733	16	2.8	16	86	10	56	40	6	0	52	1.28
34077175--34077369	105	1.9	105	86	0	282	30	22	12	34	1.91
34078260--34078303	22	2.0	22	82	8	54	54	2	4	38	1.33
34080016--34080047	11	2.9	11	90	0	55	40	18	0	40	1.51
34080056--34080087	15	2.1	15	94	0	55	40	0	0	59	0.97
34080188--34080314	48	2.7	46	80	9	139	32	10	5	51	1.58
34082278--34082320	16	2.8	16	86	6	54	69	4	0	25	1.07
34082576--34082644	21	3.3	20	75	18	61	59	2	5	31	1.36
34082585--34082695	10	10.6	10	67	25	61	56	0	6	36	1.31
34088133--34088501	126	2.9	126	91	0	612	27	20	17	33	1.96
34088759--34088831	20	3.8	20	69	20	73	45	24	0	30	1.54
34088939--34088989	22	2.3	23	86	3	77	47	31	0	21	1.51
34093148--34093194	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
34101082--34101231	75	2.0	75	100	0	300	25	17	18	38	1.92
34105755--34105794	18	2.2	19	86	8	57	10	22	47	20	1.79
34110414--34110465	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
34117653--34117777	47	2.7	48	77	10	125	22	28	20	28	1.99
34121880--34121931	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
34122507--34122584	20	3.6	21	77	11	70	23	11	1	64	1.34
34123227--34123282	10	5.5	10	78	2	58	75	8	3	12	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34123218--34123286	20	3.5	20	75	11	70	69	7	2	20	1.25
34136876--34136937	21	3.1	21	77	9	67	19	12	6	61	1.53
34137708--34137852	44	3.1	45	73	16	143	26	23	20	29	1.99
34137785--34137937	44	3.5	44	72	5	139	24	22	20	31	1.98
34137932--34138445	86	5.9	87	85	4	658	26	23	24	25	2.00
34137949--34138445	263	1.9	263	89	0	771	26	23	25	25	2.00
34138450--34138813	131	2.8	131	86	1	482	25	24	20	29	1.99
34138631--34138831	44	4.6	44	72	6	165	25	23	22	28	1.99
34138793--34139015	88	2.6	87	89	2	340	21	21	21	34	1.97
34139165--34139292	64	2.0	64	93	0	220	33	14	20	31	1.93
34139960--34140060	53	1.9	54	87	4	152	52	7	13	25	1.68
34148145--34148305	42	3.7	42	81	7	171	29	26	14	29	1.95
34148239--34148403	47	3.5	47	81	6	163	29	25	15	29	1.96
34148418--34148566	31	4.8	31	88	3	228	26	28	18	26	1.98
34148542--34148718	50	3.5	50	91	0	282	25	22	15	36	1.93
34149582--34149621	17	2.4	17	95	0	71	55	12	12	20	1.69
34151344--34151404	30	2.0	30	100	0	122	32	22	22	21	1.98
34151609--34151785	41	4.4	40	84	2	203	35	19	21	23	1.96
34151609--34151785	81	2.2	81	83	4	214	35	19	21	23	1.96
34152341--34152394	21	2.6	21	80	16	67	18	0	44	37	1.50
34152311--34152372	32	1.9	32	83	0	79	19	0	37	43	1.51
34153261--34153342	3	27.7	3	85	7	114	60	1	37	0	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34153650--34153685	16	2.2	16	100	0	72	38	5	22	33	1.77
34158471--34158541	32	2.2	32	84	0	97	30	2	15	50	1.58
34159960--34159997	14	2.7	14	91	0	58	44	7	0	47	1.32
34166042--34166234	39	4.9	39	85	1	262	32	26	20	20	1.97
34166052--34166234	78	2.3	78	92	1	305	31	26	21	21	1.98
34168283--34168307	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
34177142--34177193	22	2.3	23	81	15	65	40	3	0	55	1.18
34177035--34177215	99	1.8	99	80	10	217	40	3	6	49	1.46
34180074--34180104	5	6.2	5	96	0	53	83	0	16	0	0.64
34183202--34183243	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
34183365--34183411	23	2.0	25	83	8	62	48	4	8	38	1.53
34183532--34183574	3	13.7	3	80	9	50	62	2	0	34	1.08
34183816--34183974	3	52.3	3	82	8	189	61	1	3	32	1.24
34183998--34184030	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
34185851--34186676	148	5.5	147	81	8	913	33	19	16	30	1.94
34185846--34186664	220	3.7	222	84	6	1062	32	20	16	30	1.94
34186264--34186682	72	5.8	72	86	4	565	34	18	15	31	1.92
34205373--34205420	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
34205457--34205503	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
34205553--34205669	24	5.0	24	84	9	152	29	22	21	27	1.99
34205554--34205648	46	2.1	46	90	4	147	29	22	20	28	1.98
34205862--34205925	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34206824--34206956	24	5.5	24	76	7	119	24	13	27	34	1.93
34209710--34209872	42	3.7	42	81	8	184	30	25	12	31	1.92
34209780--34209916	49	2.9	48	84	6	154	32	25	11	30	1.91
34209812--34209963	47	3.2	47	82	5	155	32	25	12	29	1.92
34211350--34211388	21	1.9	21	89	5	62	23	30	20	25	1.98
34211913--34212073	42	3.7	41	77	12	135	29	24	14	31	1.94
34211981--34212086	49	2.2	48	81	3	122	33	23	12	30	1.91
34212046--34212171	47	2.7	47	88	1	182	31	25	15	27	1.95
34212192--34212334	31	4.6	31	88	0	196	25	26	20	27	1.99
34212310--34212438	50	2.5	51	91	2	206	25	23	16	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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