genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  230  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73010624--73010706	31	2.7	31	84	14	111	25	26	18	30	1.98
73010992--73011042	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
73012716--73012759	18	2.4	18	80	3	52	50	18	9	22	1.75
73014343--73014378	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
73016678--73016799	59	2.1	59	98	0	235	27	21	15	35	1.94
73018609--73018735	63	2.0	63	100	0	254	23	13	26	36	1.92
73022188--73022223	12	3.3	11	88	11	56	66	0	0	33	0.92
73024993--73025025	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
73030720--73030780	29	2.1	29	100	0	122	27	3	31	37	1.73
73035169--73035275	38	2.7	39	81	11	137	25	21	27	26	1.99
73035169--73035298	40	3.3	40	75	15	128	26	21	26	25	1.99
73041312--73041490	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
73042755--73043256	47	10.6	47	90	4	742	33	8	29	28	1.87
73042755--73043256	96	5.3	94	90	4	751	33	8	29	28	1.87
73042755--73043256	143	3.5	143	89	5	768	33	8	29	28	1.87
73043120--73043190	22	3.1	22	64	28	58	35	9	29	25	1.88
73045828--73045936	55	1.9	57	92	3	186	25	22	27	24	2.00
73045884--73046132	40	6.3	40	90	1	367	23	21	28	25	1.99
73047401--73047579	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
73048839--73049387	47	11.6	47	93	3	800	32	8	30	28	1.87
73048839--73049387	96	5.8	94	92	3	800	32	8	30	28	1.87
73048839--73049387	143	3.9	141	90	4	800	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73049285--73049359	22	3.3	22	65	17	62	32	10	30	26	1.90
73053042--73053262	80	2.8	80	87	6	308	25	22	28	23	2.00
73053042--73053229	40	4.7	40	90	3	308	23	22	28	24	1.99
73054299--73054530	50	4.6	50	81	3	268	25	18	25	29	1.98
73054272--73054530	101	2.6	101	86	1	342	25	19	25	29	1.99
73054272--73054541	50	5.4	50	75	11	255	26	20	24	28	1.99
73057690--73057749	30	2.0	30	83	0	75	40	8	23	28	1.83
73059602--73059756	41	3.8	41	79	1	159	36	17	26	19	1.94
73065610--73065755	42	3.4	43	74	8	127	25	19	25	30	1.98
73075741--73075932	47	4.1	47	91	1	278	32	11	30	25	1.91
73075906--73076042	46	3.0	46	85	2	186	35	8	30	24	1.86
73082524--73082695	41	4.2	41	90	3	242	19	20	25	35	1.95
73098968--73099149	40	4.6	40	90	2	287	25	22	26	25	2.00
73136658--73136725	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73136547--73136874	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.95
73136827--73136905	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
73157487--73157550	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
73157764--73157883	23	5.1	23	92	5	179	26	20	23	29	1.99
73157743--73157884	47	3.0	49	85	10	195	26	21	23	28	1.99
73157743--73157885	24	6.0	24	88	9	188	25	21	23	28	1.99
73157942--73157998	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
73157930--73158000	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73157935--73157989	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
73158037--73158084	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
73164052--73164089	18	2.1	18	100	0	76	26	21	28	23	1.99
73167317--73167394	35	2.2	36	97	2	149	8	28	7	55	1.59
73170597--73170825	40	5.7	40	89	4	304	24	22	25	27	2.00
73170597--73170841	120	2.1	119	86	6	336	25	22	25	26	2.00
73176561--73176728	46	3.6	46	77	10	164	25	27	17	29	1.98
73182454--73182624	40	4.3	40	90	2	256	26	26	21	24	1.99
73182421--73182624	80	2.6	79	84	6	254	26	26	21	25	1.99
73184440--73184616	40	4.5	40	90	5	263	22	28	24	24	2.00
73187960--73188180	40	5.6	40	85	3	232	24	21	28	25	1.99
73188035--73188217	79	2.3	80	81	3	210	25	20	27	25	1.99
73198392--73198757	40	9.2	40	89	4	539	24	27	23	24	2.00
73216468--73216587	63	1.9	64	86	3	172	45	6	22	25	1.77
73227286--73227373	46	1.9	46	88	0	131	35	21	14	28	1.93
73233417--73233456	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
73234720--73234885	48	3.5	46	76	6	154	25	24	18	31	1.98
73234720--73234891	94	1.8	94	86	2	247	24	25	19	31	1.98
73239014--73239524	96	5.4	94	93	2	817	28	30	9	32	1.88
73239014--73239524	47	10.7	47	93	2	817	28	30	9	32	1.88
73243223--73243483	40	6.5	40	89	0	369	25	27	22	24	2.00
73243223--73243492	120	2.2	120	90	1	416	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73244944--73245407	47	9.7	47	93	2	741	28	29	9	32	1.88
73244944--73245386	96	4.6	96	93	2	741	28	29	9	32	1.88
73252987--73253053	21	3.1	21	80	4	62	32	32	4	29	1.78
73253352--73253385	12	2.7	13	90	4	52	76	2	8	11	1.12
73259900--73259966	21	3.1	21	80	4	62	32	32	4	29	1.78
73265529--73265685	5	31.4	5	100	0	314	40	0	0	59	0.97
73272564--73272654	34	2.7	34	87	0	119	23	29	17	29	1.97
73273927--73274006	31	2.5	31	90	6	117	22	26	17	33	1.96
73274200--73274343	23	6.0	24	88	5	204	29	22	20	27	1.98
73274392--73274438	20	2.3	20	92	0	76	36	21	8	34	1.84
73274475--73274522	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
73278559--73278742	79	2.3	81	81	11	213	24	27	22	25	2.00
73278559--73278742	40	4.6	41	82	12	190	24	27	22	25	2.00
73285146--73285225	31	2.5	31	88	6	108	21	27	17	33	1.96
73288380--73288432	27	2.0	27	88	0	79	35	33	13	16	1.88
73302435--73302901	176	2.6	176	84	3	670	30	18	24	27	1.98
73302748--73303006	133	1.9	133	94	0	455	30	17	25	26	1.98
73302567--73303177	309	2.0	309	83	4	786	31	17	23	27	1.97
73303472--73303524	27	2.0	27	88	0	79	35	33	13	16	1.88
73305345--73305375	8	3.9	8	100	0	62	38	22	0	38	1.54
73311419--73311469	21	2.4	21	100	0	102	15	31	35	17	1.92
73315879--73316038	39	4.1	39	94	0	275	21	24	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73319005--73319058	22	2.5	21	75	3	54	12	29	35	22	1.91
73323080--73323119	16	2.5	16	83	0	53	37	5	0	57	1.21
73325017--73325063	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
73330257--73330283	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
73331543--73331586	23	1.9	23	85	0	61	61	4	6	27	1.41
73334346--73334432	42	2.1	42	84	4	113	20	28	27	22	1.99
73336264--73336355	42	2.2	43	80	5	107	15	31	28	25	1.95
73342220--73342263	21	2.1	21	83	8	54	4	27	0	68	1.09
73348777--73349000	112	2.0	112	94	0	394	26	26	12	34	1.92
73353905--73353937	15	2.3	15	94	5	59	30	6	27	36	1.81
73355423--73355474	24	2.2	24	100	0	104	46	3	19	30	1.68
73355847--73356073	84	2.7	84	91	2	366	30	18	26	24	1.98
73355879--73356010	42	3.1	42	65	20	103	30	17	25	26	1.97
73365377--73365575	67	3.0	67	95	0	362	35	12	29	23	1.91
73366505--73366705	47	4.2	47	80	2	188	23	16	27	31	1.96
73368638--73368678	11	3.8	10	87	12	55	82	0	0	17	0.66
73368638--73368678	17	2.5	16	92	4	64	82	0	0	17	0.66
73376064--73376235	93	1.8	93	94	0	308	29	29	20	21	1.98
73376057--73376232	46	3.8	46	78	12	207	30	28	19	21	1.98
73383771--73383821	21	2.5	20	87	9	75	19	11	47	21	1.81
73386826--73387003	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73386847--73387002	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73394852--73395029	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73394873--73395028	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73399160--73399200	18	2.3	18	95	0	73	26	0	12	60	1.31
73401668--73401723	16	3.4	16	78	9	60	19	1	1	76	0.96
73401671--73401724	15	3.5	15	80	14	65	20	1	1	75	0.98
73414230--73414269	21	1.9	21	89	0	62	25	7	42	25	1.80
73428432--73428466	17	2.1	17	88	0	52	57	0	2	40	1.14
73432700--73432896	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
73433077--73433174	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
73439899--73439964	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318