genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54842826--54843050	18	12.7	18	76	8	158	48	12	0	38	1.47
54842853--54843074	114	1.9	114	85	3	304	48	12	0	38	1.48
54844915--54844940	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
54848241--54848269	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
54849095--54849558	42	11.0	42	88	1	658	21	25	21	31	1.98
54849095--54849558	85	5.5	85	87	1	680	21	25	21	31	1.98
54854962--54855118	6	25.8	6	75	16	137	47	14	17	21	1.82
54854941--54855118	30	6.1	29	77	15	170	47	14	17	20	1.82
54854962--54855118	55	2.9	54	88	4	210	47	14	17	21	1.82
54855236--54855301	27	2.5	26	82	7	78	37	21	22	18	1.94
54855255--54855307	27	2.0	27	85	7	72	35	16	26	20	1.94
54855260--54855317	27	2.1	27	81	6	64	36	25	20	17	1.94
54855474--54855532	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
54855620--54855702	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
54855865--54856088	27	8.3	27	83	0	277	25	19	19	36	1.95
54856101--54856698	27	22.1	27	85	3	695	41	9	21	27	1.84
54856101--54856696	108	5.5	108	85	4	772	41	9	21	27	1.84
54858568--54858722	30	5.3	30	79	13	155	49	14	16	19	1.79
54858582--54858745	55	2.9	55	87	6	204	50	14	17	18	1.79
54858589--54858720	6	21.8	6	78	16	139	50	14	16	18	1.79
54858863--54858921	27	2.2	26	85	5	82	37	23	23	15	1.93
54858881--54858936	27	2.1	27	83	6	69	37	21	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54859101--54859159	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
54859247--54859329	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
54859528--54859696	27	6.3	27	83	1	169	27	18	17	36	1.94
54859527--54859688	81	2.0	81	85	2	218	27	18	17	36	1.94
54859560--54859696	54	2.5	54	85	2	186	28	18	16	36	1.93
54859701--54860381	27	25.3	27	83	4	775	41	9	21	26	1.84
54862941--54863201	40	6.6	39	84	6	260	26	27	21	25	1.99
54862939--54863201	79	3.3	77	81	7	273	26	27	20	25	1.99
54862939--54863201	119	2.2	117	78	6	278	26	27	20	25	1.99
54863133--54863210	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54874367--54874453	28	3.1	29	79	11	92	35	21	21	20	1.96
54874560--54874623	28	2.3	28	94	0	110	31	7	28	32	1.85
54876175--54877890	467	3.7	467	97	0	3252	41	11	11	35	1.78
54878632--54878657	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
54880180--54880387	40	5.2	40	92	1	330	24	22	26	25	2.00
54885542--54885884	41	8.4	41	88	2	431	21	21	22	34	1.97
54885838--54885947	41	2.7	41	88	4	170	25	19	19	36	1.95
54885979--54886004	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
54889374--54889617	48	5.0	48	82	3	229	25	17	28	28	1.97
54889397--54889617	96	2.3	96	83	3	257	25	16	28	28	1.97
54892591--54892712	43	2.8	43	78	2	138	24	20	26	28	1.99
54899322--54899415	43	2.2	43	88	0	134	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54899898--54900147	41	6.1	40	83	3	275	35	21	22	20	1.96
54900217--54900251	17	2.1	17	88	0	52	51	31	2	14	1.57
54900515--54900570	17	3.5	15	75	13	58	48	32	0	19	1.49
54900520--54900571	16	3.1	18	83	10	65	48	30	0	21	1.51
54901190--54901231	20	2.2	20	91	4	68	69	2	4	23	1.20
54901483--54901513	6	5.2	6	92	0	53	0	51	0	48	1.00
54903687--54903739	22	2.4	23	84	12	76	28	5	22	43	1.76
54905492--54905638	43	3.4	41	81	9	170	24	14	30	30	1.94
54905492--54905675	86	2.1	86	79	5	185	26	17	26	29	1.97
54910751--54910838	45	2.0	44	90	2	140	25	23	25	26	2.00
54921917--54922132	45	5.0	45	81	7	218	25	20	27	26	1.99
54923926--54924102	93	1.9	95	86	5	259	30	29	19	20	1.97
54934014--54934076	15	4.2	15	78	8	74	60	15	12	11	1.59
54934012--54934071	30	2.0	30	93	0	102	60	16	13	10	1.59
54937070--54937387	49	6.5	49	86	5	430	28	27	17	25	1.98
54943211--54943324	38	2.9	39	83	11	153	26	30	18	24	1.98
54943210--54943324	40	2.9	39	82	12	155	26	30	18	24	1.98
54957511--54957552	12	3.5	12	86	0	66	33	40	14	11	1.82
54957662--54957699	18	2.1	18	90	0	58	44	34	15	5	1.69
54958624--54958774	42	3.6	41	82	6	153	31	24	18	25	1.97
54962143--54962313	45	3.8	44	77	11	168	29	30	19	20	1.97
54962150--54962317	90	1.9	91	91	3	277	28	30	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54973830--54973882	6	8.5	6	87	8	79	79	3	0	16	0.88
54973833--54973882	20	2.6	20	87	6	77	78	4	0	18	0.91
54973833--54973884	26	2.0	26	92	0	86	76	5	0	17	0.97
54973902--54973960	9	6.6	9	86	0	82	27	8	18	45	1.78
54983339--54983418	40	2.0	39	87	2	115	18	16	32	32	1.93
54996329--54996647	48	6.8	48	74	8	208	26	19	27	27	1.99
54996337--54996565	96	2.4	96	86	2	300	25	18	28	27	1.98
54996340--54996606	96	2.8	95	81	5	245	26	18	27	27	1.98
55006582--55006615	17	1.9	18	94	5	61	17	29	38	14	1.90
55007461--55007521	32	1.9	32	83	12	81	40	14	8	36	1.76
55009500--55009685	41	4.5	41	82	0	228	22	28	14	34	1.93
55010151--55010191	13	3.4	13	80	19	61	34	0	14	51	1.43
55011220--55011364	41	3.5	41	83	0	173	17	19	24	38	1.92
55011303--55011431	67	1.9	67	82	3	161	20	15	23	41	1.90
55011371--55011465	41	2.3	41	85	3	120	20	16	23	40	1.91
55013006--55013264	68	3.9	64	75	10	197	29	16	28	24	1.97
55017890--55017915	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
55022992--55023039	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
55023087--55023142	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
55023076--55023142	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
55023193--55023321	25	5.2	25	88	8	167	30	19	23	27	1.98
55023506--55023569	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55026405--55026539	70	1.9	70	90	3	218	32	12	18	36	1.88
55027311--55027482	43	4.0	43	85	6	224	27	19	29	23	1.98
55029127--55029272	57	2.6	57	82	4	161	28	21	4	45	1.72
55032729--55032890	46	3.5	44	74	14	132	26	30	17	25	1.98
55042226--55042400	46	3.8	46	77	15	198	30	29	18	20	1.97
55042235--55042404	93	1.8	93	93	0	295	30	30	18	20	1.97
55042958--55042994	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
55045440--55045624	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
55045421--55045624	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
55053628--55053812	40	4.7	40	81	6	207	25	27	22	25	2.00
55058290--55058371	43	1.9	43	94	0	146	31	20	17	30	1.95
55058294--55058396	43	2.5	41	85	4	136	33	22	15	28	1.94
55064801--55064953	43	3.6	43	87	3	227	33	18	15	33	1.92
55066181--55066268	6	14.3	6	73	17	74	47	13	18	20	1.82
55066190--55066268	31	2.5	31	89	0	113	48	12	18	20	1.81
55066195--55066265	25	2.9	23	82	16	72	46	14	19	19	1.84
55066386--55066493	27	4.0	26	83	5	99	36	20	22	21	1.96
55067057--55067333	27	10.3	27	85	0	331	24	18	20	36	1.95
55067327--55067403	27	2.9	27	80	0	82	32	7	25	33	1.85
55067365--55067512	52	2.8	53	81	6	147	30	9	21	38	1.85
55067353--55067548	79	2.4	81	83	5	229	29	8	21	40	1.82
55067423--55067557	27	5.0	27	88	0	173	30	6	22	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55067371--55067548	54	3.3	53	80	7	173	29	7	21	41	1.81
55069496--55069583	6	14.3	6	71	17	65	47	13	18	20	1.82
55069505--55069583	31	2.5	31	93	0	131	48	12	18	20	1.81
55069703--55069808	27	4.0	26	81	6	104	36	18	22	21	1.95
55070372--55070600	27	8.5	27	80	6	241	24	17	19	38	1.93
55070372--55070600	54	4.3	54	84	1	289	24	17	19	38	1.93
55070381--55070600	81	2.7	80	80	3	280	24	17	19	38	1.93
55070372--55070629	107	2.4	108	82	3	243	25	16	20	38	1.92
55070632--55070816	54	3.4	54	82	3	167	31	8	19	41	1.81
55070668--55070816	27	5.6	27	86	0	192	30	7	18	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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