genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67570567--67570611	19	2.3	20	81	7	58	44	4	24	26	1.72
67570975--67571015	21	1.9	22	90	5	66	12	29	7	51	1.66
67574274--67574329	3	18.7	3	80	7	51	66	5	1	26	1.23
67574272--67574316	18	2.6	17	86	6	63	66	6	2	24	1.27
67574259--67574332	21	3.5	21	78	10	80	68	4	2	24	1.19
67574268--67574323	18	3.2	17	80	9	60	67	5	1	25	1.21
67575761--67575831	35	2.0	35	100	0	142	28	11	26	33	1.91
67577710--67577833	48	2.7	47	86	8	125	30	25	24	20	1.98
67577726--67577878	48	3.2	48	87	1	200	30	24	22	22	1.99
67579647--67579676	16	1.9	16	93	6	53	36	0	20	43	1.52
67582398--67582430	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
67584400--67584486	40	2.2	40	81	4	104	14	11	27	45	1.80
67597213--67597299	25	3.5	24	72	10	68	34	25	24	16	1.95
67597245--67597336	24	3.8	24	76	8	71	31	22	28	17	1.97
67616777--67616863	25	3.5	24	72	10	68	34	25	24	16	1.95
67616799--67616913	24	4.8	24	73	9	90	30	21	28	19	1.97
67620434--67620754	46	6.8	49	75	10	253	26	19	30	23	1.98
67620439--67620754	94	3.3	93	78	12	294	26	19	30	23	1.98
67627058--67627087	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
67627850--67627892	23	1.9	22	86	13	61	44	13	16	25	1.85
67629031--67629078	24	2.0	25	84	12	64	33	8	2	56	1.41
67641164--67641574	47	8.6	47	90	4	633	32	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67641164--67641574	96	4.3	96	93	1	673	32	8	29	28	1.87
67641164--67641574	194	2.1	190	92	1	669	32	8	29	28	1.87
67641693--67641828	37	3.7	37	93	0	227	25	19	30	25	1.98
67643108--67643410	40	7.6	40	90	0	437	24	21	28	25	1.99
67647441--67648184	47	15.6	47	92	3	1209	32	8	29	29	1.86
67647441--67648184	192	3.9	188	94	2	1209	32	8	29	29	1.86
67647441--67648184	288	2.6	285	93	2	1260	32	8	29	29	1.86
67648303--67648438	37	3.7	37	95	0	236	25	19	30	24	1.98
67654880--67655049	40	4.3	40	87	3	200	26	28	20	24	1.99
67662214--67662385	40	4.3	40	87	2	204	26	28	21	23	1.99
67662214--67662438	80	2.8	79	79	7	204	26	28	21	24	1.99
67662370--67662447	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
67666270--67666304	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
67671242--67671284	22	2.0	22	95	0	77	55	0	2	41	1.12
67673873--67674089	115	1.9	115	89	2	337	45	18	16	19	1.85
67681911--67681981	35	2.0	35	88	0	106	26	26	11	35	1.90
67686983--67687029	22	2.0	24	84	12	62	42	12	8	36	1.74
67695232--67695440	55	3.9	54	79	9	232	22	24	17	35	1.95
67695232--67695431	108	1.8	110	88	4	307	23	25	17	35	1.95
67702554--67702584	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
67702551--67702590	20	2.0	20	85	0	53	37	20	2	40	1.66
67702797--67703031	55	4.4	53	78	9	205	22	24	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67725248--67725358	33	3.4	33	79	6	109	31	10	24	33	1.90
67726003--67726072	30	2.3	30	95	0	131	20	24	34	21	1.97
67737607--67737678	26	2.8	26	85	2	101	11	40	11	37	1.76
67738000--67738122	43	2.9	42	75	13	124	17	23	33	25	1.97
67737926--67738062	69	2.0	69	83	0	175	21	27	27	24	1.99
67738086--67738207	43	2.9	42	69	12	97	17	27	31	24	1.97
67738087--67738256	85	2.0	86	81	5	202	18	28	30	21	1.97
67738198--67738379	43	4.3	43	75	4	161	20	31	28	19	1.97
67738139--67738387	128	1.9	128	83	3	322	19	30	28	21	1.98
67762277--67762328	25	2.1	25	85	7	70	25	15	21	38	1.92
67770046--67770606	43	13.2	43	79	5	548	20	31	29	18	1.96
67770048--67770663	256	2.4	256	82	2	718	20	31	29	18	1.97
67770612--67771096	43	11.3	43	73	10	225	22	30	25	21	1.99
67770022--67770606	170	3.4	170	80	5	680	20	31	29	18	1.96
67770599--67770833	128	1.8	129	81	2	294	22	28	26	22	1.99
67770639--67771033	170	2.3	170	82	3	456	23	29	25	21	1.99
67770612--67771096	86	5.7	86	75	9	375	22	30	25	21	1.99
67775397--67775518	47	2.6	47	93	0	208	35	14	24	25	1.94
67775497--67775693	54	3.6	54	83	4	245	35	17	25	21	1.95
67791951--67791997	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
67792268--67792522	46	5.7	46	85	7	319	22	24	13	39	1.90
67792437--67792512	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67797833--67797888	29	1.9	29	100	0	112	48	8	10	32	1.69
67797949--67797978	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
67803589--67803692	43	2.4	43	78	9	104	23	36	22	18	1.95
67805995--67806142	48	3.1	48	86	5	203	29	18	27	24	1.98
67806009--67806174	48	3.5	47	85	4	194	30	18	27	23	1.98
67808686--67808844	56	2.9	54	81	3	174	18	16	32	32	1.93
67811149--67811188	21	2.0	21	85	5	55	12	27	30	30	1.93
67820444--67820583	37	3.8	37	94	0	244	25	31	20	22	1.98
67820628--67820845	48	4.5	48	92	0	346	29	29	7	33	1.84
67820628--67820845	96	2.3	96	95	0	382	29	29	7	33	1.84
67823726--67824160	40	10.9	40	86	0	575	25	27	21	25	1.99
67826109--67826211	37	2.8	37	93	0	179	24	31	21	23	1.99
67826256--67826484	48	4.8	48	91	0	359	30	28	6	34	1.84
67826256--67826484	96	2.4	96	94	0	395	30	28	6	34	1.84
67836030--67836207	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67836031--67836186	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67836027--67836207	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67843411--67843590	46	3.9	46	80	7	195	28	18	28	23	1.98
67843450--67843628	94	1.9	95	83	1	234	30	18	28	22	1.98
67844876--67844936	21	3.0	21	92	2	97	14	39	24	21	1.91
67862261--67862497	40	5.9	40	92	0	393	24	28	20	26	1.99
67870486--67870722	40	5.9	40	92	0	393	24	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67876514--67876823	47	6.6	47	90	1	476	32	8	30	29	1.87
67876514--67876823	143	2.2	141	90	1	476	32	8	30	29	1.87
67879383--67879650	40	6.7	40	92	0	412	23	22	28	25	1.99
67882016--67882325	47	6.6	47	89	1	458	32	8	29	29	1.86
67882016--67882325	143	2.2	141	88	1	458	32	8	29	29	1.86
67895662--67895698	19	1.9	19	88	0	56	16	32	16	35	1.91
67895796--67895846	8	6.4	8	79	0	57	7	21	19	50	1.72
67895796--67895846	24	2.1	24	88	0	75	7	21	19	50	1.72
67897004--67897035	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
67903014--67903098	28	3.1	28	82	1	109	31	27	14	27	1.94
67908155--67908269	46	2.5	44	87	6	151	24	29	18	27	1.98
67913914--67913952	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
67916233--67916384	75	2.0	75	100	0	304	45	11	6	36	1.67
67916617--67916677	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67920929--67921074	43	3.4	42	81	1	157	30	28	13	28	1.94
67920914--67921091	43	4.2	42	75	11	130	33	27	12	26	1.92
67922201--67922229	14	2.0	15	93	6	51	51	13	6	27	1.66
67929008--67929263	120	2.1	120	91	3	410	27	25	21	25	1.99
67929008--67929253	40	6.2	39	89	4	359	28	24	22	24	2.00
67936900--67937080	91	2.0	90	92	3	301	36	25	14	23	1.93
67942983--67943139	43	3.7	43	85	6	228	27	28	18	25	1.98
67944405--67944501	42	2.3	42	92	0	158	23	28	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67957889--67957993	30	3.5	30	74	3	88	27	24	15	32	1.95
67982031--67982056	12	2.2	12	100	0	52	23	0	26	50	1.50
67982536--67982789	55	4.8	53	79	8	234	36	18	25	20	1.95
67982543--67982742	108	1.8	109	88	3	305	35	18	25	21	1.96
67986964--67986989	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
67987013--67987195	41	4.5	39	86	4	116	36	21	22	20	1.96
67987044--67987258	41	5.3	41	90	1	303	33	23	23	19	1.97
67987234--67987381	78	1.9	79	97	1	280	42	20	12	24	1.86
67988024--67988048	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
67993840--67993891	25	2.1	24	96	3	95	36	3	38	21	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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