genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20013749--20013850	53	1.9	52	84	2	132	32	24	15	27	1.96
20014896--20014921	12	2.2	12	100	0	52	50	7	15	26	1.71
20017514--20017556	5	8.6	5	100	0	86	41	0	0	58	0.98
20022035--20022229	43	4.5	43	88	1	284	32	31	24	11	1.91
20024202--20024245	19	2.2	20	88	8	72	59	9	15	15	1.61
20027375--20027419	22	2.0	23	95	4	83	42	22	17	17	1.89
20027622--20027708	28	3.1	29	81	5	115	43	28	8	19	1.79
20027858--20027901	16	2.7	15	82	10	52	40	20	0	38	1.53
20036063--20036111	21	2.3	21	86	6	64	61	4	0	34	1.15
20036455--20036520	26	2.7	24	71	19	64	27	3	13	56	1.52
20040179--20040248	34	2.1	34	100	0	140	58	11	5	24	1.54
20043804--20043860	21	2.8	20	75	15	62	31	0	3	64	1.10
20050270--20050342	28	2.9	24	77	15	92	12	24	4	58	1.51
20055835--20055901	6	11.2	6	95	0	98	28	40	0	31	1.57
20056304--20056330	12	2.2	12	100	0	54	11	29	0	59	1.32
20060210--20060250	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
20069883--20069926	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
20071307--20071368	10	6.3	10	73	17	58	40	0	1	58	1.08
20071306--20071367	19	3.1	21	80	15	60	41	0	1	56	1.09
20071309--20071405	28	3.4	27	80	12	97	40	0	2	57	1.10
20071336--20071421	38	2.2	40	85	8	113	43	0	2	54	1.13
20072682--20072735	18	2.7	19	78	16	65	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20074956--20074988	15	2.1	16	88	5	50	12	9	3	75	1.14
20076753--20076798	10	4.6	10	84	10	51	23	6	2	67	1.25
20080810--20080972	25	6.5	25	90	2	247	21	25	19	34	1.96
20080948--20081014	22	3.1	21	79	14	82	14	25	20	38	1.91
20089058--20089284	51	4.5	50	89	1	355	32	14	22	30	1.94
20089058--20089284	101	2.2	101	96	0	418	32	14	22	30	1.94
20095768--20095982	49	4.4	50	89	6	320	32	13	23	29	1.94
20097656--20097831	44	4.0	44	80	5	167	31	17	22	28	1.97
20097660--20097826	88	1.9	89	83	1	219	30	17	22	29	1.96
20097935--20098171	94	2.5	94	80	2	262	31	18	20	29	1.97
20100768--20101131	179	2.0	181	85	5	493	33	18	11	35	1.87
20100930--20101347	216	1.9	213	90	1	656	29	19	11	39	1.87
20102697--20102741	17	2.5	18	82	7	56	48	0	4	46	1.22
20102751--20102804	28	1.9	28	88	0	81	62	1	5	29	1.28
20102911--20102969	24	2.5	23	73	10	57	38	1	3	55	1.26
20118699--20118925	51	4.5	50	89	1	355	32	14	22	30	1.94
20118699--20118925	101	2.2	101	96	0	418	32	14	22	30	1.94
20125461--20125687	51	4.5	50	89	1	355	32	14	22	30	1.94
20125461--20125687	101	2.2	101	96	0	418	32	14	22	30	1.94
20132625--20132666	10	4.1	10	84	3	57	21	4	2	71	1.16
20132625--20132664	20	2.0	20	95	0	71	20	5	2	72	1.15
20138229--20138336	28	3.8	28	87	6	155	21	3	31	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20138252--20138373	28	4.9	23	77	14	59	18	4	32	44	1.69
20138540--20138605	23	3.0	22	76	14	82	15	21	24	39	1.91
20143005--20143049	19	2.4	19	96	0	81	24	31	17	26	1.97
20150189--20150249	23	2.7	23	86	0	77	59	6	1	32	1.33
20152902--20152937	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
20153444--20153477	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
20158083--20158116	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
20167088--20168287	237	4.9	234	77	11	954	37	9	7	46	1.64
20167521--20167554	16	2.1	17	88	5	52	47	0	8	44	1.34
20167193--20168287	489	2.2	480	80	7	1190	38	8	7	45	1.63
20169527--20169658	66	2.0	66	96	0	246	35	11	14	38	1.82
20173015--20173051	16	2.2	18	85	9	51	62	2	18	16	1.45
20180142--20180180	20	2.0	20	89	0	60	12	10	17	58	1.61
20182499--20182533	16	2.2	16	100	0	70	37	5	11	45	1.64
20182551--20182604	27	2.0	27	100	0	108	33	22	11	33	1.89
20182960--20183281	10	34.7	9	68	15	133	34	1	4	59	1.26
20182974--20183024	26	2.0	26	84	0	66	35	1	1	60	1.19
20183032--20183144	9	13.0	8	71	21	77	34	0	3	61	1.20
20183075--20183125	19	2.7	20	82	14	63	27	0	3	68	1.07
20183185--20183290	18	5.8	18	73	16	67	34	0	5	59	1.21
20183184--20183250	19	3.5	19	82	9	66	34	0	5	59	1.22
20183177--20183281	29	3.8	28	78	14	85	33	0	4	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20183031--20183259	18	12.5	19	70	16	80	34	1	5	59	1.28
20183712--20183765	9	6.2	9	77	16	51	33	5	11	50	1.61
20183714--20183744	10	3.2	10	90	9	55	29	6	9	54	1.57
20183719--20183765	25	1.9	24	91	4	76	31	4	10	53	1.55
20187919--20187943	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
20201416--20201444	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
20205287--20205342	28	2.0	28	100	0	112	42	7	28	21	1.79
20233689--20233783	44	2.2	44	88	1	147	58	6	1	33	1.30
20251345--20251438	48	2.0	48	83	8	120	23	12	23	40	1.89
20253850--20253943	48	2.0	48	83	8	120	23	12	23	40	1.89
20254745--20254770	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
20256786--20256825	5	7.8	5	88	5	62	82	0	0	17	0.67
20259712--20259792	5	17.0	5	68	23	50	44	1	1	53	1.16
20259703--20259792	39	2.4	37	82	12	103	44	1	1	53	1.15
20259712--20259790	30	2.7	30	75	13	85	44	1	1	53	1.16
20259701--20259794	7	13.3	7	77	12	68	46	1	1	51	1.15
20260990--20261046	22	2.6	22	83	8	80	15	22	19	42	1.89
20264904--20265058	62	2.5	62	94	0	265	29	22	23	23	1.99
20276997--20277214	46	4.7	46	93	1	339	23	25	13	37	1.91
20279344--20279368	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
20279631--20279698	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
20281437--20281522	7	13.1	7	75	16	60	46	1	2	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20281437--20281522	18	4.4	20	73	15	72	46	1	2	50	1.21
20282718--20282773	22	2.5	22	85	5	78	12	25	19	42	1.86
20288579--20288620	22	1.9	22	95	0	75	52	2	4	40	1.35
20292645--20292773	56	2.3	56	89	0	195	23	26	26	24	2.00
20294067--20294127	19	3.2	19	78	0	68	22	4	31	40	1.75
20298361--20298385	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20300656--20300695	18	2.2	18	90	4	62	22	25	0	52	1.47
20307714--20307776	30	2.1	30	82	2	74	46	4	4	44	1.45
20309709--20309764	29	2.0	28	86	6	78	51	8	8	30	1.64
20311169--20311205	3	12.7	3	94	5	67	32	0	0	67	0.91
20324695--20325015	46	7.0	46	90	0	426	21	24	15	39	1.91
20329906--20329946	20	2.0	20	100	0	82	26	19	24	29	1.98
20330281--20330316	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
20330268--20330308	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
20330431--20330565	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
20330805--20330843	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
20332161--20332213	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
20332160--20332215	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
20332893--20333213	46	7.0	46	90	0	417	21	23	14	39	1.91
20335372--20335408	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
20337159--20337330	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	27	1.99
20337164--20337337	46	3.8	45	77	10	181	22	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20357607--20357673	21	3.1	21	81	8	71	38	1	4	55	1.29
20371887--20371956	16	4.4	16	83	0	95	32	1	32	32	1.67
20371935--20372025	45	2.0	44	82	2	110	31	5	27	35	1.80
20372168--20372205	16	2.4	17	82	13	53	52	2	0	44	1.14
20372151--20372436	22	14.0	21	65	22	83	53	3	1	41	1.25
20372251--20372291	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
20372279--20372313	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
20372401--20372435	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
20372206--20372496	61	4.8	60	69	15	192	52	4	1	41	1.33
20372206--20372512	120	2.6	119	94	2	526	52	4	1	41	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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