genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60352280--60352438	54	3.0	53	87	6	223	18	23	22	35	1.96
60352280--60352438	27	5.9	27	80	11	157	18	23	22	35	1.96
60368923--60368962	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
60371421--60371452	11	3.0	11	95	4	57	53	0	0	46	1.00
60375261--60375300	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
60375803--60375827	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
60387290--60387655	47	7.7	47	91	1	554	33	8	29	28	1.86
60387774--60387918	37	3.9	37	94	0	245	24	19	31	25	1.98
60399073--60399138	34	1.9	34	81	6	80	28	19	24	27	1.99
60408993--60409114	41	3.0	40	85	2	145	26	15	28	29	1.96
60409038--60409157	41	2.9	41	91	1	177	26	12	25	35	1.92
60419204--60419267	18	3.6	18	77	8	67	35	7	12	43	1.71
60419284--60419349	18	3.6	18	81	2	78	48	13	6	31	1.67
60419520--60419547	6	4.7	6	100	0	56	53	17	14	14	1.73
60420562--60420606	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
60424772--60424875	39	2.7	39	83	3	129	39	1	7	50	1.42
60431655--60431741	28	3.1	28	86	0	129	29	31	12	26	1.93
60431723--60431819	40	2.4	40	89	0	140	34	24	16	24	1.96
60433378--60433417	20	2.0	21	85	5	55	22	25	17	35	1.95
60436102--60436327	40	5.7	40	90	4	280	26	26	21	25	2.00
60439320--60439379	27	2.2	28	84	3	77	30	11	23	35	1.90
60440506--60440549	23	1.9	23	81	9	54	54	0	36	9	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60447175--60447226	27	1.9	27	92	0	86	42	25	23	9	1.84
60449608--60449640	15	2.1	17	88	11	52	60	0	24	15	1.35
60452081--60452145	19	3.5	19	76	2	51	67	3	3	26	1.20
60452070--60452155	31	2.8	32	79	10	97	66	3	2	27	1.20
60462216--60462332	58	2.0	58	91	0	189	34	11	15	39	1.83
60463324--60463451	7	18.0	7	70	10	64	37	39	0	23	1.55
60463324--60463404	29	2.8	29	81	5	92	35	38	0	25	1.57
60463478--60463571	46	2.0	46	95	0	170	41	26	3	28	1.71
60463494--60463575	21	3.7	21	75	12	83	42	28	2	26	1.68
60463489--60463586	14	6.7	14	70	9	61	44	25	2	27	1.65
60463743--60463992	41	6.1	41	82	6	276	19	21	23	35	1.96
60463743--60463991	81	3.0	81	87	4	331	19	21	23	35	1.96
60463743--60463992	122	2.0	123	83	5	319	19	21	23	35	1.96
60467114--60467336	39	5.7	40	84	8	257	25	21	27	25	2.00
60467114--60467336	79	2.8	81	83	9	273	25	21	27	25	2.00
60467194--60467355	40	4.1	40	85	7	129	25	22	27	23	2.00
60467166--60467369	79	2.6	78	82	8	202	26	21	26	24	1.99
60475088--60475303	38	5.6	39	81	9	207	26	21	28	24	1.99
60475088--60475304	76	2.8	78	80	10	241	26	21	28	23	1.99
60486824--60486977	28	5.5	28	97	0	274	33	28	11	25	1.91
60493145--60493191	24	2.0	24	91	0	76	29	31	6	31	1.83
60494170--60494199	13	2.3	13	94	0	51	13	33	30	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60495359--60495592	125	1.9	125	93	1	407	32	24	13	30	1.93
60498754--60498844	28	3.1	28	75	14	74	26	27	23	23	2.00
60498754--60498824	33	2.1	34	89	2	108	23	26	23	25	2.00
60499003--60499074	27	2.7	27	84	0	99	36	20	23	19	1.95
60498987--60499080	27	3.5	26	80	7	98	36	19	23	21	1.95
60499257--60499323	27	2.5	27	95	0	116	20	17	20	40	1.92
60521083--60521213	27	4.9	27	86	3	183	27	19	10	41	1.85
60521191--60521521	27	12.2	27	76	7	215	40	21	8	29	1.82
60521110--60521239	54	2.4	55	81	2	147	30	20	10	40	1.85
60521090--60521239	81	1.9	81	81	5	187	30	18	10	40	1.85
60521191--60521521	54	6.1	54	75	7	249	40	21	8	29	1.82
60521070--60521254	81	2.3	81	74	3	185	32	20	9	36	1.85
60522426--60522519	25	3.8	25	91	1	145	25	26	22	25	2.00
60522451--60522532	24	3.4	23	86	8	110	29	23	21	25	1.99
60522738--60522878	31	4.5	31	95	0	237	27	17	25	29	1.98
60523986--60524180	30	6.5	30	82	4	180	27	24	11	35	1.91
60523985--60524179	90	2.2	91	80	3	225	28	24	11	35	1.90
60524135--60524239	30	3.5	30	82	2	122	19	26	15	39	1.91
60525885--60525967	25	3.4	25	75	9	89	27	25	14	32	1.95
60528055--60528102	22	2.2	23	78	14	57	50	18	2	29	1.59
60529562--60529620	24	2.4	24	78	13	59	15	10	25	49	1.76
60563614--60563652	17	2.2	19	86	9	55	30	10	28	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60567267--60567308	12	3.5	12	80	0	57	19	16	0	64	1.30
60567267--60567315	24	2.0	24	100	0	98	16	16	0	67	1.24
60577377--60577415	19	2.1	19	90	0	60	35	41	10	12	1.77
60581296--60581473	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	29	1.95
60581297--60581452	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	29	1.95
60581293--60581473	82	2.2	81	82	2	220	27	14	28	29	1.96
60589476--60589652	27	6.6	27	82	5	196	27	15	28	29	1.96
60589477--60589631	81	1.9	81	86	5	224	27	15	28	29	1.96
60589473--60589652	81	2.2	81	82	3	220	27	15	27	29	1.96
60591123--60591419	20	15.1	20	76	2	224	13	22	18	44	1.86
60591218--60591454	80	3.0	79	78	4	228	12	24	19	42	1.86
60598276--60598473	98	2.0	98	98	0	378	29	10	25	34	1.89
60601830--60601872	18	2.4	18	92	0	68	30	4	32	32	1.78
60604667--60604809	27	5.3	27	88	0	187	34	20	18	25	1.96
60604945--60605028	27	3.2	26	79	5	96	23	21	17	36	1.94
60609057--60609095	18	2.2	18	95	0	69	35	30	25	7	1.84
60613370--60613927	138	4.1	138	89	0	877	45	5	7	41	1.55
60613370--60613933	274	2.1	275	91	1	916	45	5	7	41	1.55
60615310--60615358	24	2.0	24	100	0	98	40	4	14	40	1.64
60615334--60615510	77	2.3	78	86	4	234	35	6	8	49	1.60
60615334--60615531	77	2.6	77	82	7	206	33	7	8	50	1.60
60615528--60615664	59	2.3	58	82	6	152	25	10	12	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60618489--60618532	22	1.9	24	86	9	65	47	0	9	43	1.35
60618624--60618672	20	2.4	20	80	10	55	44	10	6	38	1.63
60624136--60624454	158	2.0	158	96	0	593	26	19	15	38	1.92
60625258--60625294	18	2.1	18	89	0	56	32	5	8	54	1.53
60625413--60625457	22	2.0	24	86	8	67	48	0	8	42	1.34
60627033--60627087	25	2.2	25	75	15	60	41	3	3	50	1.37
60627657--60627692	18	2.0	18	88	0	54	50	2	2	44	1.31
60629927--60629970	20	2.1	21	87	4	63	59	25	6	9	1.53
60641939--60641984	22	2.2	20	84	7	56	43	8	0	47	1.34
60648271--60648358	43	2.0	43	93	0	149	26	10	20	43	1.83
60657554--60657666	47	2.3	50	79	7	126	37	25	11	25	1.90
60658331--60658410	36	2.2	36	95	0	142	42	0	20	37	1.52
60658865--60658894	13	2.2	14	94	5	53	23	0	33	43	1.54
60658935--60659017	28	3.0	27	89	7	121	22	4	26	45	1.72
60658961--60659028	28	2.7	23	74	20	64	20	5	27	45	1.74
60675319--60675488	46	3.7	46	77	7	182	30	29	19	20	1.97
60675326--60675497	93	1.8	93	89	0	272	29	28	20	21	1.98
60679950--60680174	49	4.7	48	95	1	373	30	8	30	30	1.88
60679950--60680174	96	2.3	95	91	3	371	30	8	30	30	1.88
60680292--60680370	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60687036--60688260	250	4.9	250	99	0	2425	36	22	7	33	1.81
60688384--60688415	13	2.5	13	94	0	55	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60690715--60690839	38	3.3	38	92	2	187	21	25	21	31	1.98
60710101--60710298	39	5.1	39	91	0	324	27	23	21	27	1.99
60718339--60718497	39	4.1	38	90	1	237	28	23	20	27	1.99
60718339--60718497	78	2.0	78	92	0	264	28	23	20	27	1.99
60732157--60732236	29	2.7	29	86	5	108	28	32	15	23	1.95
60734070--60734147	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
60734100--60734601	174	2.9	174	98	0	959	30	14	24	30	1.95
60734423--60734490	29	2.3	29	80	5	75	30	13	29	26	1.94
60742496--60742537	22	1.9	22	85	9	59	26	4	0	69	1.08
60742823--60743092	58	4.4	61	73	17	175	30	4	1	63	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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