genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50121189--50121369	40	4.6	40	89	2	251	20	28	23	27	1.99
50122329--50122373	21	2.1	21	95	0	81	42	6	4	46	1.50
50125385--50125605	47	4.7	45	73	12	146	24	28	17	28	1.97
50147372--50147549	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50147393--50147548	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50155460--50155637	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50155481--50155636	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50164739--50164786	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
50166846--50166889	22	2.0	22	81	0	52	52	11	18	18	1.74
50168490--50168522	14	2.3	15	89	5	50	36	3	0	60	1.12
50178108--50178285	46	3.8	46	77	7	207	30	26	20	22	1.98
50178116--50178286	93	1.8	93	92	0	288	29	27	20	22	1.98
50178706--50178761	29	1.9	29	92	0	94	30	23	3	42	1.71
50180953--50181131	28	6.4	28	94	1	288	26	11	27	34	1.91
50188633--50188811	28	6.4	28	91	1	270	27	11	27	33	1.91
50194329--50194487	39	4.1	39	91	0	255	25	22	23	27	2.00
50197358--50197413	28	2.0	28	96	0	103	17	19	32	30	1.95
50203226--50203355	50	2.6	49	91	3	199	30	29	16	23	1.97
50206365--50206542	87	2.0	87	94	0	311	25	2	44	26	1.68
50207760--50207797	20	1.9	20	94	0	67	18	21	36	23	1.95
50215700--50215938	41	5.8	41	97	0	433	26	24	27	21	1.99
50216555--50216603	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50217070--50217104	7	4.9	7	86	6	52	82	0	0	17	0.66
50217069--50217104	15	2.4	15	80	0	54	83	0	0	16	0.65
50217109--50217136	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
50217223--50217257	9	3.7	10	92	7	56	82	0	5	11	0.82
50222077--50222299	40	5.6	40	87	6	287	24	22	28	25	1.99
50222076--50222318	79	3.1	80	83	8	293	24	22	27	25	2.00
50230206--50230429	40	5.6	40	84	7	278	24	22	28	25	2.00
50230212--50230452	119	2.0	119	83	7	303	25	21	26	25	2.00
50232104--50232268	43	3.9	42	80	5	188	26	17	29	27	1.98
50232294--50232355	28	2.2	28	88	0	88	29	37	12	20	1.90
50235207--50235601	27	14.7	27	74	12	182	29	10	20	38	1.87
50235219--50235600	54	7.1	54	79	5	375	30	10	20	39	1.86
50235220--50235601	80	4.8	80	80	3	394	30	10	19	39	1.86
50235209--50235591	134	2.9	134	81	3	441	29	10	20	38	1.87
50235220--50235600	161	2.4	159	84	3	496	30	10	19	39	1.86
50239855--50240135	141	2.0	141	89	2	431	33	11	28	26	1.91
50239855--50240095	47	5.1	47	95	0	428	34	11	27	26	1.90
50240119--50240295	46	3.8	46	88	5	264	34	10	32	22	1.88
50240119--50240295	96	1.8	96	92	0	300	34	10	32	22	1.88
50248030--50248288	41	6.4	41	87	2	310	35	23	20	20	1.96
50248001--50248288	81	3.5	80	81	2	308	35	22	21	21	1.96
50248012--50248288	122	2.3	121	83	4	324	34	23	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50248870--50248921	22	2.4	22	80	3	70	26	1	25	46	1.63
50248943--50248980	7	5.4	7	96	0	67	13	0	44	42	1.43
50248935--50248988	21	2.5	21	82	14	74	16	0	42	40	1.48
50248951--50248988	14	2.7	15	92	8	62	15	0	39	44	1.47
50248994--50249035	15	2.7	16	88	7	68	45	35	0	19	1.50
50249010--50249137	48	2.7	46	80	8	150	46	32	1	18	1.59
50249691--50249734	19	2.2	20	96	4	81	68	4	4	22	1.27
50249721--50249754	6	5.3	6	89	10	50	76	0	0	23	0.79
50249728--50249752	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
50249728--50249769	15	3.0	14	86	6	50	71	0	4	23	1.05
50249976--50250024	6	8.2	6	95	0	80	0	53	0	46	1.00
50252387--50252540	28	5.5	28	96	0	265	33	27	11	26	1.91
50255846--50255879	6	5.5	6	86	6	50	47	0	0	52	1.00
50255843--50255884	12	3.4	12	78	15	50	50	0	0	50	1.00
50255906--50255946	22	1.9	21	85	5	55	43	2	0	53	1.13
50257341--50257516	46	3.8	46	77	12	198	20	20	28	30	1.98
50257338--50257509	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
50262098--50262322	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
50262098--50262355	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
50277278--50277498	40	5.6	40	86	5	279	25	21	27	25	1.99
50279081--50279114	14	2.3	15	85	5	52	26	44	0	29	1.55
50279077--50279115	18	2.2	18	90	0	60	25	43	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50284920--50285104	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
50284921--50285104	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
50284921--50285127	79	2.6	79	81	8	199	25	22	27	24	2.00
50292808--50292990	79	2.3	81	83	7	223	25	22	27	25	2.00
50292808--50292990	40	4.6	40	82	9	205	25	22	27	25	2.00
50292859--50293023	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
50301889--50301972	43	2.0	43	90	0	132	53	4	20	21	1.63
50310704--50310891	40	4.7	40	91	0	306	26	21	27	24	1.99
50312925--50312950	13	2.0	13	100	0	52	38	7	30	23	1.83
50316520--50316633	40	2.9	40	88	1	176	26	21	28	23	1.99
50323169--50323324	42	3.7	42	78	7	156	25	18	25	30	1.98
50323153--50323305	42	3.6	40	75	14	121	24	18	24	32	1.98
50324523--50324611	27	3.3	27	73	6	90	28	11	17	42	1.84
50343618--50343664	17	2.6	19	83	12	64	17	6	0	76	0.98
50349957--50350063	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
50350211--50350396	50	3.8	49	88	4	243	31	25	5	37	1.80
50350211--50350496	50	5.9	49	82	10	222	29	26	8	35	1.86
50350367--50350560	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
50350460--50350531	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
50354634--50354960	40	8.2	40	94	0	555	25	26	22	25	2.00
50356224--50356334	37	3.0	37	95	0	195	27	31	18	22	1.97
50356482--50356623	50	2.9	51	81	12	188	32	25	5	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50356588--50356781	47	4.1	47	89	0	280	27	29	10	32	1.90
50356681--50356752	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
50366283--50366384	51	2.0	51	100	0	204	29	17	13	39	1.88
50376960--50377001	18	2.3	19	80	8	52	21	4	16	57	1.58
50383777--50384066	101	2.9	101	95	1	528	41	15	7	35	1.76
50400962--50401038	40	1.9	40	94	0	136	22	19	29	28	1.98
50412405--50412585	40	4.6	40	84	4	224	28	21	25	24	1.99
50412405--50412585	79	2.3	80	84	3	224	28	21	25	24	1.99
50416570--50416830	120	2.2	118	87	4	373	26	21	26	25	1.99
50416570--50416797	40	5.7	40	90	3	361	25	21	26	26	1.99
50426668--50426722	27	2.0	27	100	0	110	30	25	7	36	1.83
50436417--50436536	29	4.2	29	91	1	188	29	31	14	25	1.94
50442739--50442805	28	2.3	29	87	2	100	31	31	11	25	1.92
50443015--50443062	16	3.0	16	75	0	51	10	25	18	45	1.81
50446335--50446377	20	2.2	20	82	0	50	37	16	2	44	1.60
50447876--50447951	38	2.0	38	94	0	134	39	17	11	31	1.85
50452342--50452421	41	2.0	40	95	2	142	35	20	23	21	1.96
50461610--50461642	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
50462358--50462384	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
50467044--50467172	40	3.2	40	85	2	170	15	25	20	38	1.92
50467044--50467145	20	5.1	20	72	11	84	14	24	20	40	1.90
50467940--50467993	20	2.7	20	94	0	90	46	0	31	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50470505--50470608	42	2.5	42	85	3	129	40	19	10	29	1.85
50470599--50470906	153	2.0	153	86	3	433	45	15	7	32	1.73
50474823--50474959	18	7.3	18	75	14	116	35	1	17	45	1.57
50474860--50474959	9	11.6	9	78	14	104	34	0	19	47	1.50
50474828--50474959	59	2.2	62	89	8	200	34	0	18	46	1.55
50477445--50477514	27	2.6	27	88	4	97	21	18	42	17	1.89
50478233--50478352	41	2.9	41	87	2	170	20	25	15	38	1.92
50485385--50485449	28	2.3	28	86	0	94	40	7	21	30	1.81
50485522--50485812	39	7.5	39	91	0	458	18	21	29	30	1.97
50491612--50491741	47	2.8	47	86	2	172	25	16	25	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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