genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51266074--51266259	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
51266076--51266259	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
51272154--51272257	40	2.6	40	93	0	172	22	25	28	24	1.99
51279792--51280009	40	5.5	40	82	5	232	23	24	27	25	2.00
51285798--51285985	40	4.7	40	91	0	306	26	22	27	23	2.00
51290387--51290417	12	2.6	12	94	0	53	25	35	22	16	1.94
51293431--51293516	45	1.9	44	83	2	109	24	15	25	34	1.94
51306409--51306456	25	1.9	25	82	0	60	33	18	16	31	1.94
51306504--51306559	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
51306503--51306579	20	3.8	20	96	0	136	33	11	20	33	1.89
51306610--51306694	25	3.3	26	71	12	79	25	24	23	25	2.00
51312619--51312767	75	2.0	74	84	3	192	32	5	5	57	1.44
51318072--51318211	27	5.1	27	82	6	131	26	22	10	40	1.86
51318079--51318211	54	2.5	53	85	6	153	27	23	9	39	1.86
51318243--51318393	27	5.6	27	84	6	182	41	22	8	27	1.83
51318210--51318393	54	3.4	52	81	4	188	39	21	10	28	1.87
51318210--51318393	81	2.3	81	82	7	214	39	21	10	28	1.87
51318371--51318456	27	3.1	27	75	17	86	40	16	9	33	1.80
51318510--51318570	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
51319384--51319453	25	2.8	25	84	4	88	22	27	25	24	2.00
51320521--51320652	68	1.9	68	96	3	248	29	26	14	29	1.95
51320600--51320720	42	2.9	42	80	6	129	28	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51326989--51327319	27	12.3	27	79	9	225	31	11	19	38	1.86
51327015--51327319	54	5.7	54	79	5	271	32	10	19	38	1.85
51327042--51327252	80	2.6	80	79	6	230	34	8	18	39	1.80
51326989--51327282	107	2.7	108	76	4	263	32	10	18	38	1.85
51327302--51327344	21	2.1	21	86	4	61	27	13	27	30	1.95
51333875--51333968	27	3.5	27	89	0	107	30	18	14	36	1.91
51333880--51334156	54	5.1	54	78	6	161	31	12	17	38	1.87
51333920--51334224	27	11.4	27	82	4	323	32	11	18	38	1.86
51333920--51334224	80	3.8	80	80	4	285	32	11	18	38	1.86
51333920--51334224	107	2.8	108	78	4	339	32	11	18	38	1.86
51334568--51334659	28	3.3	28	79	0	112	26	32	17	23	1.97
51344665--51344908	47	5.1	47	85	5	326	30	12	30	26	1.93
51344687--51344875	100	1.9	100	97	0	360	30	13	30	26	1.94
51344884--51344972	46	1.9	46	83	0	115	32	10	32	24	1.89
51345119--51345337	37	5.9	37	95	0	384	24	18	31	25	1.98
51346727--51346901	46	3.8	46	78	10	194	29	28	20	21	1.98
51351852--51352016	39	4.2	39	94	0	285	21	26	21	30	1.98
51353799--51353977	40	4.5	40	90	3	263	23	24	28	24	2.00
51363971--51364233	132	2.0	132	91	1	429	33	23	17	25	1.96
51373001--51373091	30	3.1	30	90	1	139	15	34	35	15	1.89
51380109--51380139	15	2.1	15	93	0	53	35	25	6	32	1.82
51384018--51384348	47	7.1	47	87	6	420	32	11	29	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51384090--51384348	89	2.8	91	87	5	339	31	12	30	25	1.93
51384091--51384348	136	1.9	136	91	0	426	31	12	30	25	1.93
51384322--51384458	46	3.0	46	89	0	193	34	10	30	24	1.89
51389874--51389912	21	1.9	20	84	5	51	71	7	10	10	1.30
51396162--51396236	28	2.7	28	85	0	105	28	33	13	25	1.93
51401483--51401589	29	3.7	29	76	6	110	24	31	14	28	1.95
51401485--51401597	58	2.0	57	83	1	145	24	30	14	30	1.94
51401679--51401715	19	1.9	19	88	0	56	16	35	18	29	1.93
51410259--51410291	16	2.1	16	100	0	66	51	6	36	6	1.51
51428465--51428578	31	3.7	31	91	2	178	26	26	18	28	1.98
51431338--51431635	47	6.3	47	90	0	452	31	8	30	28	1.87
51431757--51431835	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
51433972--51434036	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
51434090--51434141	27	1.9	27	92	7	88	34	11	11	42	1.77
51434150--51434276	27	4.7	27	89	1	175	30	4	21	43	1.73
51434139--51434276	54	2.5	54	89	1	195	31	4	21	43	1.72
51434307--51434587	27	10.4	27	83	1	285	40	6	21	30	1.79
51436165--51436209	21	2.2	20	88	4	63	26	13	15	44	1.83
51440703--51440948	122	2.0	122	100	0	492	41	16	8	33	1.80
51446697--51446903	68	3.1	63	66	23	161	34	6	17	41	1.76
51446728--51446944	68	3.2	67	66	21	178	35	6	17	41	1.76
51446676--51446951	137	2.0	137	97	0	516	34	7	17	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51447168--51447350	67	2.8	64	74	11	176	28	16	31	23	1.96
51449433--51449522	35	2.5	36	92	1	155	42	30	10	17	1.82
51456514--51456572	30	2.0	30	82	0	73	38	10	23	27	1.87
51460990--51461050	30	2.0	30	93	0	104	37	3	24	34	1.72
51475399--51475752	40	8.9	40	91	1	541	23	21	29	25	1.99
51475399--51475752	158	2.2	160	90	2	561	23	21	29	25	1.99
51475916--51475968	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
51489272--51489335	26	2.3	28	84	15	96	37	10	7	43	1.69
51489282--51489333	26	2.0	26	100	0	104	34	11	7	46	1.69
51489454--51489501	23	2.0	23	88	11	71	66	2	4	27	1.21
51489453--51489529	20	3.8	20	75	16	79	67	2	3	25	1.21
51489584--51489611	11	2.5	11	100	0	56	39	0	0	60	0.97
51489785--51489842	26	2.2	26	78	6	64	56	5	6	31	1.47
51490695--51490827	54	2.5	53	83	8	166	33	1	3	62	1.20
51492352--51492394	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
51495907--51496175	126	2.1	126	85	0	358	31	14	15	38	1.88
51496242--51496339	42	2.3	43	80	7	110	47	27	1	23	1.58
51505573--51505712	51	2.8	49	84	3	199	27	25	20	25	1.99
51505959--51506012	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
51512243--51512292	22	2.3	22	96	0	91	32	16	22	30	1.95
51513474--51513554	42	1.9	42	82	9	103	23	25	30	19	1.98
51516619--51516798	49	3.7	49	78	8	188	27	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51522395--51522646	63	3.9	64	76	10	199	24	29	16	29	1.96
51523312--51523372	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
51524211--51524386	50	3.7	45	76	12	174	26	19	30	24	1.98
51526383--51526538	77	2.0	78	93	1	269	39	22	12	25	1.89
51528837--51528997	43	3.7	44	80	5	168	33	24	13	27	1.93
51533598--51533736	57	2.4	57	80	12	144	29	23	16	30	1.96
51538727--51538776	23	2.2	22	82	10	57	0	30	4	66	1.10
51541127--51541281	43	3.6	44	77	8	140	30	16	23	29	1.96
51542086--51542144	24	2.5	23	75	10	57	28	0	32	38	1.57
51546709--51546992	50	5.6	50	79	2	248	33	26	16	23	1.96
51549360--51549471	29	3.9	29	87	3	147	22	15	32	30	1.94
51549360--51549471	57	1.9	57	83	5	145	22	15	32	30	1.94
51549890--51549946	24	2.4	24	100	0	114	43	0	3	52	1.18
51549936--51549964	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
51549884--51549957	24	2.8	26	80	12	89	43	0	2	54	1.14
51556106--51556138	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
51556377--51556662	27	10.7	27	79	6	262	39	19	9	31	1.83
51556376--51556662	80	3.6	80	79	7	314	39	19	9	31	1.84
51556377--51556635	107	2.4	107	84	1	340	39	20	8	31	1.82
51556377--51556662	54	5.3	54	83	4	346	39	19	9	31	1.83
51556587--51556675	27	3.3	27	80	9	101	38	16	12	32	1.86
51556627--51556688	27	2.3	27	91	0	97	37	20	14	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51556627--51556701	27	2.8	27	87	0	69	38	18	16	26	1.91
51558260--51558311	21	2.5	21	93	0	86	9	26	38	25	1.86
51561978--51562147	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
51574059--51574282	118	1.9	120	82	7	287	25	27	21	25	1.99
51574059--51574282	40	5.6	41	85	8	277	25	27	21	25	1.99
51582256--51582427	40	4.3	40	94	2	276	26	27	21	24	1.99
51582256--51582480	80	2.8	80	85	6	262	25	28	21	24	1.99
51582256--51582480	119	1.9	120	82	8	289	25	28	21	24	1.99
51591900--51592068	41	4.2	40	75	19	170	27	27	21	23	1.99
51591902--51592048	42	3.6	41	80	12	160	27	27	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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