genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5223187--5223229	22	2.0	22	100	0	86	46	6	9	37	1.63
5223804--5223866	33	1.9	33	96	0	117	41	12	12	33	1.81
5230493--5230523	6	5.2	6	96	0	53	16	19	16	48	1.81
5230640--5230830	18	10.6	18	78	10	167	35	10	14	39	1.81
5230627--5230829	72	2.8	73	79	10	204	35	10	13	39	1.80
5230837--5230910	36	2.1	36	84	0	94	37	8	14	39	1.76
5230862--5230910	18	2.7	18	77	0	62	38	6	12	42	1.67
5232450--5232481	16	2.0	16	93	0	55	56	12	15	15	1.68
5241974--5242020	24	2.0	23	84	12	60	46	4	0	48	1.21
5245038--5245097	30	2.0	30	100	0	120	26	6	10	56	1.57
5258902--5258935	16	2.1	15	89	10	50	67	0	2	29	1.05
5260472--5260497	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
5265127--5265170	4	10.8	4	90	4	70	27	2	20	50	1.60
5269869--5269905	19	1.9	19	88	0	56	40	0	13	45	1.43
5270094--5270135	13	2.9	14	80	13	50	52	0	0	47	1.00
5270099--5270128	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
5270087--5270134	16	2.9	16	76	14	53	50	0	0	50	1.00
5270167--5270223	15	3.5	15	71	17	51	47	1	1	49	1.22
5270169--5270205	19	1.9	19	88	0	56	45	2	0	51	1.15
5305136--5305177	20	2.1	20	100	0	84	33	19	9	38	1.84
5325456--5325691	121	2.0	121	97	0	445	30	20	18	31	1.96
5332635--5332661	14	1.9	14	100	0	54	44	25	29	0	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5332649--5332762	51	2.2	51	92	0	183	34	13	22	29	1.92
5340331--5340376	14	3.3	14	78	0	56	41	10	30	17	1.84
5340355--5340468	51	2.2	51	96	0	210	33	11	23	31	1.90
5341725--5341988	49	5.6	49	73	14	202	23	28	20	27	1.99
5341870--5341987	46	2.5	46	83	8	141	25	26	16	31	1.97
5352066--5352127	12	5.3	12	74	12	58	35	0	3	61	1.12
5352373--5352429	24	2.4	23	77	13	62	42	0	3	54	1.17
5352520--5352586	3	23.3	3	74	19	63	40	0	1	58	1.07
5352520--5352586	10	7.1	10	79	20	58	40	0	1	58	1.07
5352520--5352559	5	8.0	5	89	10	64	40	0	0	60	0.97
5352524--5352586	13	4.5	13	80	11	72	39	0	1	58	1.07
5353422--5353597	70	2.3	75	82	11	193	41	1	19	37	1.59
5353761--5353835	18	4.3	18	75	18	70	40	1	25	33	1.64
5353761--5353841	34	2.4	33	80	13	94	39	1	24	34	1.64
5355719--5355770	22	2.3	22	83	3	59	42	1	3	51	1.31
5355833--5355865	16	2.1	16	94	0	57	45	0	0	54	0.99
5360008--5360046	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
5363752--5363858	45	2.4	45	84	3	135	39	18	20	21	1.93
5365115--5365177	33	1.9	32	81	15	76	55	4	0	39	1.21
5365719--5365749	15	2.1	15	100	0	62	41	19	12	25	1.87
5382602--5382763	81	2.0	81	95	0	288	26	22	12	38	1.90
5389003--5389164	77	2.1	77	96	0	297	40	22	17	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5393906--5394044	61	2.2	61	84	5	172	33	1	8	56	1.38
5404946--5404984	9	4.2	9	83	6	51	76	2	10	10	1.10
5405006--5405032	14	1.9	14	100	0	54	81	0	14	3	0.82
5408181--5408373	47	4.0	48	80	8	187	23	17	28	30	1.97
5411194--5411229	15	2.5	15	90	4	56	66	0	33	0	0.92
5411739--5411854	51	2.2	53	84	4	146	17	21	23	37	1.93
5419163--5419196	16	2.1	16	94	0	59	23	8	26	41	1.83
5424665--5424768	27	3.9	27	67	14	72	37	3	4	53	1.40
5424761--5424790	11	2.7	11	94	0	51	70	6	0	23	1.11
5429086--5429258	46	3.8	45	79	11	181	20	19	30	29	1.97
5429079--5429251	93	1.9	93	91	2	285	20	19	30	28	1.97
5431755--5431801	3	15.7	3	86	0	58	63	0	4	31	1.13
5432106--5432145	11	3.4	11	83	16	53	67	0	5	27	1.11
5432108--5432150	22	2.1	21	83	12	54	69	2	4	23	1.18
5432219--5432280	3	21.0	3	80	9	74	64	3	1	30	1.19
5432205--5432259	22	2.4	23	88	8	78	63	0	5	30	1.17
5433713--5433938	21	11.0	21	74	7	178	17	19	16	47	1.83
5433710--5433938	40	5.6	42	78	5	155	17	18	16	47	1.83
5433727--5433938	61	3.5	61	85	0	280	17	18	16	47	1.83
5437062--5437098	9	4.3	9	90	10	51	75	0	2	21	0.92
5437062--5437098	4	8.8	4	88	11	56	75	0	2	21	0.92
5437058--5437098	13	3.2	13	93	6	66	75	0	2	21	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5437062--5437098	17	2.2	17	95	0	65	75	0	2	21	0.92
5438361--5438413	15	3.5	15	84	2	70	35	1	11	50	1.49
5439046--5439086	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
5441201--5441269	35	2.0	35	97	0	129	17	49	11	21	1.78
5441791--5441824	11	3.1	11	88	12	52	0	52	0	47	1.00
5441781--5441824	22	2.0	22	86	8	63	0	56	0	43	0.99
5441789--5441826	11	3.4	11	83	16	51	0	52	0	47	1.00
5442302--5442329	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
5447728--5447767	20	2.0	20	95	0	71	35	12	40	12	1.81
5452451--5452475	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
5466925--5466976	26	2.0	26	96	0	95	59	3	0	36	1.16
5466926--5466982	12	4.5	13	77	12	57	61	1	0	36	1.07
5467338--5467387	24	2.1	24	85	3	66	44	8	6	42	1.58
5467349--5467397	24	2.0	24	96	0	89	42	2	8	46	1.45
5476474--5476514	19	2.1	20	82	13	50	17	21	4	56	1.60
5477293--5477348	29	1.9	29	100	0	112	25	10	16	48	1.78
5482239--5482289	24	2.1	24	88	0	75	3	47	0	49	1.20
5482312--5482340	15	1.9	15	100	0	58	13	44	6	34	1.71
5482406--5482460	21	2.6	21	77	5	58	14	40	5	40	1.69
5492402--5492450	18	2.6	17	78	15	53	46	0	0	53	1.00
5498930--5498962	17	1.9	17	88	11	50	51	0	3	45	1.16
5500197--5500245	24	2.0	24	100	0	98	40	12	16	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5516951--5517062	39	2.8	40	73	8	104	29	25	21	23	1.99
5518624--5518664	5	8.0	5	94	5	73	60	0	0	39	0.96
5522229--5522268	20	2.0	20	85	4	55	50	2	2	45	1.28
5524882--5524932	16	3.2	16	76	13	61	72	0	9	17	1.11
5524878--5524932	15	3.7	15	76	7	58	72	0	9	18	1.10
5535092--5535123	13	2.3	15	89	10	50	3	15	0	81	0.82
5538014--5538066	19	2.8	19	78	13	56	43	18	5	32	1.74
5543962--5544055	39	2.5	37	81	8	100	25	27	23	23	2.00
5545320--5545347	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
5549955--5549982	6	4.7	6	100	0	56	0	32	0	67	0.91
5560172--5560206	18	2.1	17	89	10	54	45	2	14	37	1.59
5561264--5561540	50	5.5	50	93	0	455	34	15	23	26	1.95
5561520--5561578	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
5561533--5561624	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
5561580--5561648	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
5563658--5563792	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
5578710--5578783	36	2.1	36	100	0	148	39	10	25	24	1.88
5607468--5607660	96	2.0	96	90	0	305	34	15	24	25	1.95
5627191--5627224	4	8.5	4	100	0	68	50	26	0	23	1.50
5634305--5634344	22	1.9	21	85	10	55	25	15	37	22	1.93
5636725--5636763	21	1.9	19	85	10	51	51	2	5	41	1.38
5637172--5637284	59	1.9	58	96	1	208	39	21	7	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5685928--5685971	21	2.1	21	100	0	88	50	13	4	31	1.62
5690918--5690943	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
5691010--5691178	73	2.3	72	87	2	239	25	23	24	26	2.00
5691368--5691405	20	1.9	20	88	0	58	71	2	0	26	1.00
5691174--5691977	147	5.5	146	94	1	1416	43	14	17	24	1.87
5691174--5691977	293	2.8	291	96	0	1448	43	14	17	24	1.87
5692544--5692576	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
5692599--5692634	14	2.6	14	90	0	54	22	0	41	36	1.54
5692926--5693004	21	3.7	21	78	8	70	22	1	41	34	1.62
5692942--5692994	7	7.4	7	78	4	61	20	0	45	33	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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