genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83166837--83166939	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
83168011--83168054	21	2.1	21	86	0	61	29	18	27	25	1.98
83172626--83172651	12	2.2	12	100	0	52	50	7	19	23	1.73
83172643--83172787	53	2.7	53	83	2	164	37	16	24	22	1.94
83174123--83174255	48	2.8	48	85	4	171	22	16	32	28	1.96
83185105--83185162	24	2.4	24	97	0	107	41	17	17	24	1.90
83185181--83185239	31	1.9	31	89	0	91	50	10	15	23	1.74
83186334--83186527	48	4.0	48	91	0	307	22	17	30	28	1.97
83208545--83208570	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
83211140--83211283	55	2.6	55	88	2	218	13	29	29	28	1.94
83218208--83218385	46	3.8	46	77	11	202	28	28	21	21	1.98
83218215--83218386	93	1.8	93	92	2	292	27	29	21	21	1.99
83225960--83226094	48	2.8	48	89	0	207	25	26	19	28	1.98
83228138--83228213	40	1.9	40	83	0	98	31	30	15	22	1.95
83251120--83251244	43	2.9	44	83	4	139	34	24	16	24	1.95
83267110--83267372	40	6.6	40	88	3	316	23	20	28	26	1.99
83275052--83275274	40	5.6	40	84	3	218	24	21	28	26	1.99
83280915--83281148	48	4.8	48	72	1	162	28	28	16	27	1.97
83280912--83281148	96	2.4	96	85	2	296	27	28	16	27	1.97
83282257--83282377	43	2.8	44	86	8	153	36	25	13	24	1.92
83285427--83285483	27	2.1	27	100	0	114	61	3	10	24	1.44
83293986--83294179	47	4.1	47	88	0	280	33	11	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83294058--83294133	22	3.3	22	65	28	59	30	14	30	25	1.95
83294048--83294283	48	4.9	48	81	14	238	33	11	27	27	1.91
83294430--83294542	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
83295796--83296306	40	12.8	40	91	0	754	24	22	27	25	2.00
83300306--83300499	47	4.1	47	91	0	298	32	11	29	26	1.91
83300378--83300453	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
83300368--83300603	48	4.9	48	83	12	245	33	10	28	27	1.90
83300750--83300858	37	2.9	37	93	2	184	23	20	30	25	1.98
83304944--83304987	23	1.9	23	95	0	79	38	6	18	36	1.77
83308462--83308645	40	4.6	40	83	5	214	22	22	29	25	1.99
83308462--83308668	40	5.2	40	74	15	191	22	22	28	25	1.99
83316462--83316719	40	6.6	40	88	7	345	23	23	27	25	2.00
83316496--83316719	77	2.9	78	91	4	346	24	23	25	26	2.00
83316458--83316753	117	2.5	115	81	10	368	25	23	26	25	2.00
83324581--83324844	40	6.6	39	92	3	363	23	23	28	25	2.00
83330042--83330120	39	2.0	39	100	0	158	22	15	10	51	1.72
83332459--83332502	14	3.2	14	74	6	54	34	6	9	50	1.61
83336899--83336938	21	2.0	21	90	5	64	17	25	45	12	1.83
83338132--83338536	46	8.6	46	72	12	225	25	28	18	27	1.98
83356029--83356070	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
83358301--83358360	30	2.0	30	83	6	77	28	23	6	41	1.79
83393486--83393560	35	2.1	35	100	0	150	40	12	21	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83402376--83402443	30	2.3	30	87	5	93	41	0	7	51	1.30
83413332--83413516	40	4.6	39	84	5	212	24	22	27	25	2.00
83413332--83413516	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
83413333--83413549	79	2.7	79	80	7	192	25	22	27	24	2.00
83415439--83415573	67	2.0	67	100	0	270	31	23	10	34	1.89
83420102--83420469	109	3.4	108	84	3	470	23	27	12	36	1.91
83420163--83420469	51	5.7	51	68	12	168	24	28	12	35	1.91
83420861--83420959	27	3.7	27	90	2	137	23	10	32	34	1.88
83435166--83435190	12	2.1	12	100	0	50	0	32	40	28	1.57
83445590--83445855	47	5.7	46	74	12	188	24	29	17	28	1.97
83448106--83448274	47	3.6	47	80	13	206	24	30	18	26	1.98
83448104--83448325	93	2.4	93	87	7	299	23	29	19	27	1.98
83448104--83448325	47	4.8	46	75	17	190	23	29	19	27	1.98
83450543--83450730	57	3.3	56	74	8	166	30	15	25	28	1.96
83450543--83450753	28	7.5	27	66	10	75	31	16	25	27	1.96
83450779--83450843	28	2.3	28	82	12	80	26	16	23	33	1.96
83453156--83453198	20	2.2	19	83	4	50	18	23	0	58	1.40
83462585--83462643	31	1.9	31	89	0	91	38	8	5	47	1.56
83467411--83467654	120	2.0	119	85	3	330	25	23	14	36	1.93
83473075--83473127	23	2.3	23	93	3	90	45	9	26	18	1.80
83479360--83479408	23	2.1	23	100	0	98	32	14	16	36	1.89
83493075--83493099	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83506618--83506718	37	2.7	37	96	0	184	24	30	20	23	1.99
83506859--83507532	48	14.0	48	92	0	1087	31	26	6	35	1.81
83514349--83514435	45	1.9	45	92	0	147	40	13	24	21	1.90
83514349--83514465	45	2.6	44	82	5	119	43	11	23	21	1.85
83532070--83532694	40	15.6	40	95	0	1081	27	19	27	24	1.99
83537848--83537957	40	2.8	40	94	2	186	21	23	29	25	1.99
83537941--83537971	14	2.2	14	100	0	62	22	16	35	25	1.94
83537901--83538011	54	2.1	54	100	0	222	22	20	29	27	1.99
83537955--83538078	40	3.2	40	88	5	182	25	20	28	25	1.99
83537861--83538045	94	2.0	93	93	3	318	23	20	28	27	1.99
83545884--83546128	40	6.4	40	84	11	288	23	22	28	26	1.99
83545884--83546128	79	3.2	79	86	8	325	23	22	28	26	1.99
83550061--83550132	34	2.1	34	97	0	135	40	12	16	30	1.86
83557469--83557596	55	2.3	56	81	4	152	18	30	27	23	1.98
83566748--83566915	85	2.0	86	88	3	250	27	27	17	27	1.97
83566736--83566926	43	4.5	42	79	6	190	28	27	16	27	1.97
83566736--83566926	85	2.2	85	81	5	215	28	27	16	27	1.97
83567634--83567731	46	2.1	46	92	0	160	44	16	4	34	1.66
83567728--83567781	24	2.3	23	87	3	72	35	22	11	31	1.89
83567676--83567824	70	2.1	69	88	2	226	38	20	7	34	1.80
83567752--83568076	46	7.1	46	78	6	304	37	21	5	35	1.77
83567656--83568038	91	4.2	91	75	8	321	38	20	5	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83567662--83568060	23	17.4	22	74	10	266	37	21	6	35	1.78
83568512--83568595	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
83568970--83569003	17	2.0	17	94	0	59	23	5	20	50	1.70
83569723--83569838	40	2.9	39	87	3	151	40	10	15	33	1.81
83571585--83571663	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
83571572--83571843	47	5.7	47	95	1	454	30	9	29	30	1.88
83573904--83574092	43	4.4	43	99	0	369	22	14	35	26	1.93
83574074--83574147	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
83574541--83574815	40	6.9	40	88	0	361	24	22	28	25	1.99
83577564--83577642	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
83577552--83577820	47	5.7	46	94	4	448	31	9	28	30	1.88
83577938--83578016	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
83580900--83581046	45	3.2	45	64	11	111	41	23	4	29	1.75
83580899--83581080	91	2.0	91	90	4	287	40	22	4	31	1.75
83581018--83581334	69	4.6	69	77	7	320	39	21	5	33	1.77
83580946--83581328	206	1.9	206	93	0	658	38	22	5	32	1.78
83580942--83581334	23	17.2	23	72	9	284	39	21	5	33	1.77
83583224--83583262	21	2.0	18	85	14	51	43	10	10	35	1.73
83584909--83585116	40	5.2	40	83	1	247	24	22	16	37	1.94
83599817--83599861	20	2.2	20	84	0	54	42	0	17	40	1.50
83602562--83602734	41	4.2	41	90	1	242	36	24	18	20	1.95
83602755--83602861	54	2.0	54	83	3	135	49	30	0	19	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83615757--83615888	49	2.7	49	79	6	142	21	24	23	31	1.98
83615941--83616072	46	2.9	45	85	6	169	23	29	18	28	1.98
83621196--83621333	48	2.8	49	80	4	154	23	24	23	28	2.00
83621196--83621337	49	2.9	49	82	2	169	23	24	23	28	1.99
83630617--83630792	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
83630614--83630785	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
83634247--83634444	91	2.2	92	83	0	254	45	18	19	16	1.85
83634895--83634934	10	4.0	10	81	12	55	57	2	0	40	1.12
83634900--83634940	20	2.0	20	95	0	73	56	2	0	41	1.13
83641746--83641773	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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