genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14983927--14984966	74	14.2	73	84	5	1260	30	15	19	33	1.93
14983932--14984972	220	4.7	220	92	2	1639	31	15	19	33	1.93
14983928--14984972	441	2.4	441	91	2	1660	30	15	19	33	1.93
14985043--14985075	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
14984941--14985380	91	4.9	90	81	7	438	27	17	18	36	1.93
14984878--14985380	177	2.8	173	82	9	536	28	17	18	36	1.93
14985532--14985574	21	2.0	21	86	0	59	32	9	30	27	1.88
14986097--14986163	30	2.2	30	94	0	116	25	50	5	17	1.69
14986709--14986777	25	2.8	25	80	4	79	36	7	1	55	1.37
14986788--14986854	25	2.9	23	80	10	82	29	4	5	59	1.41
14986726--14986843	27	4.4	25	73	13	85	31	5	4	58	1.41
14986916--14986971	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
14993931--14993982	25	2.1	25	88	0	77	38	17	9	34	1.82
14997094--14997196	40	2.6	40	87	3	145	34	17	9	37	1.83
14998066--14998150	27	3.5	25	78	18	74	1	24	4	69	1.15
14998080--14998146	27	2.5	27	79	13	77	1	25	4	68	1.17
15002417--15002451	6	5.8	6	100	0	70	0	65	17	17	1.27
15006693--15006719	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
15007235--15007281	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
15007542--15007891	46	8.0	46	83	10	428	22	24	15	37	1.93
15007542--15007891	84	4.0	90	89	4	436	22	24	15	37	1.93
15007721--15007880	38	4.0	38	87	12	248	23	25	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15012936--15012968	17	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
15013062--15013114	26	2.0	26	100	0	106	49	3	3	43	1.38
15016393--15016451	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
15016585--15016621	3	12.3	3	94	0	65	67	2	0	29	1.04
15027040--15027073	10	3.4	10	87	0	50	38	5	0	55	1.24
15031949--15032065	61	1.9	60	82	5	146	46	2	5	46	1.38
15032715--15032776	25	2.5	25	91	0	97	51	3	0	45	1.17
15037346--15037393	21	2.3	21	82	7	62	29	2	2	66	1.14
15037345--15037401	20	2.8	20	81	5	60	26	3	1	68	1.15
15037356--15037399	21	2.2	20	87	4	61	25	4	2	68	1.20
15040546--15040827	133	2.1	133	82	2	332	34	17	17	31	1.93
15042931--15042957	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
15045132--15045194	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
15045438--15045506	24	3.0	23	76	16	63	42	0	2	55	1.15
15047745--15047920	70	2.3	75	80	11	184	42	1	19	37	1.59
15048098--15048179	34	2.4	33	80	9	94	42	1	20	35	1.60
15048949--15048995	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
15049256--15049406	46	3.3	47	85	3	191	19	23	15	41	1.89
15049388--15049424	18	2.1	18	100	0	74	16	21	27	35	1.94
15049346--15049470	64	2.0	64	96	0	232	22	23	18	36	1.95
15049406--15049501	46	2.1	46	98	0	183	25	22	15	36	1.94
15049300--15049501	110	1.8	110	92	0	341	22	23	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15054160--15054200	19	2.3	18	84	12	50	68	2	7	21	1.26
15054174--15054320	19	7.9	19	70	17	69	63	3	3	29	1.26
15054215--15054257	21	2.1	20	86	4	59	72	2	2	23	1.08
15054235--15054319	9	9.4	9	67	23	54	65	3	3	27	1.25
15054331--15054388	19	3.1	18	87	7	80	65	1	8	24	1.30
15063654--15063703	24	2.1	24	100	0	100	30	16	8	46	1.75
15064447--15064492	15	3.1	15	96	0	83	54	19	8	17	1.68
15066394--15066440	9	5.0	9	78	16	51	10	4	4	80	0.98
15067195--15067244	24	2.1	24	100	0	100	30	16	8	46	1.75
15071013--15071157	48	3.1	46	85	7	186	60	1	13	24	1.41
15071056--15071149	21	4.3	21	71	14	75	60	1	11	26	1.38
15071013--15071157	45	3.1	47	86	7	188	60	1	13	24	1.41
15071144--15071305	5	29.6	5	74	16	94	54	0	19	24	1.48
15071144--15071284	12	12.5	11	72	20	80	55	0	19	24	1.48
15071144--15071207	23	2.8	22	90	2	92	60	0	21	17	1.35
15071144--15071284	28	5.0	27	77	10	110	55	0	19	24	1.48
15071356--15071416	20	3.0	20	83	9	72	65	0	11	22	1.24
15071408--15071440	6	5.8	6	92	7	52	54	0	27	18	1.44
15078716--15078808	22	4.1	22	79	8	105	38	17	23	20	1.93
15079732--15079776	5	8.8	5	81	13	56	55	0	0	44	0.99
15081321--15081353	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
15081633--15082044	46	9.0	46	86	2	488	20	23	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15081947--15082022	25	3.2	25	66	27	65	22	19	14	43	1.87
15083660--15083699	19	2.0	21	85	9	57	0	30	0	70	0.88
15083924--15083971	20	2.3	20	89	10	71	50	4	0	45	1.21
15085026--15085072	24	1.9	25	86	4	69	19	23	19	38	1.93
15087557--15087589	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
15089778--15089807	10	3.0	10	100	0	60	10	60	10	20	1.57
15094646--15094710	26	2.4	28	79	7	71	49	0	9	41	1.35
15094776--15094809	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
15098417--15098484	34	2.0	34	100	0	136	44	8	32	14	1.76
15098427--15098481	17	3.2	17	71	19	60	43	7	32	16	1.75
15099180--15099224	16	2.9	15	80	9	54	44	11	4	40	1.60
15105395--15105428	2	17.5	2	87	6	52	47	0	0	52	1.00
15107480--15107506	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
15107669--15107783	17	6.6	18	68	16	64	32	0	1	65	1.09
15107695--15107735	20	2.0	20	85	0	55	31	0	0	68	0.90
15107695--15107786	27	3.3	30	75	14	90	33	0	0	66	0.92
15107892--15107918	11	2.5	11	100	0	54	40	18	14	25	1.89
15114274--15114324	11	3.9	13	73	17	52	49	0	0	50	1.00
15129240--15129298	5	11.0	5	80	12	64	42	0	1	55	1.09
15129237--15129299	8	7.3	9	75	21	64	44	0	1	53	1.10
15130614--15130652	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
15130892--15131026	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15131140--15131175	13	2.8	14	80	20	51	50	0	22	27	1.50
15131140--15131189	26	2.0	25	84	11	66	50	0	22	28	1.49
15133049--15133076	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
15133884--15133946	31	2.0	31	100	0	126	47	9	12	30	1.73
15146246--15146274	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
15146297--15146337	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
15147608--15147664	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
15148049--15148123	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
15149789--15149825	18	2.0	20	84	10	51	37	0	10	51	1.37
15153689--15153818	35	3.7	35	83	2	145	32	25	11	30	1.91
15156734--15156791	29	2.0	30	86	3	82	55	6	3	34	1.44
15157162--15157291	63	2.1	63	91	1	208	33	15	26	25	1.95
15165533--15165576	19	2.3	20	75	25	51	29	20	0	50	1.49
15166674--15166700	12	2.2	12	100	0	54	7	7	0	85	0.75
15175998--15176209	106	2.0	106	100	0	424	29	10	19	40	1.85
15192495--15192520	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
15200270--15200298	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
15203541--15203907	46	7.6	49	85	10	449	34	13	22	29	1.92
15203541--15203896	98	3.6	98	95	0	604	34	13	21	29	1.92
15203871--15204016	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
15205270--15205366	49	2.0	50	87	6	144	22	13	29	34	1.92
15208495--15208861	46	7.6	49	85	10	449	34	13	22	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15208495--15208850	98	3.6	98	95	0	604	34	13	21	29	1.92
15208825--15208970	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
15209833--15209879	15	3.1	15	75	0	58	38	2	10	48	1.50
15210246--15210288	23	2.0	23	86	9	63	11	4	41	41	1.62
15212429--15212513	43	2.0	43	84	9	111	32	9	2	55	1.45
15226748--15226811	26	2.5	25	80	9	76	35	7	12	43	1.71
15226760--15226811	26	2.0	26	88	0	77	26	9	13	50	1.72
15227128--15227195	17	4.1	17	77	14	61	61	1	1	35	1.14
15229987--15230205	113	1.9	114	98	0	422	33	16	19	30	1.94
15233608--15233668	22	2.8	21	75	9	59	60	1	1	36	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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