genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41871329--41871426	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
41871357--41871439	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
41871329--41871440	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
41879366--41880608	44	28.3	44	68	16	501	28	24	15	30	1.95
41879710--41880608	175	5.1	175	93	0	1474	29	24	15	30	1.95
41894765--41894804	13	3.1	13	88	0	62	17	35	30	17	1.93
41898968--41899038	29	2.4	30	88	9	103	21	29	11	38	1.88
41899982--41900037	22	2.5	22	88	5	78	30	21	10	37	1.87
41899996--41900039	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
41916641--41916700	29	2.1	29	96	0	111	46	8	13	31	1.72
41916960--41916986	9	3.0	9	100	0	54	44	22	0	33	1.53
41922861--41923039	57	3.1	58	75	10	136	28	8	1	60	1.36
41929568--41929599	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
41931246--41931275	3	10.3	3	92	7	53	70	0	30	0	0.88
41934190--41934322	42	3.1	42	79	6	126	31	23	15	29	1.95
41937380--41937626	39	6.4	39	85	4	331	19	21	28	30	1.97
41943763--41943827	28	2.3	28	86	0	94	36	9	23	30	1.86
41943900--41944122	39	5.7	39	88	1	304	17	21	28	31	1.97
41952026--41952081	27	2.1	27	100	0	112	32	26	0	41	1.56
41953212--41953268	9	6.4	9	77	4	62	26	12	0	61	1.31
41953209--41953245	18	2.1	18	100	0	74	27	5	0	67	1.12
41964841--41964934	31	3.0	31	100	0	188	45	15	9	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41968634--41968810	21	8.4	21	70	7	126	18	23	12	44	1.85
41968639--41968751	42	2.7	42	86	2	156	18	22	13	46	1.83
41968634--41968794	63	2.5	64	84	2	200	18	22	13	45	1.84
41968635--41968801	42	4.0	42	81	3	149	17	23	13	44	1.85
41968683--41968810	63	2.0	63	89	0	193	19	24	12	43	1.85
41979193--41979241	24	2.0	24	96	0	89	40	6	26	26	1.79
41983615--41983649	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
41983942--41984019	36	2.2	36	88	9	115	37	12	12	37	1.82
41983939--41984011	19	3.9	19	92	7	132	35	15	10	38	1.82
41984344--41984572	45	5.1	45	76	6	212	27	27	14	30	1.95
41984344--41984498	45	3.5	45	86	3	215	25	29	13	30	1.94
41984344--41984591	89	2.8	89	81	7	256	26	27	14	31	1.95
41984515--41984728	78	2.7	77	89	2	320	25	23	19	31	1.98
41993019--41993053	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
41993307--41993364	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
41993343--41993379	19	1.9	19	94	0	65	35	13	10	40	1.80
41993346--41993387	19	2.3	19	84	8	52	38	9	14	38	1.78
42001218--42001340	44	2.8	43	79	9	115	28	25	17	29	1.97
42008369--42008527	44	3.7	42	73	11	124	28	23	18	28	1.98
42009931--42010138	67	3.1	67	72	12	180	33	16	27	22	1.96
42010435--42010587	28	5.5	28	70	12	118	32	15	26	26	1.95
42010439--42010595	54	2.9	54	81	4	199	32	15	26	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42010517--42010620	28	3.7	27	76	10	77	32	20	23	24	1.98
42010435--42010612	56	3.2	55	80	6	218	31	16	25	25	1.97
42015252--42015304	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
42018278--42018403	55	2.3	55	80	2	146	27	27	26	18	1.98
42018414--42018440	13	2.1	13	100	0	54	7	25	44	22	1.79
42021389--42021518	55	2.4	55	78	7	138	26	29	27	16	1.97
42028737--42029125	195	2.0	193	94	1	679	33	23	21	21	1.97
42029944--42030022	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
42030143--42030291	47	3.2	47	88	0	199	27	31	9	31	1.88
42030250--42030322	31	2.4	31	93	4	121	26	31	12	30	1.92
42030203--42030369	78	2.1	78	96	2	309	28	30	10	31	1.90
42030281--42030593	47	6.6	47	95	1	563	29	30	7	32	1.86
42030156--42030403	125	2.0	125	93	1	426	27	31	10	30	1.89
42030281--42030593	143	2.2	141	94	1	563	29	30	7	32	1.86
42034014--42034113	24	4.2	24	75	16	82	29	21	22	28	1.99
42034058--42034135	23	3.3	23	76	13	79	34	20	23	21	1.97
42034053--42034161	47	2.3	46	85	4	139	37	20	21	21	1.94
42038708--42038738	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
42041143--42041189	23	2.0	23	100	0	94	42	4	8	44	1.54
42044495--42044527	5	6.6	5	92	0	57	21	0	0	78	0.75
42057339--42057468	55	2.4	55	78	0	143	15	26	30	26	1.96
42065793--42065844	24	2.2	24	85	0	68	34	3	9	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42065994--42066030	5	7.6	5	96	3	67	18	0	0	81	0.70
42074156--42074216	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
42076095--42076209	20	5.8	20	71	8	81	36	21	31	10	1.87
42080174--42080346	43	4.1	42	70	10	118	27	13	24	34	1.93
42085526--42085735	39	5.3	39	92	2	325	25	22	27	24	2.00
42085475--42085735	39	6.6	39	86	8	236	25	22	27	24	2.00
42093473--42093608	39	3.5	39	95	1	236	25	22	28	24	1.99
42093459--42093626	39	4.3	39	89	4	232	26	22	26	24	2.00
42093421--42093626	79	2.6	80	82	10	253	25	22	27	24	2.00
42093421--42093639	39	5.6	39	83	10	218	26	22	27	24	2.00
42093494--42093676	79	2.3	79	80	8	187	27	21	26	24	1.99
42095960--42096017	30	1.9	30	100	0	116	31	8	32	27	1.87
42097821--42097858	19	2.0	19	94	0	67	42	5	23	28	1.76
42097880--42098045	43	3.9	43	76	7	151	25	15	25	33	1.95
42098767--42098809	21	2.0	21	100	0	86	41	16	18	23	1.89
42099195--42099508	81	3.9	81	81	7	350	39	18	9	31	1.84
42099195--42099508	27	11.6	27	82	5	303	39	18	9	31	1.84
42099548--42099742	27	7.2	27	88	0	273	35	18	20	26	1.95
42099948--42100037	25	3.6	25	90	1	137	27	28	20	23	1.99
42099948--42100049	25	4.1	25	88	1	107	29	25	19	25	1.99
42101195--42101268	23	3.2	23	63	30	57	28	28	10	32	1.91
42101168--42101687	47	11.1	47	91	0	815	26	27	11	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42111345--42111421	28	2.8	28	87	0	118	29	33	12	23	1.92
42120563--42120629	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
42120679--42120868	24	8.0	24	85	9	221	30	19	21	28	1.97
42120680--42120843	72	2.3	71	88	7	253	29	19	20	29	1.97
42120684--42120854	49	3.6	48	90	6	260	29	19	21	29	1.98
42120681--42120886	97	2.1	96	83	11	253	30	18	21	29	1.97
42121062--42121124	31	2.0	31	87	0	90	39	15	20	23	1.91
42122005--42122031	14	1.9	14	100	0	54	48	7	7	37	1.59
42128697--42128752	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
42128686--42128752	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
42128801--42128940	23	6.0	24	85	12	186	29	20	22	28	1.98
42129134--42129196	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
42143986--42144014	10	3.0	10	95	5	51	48	41	0	10	1.37
42145879--42146093	27	8.0	27	84	3	265	23	19	20	36	1.95
42145906--42146093	80	2.3	81	87	0	270	22	18	20	37	1.94
42145906--42146125	80	2.7	80	83	2	217	25	16	19	38	1.92
42146086--42146208	27	4.6	27	79	8	108	30	8	18	43	1.79
42146193--42146249	27	2.1	27	90	0	87	31	3	21	43	1.69
42146201--42146492	27	10.8	27	84	1	343	39	6	21	32	1.79
42150711--42150898	18	10.0	18	66	11	90	35	9	13	40	1.78
42150791--42150873	36	2.3	36	85	0	103	40	7	12	39	1.70
42166851--42166902	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42169327--42169378	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
42171766--42171791	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
42174019--42174057	20	2.0	20	84	0	51	48	10	10	30	1.70
42174041--42174080	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
42174524--42174589	17	3.8	17	71	15	62	45	0	0	54	0.99
42174608--42174662	9	5.4	11	77	20	57	54	0	0	45	0.99
42174608--42174675	20	3.4	20	74	22	70	55	1	1	41	1.18
42174698--42174764	33	2.0	34	88	8	102	38	2	0	58	1.14
42174621--42174766	17	7.8	17	66	20	69	45	2	1	50	1.24
42174810--42174858	21	2.2	21	85	7	62	28	2	14	55	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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