genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36805123--36805236	7	16.1	7	68	12	63	38	38	0	22	1.55
36805204--36805241	14	2.7	15	84	12	53	44	36	0	18	1.50
36805471--36805547	21	3.6	22	79	8	79	44	29	0	25	1.55
36805512--36805560	21	2.3	21	85	0	71	46	30	0	22	1.52
36805479--36805611	7	19.0	7	72	5	63	39	36	0	23	1.60
36805557--36805595	20	1.9	21	89	5	62	38	43	0	17	1.50
36808446--36808656	64	3.2	64	62	20	151	29	25	18	27	1.98
36808423--36808681	137	1.9	136	97	0	491	32	23	18	25	1.97
36810459--36810566	26	4.2	26	90	0	171	34	24	9	32	1.87
36810724--36810751	10	2.8	10	100	0	56	35	21	0	42	1.53
36815655--36815865	64	3.2	64	61	20	142	29	26	18	26	1.98
36815621--36815890	137	2.0	136	96	0	495	31	25	18	24	1.97
36817668--36817774	26	4.1	26	91	0	178	34	24	8	32	1.85
36817932--36817959	10	2.8	10	100	0	56	35	21	0	42	1.53
36818223--36818284	18	3.3	18	66	16	54	58	1	3	37	1.24
36818216--36818296	38	2.2	38	97	2	155	49	3	6	40	1.45
36818310--36818353	22	2.0	22	86	0	61	38	0	4	56	1.20
36819231--36819257	9	3.0	9	100	0	54	44	0	11	44	1.39
36820409--36820453	25	1.9	22	86	9	54	17	8	6	66	1.40
36820333--36820757	73	6.1	72	80	10	438	28	7	3	61	1.38
36820424--36820757	65	4.9	64	77	12	294	28	7	3	61	1.39
36820352--36820713	138	2.6	137	87	6	498	28	7	3	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36828129--36828173	22	2.0	23	95	4	83	42	0	35	22	1.54
36832877--36832984	53	2.0	53	94	0	189	36	21	14	27	1.93
36834083--36834217	63	2.1	65	83	6	168	40	19	25	15	1.91
36842641--36842711	37	1.9	37	100	0	142	30	14	21	33	1.92
36845665--36845692	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
36847772--36847804	17	1.9	17	93	0	57	45	6	15	33	1.70
36861077--36861224	74	2.0	74	95	0	269	40	19	9	30	1.83
36866561--36866636	35	2.2	35	85	0	98	23	25	22	28	1.99
36876709--36876789	19	4.2	19	95	3	135	37	9	18	34	1.84
36882363--36882396	8	3.8	9	88	11	52	85	0	14	0	0.60
36882362--36882423	21	3.3	19	80	11	65	82	0	14	3	0.80
36882374--36882429	15	3.8	14	80	13	67	82	0	14	3	0.81
36882372--36882429	22	2.6	21	80	20	73	82	0	13	3	0.79
36882382--36882429	21	2.2	21	89	10	71	81	0	14	4	0.84
36882374--36882429	7	7.5	8	77	16	50	82	0	14	3	0.81
36882391--36882431	13	3.0	14	83	13	50	78	0	14	7	0.96
36883373--36883885	44	11.7	44	75	7	443	30	17	23	27	1.97
36883406--36883893	132	3.7	132	95	1	852	31	17	23	26	1.97
36883288--36883893	88	6.9	87	76	7	480	31	17	23	26	1.97
36883287--36883636	175	2.0	176	91	1	569	31	18	24	26	1.97
36883283--36883893	44	13.9	44	72	9	415	31	17	23	27	1.97
36883855--36884801	206	4.6	206	92	0	1495	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36885185--36885252	19	3.7	19	82	7	95	35	11	17	35	1.87
36885767--36885815	26	2.0	25	88	8	73	20	6	8	65	1.41
36889270--36889330	13	4.7	13	77	0	59	31	1	27	39	1.66
36892850--36892906	18	3.2	18	92	0	96	26	24	17	31	1.97
36904060--36904147	39	2.3	39	91	0	140	20	25	26	28	1.99
36914597--36914625	12	2.4	12	100	0	58	48	31	13	6	1.69
36921099--36921136	18	2.1	19	90	5	60	47	28	10	13	1.76
36924818--36924865	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
36924879--36924971	43	2.2	43	90	3	143	29	6	12	51	1.65
36929557--36929604	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
36929618--36929710	43	2.2	43	86	3	125	27	6	12	52	1.64
36934188--36934251	21	3.0	21	79	0	74	17	18	12	51	1.76
36941125--36941207	3	28.3	3	73	13	57	2	31	1	65	1.13
36941125--36941191	17	3.9	17	76	7	73	1	31	0	67	1.00
36941124--36941189	14	4.6	14	72	9	53	1	31	0	66	1.01
36941118--36941207	37	2.4	37	87	7	119	3	31	1	64	1.17
36941140--36941207	28	2.4	28	78	4	75	2	29	1	66	1.15
36942482--36942542	27	2.3	27	94	0	104	22	1	29	45	1.62
36945700--36945834	60	2.2	60	79	6	139	26	25	20	27	1.99
36949993--36950131	60	2.3	60	79	6	147	27	25	19	27	1.99
36953352--36953401	11	4.3	12	77	10	50	22	12	0	66	1.24
36953353--36953459	28	3.7	29	76	15	82	25	10	0	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36953381--36953470	18	4.8	18	76	11	83	26	7	1	64	1.28
36953494--36953571	5	14.0	5	77	19	66	29	17	0	52	1.45
36953482--36953570	28	3.6	24	76	18	76	31	17	0	50	1.47
36953548--36953598	16	3.2	16	81	13	61	27	9	0	62	1.26
36953712--36953754	20	2.0	21	82	8	52	32	6	2	58	1.38
36953804--36953910	54	1.9	56	87	9	157	15	28	15	39	1.89
36953950--36954034	11	7.7	11	71	3	64	25	14	1	58	1.43
36953950--36953996	16	2.9	16	84	9	51	27	10	2	59	1.42
36953965--36954026	28	2.2	28	82	0	79	24	16	1	58	1.47
36953950--36954267	23	13.9	22	68	19	95	26	12	0	60	1.39
36954025--36954294	22	11.8	20	69	24	110	26	11	0	60	1.36
36954147--36954342	48	4.2	48	81	10	121	26	12	0	60	1.37
36954207--36954370	27	6.5	27	75	18	156	24	13	0	62	1.31
36954096--36954403	27	12.6	26	67	21	100	25	12	0	62	1.33
36968139--36968189	11	4.5	11	80	11	59	39	0	3	56	1.18
36968140--36968192	22	2.5	21	90	3	88	37	0	3	58	1.16
36968139--36968196	13	5.0	13	76	23	67	37	0	5	56	1.21
36968309--36968382	24	3.0	23	70	14	58	36	5	4	54	1.43
36968344--36968417	34	2.1	35	85	10	96	32	5	2	59	1.34
36968374--36968428	20	2.8	20	71	13	51	34	5	1	58	1.32
36968523--36968564	21	2.0	22	90	4	68	30	2	0	66	1.04
36974103--36974151	23	2.1	23	100	0	98	20	16	32	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36978280--36978421	74	1.9	74	91	0	230	43	13	16	26	1.85
36978542--36978691	43	3.5	43	86	0	221	23	33	24	19	1.97
36979335--36979512	43	4.1	43	89	2	259	25	18	32	23	1.97
36985564--36985744	9	19.6	9	71	12	98	37	1	13	47	1.53
36985593--36985652	17	3.4	17	75	6	66	38	1	10	50	1.46
36985573--36985775	96	2.1	96	87	1	291	37	1	12	47	1.52
36985678--36985710	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
36985849--36985878	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
36986057--36986170	40	3.0	40	60	21	91	58	3	7	29	1.43
36986006--36986170	73	2.3	73	92	4	273	60	4	7	28	1.43
36986096--36986650	275	2.0	276	98	0	1076	39	11	12	35	1.81
36986912--36986940	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
36987141--36987692	183	3.0	183	97	0	1032	42	15	15	26	1.87
36990509--36990557	15	3.5	15	68	21	52	30	0	51	18	1.47
36990508--36990560	26	2.0	26	96	0	97	32	0	47	20	1.51
36990838--36990895	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
36990872--36990915	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
36991262--36991480	41	5.4	41	90	2	309	20	24	21	33	1.97
36991535--36991560	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
36991977--36992029	22	2.4	22	87	6	72	43	20	5	30	1.75
36992434--36992925	23	21.5	23	73	11	361	37	24	5	32	1.78
36992418--36992925	46	11.1	45	78	8	458	37	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36992418--36992878	184	2.5	183	91	3	718	37	24	5	32	1.79
36992595--36992925	114	2.9	114	77	8	386	37	23	5	33	1.78
36992431--36992925	91	5.4	91	76	10	447	37	24	5	33	1.78
36994092--36994141	12	4.2	12	73	14	50	42	24	0	34	1.55
36996245--36996286	7	6.0	7	100	0	84	14	0	0	85	0.59
36996247--36996296	21	2.4	21	90	3	75	16	0	0	84	0.63
36996542--36996643	45	2.3	45	80	9	104	43	37	1	17	1.61
36996516--36996648	7	18.3	7	69	10	72	40	39	1	18	1.60
36996962--36997018	7	8.0	7	80	3	51	43	31	3	21	1.69
36996959--36997018	14	4.1	15	74	6	61	43	33	3	20	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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