genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51873904--51873962	30	2.0	30	83	6	75	30	16	10	42	1.82
51874746--51874792	22	2.1	22	96	0	85	17	19	14	48	1.81
51876116--51876207	34	2.7	34	88	1	132	33	6	18	41	1.76
51876219--51876274	9	5.9	9	88	12	85	21	0	23	55	1.44
51876220--51876274	20	2.8	20	91	2	94	20	0	23	56	1.42
51879396--51879437	12	3.6	12	83	3	50	78	2	16	2	0.96
51892087--51892117	16	1.9	16	93	0	53	45	19	0	35	1.51
51893808--51893869	9	6.6	9	82	10	79	22	0	19	58	1.40
51893805--51893869	20	3.4	18	83	10	85	24	0	18	56	1.41
51893808--51893869	29	2.2	28	88	2	88	22	0	19	58	1.40
51900209--51900393	93	2.0	93	85	1	253	36	18	20	24	1.95
51903509--51903573	27	2.4	27	97	0	121	21	23	36	18	1.95
51903690--51903723	16	2.1	16	94	0	59	79	0	20	0	0.73
51908547--51908762	40	5.5	39	91	2	317	23	22	28	25	1.99
51908546--51908762	79	2.7	80	90	4	325	23	22	28	25	1.99
51908546--51908762	119	1.8	119	88	4	330	23	22	28	25	1.99
51913594--51914889	150	8.6	151	91	2	2020	28	6	7	57	1.52
51914069--51914120	23	2.3	23	82	0	59	36	3	0	59	1.16
51914669--51914708	20	2.0	20	85	0	53	30	2	0	67	1.04
51914923--51914963	17	2.5	16	88	7	64	14	7	2	75	1.12
51914934--51914995	15	3.9	15	72	8	52	20	4	4	69	1.26
51914923--51914994	16	4.5	16	69	10	58	19	5	4	70	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51915475--51915523	3	16.3	3	80	16	57	2	36	0	61	1.08
51915473--51915524	23	2.1	25	86	10	72	1	38	0	59	1.08
51915625--51915679	27	2.0	28	89	3	85	14	40	29	16	1.88
51919035--51919074	18	2.2	18	86	0	53	45	7	5	42	1.54
51920226--51920547	131	2.4	129	84	4	403	27	16	19	36	1.94
51932285--51932707	79	5.1	79	65	17	246	32	21	23	23	1.98
51932207--51932750	168	3.2	168	88	1	795	31	21	23	24	1.98
51934213--51934252	18	2.2	18	86	0	53	45	7	5	42	1.54
51935413--51935791	131	2.9	131	86	2	485	26	18	19	35	1.95
51936606--51936720	9	12.3	9	67	15	56	31	3	0	64	1.16
51936607--51936739	27	4.8	27	70	21	73	30	3	1	64	1.20
51937033--51937058	9	2.9	9	100	0	52	34	46	0	19	1.50
51937605--51937649	19	2.3	20	84	3	56	71	2	2	24	1.09
51941321--51941389	30	2.2	32	82	12	90	26	2	2	68	1.18
51942918--51942954	18	2.1	18	89	0	56	21	27	10	40	1.86
51947562--51947617	29	2.0	28	83	16	71	28	1	5	64	1.26
51951405--51951469	32	2.0	32	96	0	121	41	4	24	29	1.75
51951359--51951515	78	2.0	78	94	0	278	40	10	23	26	1.86
51951439--51951620	46	4.0	46	89	1	249	41	14	23	20	1.89
51951901--51951933	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
51955138--51955208	17	4.1	17	71	14	56	19	9	4	66	1.38
51960016--51960041	7	3.7	7	100	0	52	61	26	0	11	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51960180--51960215	11	3.3	11	84	0	54	16	19	19	44	1.87
51961001--51961043	19	2.4	18	85	11	61	44	13	4	37	1.65
51963761--51963857	48	2.0	48	96	4	178	51	17	10	20	1.74
51968822--51968885	15	4.3	15	76	7	69	75	6	4	14	1.17
51968889--51968974	11	7.2	11	71	18	57	75	3	13	6	1.14
51968889--51968974	24	3.6	24	71	20	63	75	3	13	6	1.14
51969878--51969909	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
51969992--51970025	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
51980317--51980359	21	2.0	21	86	0	59	20	18	16	44	1.87
51980619--51980675	30	1.9	30	92	0	96	28	17	10	43	1.82
51981342--51981380	21	1.9	20	84	5	51	25	2	23	48	1.63
51996974--51997025	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
51996955--51997101	67	2.2	67	89	4	226	21	29	20	28	1.98
52004423--52004481	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
52008338--52008521	40	4.6	40	81	6	196	25	20	26	27	1.99
52008338--52008518	80	2.3	81	83	9	221	24	20	27	27	1.99
52015085--52015268	40	4.6	40	83	6	196	23	20	27	28	1.99
52015085--52015265	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
52015086--52015305	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
52017606--52017701	24	3.9	25	78	9	92	32	17	23	26	1.97
52019140--52019179	17	2.4	17	95	0	71	50	5	20	25	1.68
52026598--52026731	26	5.2	26	98	0	259	30	6	26	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52030710--52030822	43	2.6	44	87	2	149	34	25	15	23	1.95
52033288--52033456	55	3.1	54	78	2	205	20	23	17	38	1.93
52034342--52034381	20	2.0	20	100	0	80	30	10	5	55	1.54
52035491--52035578	41	2.2	41	87	2	124	36	21	21	20	1.95
52035501--52035583	41	2.0	41	90	0	130	32	20	22	24	1.98
52035580--52035804	123	1.8	123	84	1	308	23	18	29	28	1.98
52035573--52035826	41	6.2	41	84	2	278	24	19	27	27	1.99
52036034--52036123	7	12.6	7	72	9	56	21	0	34	44	1.52
52036010--52036083	22	3.4	22	75	7	71	25	1	27	45	1.61
52036034--52036123	14	6.3	14	78	12	94	21	0	34	44	1.52
52036075--52036129	8	7.5	8	75	19	57	18	0	41	40	1.50
52039349--52039380	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
52041331--52041374	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
52042357--52042420	27	2.4	24	74	20	65	31	21	29	17	1.96
52049817--52050014	49	3.9	50	82	2	227	25	18	26	29	1.98
52049825--52050032	102	2.0	102	82	5	251	24	18	26	30	1.98
52061768--52061904	69	2.0	69	94	2	240	33	22	9	34	1.87
52064435--52064612	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
52064456--52064611	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
52070690--52070883	40	4.8	40	92	0	307	23	28	22	25	1.99
52074138--52074360	40	5.6	40	84	3	236	27	27	20	24	1.99
52081798--52081991	40	4.8	40	92	0	316	24	29	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52094103--52094164	24	2.6	23	80	12	63	38	19	22	19	1.93
52097909--52098133	80	2.8	80	81	6	269	25	26	22	25	2.00
52097911--52098133	119	1.9	120	81	8	276	25	26	22	26	2.00
52097909--52098133	40	5.7	40	81	10	230	25	26	22	25	2.00
52105846--52106069	40	5.6	40	81	10	228	25	27	21	25	1.99
52105846--52106070	80	2.8	80	82	6	278	25	27	21	24	1.99
52105848--52106070	119	1.9	120	82	8	285	25	27	21	25	2.00
52105846--52106070	79	2.8	79	83	5	247	25	27	21	24	1.99
52114408--52114471	22	2.9	22	88	0	92	40	21	20	17	1.91
52114520--52114621	27	3.8	27	74	5	89	41	18	19	20	1.91
52114698--52114830	50	2.7	50	84	0	176	29	30	17	22	1.96
52115079--52115180	26	3.9	27	81	3	127	33	12	15	38	1.86
52115079--52115180	53	1.9	53	86	4	143	33	12	15	38	1.86
52119762--52119863	27	3.8	27	86	0	123	30	13	17	38	1.89
52135701--52135752	21	2.5	21	90	0	86	5	23	38	32	1.78
52136061--52136108	21	2.2	22	81	3	53	54	20	4	20	1.61
52137114--52137228	29	4.0	29	81	2	135	28	27	14	28	1.95
52137105--52137220	57	2.0	57	85	6	155	27	29	15	27	1.96
52137440--52137482	8	5.4	8	81	8	52	6	20	20	51	1.71
52137440--52137482	16	2.7	16	88	0	68	6	20	20	51	1.71
52144060--52144145	28	3.0	28	86	3	118	27	29	15	27	1.96
52146185--52146216	7	4.6	7	92	0	55	56	12	3	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52154655--52154760	43	2.5	42	78	6	106	29	13	28	29	1.94
52172652--52172740	35	2.5	36	94	1	153	22	3	28	46	1.68
52189256--52189477	40	5.6	40	87	3	297	27	22	26	23	2.00
52193582--52193695	43	2.7	43	88	2	167	27	19	28	25	1.99
52198075--52198166	27	3.4	27	83	0	121	28	26	8	36	1.86
52198198--52198297	27	3.7	27	75	0	110	41	24	8	27	1.82
52198165--52198295	54	2.4	54	77	12	126	39	22	11	26	1.88
52198198--52198310	27	4.2	27	76	0	109	42	22	7	28	1.79
52198198--52198348	54	2.8	54	80	0	131	41	21	7	29	1.81
52198369--52198446	27	2.9	27	75	11	70	37	17	20	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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