genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57628071--57628226	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
57635698--57635875	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
57635719--57635874	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
57638658--57638835	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57638659--57638814	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57638655--57638835	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57642965--57643121	77	2.0	78	93	1	271	26	22	24	26	2.00
57642965--57643121	39	4.1	39	94	1	271	26	22	24	26	2.00
57649414--57649453	20	2.0	20	85	0	53	10	40	12	37	1.77
57674777--57675027	45	5.6	45	93	0	423	26	25	23	24	2.00
57685743--57685789	20	2.3	20	81	0	58	36	19	21	23	1.95
57687453--57687511	17	3.5	17	83	0	82	18	32	30	18	1.95
57692995--57693402	47	8.6	47	93	1	663	29	30	8	31	1.87
57692995--57693402	190	2.2	190	93	0	694	29	30	8	31	1.87
57696690--57696862	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
57696836--57697036	101	2.0	99	85	1	267	25	17	26	30	1.97
57698858--57698936	33	2.4	33	81	10	90	34	15	22	27	1.94
57705794--57705878	25	3.4	24	81	10	82	24	23	22	29	1.99
57705811--57705877	25	2.7	25	88	0	98	22	23	26	26	2.00
57706084--57706196	53	2.1	53	85	4	156	28	19	14	38	1.90
57706081--57706185	27	3.9	27	75	12	90	28	20	15	36	1.93
57706105--57706220	53	2.2	53	80	9	121	29	16	15	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57706175--57706383	27	7.8	27	76	7	176	29	7	20	42	1.80
57706176--57706381	81	2.5	82	80	8	201	29	7	20	41	1.80
57706258--57706408	81	1.9	81	83	2	196	30	4	21	43	1.73
57706235--57706543	27	11.5	27	80	5	159	31	6	21	40	1.79
57711209--57711389	61	3.0	61	100	0	362	48	18	1	32	1.58
57711217--57711378	30	5.3	30	71	14	143	49	17	1	31	1.55
57712905--57713012	43	2.5	42	79	5	110	25	19	24	31	1.98
57719927--57720151	40	5.6	40	83	3	290	23	23	28	25	2.00
57719929--57720151	83	2.8	80	87	4	340	22	23	28	25	2.00
57720691--57720803	1	113.0	1	100	0	226	0	0	0	100	0.00
57721866--57721941	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
57723126--57723270	40	3.6	40	82	4	166	25	24	26	24	2.00
57726689--57726911	39	5.7	40	84	8	248	25	26	22	25	2.00
57726689--57726911	79	2.8	79	80	9	249	25	26	22	25	2.00
57734651--57734817	39	4.3	39	87	4	223	25	27	22	25	2.00
57734651--57734868	117	1.9	117	80	11	259	25	26	22	25	2.00
57753460--57753671	88	2.4	88	87	5	295	26	29	20	24	1.99
57753466--57753671	45	4.7	44	86	4	265	26	29	20	23	1.99
57754935--57755105	56	3.1	56	85	0	209	32	25	15	26	1.95
57755067--57755208	43	3.3	43	87	5	207	31	26	17	23	1.97
57758206--57758324	43	2.7	44	79	13	138	31	28	16	23	1.96
57765558--57765742	40	4.7	40	84	6	234	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57765560--57765742	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
57768471--57768514	23	1.9	23	85	0	61	52	6	2	38	1.41
57769574--57769671	33	3.0	31	82	8	108	19	15	10	55	1.68
57769574--57769660	31	2.8	29	81	16	95	19	13	9	57	1.63
57772199--57772232	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
57787315--57787521	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
57787315--57787521	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
57807858--57807896	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
57808359--57808449	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
57808555--57808619	28	2.3	28	86	5	96	30	7	26	35	1.84
57811487--57811546	27	2.2	27	90	0	93	41	16	11	30	1.84
57828215--57828384	47	3.6	47	77	13	149	23	30	18	27	1.98
57828204--57828384	94	1.9	94	86	6	260	23	29	19	27	1.98
57835908--57835961	21	2.6	21	84	0	72	22	24	35	18	1.96
57837039--57837155	46	2.5	46	83	6	148	23	29	18	29	1.98
57837576--57837634	30	2.0	30	93	0	100	25	27	15	32	1.95
57843926--57844081	43	3.6	42	76	12	140	30	26	18	24	1.98
57847815--57847847	17	1.9	17	93	0	57	54	3	0	42	1.15
57852674--57852725	24	2.2	24	100	0	104	15	19	3	61	1.48
57853356--57853384	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
57854535--57854568	11	3.1	11	91	0	50	17	20	20	41	1.91
57855304--57855382	40	1.9	42	82	10	101	43	13	21	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57859967--57860150	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.96
57864387--57864536	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
57864411--57864594	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
57866924--57867115	40	4.8	40	78	0	204	27	27	20	24	1.99
57866905--57867116	80	2.7	79	87	0	280	27	27	20	24	1.99
57871180--57871288	27	4.1	27	85	5	141	34	23	24	16	1.95
57871180--57871285	54	2.0	53	88	1	158	34	22	25	16	1.95
57872694--57872750	25	2.3	24	90	6	87	21	36	5	36	1.76
57872694--57872757	25	2.6	25	87	5	76	18	40	4	35	1.72
57878999--57879109	27	4.1	27	83	5	136	36	21	24	17	1.94
57878999--57879109	54	2.1	53	87	1	159	36	21	24	17	1.94
57880192--57880242	17	3.0	17	100	0	102	29	17	5	47	1.71
57881511--57881735	40	5.6	39	84	7	290	24	28	24	23	2.00
57881511--57881735	83	2.8	80	89	4	353	24	28	24	23	2.00
57883861--57883924	25	2.6	25	87	5	85	17	42	3	37	1.65
57890451--57890635	79	2.3	81	82	9	220	25	27	22	24	2.00
57890432--57890635	40	5.1	40	80	8	220	25	26	22	25	2.00
57899907--57900091	79	2.3	82	83	7	229	24	28	22	24	2.00
57899888--57900091	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
57903206--57903480	137	2.0	137	97	0	514	40	22	17	19	1.91
57906481--57906536	20	2.8	20	91	0	85	35	17	0	46	1.49
57907275--57907341	27	2.6	26	76	19	70	44	4	0	50	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57913008--57913060	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
57914546--57914629	26	3.2	26	94	0	150	36	23	4	34	1.76
57924273--57924346	29	2.6	29	87	8	98	27	16	31	25	1.96
57926842--57926942	32	3.2	32	98	0	193	34	13	8	42	1.76
57935183--57935258	24	3.0	24	74	14	66	9	18	1	71	1.20
57939755--57939788	10	3.3	10	92	8	59	29	17	17	35	1.93
57939756--57939801	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
57947040--57947151	31	3.6	31	87	4	172	25	25	17	31	1.97
57947370--57947439	25	2.8	24	97	0	113	22	24	27	25	2.00
57947486--57947519	10	3.3	10	92	8	59	29	17	17	35	1.93
57947487--57947532	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
57951704--57951754	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
57955114--57955270	56	2.8	54	81	5	172	28	32	19	19	1.97
57957379--57957403	9	2.8	9	100	0	50	60	12	0	28	1.32
57960476--57960558	42	2.0	42	92	4	141	38	3	18	39	1.68
57960771--57960854	40	2.1	41	88	2	125	27	16	23	32	1.96
57964143--57964228	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
57965554--57965650	25	3.8	26	86	1	126	27	21	22	27	1.99
57965541--57965650	25	4.3	26	82	4	111	27	21	20	30	1.98
57970588--57970617	13	2.3	13	100	0	60	56	10	20	13	1.65
57970878--57971004	64	2.0	64	95	0	227	26	11	13	48	1.75
57974445--57974555	40	2.8	39	81	9	118	28	22	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57974485--57974576	40	2.3	40	96	0	166	27	19	18	34	1.95
57981951--57982039	40	2.2	40	97	0	169	26	19	17	35	1.94
57990052--57990092	21	1.9	22	85	5	57	4	21	0	73	1.02
57993347--57993460	38	3.0	38	79	8	117	43	11	13	31	1.79
57993461--57993485	9	2.8	9	100	0	50	60	12	0	28	1.32
57993599--57993636	20	1.9	20	88	0	58	36	10	2	50	1.51
57994454--57994491	20	1.9	20	88	0	58	44	2	15	36	1.61
57994453--57994497	20	2.2	20	80	0	54	46	2	15	35	1.58
57999882--57999982	28	3.7	27	84	4	112	41	19	7	30	1.80
57999868--57999998	55	2.4	54	76	8	138	38	19	8	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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