genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448197--1448314	31	3.8	31	87	4	175	27	18	27	26	1.98
1448340--1448503	47	3.6	46	82	7	142	29	12	26	30	1.93
1448390--1448530	42	3.2	44	80	11	132	31	12	26	29	1.92
1448433--1448545	42	2.7	42	88	2	156	30	14	26	29	1.95
1449489--1449538	24	2.1	24	100	0	100	40	20	16	24	1.91
1458895--1458954	30	2.0	30	83	6	77	55	0	0	45	0.99
1459391--1459459	29	2.3	29	82	9	77	47	4	2	44	1.37
1477142--1477166	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
1477615--1477645	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
1480081--1480112	17	1.9	17	93	6	57	31	0	0	68	0.90
1489782--1489817	18	2.0	18	100	0	72	50	0	22	27	1.50
1494598--1494633	19	1.9	18	88	5	54	33	36	5	25	1.79
1497282--1497314	16	2.1	16	94	0	57	39	0	0	60	0.97
1497434--1497472	20	2.0	20	84	0	51	43	17	2	35	1.63
1503176--1503206	15	2.1	15	93	0	53	25	16	25	32	1.96
1511553--1511628	16	4.9	16	70	20	63	38	1	6	53	1.35
1519614--1519638	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
1521072--1521122	5	10.0	5	91	8	77	0	21	0	78	0.75
1531503--1531535	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
1531657--1531718	30	2.1	30	93	0	106	59	11	1	27	1.41
1534524--1534577	17	3.1	17	82	15	65	24	0	1	74	0.92
1534524--1534577	9	6.4	8	79	12	54	24	0	1	74	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1534531--1534577	9	5.2	9	82	10	60	25	0	0	74	0.82
1534531--1534577	18	2.6	18	86	10	69	25	0	0	74	0.82
1534515--1534578	25	2.6	24	78	7	74	28	0	1	70	0.97
1534563--1534619	22	2.6	24	73	18	61	38	3	1	56	1.27
1539060--1539166	53	2.0	53	100	0	214	31	25	20	22	1.98
1552589--1552626	20	1.9	20	84	10	51	63	0	5	31	1.17
1555863--1555994	52	2.5	52	93	0	219	28	27	20	24	1.99
1556128--1556171	22	2.0	22	100	0	88	40	9	4	45	1.56
1559311--1559425	46	2.5	44	82	9	126	26	18	29	25	1.98
1561503--1561531	12	2.3	13	94	5	51	0	20	0	79	0.74
1563556--1563593	18	2.3	16	86	13	51	71	0	21	7	1.11
1564780--1564871	44	2.1	44	85	4	123	22	19	21	35	1.96
1565036--1565147	18	6.2	18	76	0	107	35	11	15	37	1.83
1565036--1565147	36	3.1	35	80	5	125	35	11	15	37	1.83
1566321--1566444	61	2.0	61	92	0	203	35	16	25	22	1.95
1573605--1573635	6	5.3	6	96	3	55	0	12	0	87	0.55
1583376--1583400	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1583363--1583396	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
1592759--1592828	36	1.9	37	82	8	90	44	5	0	50	1.26
1595215--1595371	46	3.3	46	86	10	149	35	14	22	28	1.92
1595163--1595371	52	4.1	51	85	9	284	34	13	22	28	1.93
1595149--1595372	98	2.3	98	94	0	394	34	14	23	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1595334--1595480	37	4.0	37	92	1	235	36	15	22	25	1.93
1610174--1610198	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
1610603--1610673	5	14.6	5	74	21	62	38	0	4	57	1.18
1610631--1610673	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
1610683--1610715	16	2.1	16	94	0	57	78	0	18	3	0.87
1611676--1611790	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
1611676--1611809	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
1614189--1614216	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
1614520--1614583	12	5.3	12	73	0	65	12	14	23	50	1.76
1614513--1614585	24	3.0	24	93	0	128	12	13	21	52	1.74
1616155--1616225	5	14.6	5	74	21	62	38	0	4	57	1.18
1616183--1616225	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
1616235--1616267	16	2.1	16	94	0	57	78	0	18	3	0.87
1616327--1616360	4	9.0	4	93	6	54	79	0	20	0	0.73
1617232--1617346	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
1617232--1617365	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
1626622--1627437	132	6.2	132	95	0	1409	28	17	25	28	1.97
1627566--1627731	42	4.0	42	77	10	187	36	24	18	21	1.95
1629451--1629475	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
1632693--1632737	16	2.8	17	76	13	58	28	0	20	51	1.48
1632724--1632926	96	2.1	96	82	5	250	39	0	17	41	1.56
1633014--1633550	126	4.3	126	88	2	767	34	17	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1633014--1633550	250	2.1	251	86	3	769	34	17	21	27	1.96
1640645--1640824	55	3.2	55	73	17	195	48	6	2	42	1.44
1640633--1640886	54	4.4	60	71	20	209	48	7	3	40	1.47
1640633--1640897	116	2.3	116	95	0	476	48	7	3	40	1.49
1641285--1641327	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
1641381--1641446	30	2.2	29	81	10	71	9	18	42	30	1.81
1642991--1643083	46	2.0	46	100	0	186	30	19	17	33	1.95
1643170--1643219	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
1643170--1643227	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
1643170--1643233	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
1649807--1649860	23	2.4	22	75	9	54	33	1	7	57	1.37
1657636--1657685	23	2.2	23	96	0	91	52	0	8	40	1.31
1658615--1658656	18	2.5	16	85	11	57	64	0	2	33	1.07
1658572--1658647	40	1.9	40	84	7	102	51	2	1	44	1.23
1658820--1658916	50	1.9	51	87	2	142	24	32	6	36	1.81
1659843--1659888	15	3.2	15	75	9	51	58	0	0	41	0.98
1660364--1660411	12	4.1	12	78	5	53	54	0	2	43	1.12
1663224--1663250	13	2.1	13	100	0	54	37	18	7	37	1.79
1665112--1665292	55	3.3	54	89	3	281	45	14	4	34	1.66
1669011--1669043	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
1669329--1669599	46	5.9	45	84	3	344	21	23	13	40	1.89
1669329--1669597	92	2.9	92	93	0	430	21	23	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1669324--1669597	138	2.0	138	90	1	433	22	23	13	40	1.90
1669574--1669645	35	2.1	35	100	0	144	34	26	11	27	1.90
1671793--1671824	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
1674251--1674284	17	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
1675131--1675176	23	2.0	23	83	8	58	36	2	2	58	1.22
1686294--1686322	13	2.2	13	100	0	58	65	6	6	20	1.40
1686446--1686507	30	2.1	31	84	6	83	46	11	1	40	1.49
1689777--1689819	21	1.9	22	86	13	61	44	4	0	51	1.22
1689775--1689832	24	2.4	25	76	2	64	48	3	0	48	1.18
1699446--1699523	29	2.7	29	91	0	120	34	11	8	44	1.72
1701148--1701206	24	2.6	24	89	7	88	20	11	10	57	1.63
1702024--1702110	33	2.6	33	85	0	111	16	43	11	28	1.82
1701976--1702154	99	1.8	99	82	2	234	16	41	11	30	1.84
1711275--1711319	22	2.0	23	91	4	74	42	20	17	20	1.90
1711490--1711580	23	3.7	23	74	16	76	48	32	3	15	1.61
1711524--1711607	28	3.0	28	87	1	123	47	30	2	19	1.62
1714185--1714237	17	3.1	17	69	15	54	32	16	7	43	1.76
1714170--1714237	35	1.9	35	100	0	136	30	19	5	44	1.74
1714170--1714226	18	3.2	18	71	14	64	31	21	3	43	1.69
1715623--1715798	46	3.8	46	74	12	189	30	28	19	21	1.98
1715631--1715802	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
1721528--1721581	27	2.0	27	82	7	65	18	25	35	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721770--1721829	28	2.1	28	85	11	79	45	15	5	35	1.68
1722551--1722600	22	2.3	22	86	13	68	44	2	0	54	1.11
1740357--1740390	17	2.0	17	100	0	68	41	29	17	11	1.85
1740841--1740865	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
1741493--1741573	33	2.3	34	78	16	85	34	0	0	65	0.93
1741515--1741590	34	2.3	32	80	14	84	32	0	1	65	1.01
1741622--1741670	24	2.0	25	84	4	64	38	2	0	59	1.09
1741729--1741786	23	2.5	24	83	8	75	48	0	3	48	1.18
1742247--1742325	36	2.2	36	90	0	122	7	22	13	55	1.63
1748180--1749759	120	13.2	120	98	0	3040	44	1	6	47	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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